genome.fa.s11.2.7.7.80.10.50.1000.87.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: CP032255.1 Gossypioides kirkii chromosome KI_13
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  42971368

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27447243--27447488	58	4.2	57	76	12	191	36	4	26	32	1.78
27447281--27447488	58	3.6	59	77	7	201	36	4	26	32	1.76
27447281--27447547	29	9.2	28	70	10	90	35	3	25	35	1.74
27447467--27447729	30	8.9	30	81	2	255	38	3	19	39	1.67
27447467--27447725	59	4.4	59	85	3	281	38	3	18	39	1.67
27448181--27448213	13	2.5	13	100	0	66	15	15	0	69	1.19
27448779--27448812	3	11.3	3	100	0	68	35	0	0	64	0.94
27449541--27449602	6	11.2	6	73	16	53	54	1	1	41	1.19
27449543--27449602	17	3.6	17	80	14	72	56	1	1	40	1.19
27449534--27449600	32	2.1	32	86	5	91	55	1	1	41	1.18
27449543--27449583	15	2.6	16	88	7	57	53	2	2	41	1.27
27449549--27449589	21	2.0	20	85	4	55	56	2	2	39	1.26
27449855--27450632	92	8.5	92	96	0	1349	34	17	14	33	1.90
27451451--27451630	80	2.2	80	97	0	333	40	14	25	20	1.90
27458387--27458690	58	5.2	58	89	3	427	37	2	27	32	1.71
27458426--27458690	29	9.1	29	71	20	189	36	2	27	33	1.69
27458387--27458749	116	3.1	114	83	8	346	38	2	25	34	1.69
27458644--27458871	30	7.6	30	83	5	266	40	3	17	38	1.66
27459851--27459884	12	2.8	12	90	4	50	52	0	5	41	1.25
27460925--27461266	59	5.8	57	75	10	262	33	26	4	35	1.78
27460924--27461060	30	4.6	30	70	15	106	37	27	2	31	1.72
27460887--27461065	29	6.1	31	68	23	100	37	26	3	31	1.75
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27461053--27461202	30	5.2	28	66	19	74	31	22	6	40	1.78
27460924--27461248	117	2.8	117	84	5	397	34	25	4	34	1.78
27465542--27465579	7	5.6	7	84	6	51	84	0	15	0	0.63
27466398--27466456	7	8.6	7	75	9	59	79	1	16	1	0.89
27466396--27466456	20	3.1	19	86	9	77	80	1	16	1	0.88
27466399--27466456	13	4.3	14	77	18	52	79	1	17	1	0.90
27467357--27467845	51	9.8	51	82	5	525	40	22	23	12	1.88
27467364--27467845	101	4.8	101	82	4	525	40	22	23	12	1.89
27467357--27467845	152	3.3	149	82	5	510	40	22	23	12	1.88
27468271--27470039	206	8.6	206	91	0	2768	34	19	23	22	1.96
27470370--27470407	6	6.3	6	84	9	51	44	0	5	50	1.24
27470374--27470407	17	2.0	17	100	0	68	47	0	5	47	1.26
27470374--27470417	17	2.6	17	89	7	54	47	2	6	43	1.42
27472237--27472587	59	5.9	58	77	8	214	35	26	3	33	1.75
27472235--27472409	30	5.9	29	78	9	165	37	25	3	33	1.73
27472323--27472669	59	5.9	58	77	5	310	34	25	4	35	1.77
27472316--27472659	117	2.9	116	81	5	352	34	25	4	34	1.77
27472625--27472687	28	2.2	28	91	0	99	30	30	12	26	1.93
27482128--27482175	11	4.3	11	76	12	53	39	2	2	56	1.23
27484379--27484419	3	13.7	3	100	0	82	31	0	0	68	0.90
27485516--27485914	29	13.6	29	76	6	222	35	27	3	33	1.73
27485520--27485894	58	6.4	57	78	6	304	35	26	3	34	1.74
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27485589--27485894	87	3.5	86	83	4	326	35	26	2	34	1.72
27495338--27495848	59	8.7	58	77	9	249	37	5	24	32	1.78
27495440--27495707	29	9.2	28	73	14	109	37	4	25	33	1.76
27495518--27495848	30	11.1	30	74	12	247	39	3	23	33	1.72
27495514--27495828	29	10.7	29	77	6	260	38	3	24	34	1.71
27497734--27497786	11	4.9	10	80	17	61	54	1	0	43	1.11
27497734--27497786	22	2.4	22	84	9	72	54	1	0	43	1.11
27499211--27499248	16	2.3	17	90	4	60	42	2	2	52	1.29
27500904--27501104	29	6.8	29	77	7	181	35	28	2	33	1.73
27500955--27501104	59	2.5	59	80	5	178	35	28	2	34	1.69
27500965--27501124	30	5.4	29	81	6	142	38	27	1	32	1.68
27500969--27501152	29	6.2	30	79	9	78	36	27	2	33	1.71
27503079--27503135	19	2.9	19	82	7	53	43	0	5	50	1.24
27503213--27503258	18	2.3	21	85	10	62	65	2	2	30	1.16
27503374--27503408	16	2.2	16	89	0	52	34	5	8	51	1.56
27505065--27505098	16	2.3	15	90	10	52	76	2	8	11	1.12
27510723--27510763	14	2.9	15	89	7	59	17	7	2	73	1.17
27512375--27512428	28	1.9	28	92	0	90	29	7	14	48	1.71
27512482--27512661	88	2.0	88	92	0	297	46	13	10	30	1.75
27519996--27520436	221	2.0	221	99	0	873	26	23	20	29	1.99
27521390--27521415	12	2.2	12	100	0	52	26	15	26	30	1.96
27522442--27522793	82	4.3	82	88	0	497	30	22	18	27	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27524038--27524081	23	2.0	23	86	4	63	50	11	2	36	1.51
27526083--27526134	23	2.3	23	90	3	79	42	1	3	51	1.31
27527907--27527957	24	2.1	24	85	0	66	52	3	11	31	1.56
27532412--27532505	7	13.3	7	79	11	95	76	0	21	2	0.89
27532396--27532505	36	3.1	34	82	13	100	76	0	21	1	0.88
27532397--27532508	42	2.7	41	84	13	131	75	0	23	1	0.90
27532396--27532490	49	2.0	49	86	12	135	76	0	22	1	0.84
27533593--27533774	91	2.0	91	84	2	240	34	16	31	18	1.93
27534096--27534465	39	9.5	38	70	10	160	25	31	17	25	1.97
27534103--27534892	78	10.1	78	76	3	566	24	30	18	26	1.98
27534142--27535005	39	22.2	39	72	4	477	24	29	18	26	1.98
27534142--27534792	117	5.6	117	78	5	616	25	29	18	26	1.98
27535574--27535651	17	4.9	16	75	20	74	41	0	2	56	1.13
27535599--27535649	6	8.8	6	77	14	54	41	0	3	54	1.19
27535607--27535649	22	1.9	22	95	4	77	39	0	2	58	1.11
27539631--27539683	21	2.5	21	87	0	70	30	11	26	32	1.91
27539647--27539703	21	2.7	21	91	0	87	29	15	21	33	1.94
27545078--27545121	22	2.0	22	82	8	54	45	2	18	34	1.62
27546866--27546922	20	2.8	20	86	10	71	35	15	17	31	1.92
27559436--27559483	18	2.8	18	78	18	57	54	2	2	41	1.24
27563584--27563639	21	2.7	21	85	0	76	26	14	30	28	1.95
27566982--27567067	25	3.6	25	73	13	65	23	20	24	31	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27566986--27567034	24	2.1	24	84	3	64	24	22	24	28	1.99
27567731--27567796	21	3.1	21	84	0	87	28	13	27	30	1.94
27570242--27570341	21	4.4	23	72	15	84	44	27	8	21	1.80
27570261--27570365	45	2.3	45	91	0	174	42	25	7	23	1.80
27570793--27570826	17	2.0	17	88	11	52	29	8	20	41	1.82
27575941--27575982	17	2.4	18	80	15	52	23	23	0	52	1.47
27576998--27577038	18	2.3	18	86	0	55	46	0	0	53	1.00
27577005--27577047	18	2.4	18	84	0	59	48	0	0	51	1.00
27584387--27584424	3	12.7	3	100	0	76	31	0	0	68	0.90
27587398--27587479	23	3.5	23	81	5	94	39	13	10	36	1.80
27588692--27588723	3	10.7	3	93	0	55	3	31	0	65	1.08
27589330--27589356	3	9.0	3	100	0	54	66	0	33	0	0.92
27591871--27591930	22	2.8	22	75	7	61	13	1	33	51	1.51
27597032--27597089	7	8.3	7	73	7	55	32	24	17	25	1.96
27597053--27597089	14	2.6	14	91	0	65	29	27	18	24	1.98
27604260--27604292	11	2.8	12	81	9	50	12	0	36	51	1.39
27609243--27609282	21	1.9	21	84	0	53	35	22	17	25	1.95
27609288--27609338	22	2.5	20	75	9	57	11	3	39	45	1.59
27609299--27609352	22	2.4	22	84	9	65	9	1	38	50	1.45
27611911--27612007	29	3.3	29	77	11	106	46	7	9	37	1.64
27611875--27612051	60	3.0	60	85	2	214	44	7	11	36	1.70
27611875--27612038	31	5.4	31	70	12	117	43	7	12	36	1.70
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27616448--27616494	2	24.0	2	86	4	69	51	0	2	46	1.13
27616446--27616484	19	2.1	19	100	0	78	48	0	0	51	1.00
27616450--27616483	17	2.0	17	100	0	68	47	0	0	52	1.00
27625696--27625738	14	2.8	16	82	10	54	37	2	13	46	1.57
27631178--27631281	53	2.0	53	82	3	129	42	8	8	40	1.66
27631863--27631896	11	2.9	11	87	12	50	76	0	23	0	0.79
27632279--27632616	93	3.8	91	87	8	462	38	2	11	47	1.51
27632279--27632616	92	3.8	89	87	8	458	38	2	11	47	1.51
27632810--27632859	16	3.2	16	71	21	52	60	6	0	34	1.21
27634141--27634225	43	2.0	43	83	4	109	30	12	10	45	1.76

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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