genome.fa.s11.2.7.7.80.10.50.1000.74.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: CP032255.1 Gossypioides kirkii chromosome KI_13
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  42971368

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24126513--24126591	33	2.4	31	80	17	81	62	8	1	27	1.33
24131714--24131981	37	7.1	37	85	3	311	35	31	20	12	1.90
24131909--24131975	16	3.9	16	73	19	55	37	37	19	5	1.76
24131854--24131959	21	5.5	21	62	24	72	35	35	21	6	1.80
24134955--24135157	89	2.2	89	85	2	262	33	24	16	25	1.95
24138001--24138054	27	2.0	27	100	0	108	40	18	14	25	1.89
24146581--24146612	15	2.1	15	94	0	55	21	0	25	53	1.46
24148138--24148184	9	5.2	9	76	19	53	65	0	0	34	0.93
24148139--24148213	21	3.1	26	75	23	83	68	0	1	30	0.98
24148389--24148439	23	2.2	23	79	6	59	25	3	1	68	1.17
24149737--24149782	24	1.9	24	95	0	83	45	17	17	19	1.85
24152092--24152141	15	3.4	15	80	5	66	30	6	18	46	1.73
24152095--24152204	14	7.7	14	77	8	87	29	2	21	46	1.65
24152095--24152190	30	3.3	29	77	8	81	29	3	20	46	1.66
24152180--24152234	14	3.9	14	77	17	51	29	0	25	45	1.54
24154555--24154589	16	2.2	16	89	0	52	51	0	0	48	1.00
24154813--24154845	17	2.0	16	94	5	57	3	36	0	60	1.12
24154807--24154857	24	2.1	25	85	3	68	7	33	0	58	1.27
24155797--24155859	13	4.8	13	83	11	67	34	3	22	39	1.70
24156799--24156989	58	3.3	59	91	4	282	31	1	16	50	1.54
24164543--24164630	30	2.9	32	79	19	116	34	14	7	43	1.75
24167166--24167196	2	15.5	2	100	0	62	51	0	0	48	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24167264--24167307	21	2.0	21	86	4	61	43	2	2	52	1.26
24167488--24167522	13	2.7	13	90	0	52	34	40	8	17	1.80
24168258--24168283	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
24176336--24176379	20	2.2	20	83	0	52	70	4	2	22	1.17
24179991--24180035	7	6.4	7	97	0	72	26	22	31	20	1.98
24181722--24181798	17	4.2	17	71	19	57	33	1	2	62	1.17
24190115--24190140	13	2.0	13	100	0	52	0	15	7	76	0.99
24193398--24193444	21	2.3	20	85	10	60	42	23	0	34	1.54
24193398--24193454	22	2.6	21	81	13	62	40	24	1	33	1.66
24198283--24198311	14	2.1	14	100	0	58	31	0	13	55	1.39
24205954--24205982	14	2.1	14	100	0	58	55	13	0	31	1.39
24214688--24214773	25	3.4	25	81	0	100	18	16	22	43	1.88
24217538--24217570	17	1.9	17	93	0	57	78	0	15	6	0.93
24217891--24217937	22	2.1	22	84	7	60	31	10	6	51	1.62
24219250--24219400	80	1.9	80	88	0	230	29	23	21	24	1.99
24225297--24225322	3	8.7	3	100	0	52	30	0	0	69	0.89
24231012--24231042	14	2.1	15	94	5	55	48	19	6	25	1.72
24231893--24232173	141	2.0	141	96	1	519	47	11	9	31	1.71
24232540--24232564	6	4.2	6	100	0	50	16	32	0	52	1.44
24232829--24232871	14	2.8	16	79	17	54	48	0	0	51	1.00
24232991--24233036	15	3.1	15	70	17	51	58	13	4	23	1.52
24237290--24237337	18	2.7	17	81	9	60	68	0	4	27	1.07
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24237276--24237358	9	9.0	9	70	8	51	63	0	2	33	1.07
24237279--24237330	24	2.0	27	82	10	65	69	0	1	28	0.99
24242624--24242648	12	2.1	12	100	0	50	20	8	40	32	1.81
24252896--24252943	4	12.0	4	100	0	96	50	25	0	25	1.50
24258596--24258630	16	2.1	18	89	10	56	51	14	0	34	1.42
24259587--24260077	23	21.3	23	85	1	590	44	14	7	34	1.72
24260426--24260467	22	1.9	22	100	0	84	30	21	4	42	1.73
24265842--24265878	18	2.1	18	90	10	58	35	27	10	27	1.90
24265925--24265987	21	3.0	21	88	4	83	46	12	6	34	1.68
24268042--24268080	3	13.0	3	100	0	78	66	0	0	33	0.92
24268511--24268760	116	2.2	116	86	0	347	16	25	12	46	1.80
24268834--24268959	62	2.0	62	81	6	148	12	19	18	49	1.79
24268944--24269130	96	1.9	97	93	1	322	21	13	20	44	1.85
24275196--24275374	90	2.0	89	98	1	349	49	3	29	17	1.63
24275695--24275722	5	5.6	5	100	0	56	35	0	0	64	0.94
24275423--24275808	145	2.6	144	78	16	387	31	0	15	52	1.45
24276273--24276470	109	1.8	109	89	0	315	40	14	12	32	1.83
24277145--24277275	70	1.9	72	82	6	171	43	20	22	12	1.86
24279693--24279938	20	12.4	20	77	8	207	12	19	31	36	1.90
24279694--24279899	60	3.4	60	82	0	259	13	20	31	35	1.91
24279875--24279960	37	2.3	37	87	0	118	13	20	30	34	1.92
24281944--24281976	5	6.6	5	100	0	66	36	0	0	63	0.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24283219--24283318	43	2.3	43	96	0	182	32	13	12	43	1.80
24289065--24289224	87	1.8	86	84	4	214	28	14	19	38	1.91
24292215--24292239	8	3.1	8	100	0	50	40	0	0	60	0.97
24296925--24296949	11	2.3	11	100	0	50	32	16	12	40	1.84
24299246--24299308	22	2.6	25	78	12	69	61	1	0	36	1.05
24299257--24299311	24	2.3	24	85	14	78	61	0	0	38	0.96
24299275--24299304	16	1.9	15	93	6	51	53	0	0	46	1.00
24299373--24299407	17	2.1	17	88	0	52	57	5	0	37	1.23
24306290--24306327	14	2.6	15	91	4	60	71	0	0	28	0.87
24306940--24306996	17	3.4	17	71	26	57	42	1	36	19	1.62
24310746--24310786	9	4.3	9	87	9	55	53	0	2	43	1.13
24311903--24311966	33	1.9	34	83	3	85	42	23	9	25	1.84
24312432--24312488	17	3.4	17	70	0	60	42	1	36	19	1.62
24313397--24313554	72	2.2	72	88	0	226	29	12	9	48	1.72
24314575--24314690	54	2.2	54	85	4	155	60	15	7	16	1.57
24335855--24335893	17	2.3	17	86	0	51	51	15	17	15	1.77
24336314--24336381	7	9.7	7	76	20	54	0	38	1	60	1.06
24336334--24336387	27	2.0	28	88	3	83	0	38	1	59	1.08
24356098--24356149	26	1.9	28	84	7	72	21	21	17	40	1.91
24358181--24359063	98	8.8	98	75	9	636	37	16	23	22	1.94
24358195--24358465	49	5.5	49	76	6	262	36	16	26	20	1.93
24358600--24359089	49	10.0	49	75	7	404	37	15	24	22	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24358052--24358865	412	2.0	412	90	0	1288	35	17	22	23	1.95
24358600--24359086	147	3.3	147	76	7	452	37	16	24	22	1.93
24358589--24359117	98	5.4	97	84	5	514	37	16	24	21	1.93
24358583--24359143	196	2.9	193	80	6	594	37	16	23	22	1.93
24359602--24359632	12	2.6	12	94	0	53	41	35	9	12	1.76
24359969--24360009	21	2.0	20	90	4	64	19	4	0	75	0.98
24361126--24361164	21	1.9	20	84	5	51	25	5	12	56	1.57
24362489--24362520	7	4.6	7	100	0	64	15	0	43	40	1.47
24362690--24362763	32	2.3	32	97	0	139	36	27	9	27	1.87
24371898--24371947	20	2.4	21	81	15	52	42	10	0	48	1.37
24374718--24374768	25	2.0	26	85	7	70	27	11	21	39	1.88
24374818--24374871	21	2.6	21	78	0	63	22	16	25	35	1.95
24377224--24377264	18	2.3	18	86	0	55	26	21	24	26	2.00
24382198--24382274	28	2.8	28	76	7	77	46	12	16	23	1.82
24384024--24384059	16	2.1	16	90	10	54	61	2	2	33	1.25
24384540--24384617	37	2.1	38	83	4	97	34	1	37	26	1.65
24388224--24388264	17	2.4	17	79	0	55	39	0	7	53	1.29
24388918--24388998	22	3.4	22	79	16	65	58	0	3	38	1.16
24388924--24388963	16	2.6	16	88	4	64	65	0	0	35	0.93
24388922--24389002	16	5.3	16	72	14	55	58	0	3	38	1.16
24390060--24390349	30	9.8	29	77	10	227	37	22	2	37	1.66
24390095--24390349	59	4.3	59	83	6	295	37	22	1	38	1.64
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24390055--24390349	89	3.3	90	75	10	216	36	23	2	37	1.66
24390090--24390311	119	1.9	120	85	2	313	39	22	1	36	1.63
24390314--24390381	28	2.4	29	80	11	88	32	25	5	36	1.80
24390363--24390427	29	2.2	29	81	8	78	35	30	7	26	1.84
24390096--24390398	59	5.2	58	78	11	190	37	24	2	35	1.69
24397916--24397979	32	2.0	32	82	11	78	28	6	3	62	1.34
24400677--24400734	19	3.3	18	81	13	59	67	1	0	31	1.01
24400728--24400813	19	4.8	18	68	22	56	61	3	5	29	1.36
24400991--24401113	9	13.4	9	70	19	76	28	1	1	68	1.08
24401020--24401113	17	5.3	18	70	24	74	26	1	1	71	1.00

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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