genome.fa.s11.2.7.7.80.10.50.1000.7.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: CP032255.1 Gossypioides kirkii chromosome KI_13
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  42971368

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2273133--2273185	27	1.9	28	88	3	81	52	5	5	35	1.49
2274373--2274450	28	2.9	28	75	12	83	33	0	1	65	1.01
2277941--2278002	26	2.3	26	86	5	79	30	11	9	48	1.71
2291109--2291550	156	2.8	154	89	3	647	20	20	21	37	1.95
2295239--2295285	23	2.0	23	84	8	60	57	0	4	38	1.18
2296250--2296278	13	2.3	13	94	5	51	24	0	0	75	0.80
2300306--2300383	39	2.0	39	94	0	138	32	21	10	35	1.87
2302288--2302312	7	3.6	7	100	0	50	24	28	16	32	1.96
2302977--2303077	50	2.0	50	94	0	175	33	11	8	45	1.72
2313922--2313974	20	2.6	21	82	14	67	30	3	7	58	1.43
2325669--2325720	25	2.0	26	85	3	70	32	28	9	28	1.89
2333453--2333764	164	1.9	163	90	2	500	46	14	15	24	1.82
2343580--2343617	15	2.5	15	91	0	58	28	2	0	68	1.03
2343709--2343734	3	8.7	3	100	0	52	34	0	0	65	0.93
2343950--2343988	16	2.4	16	86	0	51	53	10	10	25	1.66
2351684--2351716	3	11.0	3	93	0	57	30	0	36	33	1.58
2351679--2351716	12	3.2	12	92	0	58	31	0	36	31	1.58
2353031--2353081	24	2.1	24	89	7	77	21	21	15	41	1.90
2366186--2366227	20	2.0	21	95	4	77	59	21	9	9	1.57
2366699--2366838	26	5.5	26	71	6	117	15	23	20	40	1.91
2366767--2366848	26	3.2	26	74	6	87	14	25	21	37	1.92
2366710--2366851	50	2.8	50	86	0	203	15	25	21	38	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2372008--2372880	21	40.5	21	75	10	631	25	56	5	13	1.58
2372172--2372278	51	2.1	51	84	3	135	28	55	4	12	1.56
2372146--2372535	66	5.9	70	73	13	209	24	56	5	14	1.59
2372827--2372897	21	3.4	21	76	3	63	23	54	1	19	1.52
2373898--2373953	24	2.4	24	85	14	73	50	26	0	23	1.50
2379279--2379328	21	2.4	21	82	0	64	28	58	6	8	1.51
2379279--2379373	48	2.0	48	87	4	138	26	53	6	13	1.63
2379387--2379530	21	6.4	21	70	16	83	26	55	4	13	1.56
2379278--2379479	108	1.9	108	82	0	260	27	52	4	15	1.63
2379518--2379692	3	52.3	3	69	17	80	28	61	2	8	1.37
2379387--2380043	69	9.8	68	69	19	206	24	58	4	12	1.53
2379404--2379689	84	3.1	96	86	10	422	27	58	3	10	1.47
2379529--2380193	21	30.7	21	71	13	262	23	58	5	12	1.55
2379653--2379714	27	2.3	27	80	5	63	24	62	3	9	1.40
2379550--2380145	90	6.8	88	74	14	373	23	59	5	11	1.53
2380078--2380147	3	21.3	3	75	16	59	30	60	4	5	1.39
2380078--2380191	57	2.0	57	81	6	133	28	56	4	11	1.54
2383098--2383171	21	3.5	21	83	0	67	24	56	5	13	1.58
2383139--2383188	21	2.4	21	86	0	64	22	54	2	22	1.55
2386351--2387086	42	16.9	42	83	6	717	21	60	5	12	1.52
2386446--2386510	21	3.3	18	67	29	51	18	66	6	9	1.41
2386351--2386902	174	3.2	170	87	5	777	20	61	5	12	1.50
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2386594--2386664	21	3.6	18	71	20	61	21	60	7	11	1.54
2386659--2386702	18	2.4	18	82	17	56	15	63	6	13	1.49
2386344--2387086	108	6.8	107	70	14	330	21	60	5	12	1.51
2387052--2387107	21	2.7	21	80	0	58	28	55	3	12	1.54
2391279--2391321	23	1.9	23	86	13	63	46	4	2	46	1.36
2392619--2392774	77	2.0	77	92	0	258	48	8	10	31	1.69
2394414--2394505	42	2.2	42	88	0	121	23	46	7	21	1.77
2394424--2394513	42	2.1	42	87	0	126	23	52	6	17	1.68
2394424--2394530	42	2.5	42	83	3	117	25	49	7	17	1.73
2394601--2396812	126	17.5	126	74	8	1204	25	45	7	21	1.79
2394601--2396812	84	26.2	84	74	6	1486	25	45	7	21	1.79
2395161--2395228	21	3.2	21	68	15	59	35	42	5	16	1.72
2394625--2396812	42	51.8	42	73	7	860	25	45	7	21	1.79
2396635--2396701	21	3.2	21	66	16	57	22	47	10	19	1.79
2396634--2396776	48	3.1	48	82	7	156	20	50	6	21	1.72
2396958--2397103	21	7.2	21	64	21	62	30	41	4	23	1.75
2396971--2397249	60	4.7	60	82	7	325	30	41	5	22	1.77
2397036--2397190	21	7.7	21	64	15	67	29	44	7	18	1.76
2396960--2397249	119	2.4	120	85	5	372	30	42	5	22	1.76
2397162--2397492	102	3.3	99	76	13	343	27	41	7	23	1.80
2397278--2397370	39	2.4	39	82	7	116	25	43	7	23	1.80
2397400--2397618	42	5.2	42	90	0	330	25	41	9	24	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2397326--2397443	60	2.0	60	88	3	175	27	40	8	23	1.83
2397365--2397619	21	12.3	21	64	11	87	26	41	9	23	1.84
2403068--2403291	77	2.9	77	90	0	340	47	9	11	30	1.72
2404887--2404982	42	2.3	42	87	0	138	20	53	4	21	1.63
2405015--2405124	21	5.2	20	73	8	76	30	48	6	15	1.70
2405028--2405628	42	14.6	42	71	13	267	30	46	6	16	1.72
2405214--2405510	156	1.9	156	84	4	402	31	45	5	17	1.72
2405487--2405543	21	2.7	20	71	10	51	31	49	3	15	1.62
2405542--2405699	69	2.3	69	79	2	163	27	50	6	15	1.69
2405514--2405713	111	1.8	111	83	2	267	26	51	6	16	1.67
2405758--2407074	42	31.1	42	80	5	979	23	52	7	16	1.68
2405768--2405832	21	3.1	21	69	8	60	21	60	4	13	1.52
2405850--2406628	21	36.8	21	73	7	513	23	55	5	14	1.60
2406743--2406891	21	7.1	21	61	6	59	24	48	10	16	1.76
2406953--2407020	21	3.2	21	68	0	55	22	50	8	19	1.75
2406953--2407095	21	6.8	21	69	3	54	23	49	6	20	1.71
2407108--2407173	18	3.5	18	67	18	53	25	50	3	21	1.63
2407091--2407196	39	2.7	39	89	2	124	28	48	4	18	1.69
2407130--2407194	21	3.2	21	67	20	66	24	50	6	18	1.69
2408138--2408191	20	2.5	21	83	16	67	64	3	3	27	1.27
2412623--2412737	35	3.1	35	64	27	83	53	6	8	30	1.58
2412593--2412747	77	2.0	76	93	1	265	50	7	10	31	1.65
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2414312--2414392	42	1.9	42	84	0	108	28	43	9	18	1.82
2414771--2414881	21	5.3	21	64	18	61	27	48	7	17	1.73
2414887--2414933	21	2.2	21	84	0	58	29	44	6	19	1.75
2414941--2416592	42	39.0	41	76	8	616	26	50	6	16	1.69
2415257--2415354	44	2.2	44	85	1	124	32	52	4	11	1.56
2415355--2415472	21	5.6	21	66	9	62	27	49	6	16	1.71
2414938--2416595	84	19.6	84	76	5	935	26	50	6	16	1.69
2415847--2415903	24	2.6	21	69	15	51	29	52	0	17	1.45
2415282--2416742	84	17.2	84	76	7	632	25	51	6	15	1.68
2416185--2416746	21	26.6	21	74	3	446	20	58	6	14	1.59
2416837--2416883	22	2.1	22	84	0	58	29	53	0	17	1.44
2416861--2416991	42	3.2	42	68	17	103	29	48	2	20	1.62
2416871--2417029	81	2.0	81	89	0	246	29	47	2	20	1.64
2416898--2417024	36	3.3	36	68	18	92	29	47	3	19	1.65
2416967--2417327	60	6.0	60	82	1	373	29	43	5	21	1.75
2416985--2417327	180	1.9	180	83	1	445	29	43	5	21	1.75
2419214--2419457	30	8.1	30	80	7	219	32	27	3	36	1.73
2419214--2419455	90	2.7	90	80	9	262	33	27	3	36	1.73
2427740--2428466	39	18.7	38	70	13	290	23	30	20	25	1.98
2427790--2428109	78	4.1	77	84	3	417	21	30	21	25	1.98
2427786--2428114	156	2.1	156	87	2	464	22	31	21	25	1.98
2427934--2428295	194	1.9	190	84	4	485	23	31	19	26	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2428129--2428373	73	3.2	73	78	8	217	23	31	19	25	1.98
2428117--2428398	151	1.9	150	82	3	361	24	30	18	26	1.98
2428571--2428692	48	2.5	48	86	0	163	35	13	27	23	1.93
2430391--2430669	30	9.3	30	77	10	207	33	27	2	36	1.70
2430400--2430662	89	3.0	86	75	11	235	34	26	1	36	1.68
2431985--2432014	12	2.5	12	94	0	51	40	0	10	50	1.36
2432198--2432431	77	3.0	76	90	3	344	48	8	13	29	1.73
2434055--2434137	39	2.1	39	88	0	121	25	48	7	19	1.74
2434076--2434135	21	3.1	19	70	15	52	26	48	6	18	1.72
2434139--2434289	42	3.6	42	79	3	135	25	49	7	17	1.72

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
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