genome.fa.s11.2.7.7.80.10.50.1000.53.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: CP032255.1 Gossypioides kirkii chromosome KI_13
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  42971368

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   

This is table  53  of  143  ( 17057 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17126723--17126762	10	3.4	13	77	22	52	85	0	15	0	0.61
17126723--17126762	12	3.2	12	85	3	53	85	0	15	0	0.61
17126733--17126763	9	3.3	9	95	4	53	83	0	16	0	0.64
17127699--17127825	49	2.6	49	80	7	141	32	14	33	19	1.92
17127699--17128177	98	4.9	98	81	2	480	35	16	27	20	1.94
17127722--17128146	49	8.7	49	71	7	249	34	17	26	21	1.95
17127706--17128171	196	2.4	195	82	2	540	35	16	27	20	1.94
17128352--17129025	40	17.0	40	74	8	450	33	25	16	24	1.95
17128352--17128959	78	7.7	78	81	6	647	33	25	15	24	1.95
17128352--17128904	118	4.7	118	78	8	493	33	25	16	24	1.95
17151454--17151975	40	13.2	40	74	10	396	24	17	25	32	1.97
17151463--17151989	78	6.7	78	84	3	610	23	17	25	32	1.97
17152117--17152225	42	2.6	42	82	5	141	20	25	13	40	1.89
17153376--17153420	13	3.5	13	79	11	56	2	15	0	82	0.77
17158413--17158593	30	6.1	30	81	6	163	36	6	24	32	1.80
17158413--17158593	59	3.1	59	76	7	170	36	6	24	32	1.80
17160754--17160809	28	2.1	28	80	12	64	14	17	10	57	1.65
17170099--17170140	19	2.2	20	91	4	68	73	2	2	21	1.06
17172153--17172253	50	2.0	50	82	3	123	24	21	18	34	1.96
17183998--17184040	20	2.2	20	87	8	61	72	4	2	20	1.14
17184019--17184052	11	3.1	11	91	8	52	70	2	0	26	1.01
17189229--17189528	53	5.7	53	82	2	327	35	21	15	28	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17189229--17189528	159	1.9	158	81	0	366	35	21	15	28	1.94
17195784--17195840	21	2.7	21	86	0	78	31	28	12	28	1.93
17196524--17196823	53	5.7	53	87	3	390	36	22	14	27	1.92
17196524--17196803	105	2.7	106	89	2	420	36	21	13	27	1.91
17196524--17196823	158	1.9	158	87	2	442	36	22	14	27	1.92
17199587--17199651	20	3.4	20	81	10	75	66	4	4	24	1.30
17200134--17200192	9	6.7	9	77	12	52	37	0	1	61	1.07
17200090--17200168	38	2.1	39	80	7	90	32	1	5	60	1.26
17200134--17200204	29	2.5	28	80	8	83	35	0	1	63	1.03
17200135--17200193	16	3.3	18	77	13	61	35	0	1	62	1.05
17203795--17203824	11	2.7	11	100	0	60	13	0	40	46	1.43
17222712--17223134	146	2.9	145	82	8	520	44	3	8	44	1.49
17223670--17223728	10	5.7	10	75	13	57	22	5	1	71	1.15
17225481--17225513	14	2.4	14	90	10	50	27	0	0	72	0.85
17225541--17225595	27	1.9	29	85	10	78	23	1	3	70	1.12
17225546--17225594	23	2.1	24	84	3	64	22	2	4	71	1.13
17228719--17228772	23	2.4	24	76	17	62	44	1	5	48	1.37
17228696--17228966	147	1.8	146	88	3	409	42	3	9	44	1.54
17233378--17233417	15	2.7	15	88	0	53	0	25	2	72	0.97
17254513--17254554	9	4.6	9	84	3	57	35	16	2	45	1.61
17258014--17258075	13	4.9	12	77	16	63	54	3	3	38	1.32
17258012--17258074	26	2.4	26	81	0	81	55	3	3	38	1.32
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17260880--17260957	31	2.5	31	76	12	88	21	20	19	38	1.94
17261036--17261152	58	2.0	60	86	3	166	41	13	19	24	1.88
17272794--17272834	16	2.4	17	92	8	66	46	2	0	51	1.14
17272987--17273081	44	2.1	46	84	7	124	36	25	4	33	1.75
17273063--17273102	16	2.5	16	100	0	80	35	30	0	35	1.58
17278160--17278192	18	1.9	17	88	11	50	36	15	6	42	1.71
17278506--17278893	204	1.9	204	98	0	749	33	22	18	25	1.97
17289168--17290446	215	6.0	217	80	6	1390	40	14	16	28	1.88
17289642--17291266	818	2.0	816	82	5	1947	40	15	16	27	1.88
17290458--17291954	430	3.5	431	82	4	1578	40	14	16	28	1.88
17290458--17291954	216	6.9	215	82	5	1436	40	14	16	28	1.88
17290546--17291954	646	2.2	645	81	5	1612	41	14	15	28	1.87
17292547--17292697	80	1.9	80	90	0	239	34	22	13	29	1.93
17293157--17294288	215	5.2	216	86	2	1558	39	15	17	28	1.90
17293156--17294288	432	2.6	429	86	3	1603	39	15	17	27	1.90
17294311--17296294	431	4.6	431	83	3	2344	28	16	14	40	1.87
17294288--17296294	216	9.3	215	81	3	2149	28	16	14	41	1.87
17296597--17296727	48	2.8	48	95	1	228	22	9	14	52	1.71
17296599--17296742	48	3.0	46	89	8	177	24	10	14	50	1.74
17297715--17298410	216	3.2	214	83	3	821	28	16	13	40	1.87
17298418--17298613	69	2.8	69	84	0	230	32	23	22	21	1.98
17299477--17299519	20	2.2	20	86	0	59	41	16	11	30	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17300673--17300722	24	2.0	25	96	3	93	50	0	42	8	1.32
17301754--17301798	22	2.0	22	82	0	54	22	8	6	62	1.48
17308294--17308726	191	2.3	191	91	1	688	24	19	26	28	1.99
17309412--17309462	21	2.4	21	87	6	68	29	11	23	35	1.90
17316571--17316610	17	2.4	17	87	8	55	52	10	20	17	1.72
17334597--17334622	12	2.2	12	100	0	52	30	23	0	46	1.53
17337569--17337633	25	2.6	25	80	2	67	27	18	23	30	1.97
17345009--17345041	16	2.1	16	88	5	50	21	6	33	39	1.78
17346433--17346473	17	2.3	18	87	4	57	19	19	12	48	1.80
17347439--17347518	26	3.1	26	79	0	88	26	20	22	31	1.98
17350570--17350718	43	3.5	43	89	5	214	37	12	22	27	1.90
17350570--17350731	84	1.9	86	83	2	211	37	11	24	26	1.90
17350743--17350839	40	2.4	40	85	0	131	44	9	22	23	1.82
17351989--17352038	17	2.9	17	87	0	73	46	10	22	22	1.81
17352473--17352499	13	2.1	13	100	0	54	7	29	0	62	1.22
17380732--17380772	19	2.2	19	86	0	55	29	14	26	29	1.95
17380802--17380881	35	2.3	35	89	4	117	33	15	21	30	1.94
17380802--17380893	35	2.6	35	86	6	98	35	14	21	28	1.92
17382589--17382663	25	3.0	25	90	0	114	33	25	18	22	1.97
17385019--17385089	19	3.7	18	74	10	70	67	4	0	28	1.09
17385025--17385099	39	1.9	38	89	7	116	62	4	1	32	1.22
17385019--17385098	19	4.2	19	73	9	65	66	3	1	28	1.17
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17385294--17385332	20	2.0	20	85	10	53	25	5	0	69	1.09
17385249--17385355	32	3.5	30	70	15	85	29	8	0	61	1.25
17385334--17385405	28	2.5	29	80	8	76	38	2	0	58	1.13
17387265--17387300	18	2.0	18	100	0	72	27	16	16	38	1.90
17394052--17394085	17	2.1	16	88	5	50	26	8	0	64	1.22
17401246--17401272	2	13.5	2	100	0	54	48	0	0	51	1.00
17404923--17404972	20	2.7	18	75	24	59	50	4	2	44	1.32
17410326--17410416	41	2.2	41	86	0	119	30	17	26	25	1.97
17410341--17410582	41	5.9	41	82	0	270	37	16	26	19	1.93
17412041--17412208	41	4.1	41	75	8	128	44	14	19	22	1.86
17415667--17415693	6	4.5	6	100	0	54	55	14	0	29	1.40
17422063--17422203	43	3.3	43	78	8	153	27	16	26	29	1.97
17422189--17422217	15	1.9	15	100	0	58	10	20	27	41	1.85
17427244--17427515	136	2.0	135	92	2	456	40	23	12	23	1.88
17427592--17427623	9	3.4	10	87	12	50	62	0	0	37	0.95
17428540--17428623	37	2.2	37	79	10	91	50	3	1	45	1.27
17428541--17428668	17	7.6	17	70	20	65	50	3	3	43	1.33
17428539--17428666	68	1.9	69	86	4	188	49	3	3	44	1.34
17446097--17446233	67	2.0	67	98	0	265	51	10	13	24	1.72
17449177--17449218	11	3.9	11	79	17	52	47	16	28	7	1.73
17455468--17455568	29	3.5	29	86	0	139	33	4	22	38	1.76
17455642--17455779	30	4.6	31	84	9	171	38	2	23	36	1.67
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17455605--17455779	60	2.9	61	85	5	250	38	1	23	36	1.65
17455605--17455779	90	2.0	89	83	7	221	38	1	23	36	1.65
17457506--17457550	17	2.6	17	85	3	54	53	4	2	40	1.33
17458615--17458648	18	1.9	18	88	5	52	50	14	2	32	1.58
17470767--17470972	60	3.5	61	79	8	158	34	3	28	33	1.74
17470804--17471048	30	8.2	30	82	2	262	35	2	26	35	1.69
17470887--17471048	59	2.7	59	91	1	252	37	1	24	36	1.64
17470882--17471062	89	2.0	89	84	4	231	38	2	25	33	1.69
17472766--17472845	6	13.8	6	72	12	69	53	3	2	40	1.32
17472761--17472845	17	5.0	16	81	8	89	52	3	2	41	1.31

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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