genome.fa.s11.2.7.7.80.10.50.1000.61.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: CP032255.1 Gossypioides kirkii chromosome KI_13
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  42971368

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  61  of  143  ( 17057 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19630782--19630839	17	3.5	17	86	11	68	53	6	0	39	1.28
19630792--19630840	18	2.8	18	87	9	66	55	4	0	40	1.19
19630807--19630861	24	2.3	24	80	0	65	50	5	1	41	1.36
19631709--19632641	152	5.9	152	89	4	1224	33	17	14	34	1.91
19631708--19632641	228	4.0	228	89	5	1271	33	17	14	34	1.91
19631709--19632559	76	11.0	76	84	7	1059	33	17	14	34	1.91
19632312--19632484	91	1.9	89	90	2	274	33	16	13	36	1.88
19632447--19632559	38	3.0	38	71	18	110	35	16	14	33	1.89
19632236--19632641	167	2.4	167	95	0	726	32	17	14	34	1.91
19632847--19632889	21	2.0	20	82	8	50	13	20	13	51	1.76
19632807--19632926	51	2.4	50	80	2	125	13	22	20	43	1.87
19632960--19633226	50	5.3	50	70	12	183	14	22	21	40	1.90
19632888--19633162	150	1.8	150	95	0	496	14	22	22	39	1.91
19632988--19633249	100	2.6	99	76	12	309	14	20	23	41	1.89
19632893--19633198	150	2.0	150	87	1	434	15	23	22	38	1.92
19639872--19639960	29	3.1	27	72	24	67	28	5	33	32	1.80
19639881--19639968	29	3.0	28	71	25	83	29	4	35	30	1.78
19639881--19640021	59	2.4	58	88	4	203	31	3	34	31	1.75
19639978--19640193	29	7.4	29	68	10	111	31	2	31	34	1.72
19640000--19640166	59	2.8	57	83	10	212	30	2	32	33	1.73
19639919--19640094	88	2.0	89	91	4	288	32	2	32	31	1.73
19639919--19640171	87	2.9	85	82	10	219	32	2	32	32	1.72
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19639884--19640193	146	2.1	147	88	3	448	30	3	32	33	1.74
19640115--19640193	30	2.7	30	83	11	85	30	3	29	36	1.75
19640000--19640193	59	3.3	56	80	7	176	30	3	32	34	1.73
19640981--19641011	16	2.0	16	93	6	55	32	29	25	12	1.93
19642096--19642153	17	3.5	17	86	11	68	53	6	0	39	1.28
19642106--19642154	18	2.8	18	87	9	66	55	4	0	40	1.19
19642121--19642175	24	2.3	24	80	0	65	50	5	1	41	1.36
19642391--19642438	19	2.6	18	87	6	69	45	8	0	45	1.33
19644865--19645030	43	3.8	44	85	4	221	31	22	9	35	1.87
19644865--19645131	87	3.1	86	82	9	305	31	25	9	34	1.87
19644966--19645162	42	4.6	42	84	5	218	29	26	10	32	1.90
19650663--19650701	20	2.0	19	85	5	51	74	0	10	15	1.07
19650587--19650840	130	2.0	130	100	0	508	45	7	15	31	1.75
19650793--19650831	20	2.0	19	85	5	51	74	0	10	15	1.07
19652787--19652812	7	3.7	7	100	0	52	46	42	0	11	1.40
19652781--19652814	14	2.4	15	85	14	54	44	41	0	14	1.45
19653140--19653182	17	2.4	18	85	11	54	30	0	6	62	1.21
19653140--19653232	42	2.2	42	78	3	98	36	1	4	58	1.25
19653331--19653411	17	4.7	17	74	19	62	35	0	3	60	1.15
19653313--19653408	43	2.2	43	83	10	124	34	0	3	62	1.11
19660889--19661231	161	2.1	161	83	3	420	35	8	19	37	1.81
19663237--19663281	22	2.0	22	100	0	90	40	28	4	26	1.75
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19663407--19663462	22	2.5	22	75	16	62	26	3	8	60	1.43
19674064--19674115	20	2.5	21	79	20	65	25	25	11	38	1.89
19674283--19674338	20	2.8	20	88	0	76	30	28	10	30	1.91
19690179--19690251	17	4.3	17	78	0	74	43	5	26	24	1.75
19698630--19699073	193	2.3	195	85	3	576	25	27	18	27	1.98
19699548--19699579	16	2.0	16	93	0	55	25	18	3	53	1.59
19702827--19702879	20	2.7	20	85	8	65	28	28	9	33	1.88
19703065--19703113	20	2.4	21	80	10	57	24	28	14	32	1.94
19711563--19711587	5	5.0	5	100	0	50	80	0	0	20	0.72
19713272--19713302	16	1.9	16	93	0	53	22	16	0	61	1.34
19716691--19716840	37	4.0	38	79	4	108	36	26	10	26	1.89
19717703--19717733	16	1.9	16	93	0	53	22	16	0	61	1.34
19748806--19748856	16	3.1	16	83	8	50	58	3	0	37	1.16
19748814--19748861	16	2.9	16	81	6	51	56	4	0	39	1.19
19749009--19749046	20	1.9	20	84	10	51	28	7	7	55	1.57
19762978--19763033	28	2.0	28	100	0	112	25	28	14	32	1.94
19765933--19765971	20	2.0	20	89	0	60	48	2	10	38	1.51
19768359--19768424	22	3.0	22	91	4	107	42	18	6	33	1.75
19768360--19768437	21	3.7	21	89	3	104	42	16	7	33	1.77
19769903--19769930	14	2.0	14	100	0	56	50	0	28	21	1.49
19771536--19771620	21	4.0	22	81	4	102	44	15	7	32	1.73
19771536--19771620	43	2.0	43	90	4	136	44	15	7	32	1.73
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19773599--19773651	23	2.4	21	75	9	52	52	0	0	47	1.00
19777937--19778028	30	3.1	30	84	3	123	27	18	28	26	1.98
19778899--19778927	14	2.1	14	100	0	58	37	6	34	20	1.80
19779970--19780026	29	2.1	28	83	9	73	43	17	1	36	1.60
19780453--19781299	419	2.0	419	96	0	1579	38	22	9	29	1.86
19786841--19786975	30	4.6	30	68	16	93	26	17	10	45	1.80
19786926--19787037	59	1.9	58	82	8	138	23	16	11	48	1.79
19786841--19787030	89	2.1	88	81	4	222	24	17	12	45	1.83
19787196--19787364	59	2.9	58	84	3	223	47	11	15	24	1.79
19788594--19788641	24	2.0	24	100	0	96	37	12	25	25	1.91
19791782--19791832	22	2.3	22	83	10	68	3	23	0	72	1.01
19791785--19791823	16	2.5	15	84	12	51	0	20	0	79	0.73
19802228--19802272	19	2.5	18	89	7	65	46	2	2	48	1.26
19806674--19806791	27	4.4	27	76	8	123	30	23	12	33	1.92
19810832--19810906	37	2.0	37	92	0	123	32	10	24	33	1.89
19811427--19811456	14	2.2	14	94	5	53	30	23	10	36	1.87
19816482--19816520	21	1.9	21	89	5	62	12	15	7	64	1.49
19818340--19818370	12	2.5	13	94	5	55	64	0	35	0	0.94
19819421--19819465	17	2.6	18	82	3	56	77	2	17	2	0.97
19820994--19821023	14	2.2	14	94	5	53	30	23	10	36	1.87
19829701--19829733	6	5.5	6	86	13	50	81	0	18	0	0.68
19829695--19829733	12	3.5	11	83	16	53	82	0	17	0	0.68
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19829695--19829734	13	3.4	12	87	12	57	82	0	17	0	0.67
19831955--19831997	20	2.2	20	100	0	86	37	23	13	25	1.92
19833619--19833675	17	3.4	16	72	11	51	50	10	22	15	1.74
19838301--19838347	23	2.0	23	95	0	85	27	23	14	34	1.94
19847952--19847993	19	2.2	20	87	12	61	16	7	7	69	1.34
19851475--19851516	21	2.0	21	86	4	59	35	4	21	38	1.75
19853992--19854025	13	2.6	14	90	9	54	5	17	0	76	0.98
19865344--19865449	37	2.7	38	78	5	106	34	26	16	21	1.95
19870509--19870539	4	8.0	4	92	7	55	51	0	0	48	1.00
19890943--19891094	26	5.8	26	84	1	189	25	23	19	30	1.98
19894142--19894539	217	1.8	217	93	0	697	34	17	9	38	1.82
19899570--19899617	21	2.3	21	89	3	71	39	22	10	27	1.87
19905714--19905744	15	2.1	15	93	0	53	38	45	6	9	1.63
19907650--19907773	59	2.1	60	84	6	162	38	2	9	49	1.49
19915140--19915281	72	2.0	72	98	0	275	42	9	17	30	1.80
19916525--19916811	43	6.7	43	84	4	357	27	26	18	27	1.98
19916531--19916814	85	3.3	84	81	4	338	26	26	19	28	1.98
19917104--19917236	66	2.0	65	86	1	185	15	25	18	41	1.89
19922998--19923080	26	3.3	26	68	13	84	40	0	9	49	1.36
19922992--19923086	48	2.0	48	97	0	181	41	0	9	49	1.35
19926795--19926829	17	2.1	17	88	0	52	5	20	25	48	1.71
19926812--19926919	40	2.6	41	77	8	112	18	25	15	39	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19926890--19926950	30	2.0	30	93	0	104	16	29	14	39	1.88
19927469--19927543	34	2.2	35	85	7	100	25	21	26	26	1.99
19927599--19927780	75	2.4	75	84	1	222	27	18	18	35	1.94
19927469--19927704	110	2.2	109	81	5	271	24	20	23	31	1.98
19930260--19930318	24	2.5	24	77	0	73	25	11	11	50	1.73
19932230--19932269	16	2.5	16	100	0	80	22	5	27	45	1.73
19932896--19932944	20	2.5	20	89	0	71	36	8	8	46	1.63
19936268--19936342	37	2.0	37	100	0	150	33	2	18	45	1.64
19937475--19937663	81	2.3	81	90	0	297	20	19	27	32	1.97
19937699--19937855	81	1.9	82	82	6	194	22	15	26	34	1.95

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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