genome.fa.s11.2.7.7.80.10.50.1000.76.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: CP032255.1 Gossypioides kirkii chromosome KI_13
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  42971368

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24703943--24703991	24	2.0	24	88	0	71	57	6	6	30	1.48
24704545--24704780	79	3.0	78	91	1	355	25	20	17	36	1.95
24705174--24705274	50	2.0	50	84	7	134	49	12	11	25	1.75
24706967--24707018	23	2.3	22	90	9	86	40	32	11	15	1.83
24709850--24709884	13	2.8	13	91	4	54	40	2	2	54	1.30
24726422--24726484	24	2.6	24	84	0	81	23	14	11	50	1.74
24728848--24728906	23	2.6	23	100	0	118	37	18	10	33	1.85
24730778--24730825	25	1.9	25	87	8	71	18	25	14	41	1.88
24730983--24731024	21	2.1	20	91	8	68	4	4	16	73	1.17
24731056--24731121	33	2.0	33	90	0	105	9	9	16	65	1.46
24731118--24731194	37	2.1	37	87	0	109	24	6	3	64	1.34
24731289--24731561	21	13.1	21	76	12	199	24	2	16	55	1.55
24731326--24731567	79	2.9	78	81	13	279	23	2	16	56	1.52
24731326--24731561	88	2.9	77	79	14	247	24	2	16	56	1.53
24731467--24731528	23	2.7	23	79	0	70	32	0	14	53	1.41
24731519--24731563	12	4.1	11	81	18	58	17	2	17	62	1.43
24733297--24733345	21	2.3	22	82	10	66	30	26	12	30	1.92
24734389--24734426	20	1.9	20	84	10	51	10	31	2	55	1.48
24734991--24735037	15	3.0	15	80	17	51	38	23	19	19	1.93
24736232--24736295	30	2.2	28	78	10	67	31	1	10	56	1.43
24736534--24736571	8	4.9	8	83	3	51	39	0	7	52	1.31
24736541--24736573	16	2.1	16	94	0	57	39	0	6	54	1.25
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24740928--24741178	58	4.3	58	89	3	353	35	1	27	35	1.68
24741019--24741233	29	7.5	28	75	19	167	35	1	26	36	1.67
24740965--24741236	116	2.3	116	83	7	329	34	1	26	37	1.68
24742386--24742434	21	2.1	24	85	14	68	44	0	0	55	0.99
24742386--24742436	19	2.7	19	85	8	61	45	0	0	54	0.99
24743101--24743162	29	2.1	28	82	11	72	16	14	29	40	1.88
24743190--24743255	6	11.7	6	70	12	50	56	3	1	39	1.24
24743190--24743258	11	6.2	11	72	12	52	53	2	1	42	1.24
24743192--24743228	17	2.2	17	95	0	65	54	5	2	37	1.38
24743221--24743264	17	2.6	18	85	10	65	59	4	0	36	1.18
24747145--24747323	52	3.5	52	91	0	279	35	25	13	25	1.93
24749637--24749778	76	1.9	72	86	9	198	51	4	31	11	1.60
24754771--24755000	114	2.0	114	87	5	329	42	17	13	26	1.87
24761129--24761236	53	2.0	53	90	0	171	37	12	12	37	1.80
24768469--24768511	22	1.9	23	90	4	70	37	0	2	60	1.10
24773567--24773592	8	3.2	8	100	0	52	88	0	11	0	0.52
24779674--24779730	29	2.0	29	100	0	114	28	14	10	47	1.76
24779675--24779737	29	2.2	29	94	0	108	28	15	11	44	1.81
24781176--24781244	34	2.0	34	97	0	129	42	8	18	30	1.81
24783890--24783932	14	3.2	13	83	9	59	81	2	13	2	0.89
24783894--24783963	19	3.7	19	71	17	56	81	4	11	2	0.94
24783888--24783965	15	5.1	14	71	13	57	79	3	14	2	0.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24784279--24784541	104	2.5	104	85	2	350	28	22	10	38	1.87
24785015--24785541	49	10.7	50	74	5	292	36	16	29	18	1.93
24785027--24785167	47	2.9	48	75	7	133	35	17	29	18	1.93
24785020--24785231	97	2.2	98	82	7	268	36	14	29	19	1.91
24785204--24785398	99	2.0	98	79	2	212	37	17	28	16	1.91
24785127--24785526	148	2.7	145	77	6	376	36	16	29	18	1.92
24785317--24785451	48	2.8	48	82	2	182	34	17	31	17	1.92
24785827--24786329	41	12.6	39	82	5	495	29	27	17	26	1.97
24785830--24786329	80	6.2	80	82	5	512	29	27	17	26	1.97
24785829--24786290	121	3.8	120	82	4	520	29	26	17	26	1.98
24798688--24798713	13	2.0	13	100	0	52	84	0	0	15	0.62
24804917--24804945	10	2.7	11	89	10	51	31	0	0	68	0.89
24805788--24805835	11	4.3	11	77	15	53	64	2	0	33	1.05
24805784--24805827	23	1.9	23	90	0	70	61	4	0	34	1.16
24805790--24805838	23	2.1	23	85	7	64	63	2	0	34	1.06
24812746--24812822	26	3.0	24	83	7	82	20	11	23	44	1.84
24812721--24812822	52	2.0	52	82	7	127	19	12	24	43	1.86
24819540--24819596	17	3.4	17	77	0	60	35	1	8	54	1.42
24821200--24821334	29	4.6	30	75	9	127	36	23	2	37	1.70
24821221--24821439	29	7.6	29	73	8	151	35	26	2	36	1.71
24821200--24821478	87	3.2	87	80	5	285	36	25	2	35	1.70
24821358--24821549	29	6.6	29	77	8	128	36	28	2	32	1.69
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24821416--24821602	58	3.2	58	83	6	202	36	28	3	31	1.75
24821416--24821556	29	4.9	29	85	3	169	37	28	3	30	1.74
24821598--24821673	29	2.5	30	74	4	73	31	21	7	39	1.82
24834737--24834826	24	3.7	23	89	8	135	24	21	24	30	1.99
24839682--24839784	36	2.9	36	86	2	145	35	21	12	30	1.90
24839864--24840175	23	13.6	23	88	0	453	47	13	6	33	1.68
24849629--24849665	6	6.2	6	87	0	56	62	2	18	16	1.45
24849626--24849663	12	3.2	12	96	0	67	57	5	18	18	1.58
24856117--24856153	18	2.2	18	85	9	51	62	0	2	35	1.10
24856586--24856695	55	2.0	55	100	0	220	50	3	3	41	1.37
24856614--24856710	27	3.6	27	70	22	94	50	3	2	44	1.29
24857851--24857904	4	13.2	4	81	11	56	66	0	33	0	0.92
24861187--24861233	21	2.2	21	85	7	60	23	14	38	23	1.92
24861336--24861372	12	3.3	12	85	14	53	0	48	0	51	1.00
24863694--24863736	21	2.1	21	86	4	61	58	13	2	25	1.48
24863541--24863730	92	2.0	94	92	6	323	48	12	3	35	1.57
24864031--24864076	12	4.0	12	80	11	60	58	0	0	41	0.98
24864029--24864071	22	2.0	22	100	0	86	55	0	0	44	0.99
24864095--24864162	18	3.6	19	83	11	86	0	36	1	61	1.05
24864110--24864184	4	19.5	4	78	17	52	0	32	0	68	0.90
24864109--24864158	7	6.9	7	90	6	73	0	38	0	62	0.96
24864092--24864166	21	3.3	23	82	14	86	0	36	1	62	1.04
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24864090--24864184	17	5.4	18	75	16	74	0	32	1	66	0.99
24864110--24864188	21	3.7	22	81	8	92	0	32	0	67	0.91
24871875--24871921	3	15.7	3	100	0	94	34	0	0	65	0.93
24872066--24872090	13	1.9	13	100	0	50	40	4	0	56	1.18
24874714--24874764	25	2.0	25	84	0	66	54	5	1	37	1.36
24876800--24876885	26	3.3	26	95	0	145	25	23	31	19	1.98
24878387--24878507	35	3.5	35	78	7	147	25	26	17	30	1.97
24878358--24878515	71	2.2	70	89	3	246	25	24	17	32	1.97
24885958--24886159	35	5.7	35	71	10	160	28	25	15	30	1.96
24885958--24886167	71	3.0	70	86	2	294	28	24	16	31	1.96
24886735--24886763	6	4.8	6	100	0	58	68	0	0	31	0.89
24888571--24889002	58	7.4	58	86	4	559	34	30	2	33	1.71
24888572--24889002	117	3.7	116	87	4	591	34	30	2	33	1.71
24888571--24889002	175	2.5	175	87	4	595	34	30	2	33	1.71
24888842--24888937	29	3.2	29	67	22	74	32	31	2	34	1.70
24901173--24901422	113	2.2	114	94	0	439	37	21	22	19	1.94
24901486--24901736	114	2.2	114	97	0	466	38	21	21	18	1.93
24901155--24902288	314	3.5	314	87	5	1452	36	21	22	18	1.95
24901600--24902088	200	2.4	200	93	0	834	36	22	22	18	1.95
24901914--24902246	152	2.2	152	92	0	540	36	21	21	20	1.96
24904509--24904692	30	6.3	30	76	16	138	34	30	2	32	1.70
24904508--24904736	59	3.9	57	77	16	152	33	30	2	34	1.70
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24904509--24904677	89	1.9	89	92	2	288	34	32	1	31	1.68
24904609--24904700	29	3.2	26	72	22	69	31	30	1	36	1.65
24904539--24904720	30	6.2	28	73	17	97	34	30	2	32	1.70
24904578--24904724	58	2.5	59	85	5	201	34	29	2	34	1.69
24904569--24904757	58	3.2	57	77	14	181	35	26	2	34	1.71
24907075--24907118	23	1.9	23	82	17	56	34	15	11	38	1.84
24911323--24911389	31	2.2	31	86	5	91	32	22	11	32	1.90
24912056--24912096	21	2.0	21	85	9	57	60	0	0	39	0.96
24913117--24913217	38	2.6	40	71	10	100	21	19	28	29	1.98
24918002--24918046	24	1.9	23	86	13	65	42	6	11	40	1.67

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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