genome.fa.s11.2.7.7.80.10.50.1000.8.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: CP032255.1 Gossypioides kirkii chromosome KI_13
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  42971368

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2434193--2434357	42	3.9	42	77	9	140	27	47	6	18	1.73
2434453--2434552	45	2.2	45	85	0	128	24	47	9	20	1.78
2434499--2434652	84	1.9	82	82	10	197	24	51	8	14	1.70
2434497--2434672	42	4.2	42	74	9	137	24	51	8	15	1.72
2434766--2435328	42	13.4	42	70	6	255	28	46	7	16	1.75
2435335--2436042	42	16.9	42	70	13	206	27	47	7	16	1.74
2435376--2435443	21	3.2	21	70	15	59	26	45	5	22	1.75
2435523--2435590	21	3.2	21	66	22	52	29	52	5	11	1.61
2435521--2435953	168	2.6	168	76	7	396	29	45	8	17	1.78
2435452--2436042	42	14.2	42	73	8	359	28	47	8	16	1.75
2436091--2436252	42	3.8	40	79	8	128	31	42	7	18	1.78
2436091--2436409	126	2.5	125	75	8	288	31	43	6	18	1.75
2436315--2436455	42	3.4	42	79	5	135	30	43	7	18	1.76
2436478--2436523	21	2.2	21	84	0	56	23	63	4	8	1.42
2436511--2436607	21	4.7	20	72	12	70	19	52	1	26	1.53
2436708--2436785	24	3.5	23	70	25	78	21	64	3	10	1.41
2436727--2436907	21	8.6	20	67	16	73	21	56	4	16	1.59
2436775--2436845	18	3.6	18	71	20	52	25	52	5	16	1.66
2436850--2437135	21	13.4	20	67	19	125	20	55	3	19	1.58
2436925--2437188	21	12.6	21	67	15	136	21	55	4	18	1.59
2437091--2437169	24	3.6	23	74	20	87	18	56	3	20	1.56
2436438--2437195	42	17.8	42	80	5	711	21	54	4	19	1.61
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2437231--2437291	21	2.9	22	72	18	58	22	50	8	18	1.73
2437165--2437283	63	1.9	63	82	0	148	23	50	6	19	1.71
2437125--2437324	105	1.9	105	80	4	233	22	52	6	19	1.67
2437527--2437583	24	2.4	25	74	17	66	29	43	7	19	1.77
2437554--2437717	60	2.7	60	83	5	208	27	43	6	22	1.78
2440967--2441026	21	2.8	22	85	5	79	31	20	16	31	1.95
2445526--2445580	28	2.0	28	100	0	110	21	30	18	29	1.97
2449186--2449357	23	7.5	23	80	8	163	43	21	23	11	1.84
2449235--2449357	46	2.7	46	88	2	185	43	21	23	11	1.85
2449186--2449333	69	2.2	66	85	9	190	44	20	22	11	1.84
2456546--2456717	23	7.5	23	79	8	154	44	21	23	11	1.84
2456595--2456717	46	2.7	46	87	2	176	43	21	22	11	1.84
2456546--2456693	69	2.2	66	84	9	181	45	20	22	11	1.83
2464502--2465050	77	7.0	77	87	3	819	48	9	12	29	1.71
2464502--2465050	158	3.5	158	96	1	989	48	9	12	29	1.71
2466610--2466778	42	4.0	41	81	3	142	24	52	5	17	1.66
2466666--2466759	21	4.5	21	75	10	93	21	54	6	18	1.65
2466666--2467233	84	6.8	82	74	8	394	26	48	7	17	1.74
2466628--2467274	42	15.5	42	77	6	228	26	48	7	17	1.73
2466706--2467175	126	3.7	125	78	8	309	27	47	7	17	1.74
2466958--2467024	21	3.2	21	72	16	66	28	49	5	16	1.69
2466970--2467036	21	3.2	21	79	8	91	26	49	5	17	1.70
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2466970--2467045	21	3.6	21	77	7	82	26	46	9	18	1.79
2466873--2467325	126	3.6	125	79	8	404	27	47	8	17	1.76
2467527--2467672	21	7.0	21	62	12	57	22	52	6	18	1.69
2467710--2467777	21	3.2	20	67	22	50	26	48	8	16	1.75
2467723--2467789	21	3.2	20	68	16	55	29	46	8	14	1.76
2468025--2468173	21	7.1	21	64	14	65	31	48	5	14	1.67
2468313--2468460	21	7.0	22	70	17	64	27	52	6	14	1.66
2468361--2469395	21	49.4	21	74	5	624	21	55	6	15	1.63
2467437--2469388	42	46.5	42	76	5	1292	24	51	6	16	1.68
2469371--2469503	42	3.2	45	65	22	115	33	47	3	15	1.64
2469373--2469538	81	2.0	81	90	0	260	32	45	3	18	1.66
2469491--2469781	120	2.4	120	87	1	413	27	43	7	22	1.79
2469491--2469781	60	4.8	60	84	0	375	27	43	7	22	1.79
2470730--2471225	235	2.1	238	85	4	664	45	6	10	37	1.64
2482116--2482165	21	2.3	22	83	13	68	22	14	6	58	1.58
2485398--2485455	27	2.1	27	96	0	107	20	22	17	39	1.92
2486375--2486502	61	2.1	61	81	5	152	41	14	5	38	1.69
2487493--2487531	14	3.0	13	88	7	53	46	0	0	53	1.00
2487566--2487610	20	2.2	20	84	4	54	62	0	4	33	1.15
2487585--2487650	30	2.2	31	83	8	82	60	1	1	36	1.15
2488945--2489010	33	2.0	33	100	0	132	33	6	21	39	1.78
2493531--2493571	22	2.0	20	85	9	55	31	9	4	53	1.55
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2494313--2494349	18	2.1	17	90	5	56	59	0	0	40	0.97
2499533--2499557	13	1.9	13	100	0	50	20	0	32	48	1.50
2507732--2507881	80	1.9	80	100	0	300	38	10	11	39	1.76
2512066--2512090	2	12.5	2	100	0	50	0	0	52	48	1.00
2513493--2513559	33	2.0	33	100	0	134	32	17	14	34	1.91
2516020--2516070	5	10.0	5	79	12	50	0	29	0	70	0.87
2516019--2516080	19	3.4	19	93	4	101	0	32	0	67	0.91
2516012--2516069	17	3.7	16	78	17	68	0	31	0	68	0.89
2518039--2518069	16	1.9	16	100	0	62	41	6	0	51	1.27
2518759--2518866	55	1.9	57	81	10	134	47	4	8	39	1.54
2518928--2518993	18	3.7	18	68	13	55	60	1	0	37	1.06
2522665--2522720	11	4.7	11	72	23	51	44	3	1	50	1.29
2522630--2522720	37	2.6	37	86	6	127	43	4	2	49	1.34
2527295--2527352	30	1.9	31	82	10	75	62	17	12	8	1.54
2527998--2528039	21	2.0	21	100	0	84	19	23	33	23	1.97
2528792--2528827	18	1.9	19	88	5	56	33	0	0	66	0.92
2537521--2537592	16	4.5	16	82	0	63	40	6	19	33	1.78
2541734--2541781	16	3.1	15	82	11	53	39	0	2	58	1.10
2542387--2542426	19	2.1	19	85	0	53	50	10	5	35	1.58
2543418--2543456	16	2.3	16	86	8	51	25	2	0	71	0.98
2543417--2543459	17	2.4	17	81	18	52	25	2	0	72	0.97
2543425--2543471	7	5.8	8	79	20	53	25	2	0	72	0.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2549798--2549835	20	1.9	20	88	0	58	31	13	15	39	1.86
2550880--2550909	15	1.9	16	93	6	53	53	3	10	33	1.51
2552391--2552510	57	2.1	57	83	6	147	27	20	16	35	1.94
2552865--2552918	24	2.2	24	96	0	99	37	29	25	7	1.83
2554044--2554145	53	2.0	51	90	3	159	38	20	21	19	1.94
2554279--2554447	64	2.6	63	83	10	193	37	16	19	26	1.93
2554279--2554485	62	3.3	61	77	11	202	36	16	20	26	1.94
2558369--2558407	20	1.9	21	89	5	62	79	2	12	5	1.00
2560406--2560432	14	1.9	14	100	0	54	44	11	7	37	1.68
2565577--2565622	24	1.9	25	86	8	69	54	6	4	34	1.46
2566879--2567046	83	2.0	83	98	0	327	32	7	7	52	1.57
2569395--2569482	41	2.1	41	85	4	124	54	9	4	31	1.52
2574101--2574173	23	3.2	23	82	3	76	61	12	9	16	1.56
2574123--2574184	23	2.7	23	84	0	61	59	12	12	14	1.61
2576942--2576967	6	4.3	6	100	0	52	0	0	69	30	0.89
2579743--2579777	6	5.8	6	100	0	70	0	0	68	31	0.90
2586656--2586702	19	2.4	19	85	3	58	55	6	0	38	1.26
2586686--2586742	24	2.3	24	82	8	62	57	3	0	38	1.16
2586706--2586757	22	2.5	22	78	9	56	59	1	1	36	1.19
2589815--2589848	18	1.9	17	88	5	50	58	0	0	41	0.98
2590151--2590211	3	19.7	3	93	6	104	3	32	0	63	1.10
2590256--2590283	9	3.1	9	100	0	56	32	35	10	21	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2599124--2599161	20	1.9	20	94	0	67	44	15	15	23	1.85
2602739--2602768	2	15.0	2	92	0	51	53	0	46	0	1.00
2602735--2602767	10	3.3	10	95	0	57	57	0	42	0	0.98
2617781--2617809	6	4.8	6	100	0	58	65	0	34	0	0.93
2619805--2619847	22	2.0	22	86	9	61	39	9	6	44	1.64
2620095--2620486	41	9.3	40	72	14	204	26	25	26	21	1.99
2620259--2620358	52	1.9	52	85	4	139	24	25	30	21	1.99
2620177--2620422	134	1.8	134	83	5	327	26	28	26	19	1.99
2620688--2620806	44	2.7	43	80	3	121	15	46	10	28	1.78
2622689--2622729	20	2.0	22	85	9	59	63	0	0	36	0.95

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
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