genome.fa.s11.2.7.7.80.10.50.1000.28.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: CP032255.1 Gossypioides kirkii chromosome KI_13
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  42971368

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  28  of  143  ( 17057 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8229045--8229181	51	2.6	52	80	7	145	32	12	24	30	1.92
8234935--8234972	20	1.9	20	84	10	51	65	2	13	18	1.37
8235958--8236135	51	3.4	50	82	4	203	34	13	21	30	1.92
8237449--8237500	25	2.0	26	81	7	61	40	15	9	34	1.80
8241598--8241768	19	9.0	19	80	2	173	28	17	29	25	1.97
8241598--8241768	38	4.5	38	82	2	191	28	17	29	25	1.97
8244110--8244315	53	3.9	53	94	1	333	32	21	16	29	1.96
8244110--8244315	105	2.0	105	94	0	358	32	21	16	29	1.96
8244295--8244335	20	2.0	20	90	0	64	31	12	14	41	1.83
8244242--8244379	73	1.9	73	90	0	222	32	18	16	32	1.93
8244880--8244911	16	2.0	16	93	0	55	25	18	3	53	1.59
8264831--8264883	22	2.4	22	74	0	52	20	9	9	60	1.55
8267688--8267713	11	2.4	11	100	0	52	30	7	15	46	1.74
8267635--8267729	49	1.9	49	93	0	163	33	10	10	45	1.73
8281594--8281625	13	2.4	14	89	10	57	0	6	15	78	0.95
8287035--8287417	49	7.9	48	73	10	271	16	25	19	38	1.92
8287039--8287318	97	2.9	96	85	4	343	16	25	19	38	1.92
8302678--8302760	6	14.0	6	80	9	73	79	0	20	0	0.73
8302675--8302755	7	11.9	7	73	20	57	79	0	20	0	0.74
8302682--8302760	11	6.7	11	76	21	72	79	0	20	0	0.73
8303678--8303733	21	2.7	21	66	20	53	37	14	25	23	1.92
8304010--8305084	94	11.5	93	65	13	299	31	17	26	24	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8303825--8305134	561	2.3	559	83	3	1597	31	17	25	25	1.97
8303825--8305182	189	7.2	189	82	4	1490	32	17	25	24	1.97
8305741--8305779	18	2.2	18	86	9	53	74	10	15	0	1.07
8307047--8307081	17	2.1	17	88	0	52	22	0	0	77	0.78
8319191--8319251	28	2.2	29	80	14	74	32	9	9	47	1.70
8320350--8320383	7	4.9	7	88	0	50	20	0	35	44	1.52
8320347--8320383	14	2.6	14	86	0	56	24	0	32	43	1.55
8321454--8321543	29	3.1	29	85	7	130	36	4	11	47	1.59
8323088--8323133	24	1.9	24	95	0	83	63	17	4	15	1.47
8328518--8328561	23	2.0	22	86	4	61	38	0	15	45	1.47
8336516--8336540	9	2.8	9	100	0	50	44	0	0	56	0.99
8343730--8343770	16	2.5	17	88	4	57	58	4	36	0	1.20
8344862--8344902	16	2.6	15	88	7	55	73	0	21	4	1.02
8350042--8350142	21	5.3	20	63	26	58	35	34	18	10	1.86
8350022--8350202	37	4.9	37	84	2	229	34	32	18	14	1.91
8350016--8350202	74	2.5	74	87	3	268	34	31	18	14	1.92
8352353--8352481	64	2.0	64	93	0	222	35	24	11	28	1.90
8357378--8357578	37	5.5	37	86	2	271	34	31	18	14	1.91
8357378--8357578	72	2.7	74	86	3	282	34	31	18	14	1.91
8361812--8361850	19	2.0	20	85	5	53	58	2	7	30	1.39
8364798--8365242	41	10.9	41	84	4	524	31	20	30	16	1.95
8364798--8365242	123	3.6	122	87	4	585	31	20	30	16	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8365308--8365345	15	2.5	15	91	0	58	36	26	0	36	1.57
8367242--8367388	65	2.2	66	89	1	215	44	17	23	14	1.85
8367384--8367423	21	1.9	21	89	0	62	35	20	45	0	1.51
8367636--8367664	15	1.9	15	100	0	58	13	3	34	48	1.60
8367733--8367873	43	3.3	42	92	4	228	24	23	30	21	1.99
8371023--8371065	21	2.0	21	90	0	68	23	6	11	58	1.57
8373480--8373579	39	2.6	39	85	1	130	38	4	9	49	1.53
8377776--8377828	20	2.7	20	79	8	54	30	28	11	30	1.91
8379534--8379558	9	2.8	9	100	0	50	48	8	24	20	1.76
8380686--8380751	33	2.0	33	82	5	80	36	6	21	36	1.78
8380898--8380950	20	2.7	20	79	8	54	30	28	11	30	1.91
8390372--8390414	16	2.9	15	80	10	52	30	18	4	46	1.69
8390383--8390414	16	2.0	16	93	0	55	25	18	3	53	1.59
8394526--8394706	51	3.5	51	87	0	263	30	13	22	33	1.93
8397675--8397751	38	2.0	38	97	0	145	24	15	24	35	1.94
8400790--8400970	51	3.5	51	90	0	254	30	13	23	32	1.93
8401722--8401774	21	2.6	19	77	16	52	32	11	22	33	1.90
8403753--8403959	80	2.6	80	86	1	317	34	26	18	20	1.96
8404233--8404280	2	24.0	2	100	0	96	50	0	0	50	1.00
8412952--8412998	21	2.1	22	84	7	60	40	2	0	57	1.11
8414110--8414147	13	2.9	13	92	0	58	78	5	7	7	1.07
8415822--8415852	9	3.4	9	90	0	53	16	35	0	48	1.46
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8416600--8417007	23	17.7	23	88	0	591	33	4	14	47	1.65
8421186--8421233	18	2.7	18	75	12	53	14	25	39	20	1.91
8424462--8424514	26	2.0	26	96	0	97	41	0	28	30	1.56
8443063--8443229	28	6.0	28	77	5	79	29	22	14	32	1.94
8443105--8443234	55	2.4	55	84	2	172	29	26	14	30	1.95
8443103--8443234	27	4.8	27	79	6	140	28	25	14	31	1.95
8447168--8447280	37	3.1	37	84	2	138	34	23	13	29	1.92
8449891--8449924	16	2.2	15	89	5	50	82	0	17	0	0.67
8450358--8450430	37	1.9	38	86	2	103	23	27	20	28	1.99
8450438--8450553	37	3.1	37	81	2	117	30	21	16	31	1.95
8450543--8450597	26	2.1	26	93	0	92	25	21	23	29	1.99
8454013--8454115	28	3.5	30	82	10	131	48	0	0	49	1.14
8454033--8454086	16	3.6	16	71	19	53	48	0	0	51	1.00
8462057--8462099	18	2.7	15	77	19	50	32	27	13	25	1.94
8462063--8462105	18	2.4	18	100	0	86	37	25	9	27	1.87
8471914--8471960	23	2.0	24	84	12	62	17	12	8	61	1.55
8474501--8474590	13	6.8	13	73	12	51	18	20	21	40	1.92
8474495--8474545	26	1.9	27	88	4	77	19	31	19	29	1.97
8474531--8474598	19	3.4	19	77	6	64	20	17	19	42	1.89
8475645--8475683	20	2.0	20	85	10	53	28	0	10	61	1.28
8478567--8478603	3	12.3	3	100	0	74	67	0	0	32	0.91
8480715--8480762	14	3.5	14	77	5	53	14	31	20	33	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8490151--8490273	23	5.3	23	87	0	183	47	14	3	34	1.61
8497742--8497784	18	2.4	17	81	11	50	65	6	0	27	1.18
8498333--8498377	15	2.9	16	78	18	51	48	2	2	46	1.26
8499906--8500089	59	3.1	59	74	6	174	47	11	14	25	1.78
8502230--8502268	20	1.9	21	84	5	53	46	28	0	25	1.53
8502485--8502527	18	2.4	17	81	11	50	60	2	2	34	1.22
8504190--8504222	17	1.9	17	100	0	66	48	15	24	12	1.78
8509387--8509416	16	1.9	16	93	6	53	66	0	13	20	1.24
8509529--8509798	29	9.2	29	75	10	203	34	4	27	33	1.77
8509529--8509797	58	4.6	58	76	12	239	34	4	27	33	1.77
8511374--8511469	6	16.0	6	73	20	76	53	5	1	40	1.30
8511380--8511465	17	4.8	17	77	14	84	53	5	1	39	1.33
8511380--8511454	38	2.0	38	91	0	123	54	6	1	37	1.35
8511364--8511407	10	4.1	10	81	16	52	54	6	0	38	1.27
8511948--8512442	78	6.3	78	84	2	530	25	20	30	23	1.98
8511948--8512442	39	12.7	39	72	8	281	25	20	30	23	1.98
8524214--8524597	29	13.2	28	76	11	152	35	3	25	35	1.72
8524197--8524598	30	13.8	29	76	11	229	36	3	25	34	1.72
8524364--8524601	88	2.7	88	81	6	241	38	2	24	34	1.69
8525807--8525868	6	10.0	6	75	13	54	54	4	0	40	1.22
8525831--8525866	17	2.1	17	94	0	63	61	2	0	36	1.11
8525797--8525861	27	2.4	27	80	17	80	56	6	0	36	1.24
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8526444--8526522	6	13.0	6	73	17	65	54	5	0	40	1.22
8526450--8526520	17	3.9	17	79	13	79	56	5	0	38	1.23
8526434--8526477	10	4.1	10	81	16	52	54	6	0	38	1.27
8543879--8543923	19	2.5	19	89	7	67	15	13	8	62	1.54
8550023--8550087	22	2.9	23	84	4	80	41	16	23	18	1.90
8555984--8557068	49	22.2	49	73	2	589	19	22	17	40	1.91
8570266--8570396	65	2.0	65	100	0	262	45	7	25	21	1.78
8575543--8575833	52	5.6	52	91	0	449	25	15	23	35	1.94
8579422--8579641	61	3.7	60	82	4	264	36	25	0	36	1.63
8579422--8579641	30	7.3	30	82	7	248	36	25	0	36	1.63

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
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