genome.fa.s11.2.7.7.80.10.50.1000.67.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: CP032255.1 Gossypioides kirkii chromosome KI_13
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  42971368

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21876030--21876075	9	5.6	8	89	7	58	76	0	2	21	0.90
21876030--21876075	4	11.2	4	82	13	58	76	0	2	21	0.90
21876030--21876077	25	2.0	23	88	8	69	77	0	2	20	0.88
21878666--21878699	13	2.5	14	90	4	52	11	23	0	64	1.26
21879560--21879584	13	1.9	13	100	0	50	36	8	8	48	1.62
21889939--21900791	793	13.7	792	89	1	15599	35	17	17	30	1.93
21901597--21901626	10	3.1	10	90	9	53	40	20	0	40	1.52
21902539--21902586	4	12.0	4	77	0	51	68	4	6	20	1.28
21903839--21903875	11	3.5	11	85	7	58	24	0	2	72	0.97
21903876--21903916	4	10.2	4	84	10	57	75	0	2	21	0.92
21907403--21907427	13	1.9	13	100	0	50	36	8	8	48	1.62
21920925--21921251	29	11.1	29	71	17	230	35	2	29	33	1.71
21920925--21921319	59	6.7	59	89	3	516	34	2	29	33	1.71
21920956--21921319	29	12.4	29	70	21	183	35	2	29	33	1.70
21922986--21923062	6	12.8	6	71	14	52	55	3	1	38	1.26
21922987--21923049	17	3.9	16	78	16	67	58	3	1	36	1.23
21922993--21923055	11	5.9	11	71	14	51	58	3	1	36	1.23
21924406--21924541	53	2.6	51	81	5	168	19	25	19	35	1.96
21936037--21936221	30	6.2	29	74	12	135	36	6	20	36	1.79
21936079--21936202	28	4.1	32	78	8	97	33	4	20	41	1.74
21936037--21936210	89	2.0	88	84	7	228	36	6	18	37	1.77
21937450--21937481	8	3.8	9	84	16	50	21	0	0	78	0.76
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21940012--21940052	21	1.9	21	90	5	64	53	7	4	34	1.50
21940244--21940297	27	2.0	27	82	3	65	27	5	7	59	1.47
21940765--21940797	16	2.0	17	88	5	50	27	0	0	72	0.85
21951948--21952045	11	9.0	10	72	12	70	18	27	26	27	1.98
21951897--21952015	33	3.6	33	73	13	95	21	26	25	27	1.99
21951897--21952045	22	6.8	22	80	6	108	20	26	25	28	1.99
21951948--21952045	33	3.0	33	82	11	103	18	27	26	27	1.98
21952024--21952080	7	8.6	7	79	11	57	19	26	24	29	1.98
21952036--21952080	14	3.2	14	83	0	63	20	24	24	31	1.98
21951970--21952073	18	5.6	18	69	22	63	19	26	25	28	1.98
21955390--21955435	21	2.2	21	96	0	83	23	34	13	28	1.92
21958939--21958993	25	2.2	25	81	18	62	70	5	12	10	1.31
21963314--21963357	18	2.4	18	88	0	61	25	15	22	36	1.94
21970800--21970858	28	2.1	29	87	3	84	50	15	3	30	1.60
21970897--21971309	135	3.0	134	83	9	493	46	8	9	35	1.68
21972224--21972335	39	2.9	39	83	0	143	24	16	19	40	1.91
21972102--21972334	78	3.0	77	77	5	243	24	17	20	37	1.93
21979209--21979252	22	2.0	22	91	4	72	47	2	20	29	1.62
21981521--21981596	31	2.5	31	91	4	118	50	1	0	48	1.09
21981556--21981599	22	1.9	24	90	9	74	54	0	0	45	0.99
21985417--21985464	14	3.2	14	75	13	51	37	0	0	62	0.95
21996987--21997025	12	3.2	12	85	0	51	25	38	17	17	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22022608--22022921	159	2.0	158	87	3	452	32	15	19	33	1.93
22023504--22023790	59	4.9	58	78	6	267	34	4	25	36	1.75
22023504--22023782	29	9.5	29	76	5	222	34	4	25	35	1.76
22024807--22024891	16	5.3	16	70	13	59	45	2	2	49	1.27
22025602--22025636	13	2.6	14	90	4	54	20	14	25	40	1.90
22025664--22025726	6	10.8	6	75	17	62	50	1	3	44	1.27
22025664--22025726	17	3.6	17	85	10	83	50	1	3	44	1.27
22025668--22025728	11	5.4	11	78	5	59	50	1	3	44	1.28
22025668--22025734	23	3.0	23	78	6	66	53	1	2	41	1.25
22028609--22028642	17	1.9	18	94	5	61	41	26	2	29	1.70
22032510--22032552	18	2.4	18	80	0	50	58	2	4	34	1.32
22033687--22033762	35	2.1	36	85	2	100	36	27	9	26	1.87
22033789--22033831	20	2.2	20	82	0	50	32	25	2	39	1.69
22033898--22033974	30	2.5	30	91	2	127	50	1	0	48	1.09
22037479--22037512	2	17.0	2	100	0	68	50	0	0	50	1.00
22038476--22038513	18	2.2	18	85	4	51	68	0	0	31	0.90
22048536--22048574	17	2.3	17	90	0	60	15	12	25	46	1.81
22050141--22050585	209	2.1	211	87	2	635	38	13	13	34	1.84
22068765--22068805	20	2.0	20	85	4	55	63	19	0	17	1.31
22068800--22068972	12	15.2	12	68	16	66	67	19	6	6	1.37
22068807--22068871	33	2.0	32	81	3	76	69	20	4	6	1.28
22068839--22068903	24	2.6	24	92	4	103	63	24	6	6	1.41
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22086027--22086071	18	2.5	17	82	13	54	71	8	8	11	1.32
22094039--22094098	19	3.0	19	79	13	59	43	3	3	50	1.35
22094488--22094548	28	2.1	30	84	6	81	26	9	21	42	1.84
22098274--22098325	21	2.5	21	84	6	70	26	13	28	30	1.94
22099082--22099146	30	2.2	30	100	0	130	30	36	12	20	1.89
22100619--22100667	24	2.1	22	82	14	55	18	2	24	55	1.53
22104616--22104655	9	4.4	9	83	0	53	47	12	10	30	1.74
22104616--22104655	18	2.2	18	95	0	71	47	12	10	30	1.74
22105290--22105333	22	2.0	21	91	4	70	25	0	25	50	1.50
22108692--22108737	16	2.9	16	72	15	51	41	10	15	32	1.82
22110589--22110736	43	3.4	43	84	3	183	33	27	14	25	1.94
22110610--22110791	90	2.1	86	82	6	213	29	26	15	28	1.96
22113398--22113422	12	2.1	12	100	0	50	68	0	16	16	1.22
22115465--22115637	41	4.2	40	78	5	168	17	26	20	35	1.95
22121493--22121535	19	2.3	19	84	11	54	39	0	0	60	0.97
22121493--22121540	13	3.8	13	76	20	57	39	0	0	60	0.97
22135039--22135088	26	1.9	26	83	0	64	24	36	22	18	1.95
22136533--22136789	127	2.0	127	93	0	442	30	26	8	34	1.86
22142114--22142175	19	3.1	20	75	11	65	64	0	0	35	0.94
22142154--22142219	8	7.8	8	76	15	53	69	1	1	27	1.06
22142124--22142196	28	2.6	28	84	6	85	63	0	1	35	1.04
22142150--22142206	28	2.0	28	82	0	69	64	1	1	31	1.13
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22142234--22142286	18	2.8	18	82	5	70	69	1	5	22	1.19
22142509--22142558	20	2.4	21	76	3	57	46	4	2	48	1.32
22150136--22150233	46	2.1	47	81	5	110	37	23	19	19	1.94
22153129--22153167	14	2.8	14	80	0	51	38	12	20	28	1.89
22156301--22156326	10	2.6	10	100	0	52	53	0	0	46	1.00
22156920--22156954	15	2.3	15	85	0	52	48	0	2	48	1.16
22157674--22157728	26	2.1	27	96	3	103	30	10	14	43	1.80
22157786--22157859	25	3.0	25	78	7	89	32	14	25	27	1.95
22157784--22157858	23	3.2	23	76	14	80	30	16	26	26	1.96
22158148--22158192	22	2.0	22	87	8	65	44	0	6	48	1.29
22161917--22161992	30	2.6	30	87	2	109	22	22	34	21	1.97
22167675--22167708	18	1.9	17	94	5	59	50	11	8	29	1.69
22182471--22182691	40	5.6	40	77	2	194	28	14	19	37	1.92
22182471--22182691	79	2.8	79	81	2	237	28	14	19	37	1.92
22183135--22183313	40	4.5	40	80	2	200	26	14	21	37	1.92
22183135--22183311	79	2.2	80	86	3	241	26	14	21	37	1.91
22182035--22183309	662	1.9	661	88	1	1890	34	18	16	30	1.93
22185024--22185066	20	2.2	20	86	0	59	34	11	27	25	1.91
22190997--22191078	29	2.9	27	78	10	85	32	6	4	56	1.45
22191014--22191078	28	2.3	29	87	12	100	33	3	4	58	1.34
22191542--22191590	17	2.9	17	78	9	55	36	2	0	61	1.08
22192276--22192432	66	2.3	66	86	4	217	33	6	6	53	1.52
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22202920--22203106	30	6.3	30	75	9	141	33	24	6	35	1.81
22202904--22203017	60	1.9	60	84	10	153	35	24	7	33	1.82
22202920--22203106	60	3.1	60	78	11	163	33	24	6	35	1.81
22203037--22203223	86	2.2	86	89	1	277	27	24	5	43	1.75
22203617--22203822	104	2.0	104	82	2	254	33	13	16	37	1.87
22203682--22203924	109	2.3	104	81	3	261	32	14	16	37	1.88
22208511--22208551	10	3.9	10	84	9	55	80	2	14	2	0.92
22208509--22208551	22	2.0	22	86	4	61	79	2	16	2	0.95
22208870--22209070	105	1.9	107	82	2	253	29	20	11	38	1.88
22209495--22209942	50	9.0	50	74	6	354	35	18	29	16	1.93

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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