genome.fa.s11.2.7.7.80.10.50.1000.77.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: CP032255.1 Gossypioides kirkii chromosome KI_13
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  42971368

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   

This is table  77  of  143  ( 17057 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24919930--24920075	56	2.6	56	83	10	174	35	7	11	45	1.69
24921045--24921082	3	12.7	3	94	0	58	0	39	0	60	0.97
24927832--24927896	20	3.2	20	74	21	64	35	3	0	61	1.12
24927831--24927905	21	3.6	21	78	10	82	34	4	0	61	1.15
24927830--24927926	31	3.1	31	76	14	76	35	5	0	59	1.19
24927872--24927935	21	3.2	21	72	18	64	34	6	0	59	1.23
24927910--24927943	17	1.9	18	88	5	52	35	2	0	61	1.11
24928242--24928311	31	2.3	29	80	9	77	48	10	5	35	1.60
24928248--24928311	30	2.1	32	85	5	87	50	10	3	35	1.54
24930032--24930380	30	11.8	30	78	6	311	35	2	26	34	1.71
24930032--24930379	119	2.9	117	84	5	411	35	2	27	34	1.71
24931750--24931975	59	3.8	58	84	5	285	34	5	29	30	1.81
24931844--24931975	30	4.5	27	71	24	83	36	5	28	30	1.79
24931866--24931975	30	3.7	29	75	18	102	33	4	30	30	1.78
24931750--24931975	117	1.9	118	87	2	330	34	5	29	30	1.81
24931982--24932285	30	10.1	30	90	0	464	34	4	23	36	1.76
24932568--24932633	33	2.1	33	83	8	84	56	12	18	13	1.68
24933322--24933369	19	2.5	19	86	6	62	39	2	2	56	1.23
24934021--24934098	17	4.8	17	78	9	90	50	2	1	46	1.23
24934022--24934115	48	1.9	48	87	6	136	46	4	2	46	1.34
24934021--24934114	17	5.6	17	78	8	86	47	4	2	45	1.34
24934021--24934098	6	13.2	6	74	12	72	50	2	1	46	1.23
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24934470--24935080	68	8.9	68	90	3	872	30	19	15	34	1.93
24934545--24934662	38	3.3	37	66	16	95	33	21	11	33	1.88
24934470--24935081	206	3.0	203	89	4	899	30	19	15	34	1.93
24934470--24935076	274	2.2	275	94	2	1042	29	20	15	34	1.93
24946768--24946935	59	2.8	57	83	5	176	35	5	29	30	1.80
24946842--24946935	30	3.2	28	69	22	68	37	4	26	31	1.76
24946845--24946935	29	3.1	28	70	25	80	36	4	27	31	1.77
24946803--24946937	59	2.3	59	87	2	191	37	5	26	30	1.78
24946942--24947191	30	8.3	30	87	0	356	34	2	24	39	1.68
24948223--24948270	19	2.5	19	86	6	62	39	2	2	56	1.23
24948922--24948999	17	4.8	17	78	9	90	50	2	1	46	1.23
24948923--24949016	48	1.9	48	87	6	136	46	4	2	46	1.34
24948922--24949015	17	5.6	17	78	8	86	47	4	2	45	1.34
24948922--24948999	6	13.2	6	74	12	72	50	2	1	46	1.23
24950488--24950523	18	2.0	18	94	0	63	58	0	0	41	0.98
24950995--24951899	198	4.6	198	79	4	907	17	32	17	33	1.93
24950982--24951899	99	9.3	99	78	5	698	17	32	17	33	1.93
24950935--24951869	248	3.8	244	80	6	834	17	31	17	33	1.93
24950939--24951924	148	6.7	148	77	6	696	17	31	17	33	1.93
24951648--24951955	148	2.1	147	81	6	363	18	30	17	33	1.94
24960125--24960441	30	10.7	29	73	8	183	37	3	26	32	1.72
24960183--24960444	60	4.4	59	79	7	253	38	2	25	33	1.69
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24960183--24960441	118	2.2	120	83	4	319	38	2	25	33	1.69
24961824--24961861	18	2.1	19	95	5	69	36	0	0	63	0.95
24966918--24967034	34	3.4	34	89	0	171	18	16	32	32	1.93
24971281--24972044	297	2.6	296	80	4	774	41	9	11	37	1.73
24978416--24978457	21	1.9	23	90	9	70	54	23	9	11	1.66
24978415--24978461	21	2.3	19	80	20	58	57	23	8	10	1.60
24982794--24982850	24	2.5	24	81	13	59	35	5	0	59	1.20
24982848--24982960	10	11.3	10	68	21	60	46	0	1	52	1.11
24982846--24982958	16	7.1	16	67	19	58	46	0	1	51	1.11
24982826--24982970	57	2.5	58	81	11	172	44	1	1	52	1.18
24982958--24982995	20	1.9	20	88	0	58	55	5	0	39	1.23
24983156--24983195	16	2.5	16	87	0	62	27	30	5	37	1.78
24984330--24984392	17	3.8	16	89	6	90	38	0	3	58	1.14
24984329--24984400	23	3.1	24	76	11	69	40	0	4	55	1.19
24984329--24984400	6	12.3	6	76	10	60	40	0	4	55	1.19
24985056--24985096	10	3.9	10	81	12	55	65	0	2	31	1.05
24986178--24986480	29	10.6	28	79	6	209	36	27	1	33	1.66
24986178--24986421	29	8.6	27	81	6	227	36	29	0	33	1.63
24986178--24986422	57	4.3	57	79	9	275	36	28	0	33	1.63
24986178--24986471	57	5.1	57	78	10	269	37	28	1	32	1.66
24986178--24986471	58	5.1	57	78	8	249	37	28	1	32	1.66
24986433--24986492	30	2.0	31	90	3	95	38	21	3	36	1.70
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24998574--24999189	39	15.8	39	69	4	328	23	32	19	23	1.97
24998571--24998971	78	5.1	78	85	0	489	24	33	19	22	1.97
24998906--24999285	78	4.9	78	84	0	492	23	32	20	24	1.98
24998552--24999292	156	4.7	153	76	9	451	23	32	19	23	1.97
24998574--24999270	117	6.0	116	73	9	509	23	32	19	23	1.98
24999100--24999235	39	3.5	39	70	15	109	21	33	19	25	1.96
24998906--24999294	156	2.5	155	85	1	544	23	32	19	23	1.97
24999771--24999795	7	3.6	7	100	0	50	44	0	0	56	0.99
24999779--24999898	17	7.1	18	69	11	83	38	5	5	51	1.45
24999802--24999894	34	2.7	34	96	0	168	38	6	6	48	1.55
25000551--25000594	10	4.2	10	83	11	61	65	0	2	31	1.05
25001672--25001727	29	1.9	29	82	7	69	33	26	7	32	1.84
25001741--25002002	29	9.0	29	79	5	242	36	28	2	32	1.71
25001668--25001971	88	3.5	84	78	6	266	35	27	3	33	1.73
25001701--25002000	59	5.1	58	77	8	250	36	27	2	33	1.71
25003580--25003619	12	3.3	12	82	0	53	62	0	20	17	1.33
25003580--25003619	18	2.2	18	90	0	62	62	0	20	17	1.33
25003769--25003827	26	2.3	26	85	5	75	45	13	8	32	1.74
25006159--25006320	28	5.9	27	81	5	155	21	16	11	50	1.76
25006186--25006320	28	4.9	28	84	0	164	22	17	10	50	1.75
25006185--25006344	56	2.9	56	83	0	187	24	15	8	51	1.72
25006186--25006337	28	5.5	28	84	0	162	24	15	9	50	1.73
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25007772--25007862	30	3.0	29	77	6	92	31	6	24	37	1.81
25007749--25007920	60	2.9	60	75	8	154	34	6	24	34	1.82
25007840--25007966	30	4.2	30	84	2	157	35	8	24	31	1.86
25009687--25009778	48	1.9	48	90	0	148	20	23	16	39	1.92
25009619--25010274	123	5.4	123	89	1	953	20	20	19	40	1.92
25009930--25010025	48	2.0	48	89	0	147	19	20	17	41	1.90
25010174--25010266	48	1.9	48	86	4	134	20	19	17	43	1.89
25018399--25018439	16	2.7	15	85	14	57	34	7	21	36	1.82
25020857--25021111	91	2.8	90	81	6	259	39	17	7	35	1.79
25021173--25021207	18	1.9	18	88	0	52	71	0	5	22	1.07
25021190--25021261	29	2.5	29	84	8	94	61	1	4	33	1.24
25021190--25021271	29	2.8	30	80	9	89	62	1	3	32	1.21
25021248--25021346	30	3.4	30	80	6	98	61	2	7	29	1.33
25021592--25021656	19	3.4	19	83	14	71	41	3	1	53	1.25
25021640--25021678	19	2.1	18	85	4	51	28	0	0	71	0.86
25021627--25021673	10	4.8	10	78	5	51	34	0	0	65	0.93
25028730--25028763	16	2.1	16	100	0	68	58	0	35	5	1.22
25029157--25029232	12	6.4	12	72	3	64	69	13	6	10	1.35
25029134--25029207	35	2.1	35	92	0	121	67	13	6	12	1.40
25029169--25029234	24	2.8	24	97	0	123	69	15	6	9	1.34
25029198--25029273	21	3.5	21	80	8	73	64	17	9	9	1.48
25034842--25034872	12	2.6	12	89	0	53	6	29	16	48	1.70
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25037487--25037699	91	2.4	91	81	8	240	40	16	7	35	1.76
25037801--25037835	18	1.9	18	88	0	52	71	0	5	22	1.07
25037844--25037899	29	2.0	29	85	3	78	58	3	3	33	1.32
25037845--25037907	29	2.2	29	82	5	74	60	3	3	33	1.28
25038225--25038311	19	4.5	19	78	8	86	39	1	1	58	1.13
25038217--25038310	39	2.4	41	79	12	108	38	1	1	59	1.11
25047429--25047475	22	2.2	21	85	11	60	42	0	0	57	0.98
25047429--25047475	7	6.6	7	81	13	60	42	0	0	57	0.98
25049179--25049267	44	2.0	44	86	0	124	23	24	15	35	1.94
25052309--25052374	27	2.4	27	85	5	89	66	4	1	27	1.20

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143