genome.fa.s11.2.7.7.80.10.50.1000.29.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: CP032255.1 Gossypioides kirkii chromosome KI_13
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  42971368

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  29  of  143  ( 17057 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8583937--8584172	52	4.5	52	89	1	348	26	15	22	35	1.94
8591448--8591497	26	1.9	26	95	0	91	64	12	6	18	1.47
8591455--8591522	26	2.6	27	81	6	70	63	10	5	20	1.47
8592685--8592742	7	8.0	7	76	14	55	65	3	5	25	1.29
8592679--8592750	15	4.7	15	72	19	60	65	2	4	27	1.25
8592982--8593056	23	3.0	26	78	13	84	45	12	5	37	1.64
8597948--8597996	15	3.3	15	77	8	55	73	6	0	20	1.04
8598156--8598294	29	4.8	29	74	12	124	31	5	23	38	1.78
8598159--8598294	58	2.3	57	81	8	159	30	5	24	39	1.79
8598159--8598294	30	4.6	31	74	11	108	30	5	24	39	1.79
8599904--8600182	122	2.3	121	83	4	328	22	21	17	38	1.93
8600082--8600258	75	2.3	77	82	4	209	23	18	18	40	1.92
8600232--8600385	82	1.9	82	83	2	202	25	22	14	37	1.93
8600426--8600592	85	2.0	85	85	0	226	23	21	16	38	1.93
8600155--8600756	209	2.9	208	88	2	874	23	20	16	38	1.93
8600567--8600917	161	2.2	161	92	0	585	23	20	17	38	1.93
8600368--8601507	370	3.1	370	89	2	1719	23	20	17	38	1.93
8600683--8601125	209	2.2	204	85	4	556	23	20	17	38	1.93
8600796--8600952	85	1.8	85	85	5	219	22	21	15	40	1.91
8600851--8601298	161	2.7	161	74	16	432	22	21	17	37	1.94
8601053--8602053	209	4.8	205	85	4	977	23	21	16	37	1.93
8601177--8601347	48	3.6	48	92	1	263	25	25	13	36	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8601386--8601548	85	1.9	85	86	2	229	23	22	15	38	1.92
8601595--8601761	85	2.0	85	90	0	262	26	22	14	37	1.92
8601098--8602052	418	2.3	423	86	3	1298	23	21	16	38	1.93
8601805--8601963	85	1.9	85	83	0	210	24	22	14	38	1.92
8607221--8607261	21	1.9	22	85	5	57	14	26	17	41	1.88
8610512--8610559	20	2.5	20	80	12	55	72	4	2	20	1.11
8610715--8610829	30	3.9	30	77	6	108	34	4	22	38	1.74
8611533--8611557	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
8618999--8619234	95	2.4	97	88	3	332	29	20	9	40	1.84
8623447--8623479	11	3.0	11	90	0	57	33	0	3	63	1.10
8623470--8623499	14	2.1	14	93	0	51	20	6	3	70	1.25
8624162--8624215	27	2.0	27	100	0	108	44	18	25	11	1.83
8627074--8627110	4	9.5	4	85	14	51	24	0	0	75	0.80
8627058--8627107	14	3.9	12	82	17	57	22	0	0	78	0.76
8627068--8627109	18	2.3	19	91	4	68	23	0	0	76	0.79
8627058--8627114	25	2.5	25	83	13	70	24	0	0	75	0.80
8628667--8628701	6	6.2	6	87	12	56	34	0	0	65	0.93
8628668--8628700	11	3.0	11	100	0	66	36	0	0	63	0.95
8628691--8628728	14	2.7	14	88	8	51	23	2	7	65	1.32
8632073--8632271	94	2.1	94	95	1	355	38	11	4	46	1.59
8646926--8647030	52	2.0	52	90	0	165	29	25	15	29	1.96
8653095--8653186	41	2.2	41	90	0	139	29	5	27	38	1.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8654504--8654663	26	6.2	25	81	5	176	28	18	27	25	1.98
8654505--8654656	78	1.9	78	89	2	234	29	18	26	25	1.98
8654482--8654663	52	3.5	52	84	5	183	29	18	27	25	1.98
8654505--8654715	78	2.7	76	80	7	210	28	18	26	26	1.98
8654576--8654692	52	2.3	52	83	1	155	29	17	27	25	1.98
8660141--8660198	26	2.2	26	90	3	89	18	15	34	31	1.93
8660153--8660211	26	2.3	26	85	5	75	22	20	32	25	1.98
8663677--8663731	15	3.0	19	75	25	64	38	21	12	27	1.90
8669693--8669746	21	2.6	21	75	16	58	29	25	14	29	1.95
8676490--8676538	18	2.7	18	75	9	55	38	18	22	20	1.93
8683801--8683839	10	3.9	10	83	9	53	76	0	23	0	0.78
8687186--8687213	6	4.7	6	100	0	56	0	14	0	85	0.59
8700042--8700072	2	15.5	2	93	0	53	51	0	0	48	1.00
8709590--8709620	9	3.3	9	95	4	53	58	0	0	41	0.98
8709761--8709822	23	2.8	23	88	7	85	45	3	4	46	1.40
8709721--8709894	91	1.9	89	81	9	199	44	2	2	50	1.31
8709814--8709928	62	1.9	59	85	8	160	44	2	3	49	1.33
8716495--8716519	5	5.0	5	100	0	50	40	20	0	40	1.52
8717777--8717814	20	1.9	19	89	5	58	71	5	0	23	1.07
8718082--8718134	24	2.2	25	77	16	58	32	9	0	58	1.30
8718409--8718759	173	2.0	174	96	0	641	37	11	8	43	1.71
8721685--8721729	23	2.0	23	87	8	67	24	11	6	57	1.57
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8729150--8729181	16	2.0	16	100	0	64	37	6	18	37	1.76
8734122--8734163	23	1.9	22	85	9	59	71	16	4	7	1.26
8745703--8745802	10	10.1	10	69	13	55	34	2	3	61	1.23
8745691--8745765	40	1.9	38	91	5	123	36	6	1	56	1.34
8745747--8745786	12	3.5	11	87	12	55	27	0	2	70	1.01
8745743--8745801	31	2.0	30	86	6	84	30	0	3	66	1.08
8745839--8745893	28	2.0	27	82	3	65	23	0	9	67	1.19
8751174--8751238	30	2.2	30	88	0	94	21	4	13	60	1.52
8756231--8756303	30	2.4	30	81	4	85	54	4	0	41	1.19
8763122--8763181	30	2.0	30	83	0	75	31	3	13	51	1.57
8765106--8765148	14	3.1	14	86	6	52	20	13	9	55	1.66
8765686--8765711	9	2.9	9	100	0	52	69	0	0	30	0.89
8765937--8765979	21	2.1	21	95	4	79	27	53	0	18	1.45
8768539--8768630	22	4.0	22	74	14	71	47	3	4	44	1.39
8777303--8777341	16	2.5	15	84	8	51	25	17	48	7	1.74
8778087--8778343	49	5.3	49	73	15	228	19	25	17	36	1.94
8778123--8778391	49	5.5	48	73	14	212	18	26	17	37	1.93
8778060--8778398	97	3.5	96	89	2	480	18	25	18	37	1.94
8789620--8789659	20	2.0	20	100	0	80	45	10	10	35	1.71
8792669--8792700	11	2.9	11	95	0	55	25	9	28	37	1.87
8792738--8792834	42	2.3	42	96	3	178	17	49	0	32	1.47
8802610--8802637	14	2.0	14	100	0	56	28	0	28	42	1.56
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8805654--8805896	43	5.7	43	80	4	213	30	24	14	30	1.95
8805730--8805917	86	2.2	86	89	0	288	27	25	14	32	1.95
8805663--8805898	128	1.8	128	83	1	312	29	23	15	30	1.96
8808344--8808436	40	2.3	40	94	0	159	22	22	17	37	1.94
8815649--8815699	21	2.4	21	90	0	84	43	7	21	27	1.80
8821896--8821947	21	2.5	21	100	0	104	23	30	17	28	1.97
8826647--8826700	28	1.9	28	84	0	72	24	22	12	40	1.89
8827188--8827276	28	3.2	28	90	0	142	8	8	17	64	1.48
8827273--8827337	31	2.1	31	88	5	96	26	6	3	64	1.32
8828686--8828739	6	9.2	6	79	4	56	40	0	3	55	1.17
8828655--8828729	21	3.4	21	77	15	62	38	0	6	54	1.27
8828651--8828739	11	7.9	12	71	9	64	39	0	5	55	1.24
8828656--8828738	23	3.7	22	78	13	82	38	0	6	55	1.25
8830109--8830138	9	3.2	9	95	4	51	23	0	40	36	1.55
8830676--8830897	29	7.6	29	76	10	202	37	24	2	34	1.70
8830678--8830869	59	3.3	58	81	7	194	39	23	2	34	1.67
8830676--8830897	88	2.5	88	82	5	254	37	24	2	34	1.70
8830678--8830897	58	3.8	58	81	7	225	38	24	2	34	1.70
8836178--8836250	24	3.1	22	79	14	74	82	2	12	2	0.89
8836183--8836252	20	3.3	20	79	18	79	81	2	14	1	0.88
8836178--8836250	17	4.3	15	73	20	56	82	2	12	2	0.89
8836183--8836250	33	2.1	32	83	8	84	82	2	13	1	0.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8837125--8837339	50	4.3	50	71	10	152	40	20	26	13	1.88
8837125--8837384	101	2.6	101	86	3	344	41	19	26	12	1.87
8837382--8837627	92	2.7	92	90	0	395	32	17	17	32	1.93
8837917--8839138	206	5.9	207	91	0	1794	35	18	22	22	1.95
8839455--8839524	11	6.2	11	73	3	50	35	0	7	57	1.26
8839454--8839533	12	6.9	12	72	5	67	37	0	6	56	1.25
8839482--8839533	6	8.8	6	78	4	52	38	0	3	57	1.17
8839454--8839546	35	2.7	34	82	9	109	37	1	7	53	1.36
8840244--8840283	3	13.3	3	83	0	53	65	0	0	35	0.93
8841443--8841613	59	2.9	59	81	8	186	43	19	1	35	1.61

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
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