genome.fa.s10.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr6
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  47432654

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   

This is table  1  of  136  ( 16211 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7559--7616	28	2.1	28	96	0	107	36	18	13	31	1.90
10198--10242	19	2.5	17	89	7	63	71	4	0	24	1.05
10187--10276	17	5.4	16	72	17	51	65	5	0	28	1.15
11953--11996	22	1.9	24	86	9	65	43	11	2	43	1.53
13222--13264	20	2.2	20	86	0	59	34	6	9	48	1.62
16178--16220	21	2.0	21	100	0	86	23	30	4	41	1.74
16289--16677	206	1.9	206	93	0	679	34	19	10	36	1.85
23067--23108	16	2.5	17	84	7	50	28	2	0	69	1.01
23067--23224	19	8.9	17	69	18	51	32	3	1	62	1.21
23018--23108	18	4.8	19	71	16	73	27	2	0	70	0.99
23164--23221	21	3.0	19	80	11	73	39	0	1	58	1.08
23085--23264	10	19.6	9	67	19	79	31	5	1	61	1.27
23165--23264	19	5.1	19	75	12	80	34	4	2	60	1.27
27862--27886	4	6.2	4	100	0	50	76	0	0	24	0.80
33037--33066	3	10.0	3	100	0	60	33	0	0	66	0.92
35017--35046	16	1.9	15	93	6	51	26	10	16	46	1.78
35410--35500	35	2.6	35	85	0	110	41	15	15	27	1.87
35431--35511	35	2.6	29	70	20	72	45	14	13	25	1.82
42627--43170	31	17.7	31	87	1	731	43	17	8	30	1.79
42627--43170	92	5.9	92	89	0	793	43	17	8	30	1.79
42627--43181	123	4.5	124	87	2	735	43	17	8	30	1.78
57196--57278	43	1.9	43	82	4	105	24	22	2	50	1.61
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
63394--63498	25	4.2	24	77	11	95	31	16	28	23	1.96
63379--63497	50	2.4	50	78	5	125	30	16	27	25	1.97
65121--65203	39	2.1	40	88	2	123	51	9	6	32	1.59
69515--69876	45	8.3	43	80	10	289	25	0	26	47	1.56
69529--69837	45	6.9	45	83	6	342	25	0	26	46	1.57
69515--69875	89	4.1	89	81	9	365	25	0	26	47	1.56
69515--69878	23	16.7	22	76	9	275	25	0	27	46	1.57
69918--69965	25	1.9	25	100	0	96	39	14	0	45	1.45
69909--69965	25	2.3	26	90	3	82	45	12	0	42	1.41
70393--70432	18	2.2	18	90	0	62	37	7	32	22	1.82
71083--71107	7	3.6	7	100	0	50	60	12	0	28	1.32
72639--72704	9	7.3	9	76	6	53	27	0	1	71	0.95
72641--72678	17	2.2	17	90	9	60	26	0	2	71	1.00
72636--72701	27	2.6	25	82	15	82	28	0	1	69	0.97
72667--72699	17	1.9	17	93	0	57	24	0	0	75	0.80
72452--72945	244	2.0	245	99	0	974	22	6	10	60	1.52
72883--72941	9	6.7	9	75	7	50	28	0	1	69	0.98
72885--72922	17	2.2	17	90	9	60	26	0	2	71	1.00
72880--72952	28	2.7	26	82	16	78	28	1	1	68	1.06
72906--72965	29	2.1	28	84	3	75	33	3	3	60	1.30
75848--75908	22	2.8	22	87	0	86	29	24	6	39	1.80
78045--78083	15	2.6	15	87	0	51	10	30	12	46	1.75
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
79441--79947	207	2.4	207	80	1	566	20	23	24	32	1.98
79340--79946	69	8.8	69	75	1	426	20	22	24	32	1.98
81405--81537	66	2.0	66	98	0	257	16	24	20	38	1.93
98026--99102	132	8.2	132	92	1	1739	30	20	23	25	1.98
98076--99052	44	22.2	44	62	9	175	31	20	23	25	1.98
99094--99203	44	2.5	43	82	7	116	28	20	22	28	1.99
99884--99913	14	2.2	13	94	5	51	0	0	20	80	0.72
100813--100864	3	17.3	3	100	0	104	34	0	0	65	0.93
110762--110814	27	2.0	27	84	0	70	41	9	16	32	1.81
128904--129194	114	2.6	113	82	2	332	31	19	23	25	1.98
129132--129266	72	1.9	73	82	4	175	32	17	22	27	1.96
130395--130435	21	2.0	21	95	0	73	12	2	46	39	1.54
132201--132260	29	2.1	29	93	3	104	28	5	20	46	1.71
132858--132895	13	2.9	13	77	14	51	18	0	31	50	1.47
133915--133952	18	2.1	18	100	0	76	50	10	0	39	1.37
134011--134061	25	2.0	25	92	0	84	47	15	0	37	1.46
140103--140217	3	38.7	3	78	5	90	60	4	1	33	1.27
140112--140158	20	2.3	21	85	14	71	65	2	0	31	1.04
140878--140966	44	2.0	44	95	0	160	16	20	25	37	1.93
141579--141610	14	2.2	15	94	5	57	25	6	18	50	1.70
141937--142074	45	3.1	44	75	12	129	32	18	15	34	1.92
141966--142136	45	3.8	45	75	10	163	29	18	16	35	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
141962--142142	89	2.0	89	89	0	272	28	18	16	36	1.93
141962--142089	45	2.9	44	81	9	170	29	17	17	35	1.93
141971--142174	89	2.3	89	84	1	248	28	19	18	33	1.95
143644--143673	7	4.1	7	91	8	51	56	0	16	26	1.40
143620--143666	19	2.5	19	86	10	62	53	0	23	23	1.47
143644--143673	15	2.1	14	93	6	51	56	0	16	26	1.40
144646--144728	41	2.0	41	93	4	141	25	22	30	21	1.99
155480--155504	3	8.3	3	100	0	50	68	0	32	0	0.90
162589--162676	44	2.0	44	86	4	124	38	9	18	34	1.82
164359--164598	41	5.9	41	93	1	392	16	21	32	29	1.95
164919--164976	14	4.1	14	77	4	55	29	0	25	44	1.54
165110--165148	14	2.8	14	88	0	60	15	0	51	33	1.44
165109--165156	21	2.3	21	88	0	78	20	0	47	31	1.50
165097--165156	14	4.3	14	80	0	57	21	0	45	33	1.52
170842--170889	22	2.0	23	84	11	62	54	2	2	41	1.24
170939--171244	43	7.2	43	87	3	390	21	16	33	27	1.96
172750--172783	13	2.7	12	90	9	50	73	14	0	11	1.10
174016--174087	28	2.6	28	90	0	108	30	12	26	30	1.93
174812--175126	93	3.4	88	84	14	395	26	15	18	39	1.91
174812--175557	23	32.0	23	70	11	284	27	14	18	39	1.90
175091--175546	93	4.9	93	94	1	761	28	14	18	39	1.89
174858--175361	235	2.2	235	89	4	770	27	15	18	39	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
174812--175551	328	2.3	324	88	3	1072	27	14	18	39	1.90
177149--177204	4	14.5	4	78	14	64	21	5	0	73	1.03
177133--177204	30	2.4	29	78	19	76	22	4	1	72	1.10
177135--177192	23	2.5	24	81	10	68	20	5	1	72	1.13
177133--177204	15	4.7	15	74	22	62	22	4	1	72	1.10
180733--180774	21	2.0	21	100	0	84	28	9	14	47	1.75
181100--181144	2	22.5	2	90	0	72	46	0	0	53	1.00
181420--181552	41	3.2	41	93	2	214	27	21	24	27	1.99
182228--182290	21	3.0	21	97	2	117	38	4	9	47	1.57
182828--182864	16	2.2	17	90	9	58	56	27	0	16	1.40
182836--182875	16	2.5	16	79	0	53	55	27	0	17	1.43
183473--183554	30	2.7	29	79	5	83	35	7	8	48	1.61
194844--194924	36	2.2	36	77	2	90	37	14	20	27	1.92
196082--196115	2	17.0	2	100	0	68	50	0	0	50	1.00
196109--196284	83	2.1	85	97	2	338	26	23	10	39	1.86
200700--200737	20	1.9	20	94	0	67	44	0	2	52	1.14
200701--200749	20	2.5	20	86	0	62	48	0	2	48	1.12
214347--214375	13	2.2	13	100	0	58	48	13	27	10	1.75
217227--217279	25	2.1	25	100	0	106	43	0	0	56	0.99
217223--217291	25	2.6	25	84	6	93	44	0	0	55	0.99
220610--220696	45	1.9	46	83	6	115	34	10	2	52	1.48
228290--228389	49	2.0	49	96	0	182	33	10	10	47	1.70
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
229838--229866	12	2.3	13	94	5	51	86	6	0	6	0.72
241513--241571	26	2.3	26	87	0	82	40	15	13	30	1.86
248104--248129	5	5.2	5	100	0	52	42	19	19	19	1.90
248991--249021	9	3.4	9	90	0	53	38	22	12	25	1.90
249493--249544	22	2.4	22	100	0	104	28	28	21	21	1.98
250978--251008	9	3.4	9	90	0	53	38	22	12	25	1.90
251481--251598	22	5.4	22	100	0	236	27	27	22	22	1.99
256540--256587	25	1.9	25	83	8	62	14	16	33	35	1.89
265354--265380	13	2.1	13	100	0	54	48	14	0	37	1.45
266388--266418	14	2.1	15	94	5	55	29	0	0	70	0.87

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
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