genome.fa.s10.2.7.7.80.10.50.1000.87.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr6
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  47432654

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          129   130   131   132   133   134   135   136   

This is table  87  of  136  ( 16211 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28871572--28871609	20	1.9	20	88	0	58	2	23	0	73	0.95
28875140--28875243	46	2.3	43	87	9	163	27	11	29	30	1.92
28875148--28875239	46	2.0	46	97	0	175	28	9	28	33	1.89
28875229--28875361	41	3.3	41	91	1	205	39	12	22	26	1.89
28878519--28878552	17	2.0	17	88	0	50	35	11	17	35	1.87
28886833--28886862	15	2.0	15	100	0	60	33	6	6	53	1.53
28889862--28890010	73	2.0	73	81	2	174	25	12	34	26	1.92
28892273--28892349	24	3.1	25	68	7	59	20	23	22	33	1.97
28892262--28892365	49	2.1	49	82	10	124	23	22	21	33	1.97
28894113--28894294	76	2.3	78	86	7	262	32	25	19	22	1.98
28894776--28894819	21	2.1	21	100	0	88	59	13	0	27	1.35
28898087--28898113	14	1.9	14	100	0	54	22	37	18	22	1.95
28909265--28909327	2	33.5	2	81	12	80	52	3	0	44	1.17
28909267--28909327	30	2.0	31	96	3	115	52	3	0	44	1.17
28911365--28911623	89	2.9	89	94	1	446	47	13	6	32	1.69
28913119--28913190	21	3.4	21	74	0	72	41	19	23	15	1.89
28913743--28913924	42	4.3	42	76	9	165	30	28	18	23	1.98
28913742--28913901	85	1.9	85	85	3	223	31	26	19	22	1.98
28918772--28918814	7	6.1	7	83	0	50	27	46	0	25	1.53
28918926--28919062	61	2.2	64	85	6	183	43	25	0	29	1.60
28919542--28919733	41	4.7	41	80	5	192	28	25	20	25	1.99
28919582--28919733	82	1.9	82	85	2	216	28	26	21	24	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28919713--28919746	17	1.9	18	94	5	61	29	26	14	29	1.95
28926882--28926935	27	2.0	27	85	3	74	29	18	9	42	1.81
28927071--28927110	20	2.0	20	90	0	62	27	10	12	50	1.72
28928180--28928241	10	6.0	11	72	14	51	30	1	1	66	1.11
28928377--28928416	18	2.2	18	90	0	62	30	7	10	52	1.62
28934868--28934895	3	9.3	3	100	0	56	64	0	0	35	0.94
28935210--28935257	21	2.3	21	85	7	62	62	8	2	27	1.35
28936316--28936345	13	2.4	12	94	5	51	6	0	16	76	0.99
28943211--28943246	16	2.2	16	90	0	54	44	0	25	30	1.54
28943425--28943583	56	2.8	56	79	9	160	54	4	0	41	1.20
28943508--28943591	39	2.2	38	80	10	98	55	3	0	40	1.17
28944669--28944858	94	2.0	94	97	0	362	27	11	25	34	1.91
28948839--28949020	93	2.0	93	98	0	355	38	10	7	42	1.69
28965222--28965308	19	4.6	19	77	13	99	55	4	1	39	1.28
28965249--28965321	36	2.0	37	97	2	139	58	2	0	38	1.12
28965262--28965320	9	6.6	9	77	14	68	59	1	0	38	1.08
28965249--28965343	36	2.6	36	86	6	106	57	2	0	40	1.10
28967678--28967734	22	2.6	22	80	0	69	43	17	24	14	1.86
28968936--28968994	29	2.0	29	96	0	109	27	23	5	44	1.74
28972057--28972714	328	2.0	328	95	0	1181	31	14	17	36	1.90
28984442--28984466	5	5.0	5	100	0	50	80	20	0	0	0.72
28985473--28985513	19	2.2	19	86	4	57	58	2	0	39	1.11
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28985472--28985537	19	3.3	19	75	16	53	57	4	0	37	1.19
28985529--28985565	19	1.9	19	88	0	56	54	5	0	40	1.24
28985535--28985609	38	1.9	40	86	10	111	58	5	1	34	1.29
28996213--28996579	114	3.2	112	89	2	545	23	22	26	27	1.99
28996512--28996621	41	2.7	41	91	0	166	18	20	30	30	1.96
28996398--28996735	155	2.2	155	88	3	493	22	21	28	27	1.99
28996554--28996825	114	2.4	113	89	4	397	23	22	27	26	1.99
28996280--28996825	269	2.0	269	86	3	760	23	21	27	27	1.99
28997037--28997147	15	7.5	15	72	12	77	21	0	40	36	1.60
28997104--28997156	15	3.5	15	89	2	52	18	1	45	33	1.61
28997429--28997561	17	7.3	17	68	22	83	17	3	45	34	1.64
28997420--28997561	37	3.8	37	96	1	250	16	3	45	34	1.65
28997416--28997554	20	7.3	20	74	17	129	16	3	45	34	1.65
28997797--28997998	109	1.9	109	97	0	386	32	16	12	37	1.87
28999240--28999395	43	3.6	43	84	0	204	21	19	26	33	1.97
29001180--29001206	7	3.9	7	100	0	54	40	0	29	29	1.57
29001760--29001789	15	2.0	15	100	0	60	26	13	13	46	1.80
29007196--29007331	51	2.7	52	76	8	129	44	2	11	41	1.53
29021770--29021877	57	1.9	57	94	0	189	31	20	13	34	1.92
29036410--29036439	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
29039098--29039921	409	2.0	409	99	0	1639	35	19	22	22	1.96
29042816--29042866	25	2.0	25	100	0	102	27	21	15	35	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29044110--29044143	17	2.1	16	88	5	50	55	0	0	44	0.99
29060732--29060765	2	17.0	2	93	0	59	50	2	0	47	1.16
29061835--29061860	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
29070583--29070608	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
29071349--29071380	2	16.0	2	100	0	64	0	50	0	50	1.00
29075161--29075413	84	3.0	84	93	0	416	18	19	27	35	1.95
29075245--29075713	198	2.4	197	89	4	715	21	18	26	33	1.97
29075443--29075610	84	2.0	84	91	0	273	16	19	27	35	1.94
29075527--29076003	113	4.3	114	80	8	560	23	17	26	32	1.97
29076593--29077265	340	2.0	332	91	4	1102	29	5	22	42	1.77
29077452--29077506	28	2.0	28	88	0	83	49	7	5	38	1.54
29078138--29078194	28	2.1	28	83	3	71	61	7	5	26	1.43
29078151--29078205	28	2.0	28	92	0	92	54	7	5	32	1.51
29078873--29078902	14	2.1	14	100	0	60	26	13	6	53	1.64
29079590--29079705	55	2.1	55	93	0	196	36	6	11	46	1.64
29079860--29079913	28	1.9	28	88	7	83	50	16	0	33	1.46
29079889--29079913	12	2.1	12	100	0	50	52	16	0	32	1.44
29079995--29080191	9	22.6	9	70	18	114	48	19	1	30	1.58
29080142--29080202	16	3.7	16	78	8	77	50	21	0	27	1.49
29080114--29080201	25	2.9	30	75	23	87	48	22	0	28	1.51
29080114--29080177	25	2.6	25	92	0	110	46	23	0	29	1.52
29080138--29080206	34	2.0	34	94	0	120	50	20	0	28	1.48
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29086124--29086238	42	2.8	41	89	6	171	35	20	22	21	1.96
29086211--29086267	29	2.0	29	92	0	96	35	22	17	24	1.95
29086243--29086361	42	2.8	42	93	0	202	22	22	21	32	1.98
29093399--29093445	24	2.0	22	84	8	58	74	0	8	17	1.05
29096453--29096487	6	5.8	6	100	0	70	0	68	0	31	0.90
29102903--29102940	18	2.2	18	85	4	51	47	0	2	50	1.15
29107585--29107622	17	2.2	18	85	4	51	31	26	5	36	1.79
29107839--29107917	40	2.0	40	92	0	131	29	6	5	59	1.43
29109196--29109380	92	2.0	93	95	1	336	16	11	15	56	1.66
29113538--29113562	5	5.0	5	100	0	50	20	20	20	40	1.92
29114480--29114528	23	2.1	23	84	3	62	75	4	4	16	1.11
29120993--29121037	6	7.5	6	97	0	63	0	60	0	40	0.97
29123481--29123567	33	2.7	33	78	8	97	47	17	9	26	1.77
29123543--29123619	14	5.0	15	71	20	52	42	15	9	32	1.78
29123559--29123598	20	2.0	20	90	0	62	50	12	10	27	1.72
29123547--29123613	34	1.9	35	90	3	109	46	13	8	31	1.74
29123582--29123621	14	2.9	14	84	0	53	42	17	7	32	1.77
29125899--29125956	30	1.9	30	85	0	80	41	1	24	32	1.65
29126522--29126579	30	1.9	30	85	0	80	32	24	1	41	1.65
29133545--29133577	17	1.9	17	100	0	66	42	9	0	48	1.35
29133573--29133805	127	1.8	127	95	1	423	24	12	26	35	1.92
29136290--29136320	2	15.5	2	100	0	62	0	48	0	51	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29143240--29143295	24	2.4	23	82	8	60	41	23	16	19	1.90
29149095--29149150	24	2.4	23	82	8	60	41	23	16	19	1.90
29154831--29155025	97	2.0	97	95	0	354	29	12	21	36	1.90
29176867--29176891	6	4.2	6	100	0	50	52	0	0	48	1.00
29177309--29177362	28	1.9	28	81	7	65	38	11	12	37	1.79
29177401--29177438	20	1.9	19	89	5	58	23	0	21	55	1.44
29179573--29179822	40	6.2	40	99	0	491	14	2	28	54	1.53
29179801--29179830	13	2.3	13	100	0	60	16	0	43	40	1.48
29180946--29180978	2	16.0	2	93	6	57	48	3	0	48	1.17
29181883--29181911	14	2.0	15	93	6	51	37	0	0	62	0.96

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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