genome.fa.s10.2.7.7.80.10.50.1000.8.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr6
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  47432654

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  8  of  136  ( 16211 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2196730--2196774	19	2.3	19	84	3	54	15	13	4	66	1.39
2197123--2197181	9	6.1	9	82	11	64	50	1	0	47	1.11
2197128--2197169	10	4.2	10	88	8	59	57	0	0	42	0.99
2200428--2200527	50	2.0	50	100	0	200	34	20	14	32	1.92
2203309--2203335	2	13.5	2	100	0	54	51	0	0	48	1.00
2204571--2204611	22	2.0	20	85	9	55	60	2	2	34	1.23
2205152--2205195	18	2.4	19	81	14	56	36	0	2	61	1.09
2205798--2205840	19	2.3	19	84	8	52	37	6	4	51	1.50
2207792--2207870	41	2.0	40	81	13	94	50	1	2	45	1.23
2214784--2214848	32	2.0	32	90	0	103	36	24	7	30	1.84
2221204--2221242	20	2.0	20	90	10	62	15	23	5	56	1.59
2221491--2221636	50	2.9	52	82	8	187	21	28	21	27	1.99
2224800--2224843	23	1.9	22	82	17	54	36	25	0	38	1.56
2224890--2224976	45	1.9	45	90	0	138	33	22	17	26	1.96
2224983--2225116	51	2.6	51	81	6	164	34	26	15	23	1.95
2224983--2225169	101	1.8	101	84	5	252	32	26	17	24	1.97
2230523--2230569	23	2.0	24	88	8	71	44	23	14	17	1.85
2231001--2231077	40	1.9	40	89	0	118	32	27	11	28	1.92
2232162--2232201	21	1.9	21	84	0	53	45	5	2	47	1.38
2246466--2246608	75	1.9	76	85	4	200	28	18	23	28	1.98
2249661--2249704	21	2.0	22	86	4	63	45	4	2	47	1.35
2250060--2250107	20	2.3	22	82	10	57	33	10	8	47	1.68
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2253843--2254064	111	2.0	111	87	4	324	31	16	18	33	1.94
2258005--2258071	34	2.0	34	100	0	134	34	32	5	26	1.81
2258734--2258799	25	2.7	25	83	2	80	22	27	7	42	1.80
2259918--2259952	18	1.9	18	94	0	61	34	2	25	37	1.71
2263236--2263385	30	5.0	30	85	0	201	31	14	15	38	1.88
2269601--2270074	239	2.0	240	98	0	923	35	16	22	25	1.94
2274334--2274375	12	3.7	12	84	12	52	33	19	0	47	1.49
2275448--2275481	12	2.8	12	95	0	59	55	26	0	17	1.42
2278594--2278619	6	4.3	6	100	0	52	84	0	0	15	0.62
2280050--2280210	84	1.9	84	85	0	223	44	7	13	34	1.71
2281360--2281401	14	3.3	13	87	9	52	19	4	0	76	0.96
2285078--2285223	51	2.9	49	74	7	141	35	12	26	25	1.91
2286741--2286780	20	2.0	20	90	0	62	15	17	22	45	1.85
2288726--2288904	56	3.1	57	83	4	236	43	6	20	29	1.76
2293818--2293846	6	4.8	6	100	0	58	51	13	0	34	1.42
2294270--2294388	60	2.0	60	86	3	168	37	17	18	26	1.93
2294297--2294391	31	3.1	31	67	8	79	35	18	18	26	1.95
2300424--2300474	22	2.3	22	89	0	75	49	1	15	33	1.56
2309871--2310070	102	2.0	102	93	0	346	40	24	12	24	1.88
2313579--2313736	35	4.5	35	88	0	244	34	31	13	20	1.91
2322185--2322218	17	2.0	17	88	11	52	11	17	47	23	1.81
2322771--2322807	11	3.4	11	96	0	65	43	5	0	51	1.24
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2327598--2327642	18	2.5	18	82	7	56	37	4	17	40	1.70
2343462--2343493	16	2.0	16	100	0	64	37	31	6	25	1.81
2351622--2351777	77	2.0	79	97	2	298	39	16	12	31	1.87
2353138--2353207	31	2.1	34	79	7	83	42	4	8	44	1.54
2354205--2354281	28	2.9	27	75	17	81	41	2	7	48	1.46
2354189--2354259	31	2.4	28	80	13	72	42	4	9	43	1.57
2355164--2355321	45	3.5	44	75	3	136	38	24	15	22	1.92
2355456--2355580	38	3.3	38	83	0	151	38	16	12	33	1.85
2358695--2358805	38	2.9	38	87	0	159	33	15	15	36	1.89
2359249--2359284	18	1.9	19	88	5	56	47	5	25	22	1.73
2361721--2361850	39	3.5	37	69	20	92	34	21	18	25	1.96
2366280--2366342	32	2.0	32	96	0	117	57	22	4	15	1.57
2368258--2368335	31	2.6	31	79	4	88	24	16	21	37	1.94
2369973--2370107	68	2.0	69	88	4	202	51	5	2	40	1.39
2372751--2372829	36	2.2	37	93	4	142	43	17	3	35	1.68
2373788--2373901	41	2.8	41	84	0	147	30	29	20	19	1.97
2373973--2374227	61	4.2	61	97	0	467	41	14	5	38	1.70
2374198--2374310	47	2.5	46	80	11	142	38	15	6	39	1.72
2379040--2379102	29	2.1	30	88	2	92	31	17	19	31	1.95
2379040--2379110	29	2.4	29	85	2	79	35	15	18	30	1.92
2382591--2382646	21	2.7	21	86	8	78	57	1	0	41	1.09
2385508--2385936	130	3.4	125	80	7	418	31	20	17	31	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2388075--2388112	3	12.7	3	100	0	76	68	0	31	0	0.90
2389440--2389505	2	32.5	2	76	8	53	43	7	3	45	1.47
2390938--2391105	84	2.0	84	89	0	255	30	14	17	36	1.90
2391209--2391371	83	2.0	82	81	6	195	19	3	26	50	1.63
2397023--2397056	17	2.0	17	88	0	50	50	8	14	26	1.72
2398512--2398539	8	3.5	8	100	0	56	75	0	0	25	0.81
2399414--2399482	31	2.3	31	82	7	79	43	20	11	24	1.85
2399617--2399669	22	2.4	22	84	6	63	64	0	32	3	1.12
2403442--2403481	20	2.0	20	95	0	71	40	22	20	17	1.92
2406724--2406970	108	2.3	108	99	0	485	42	13	20	23	1.87
2406988--2407106	27	4.4	27	72	12	91	36	19	24	20	1.95
2409605--2411607	839	2.4	836	84	3	2524	34	13	18	34	1.89
2418119--2418174	27	2.1	27	89	0	85	37	23	10	28	1.88
2430335--2430370	19	1.9	19	88	5	56	19	19	2	58	1.52
2431638--2431730	45	2.1	45	97	0	177	37	22	2	37	1.67
2431636--2431708	21	3.3	21	64	17	58	41	21	1	35	1.62
2432137--2432212	3	25.3	3	89	0	98	59	0	6	34	1.24
2439899--2439944	22	2.1	22	95	0	83	32	13	15	39	1.85
2439951--2440128	39	4.6	39	87	2	259	46	17	3	33	1.65
2441876--2442064	42	4.5	41	71	6	128	38	18	20	22	1.94
2443282--2443425	74	1.9	74	90	0	225	40	11	11	36	1.77
2446162--2446274	42	2.7	42	79	5	122	20	23	15	41	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2446225--2446274	21	2.4	21	82	0	64	20	28	14	38	1.91
2457342--2457667	4	81.5	4	100	0	652	25	0	24	50	1.50
2460987--2461041	27	2.0	27	86	6	76	27	3	18	50	1.63
2461014--2461106	32	2.9	32	95	0	168	27	3	17	51	1.60
2462340--2462377	20	1.9	20	100	0	76	47	0	2	50	1.15
2462470--2462507	14	2.7	14	91	0	58	36	18	7	36	1.80
2473195--2473254	25	2.4	25	83	2	77	10	18	33	38	1.84
2473186--2473254	24	2.8	24	80	2	75	10	18	33	37	1.85
2474244--2474291	21	2.3	21	82	7	62	27	22	35	14	1.93
2475320--2475378	31	1.9	31	89	0	91	57	3	0	38	1.15
2475320--2475378	19	3.1	19	79	13	68	57	3	0	38	1.15
2478071--2478113	22	2.0	22	85	0	59	16	41	20	20	1.90
2483672--2483723	24	2.3	24	87	9	74	55	17	11	15	1.68
2484672--2484712	12	3.4	12	83	12	57	75	0	19	4	0.98
2484830--2484866	19	1.9	19	89	10	58	78	2	5	13	1.03
2487085--2487158	5	14.8	5	100	0	148	40	0	20	39	1.52
2492906--2492972	15	4.5	15	84	0	80	32	19	19	28	1.96
2492906--2492972	30	2.2	30	89	0	98	32	19	19	28	1.96
2494539--2494985	34	13.3	33	82	5	475	29	15	19	35	1.92
2499289--2499410	43	2.8	44	80	9	144	18	19	27	33	1.96
2502414--2502476	22	2.8	22	90	4	90	49	1	1	47	1.20
2502450--2502483	16	2.1	16	94	0	59	44	2	5	47	1.42
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2502597--2502632	7	5.6	7	87	12	51	61	13	0	25	1.33
2505819--2505867	24	1.9	27	84	12	68	46	4	8	40	1.52
2511385--2511455	35	2.0	35	91	0	115	30	25	8	35	1.86
2516471--2516514	24	1.9	24	86	9	65	45	18	4	31	1.69
2516532--2516602	35	2.0	35	88	0	106	30	23	8	36	1.85
2528672--2528711	20	2.0	20	90	0	62	42	7	15	35	1.75
2533284--2533342	26	2.3	26	87	0	82	30	22	8	38	1.83
2533298--2533385	26	3.4	26	88	0	122	27	13	15	43	1.85
2539631--2539673	21	2.0	21	86	9	59	58	6	0	34	1.25
2539642--2539720	19	3.8	19	75	16	61	53	5	0	41	1.23

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
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