genome.fa.s10.2.7.7.80.10.50.1000.62.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr6
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  47432654

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   

This is table  62  of  136  ( 16211 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20626195--20626232	16	2.4	16	86	0	58	23	34	5	36	1.78
20627174--20627219	20	2.2	20	84	7	56	28	28	34	8	1.87
20630064--20630202	40	3.5	40	82	6	176	38	23	20	17	1.93
20630235--20630556	41	7.9	41	87	0	437	21	21	28	28	1.98
20631072--20631106	7	5.0	7	89	10	54	14	0	42	42	1.45
20631015--20631176	69	2.4	67	86	7	220	28	0	27	44	1.55
20631144--20631188	14	3.2	14	83	0	54	22	2	42	33	1.66
20631144--20631188	21	2.1	21	84	8	56	22	2	42	33	1.66
20631950--20632249	78	3.8	78	100	0	600	19	9	18	53	1.70
20632685--20632982	148	2.0	150	96	2	557	23	15	18	43	1.87
20636981--20637165	43	4.3	43	84	1	219	22	17	28	31	1.97
20642360--20642407	25	1.9	25	86	0	69	33	16	2	47	1.58
20646638--20646670	7	4.7	7	96	0	57	30	0	0	69	0.88
20646638--20646677	14	2.8	14	88	3	62	35	0	0	65	0.93
20646670--20646715	20	2.2	21	84	3	67	41	4	6	47	1.49
20646930--20646995	32	2.0	33	94	5	116	24	22	21	31	1.98
20647099--20647207	41	2.6	42	85	11	136	35	21	17	25	1.95
20659967--20660217	124	2.0	125	99	0	495	40	7	5	46	1.56
20661744--20661933	99	1.9	98	97	1	362	44	17	11	26	1.82
20662592--20662651	25	2.3	26	83	8	70	60	1	5	33	1.29
20663288--20663321	17	1.9	18	88	5	52	79	2	11	5	1.02
20664378--20664731	131	2.7	132	86	0	476	29	24	18	27	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20664544--20664918	44	8.6	45	69	14	189	33	21	17	27	1.96
20664555--20665275	175	4.0	175	91	6	1172	32	22	16	27	1.96
20664900--20664936	18	2.1	18	94	0	65	43	16	8	32	1.77
20664918--20665275	44	8.2	44	70	15	199	32	22	17	27	1.96
20664555--20665275	369	2.0	368	96	0	1334	32	22	16	27	1.96
20678544--20678591	26	1.9	24	84	16	62	47	2	6	43	1.40
20681106--20681185	33	2.4	34	80	12	87	57	3	1	37	1.25
20681126--20681183	22	2.6	22	71	15	57	60	3	1	34	1.24
20684799--20684996	35	5.4	35	66	16	105	34	21	21	21	1.97
20684746--20685068	75	4.3	74	80	4	369	34	22	21	21	1.96
20684909--20685044	40	3.5	39	70	13	129	39	22	19	19	1.92
20684746--20685071	150	2.2	151	82	2	406	35	22	21	21	1.96
20687625--20687734	42	2.6	42	81	5	116	19	32	22	25	1.97
20691417--20691459	22	2.0	22	86	4	61	41	0	2	55	1.12
20695828--20696619	418	1.9	421	86	2	1128	31	14	18	35	1.91
20699507--20699620	41	2.7	41	83	5	131	31	17	26	24	1.97
20701278--20701475	57	3.5	57	86	0	263	52	17	4	25	1.63
20713088--20713139	26	2.0	26	96	0	95	40	23	5	30	1.78
20716815--20716944	63	2.0	64	98	1	253	36	14	15	33	1.88
20718129--20718163	17	2.1	17	88	0	52	51	8	2	37	1.47
20718169--20718196	6	4.7	6	100	0	56	50	0	0	50	1.00
20723394--20723456	33	1.9	33	83	0	81	31	1	3	63	1.19
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20724350--20724408	29	2.0	29	96	0	109	20	16	6	55	1.63
20726176--20726221	24	2.0	23	83	12	58	4	6	30	58	1.43
20728048--20728286	119	2.0	120	99	0	471	33	5	4	56	1.40
20745926--20745956	5	6.0	5	96	3	53	80	0	19	0	0.71
20746774--20746929	84	1.9	84	81	12	196	23	18	28	28	1.98
20746759--20746929	43	4.0	43	69	18	133	23	18	27	30	1.97
20747090--20747121	16	1.9	17	93	6	57	40	0	21	37	1.54
20752692--20752927	44	5.5	44	73	12	188	28	18	21	31	1.97
20752819--20753032	44	4.7	45	74	12	127	30	19	21	28	1.97
20764528--20764599	36	2.0	36	97	0	135	29	8	11	51	1.66
20769661--20769689	2	14.5	2	100	0	58	51	48	0	0	1.00
20771631--20771663	17	2.0	17	88	5	50	39	3	0	57	1.14
20771646--20771971	162	2.0	163	99	0	645	36	11	13	38	1.81
20772125--20772171	22	2.2	21	84	3	58	53	29	0	17	1.44
20772211--20772274	20	3.2	20	73	10	67	40	28	7	23	1.82
20773150--20773184	3	11.7	3	100	0	70	31	0	0	68	0.90
20774576--20774692	35	3.3	35	84	1	144	14	11	34	39	1.83
20775187--20775252	32	2.1	32	97	0	123	36	7	22	33	1.83
20776238--20776281	22	2.0	23	90	4	72	25	13	27	34	1.93
20783116--20783197	23	3.4	25	80	11	82	35	1	1	62	1.11
20783156--20783184	14	2.0	15	93	6	51	34	3	0	62	1.12
20783138--20783198	25	2.4	25	78	10	70	37	1	0	60	1.07
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20783147--20783335	94	2.0	95	98	1	371	35	4	3	56	1.35
20783250--20783278	14	2.0	15	93	6	51	34	3	0	62	1.12
20786395--20786553	79	2.0	80	96	3	295	30	7	15	47	1.73
20792666--20792762	48	2.0	48	91	0	158	36	12	23	27	1.91
20795082--20795119	19	2.0	19	94	0	67	57	2	0	39	1.12
20795267--20795293	6	4.5	6	100	0	54	51	0	0	48	1.00
20794978--20795310	178	1.9	177	85	5	465	49	12	1	36	1.50
20799815--20799868	26	2.1	26	89	0	81	37	11	11	40	1.76
20800727--20801112	132	2.9	131	91	2	621	29	23	18	28	1.98
20807665--20807718	26	2.1	26	89	0	81	37	11	11	40	1.76
20818790--20818823	2	17.0	2	100	0	68	0	50	0	50	1.00
20820816--20820848	3	11.0	3	87	12	50	66	3	30	0	1.06
20820813--20820851	12	3.2	12	89	10	62	66	7	25	0	1.18
20822540--20822564	13	1.9	13	100	0	50	68	0	0	32	0.90
20822676--20822706	15	2.0	16	93	6	55	29	0	0	70	0.87
20823111--20823147	5	7.4	5	93	0	65	56	0	2	40	1.13
20823809--20823839	15	2.0	16	93	6	55	29	0	0	70	0.87
20823989--20824151	61	2.7	61	100	0	326	27	12	18	41	1.86
20824164--20824200	5	7.4	5	93	0	65	56	0	2	40	1.13
20824688--20824737	13	3.6	14	82	17	68	68	2	0	30	1.01
20824689--20824732	23	1.9	23	86	9	63	68	2	0	29	1.02
20826085--20826118	18	1.9	17	88	5	50	58	0	2	38	1.13
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20828258--20828300	11	3.8	11	80	17	52	30	2	2	65	1.18
20828261--20828304	23	1.9	23	90	0	70	31	2	4	61	1.28
20831925--20831970	11	4.1	11	78	15	58	67	0	2	30	1.03
20833849--20833939	44	2.1	44	87	8	132	46	3	7	42	1.49
20835097--20835177	40	2.0	40	100	0	162	35	14	9	39	1.80
20839892--20840106	105	2.1	104	96	0	394	29	16	15	39	1.89
20851256--20851295	21	1.9	21	89	0	62	20	0	0	80	0.72
20857072--20857318	64	3.8	65	78	7	273	31	16	12	38	1.86
20869751--20869819	21	3.3	21	87	2	95	11	24	8	55	1.64
20878669--20878731	30	2.1	30	93	0	108	39	20	20	19	1.92
20878664--20878863	81	2.5	81	91	0	328	34	18	23	23	1.96
20879863--20879946	38	2.2	39	85	6	109	35	5	5	52	1.50
20885956--20885980	6	4.2	6	100	0	50	20	0	0	80	0.72
20887857--20887908	19	2.7	19	88	5	70	28	17	5	48	1.70
20894476--20895149	51	14.3	50	72	13	305	34	16	19	29	1.94
20894495--20894921	96	4.5	96	79	8	449	34	17	19	29	1.94
20894397--20894667	147	1.8	146	88	0	416	35	16	16	31	1.92
20894457--20894764	147	2.1	144	80	8	327	36	16	17	28	1.92
20894792--20895149	44	7.9	44	75	11	244	32	15	20	31	1.94
20894792--20895144	133	2.6	134	80	9	376	31	15	21	31	1.94
20896515--20896636	51	2.4	51	84	4	156	22	17	27	31	1.96
20897120--20897146	11	2.5	11	100	0	54	66	0	7	25	1.17
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20899864--20899904	5	8.2	5	86	13	50	21	0	0	78	0.76
20899864--20899904	11	4.1	10	81	18	50	21	0	0	78	0.76
20899868--20900126	122	2.1	122	100	0	518	27	8	3	60	1.43
20899985--20900022	13	2.8	13	88	11	51	21	0	0	78	0.74
20900107--20900161	18	3.1	17	75	19	51	16	1	3	78	0.98
20901734--20901783	22	2.3	23	86	6	68	20	0	18	62	1.34
20901734--20901784	23	2.3	22	86	6	68	19	0	19	60	1.36
20901734--20901790	22	2.7	20	79	12	60	21	0	17	61	1.35
20902824--20903000	83	2.1	83	96	2	329	50	9	4	35	1.54
20918768--20918826	31	2.0	29	83	12	75	55	1	3	38	1.26

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136