genome.fa.s10.2.7.7.80.10.50.1000.84.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr6
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  47432654

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          129   130   131   132   133   134   135   136   

This is table  84  of  136  ( 16211 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27552078--27552134	25	2.3	25	87	0	78	28	17	8	45	1.78
27555304--27555356	23	2.3	23	78	12	56	45	13	3	37	1.61
27579014--27579043	15	2.0	15	93	0	51	33	10	6	50	1.62
27579057--27579091	15	2.3	15	90	0	52	25	20	11	42	1.85
27580464--27580553	42	2.1	42	86	8	121	40	17	10	32	1.83
27582894--27582987	46	2.0	46	95	0	170	22	20	23	34	1.97
27583321--27583464	62	2.2	64	90	8	222	48	7	13	29	1.71
27584382--27584435	19	2.8	19	80	2	63	72	1	16	9	1.19
27586613--27586704	46	2.0	46	95	0	166	23	21	21	32	1.98
27588952--27589012	11	5.7	10	81	16	70	70	9	3	16	1.27
27588963--27589014	9	4.6	12	79	18	58	73	9	1	15	1.18
27588953--27588999	24	2.0	24	91	8	78	68	10	4	17	1.35
27588951--27589014	33	1.9	33	90	9	103	70	9	4	15	1.30
27588953--27589012	24	2.8	19	83	16	66	70	10	3	16	1.29
27588976--27589013	20	1.9	20	94	0	67	71	10	2	15	1.25
27589955--27589983	15	1.9	15	100	0	58	75	0	24	0	0.80
27589954--27590014	18	3.6	18	80	8	65	63	1	24	9	1.34
27590062--27590134	34	2.2	32	81	11	85	61	1	27	9	1.35
27595355--27595650	39	7.4	39	82	8	324	32	18	13	35	1.90
27595402--27595646	87	2.9	86	84	7	283	31	19	14	34	1.92
27595377--27595612	126	1.9	125	90	0	373	32	19	14	33	1.91
27597669--27597709	14	2.9	15	79	17	52	48	9	0	41	1.36
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27603969--27604053	45	1.9	44	85	7	118	37	15	18	28	1.91
27607771--27607810	20	2.0	20	100	0	80	35	30	20	15	1.93
27609893--27609931	18	2.2	18	90	0	60	41	15	10	33	1.81
27609902--27609983	36	2.3	36	82	0	92	46	19	4	29	1.71
27621994--27622037	23	1.9	22	82	17	54	36	25	0	38	1.56
27626744--27626977	99	2.3	104	80	7	255	24	28	20	26	1.99
27626687--27626984	49	5.9	50	79	6	255	24	27	19	27	1.99
27636916--27637007	22	4.0	22	70	19	64	39	25	14	21	1.91
27648270--27648352	42	2.0	42	92	0	139	32	18	9	39	1.83
27654104--27654145	9	4.6	9	87	3	57	0	2	16	80	0.81
27654107--27654143	19	1.9	19	89	10	58	0	2	16	81	0.81
27656926--27656987	20	3.1	20	75	9	72	14	32	19	33	1.92
27656933--27656996	20	3.2	19	70	16	58	14	32	15	37	1.87
27661173--27661218	19	2.3	20	72	24	51	58	0	8	32	1.28
27664995--27665032	18	2.2	18	90	4	60	60	5	26	7	1.46
27666771--27666818	20	2.4	20	82	0	60	20	18	18	41	1.90
27684629--27684705	26	3.0	25	81	12	102	35	19	9	36	1.84
27687949--27688077	45	2.9	45	80	6	131	33	22	15	28	1.95
27693198--27693398	45	4.5	45	82	2	208	35	24	12	27	1.91
27693198--27693398	89	2.2	90	80	4	219	35	24	12	27	1.91
27708867--27708928	32	1.9	34	83	9	85	25	1	9	62	1.35
27709725--27709803	31	2.5	31	83	4	88	20	25	30	24	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27714826--27714852	14	1.9	14	100	0	54	37	29	14	18	1.91
27715754--27715797	5	8.8	5	84	0	52	22	52	0	25	1.48
27724756--27724947	51	3.8	49	79	6	179	31	27	14	26	1.95
27731339--27731416	27	2.9	27	78	0	93	24	14	20	41	1.89
27741027--27741130	22	4.7	22	87	0	145	29	14	20	35	1.92
27742484--27742745	135	1.9	134	95	0	470	31	19	13	34	1.91
27765610--27765735	63	2.0	63	93	3	218	36	11	11	40	1.78
27773840--27773913	25	3.0	25	76	13	71	22	20	22	33	1.97
27778047--27778134	37	2.4	37	88	1	124	14	12	32	39	1.84
27782462--27782622	45	3.5	44	78	11	139	22	18	24	34	1.96
27796413--27796456	21	2.1	21	91	0	70	38	4	13	43	1.65
27801072--27801141	24	3.0	23	81	8	70	37	5	5	51	1.50
27806773--27806819	7	6.9	7	90	4	78	70	0	14	14	1.18
27806774--27806817	13	3.3	13	90	3	70	70	0	15	13	1.17
27806773--27806824	20	2.5	20	90	6	77	69	0	17	13	1.19
27808169--27808667	44	10.7	44	66	16	164	32	18	22	27	1.97
27808168--27808724	142	3.9	142	94	0	961	33	17	21	27	1.96
27808803--27809164	50	7.2	50	72	4	291	33	22	19	25	1.97
27808771--27809180	100	4.1	100	92	0	658	31	22	19	26	1.97
27810832--27810922	24	3.8	23	77	10	76	34	5	6	53	1.50
27814383--27814426	22	2.0	22	82	4	54	45	22	18	13	1.84
27829467--27829775	53	5.9	52	84	6	329	31	14	23	30	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27829467--27829784	79	4.0	78	86	5	358	30	14	23	30	1.95
27829467--27829775	132	2.3	132	90	2	478	31	14	23	30	1.95
27829467--27829784	27	12.0	27	80	8	343	30	14	23	30	1.95
27829938--27830034	27	3.6	27	72	10	81	39	12	26	21	1.89
27835052--27835138	45	1.9	45	90	0	138	26	16	24	33	1.95
27837451--27837761	153	2.0	155	98	1	608	57	5	5	31	1.44
27837885--27837971	3	29.3	3	72	6	70	63	3	5	27	1.34
27839331--27839451	35	3.5	35	87	2	172	42	28	9	18	1.82
27842462--27842646	51	3.7	50	79	6	203	29	27	16	25	1.97
27842460--27842644	101	1.8	101	89	3	291	30	27	16	25	1.97
27847499--27847557	26	2.2	28	85	11	79	55	6	0	37	1.26
27847392--27847782	197	2.0	197	100	0	782	45	7	8	38	1.64
27847696--27847754	26	2.2	28	85	11	79	55	6	0	37	1.26
27848565--27848606	13	3.2	13	80	12	59	45	11	14	28	1.80
27848555--27848606	26	2.0	27	92	3	88	46	11	13	28	1.78
27848566--27848622	26	2.2	26	84	6	71	43	17	12	26	1.84
27848826--27848874	19	2.5	20	83	12	66	42	4	0	53	1.20
27851649--27851676	7	4.0	7	100	0	56	85	0	14	0	0.59
27854995--27855019	8	3.1	8	100	0	50	24	0	0	76	0.80
27858367--27858395	10	2.7	11	89	10	51	68	6	13	10	1.37
27858863--27858893	15	2.1	14	94	5	53	16	16	19	48	1.81
27867366--27867423	30	1.9	30	85	0	80	36	3	25	34	1.73
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27867636--27867666	13	2.4	13	94	0	53	25	3	9	61	1.42
27867762--27867954	50	3.8	50	84	0	224	26	22	30	20	1.98
27874192--27874355	82	2.0	82	97	0	310	32	3	36	26	1.74
27896888--27896934	20	2.3	20	85	0	58	25	19	29	25	1.98
27910644--27910677	16	2.2	16	89	5	52	8	41	0	50	1.34
27911951--27911995	22	2.0	22	87	8	65	28	0	20	51	1.48
27918833--27918859	14	1.9	14	100	0	54	66	0	18	14	1.25
27927691--27927724	16	2.2	16	94	5	61	52	14	5	26	1.64
27928066--27928135	35	2.0	35	97	0	131	28	4	22	44	1.72
27935023--27935054	16	2.0	16	100	0	64	25	31	6	37	1.81
27942678--27942714	14	2.6	14	91	0	65	43	21	5	29	1.75
27948342--27948402	26	2.3	26	81	8	79	21	13	4	60	1.51
27949544--27949588	22	2.0	22	100	0	90	33	13	22	31	1.92
27950642--27950709	20	3.4	21	73	15	63	32	19	29	19	1.96
27950925--27950950	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
27957232--27957257	1	26.0	1	100	0	52	0	100	0	0	0.00
27973831--27973889	23	2.5	24	75	10	68	44	15	18	22	1.87
27976911--27977756	65	13.0	65	100	0	1692	32	4	12	50	1.60
27982246--27982677	216	2.0	218	98	0	841	40	15	11	32	1.83
27990355--27990393	19	2.1	19	95	0	69	51	10	10	28	1.68
27990345--27990470	54	2.3	54	91	0	207	45	14	8	31	1.75
27990409--27990445	19	1.9	19	88	0	56	54	10	5	29	1.57
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27994431--27994523	19	5.1	19	70	17	79	47	12	10	29	1.76
27994428--27994546	54	2.2	54	92	0	202	46	14	10	29	1.77
28023464--28023492	13	2.2	13	100	0	58	37	6	24	31	1.82
28031757--28031818	30	2.1	30	84	6	81	50	9	6	33	1.61
28039985--28040046	20	3.0	20	72	9	52	51	14	4	29	1.63
28040096--28040129	9	3.8	9	88	0	50	47	8	0	44	1.34
28046031--28046067	2	18.5	2	94	0	65	48	0	0	51	1.00
28046557--28046913	43	8.4	43	90	2	542	29	32	18	19	1.96
28046566--28046884	169	1.9	169	94	1	568	28	31	19	20	1.97
28046887--28046939	26	2.0	26	88	0	79	33	39	9	16	1.81

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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