genome.fa.s10.2.7.7.80.10.50.1000.25.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr6
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  47432654

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  25  of  136  ( 16211 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7943340--7943401	29	2.1	29	84	0	79	56	6	12	24	1.60
7960053--7960106	27	2.0	27	82	3	65	44	7	1	46	1.42
7963022--7963067	19	2.4	20	85	7	69	45	4	0	50	1.21
7966308--7966735	215	2.0	215	100	0	856	33	21	6	39	1.78
7968118--7968313	56	3.1	65	70	16	178	51	14	13	19	1.76
7968056--7968400	122	2.7	125	84	7	414	51	14	14	19	1.75
7968382--7968420	20	1.9	21	94	5	71	69	10	5	15	1.34
7968329--7968478	79	1.9	83	83	5	200	58	10	11	20	1.62
7975892--7975938	15	3.5	15	72	27	59	59	6	14	19	1.56
7975881--7975940	25	2.4	25	97	0	111	58	6	15	20	1.59
7976013--7976040	12	2.3	12	100	0	56	35	17	10	35	1.85
7976161--7976979	138	5.9	138	99	0	1604	47	14	8	29	1.73
7978832--7978892	20	3.1	19	82	15	70	32	11	29	26	1.91
7983094--7983175	40	2.0	42	95	4	150	17	14	32	35	1.90
7984503--7984555	12	4.6	12	86	6	56	13	5	3	77	1.09
7984503--7984558	11	4.8	12	85	10	71	14	7	3	75	1.16
7985045--7985105	20	3.1	19	80	15	61	34	11	27	26	1.91
7990100--7990237	74	1.9	74	92	0	231	31	24	18	24	1.98
7990341--7990570	51	4.6	51	84	6	303	30	26	20	23	1.98
7990383--7990565	101	1.8	102	93	1	323	30	26	19	23	1.98
7992587--7992635	23	2.1	22	85	14	64	63	6	0	30	1.19
7993479--7993536	3	19.3	3	96	0	107	32	0	1	65	1.03
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7993489--7993592	18	6.1	16	78	14	61	32	2	2	61	1.25
7993786--7993827	16	2.7	16	85	3	59	35	0	4	59	1.19
7993786--7993827	14	3.1	13	78	21	50	35	0	4	59	1.19
7993872--7993924	21	2.5	21	81	6	54	32	1	9	56	1.42
7995990--7996288	29	10.3	29	89	3	185	38	22	13	25	1.91
7996020--7996315	29	10.2	29	87	1	342	38	22	13	25	1.91
8004818--8005026	104	2.0	104	98	1	402	22	11	32	34	1.89
8009348--8009392	19	2.4	18	82	10	54	44	2	22	31	1.65
8009340--8009390	20	2.6	20	81	12	61	45	3	21	29	1.70
8015343--8015450	52	2.1	53	89	1	164	43	7	20	28	1.78
8016679--8016711	15	2.3	15	89	5	50	24	3	6	66	1.28
8020600--8020649	20	2.5	19	78	18	57	38	24	6	32	1.79
8020793--8020858	26	2.7	24	80	13	73	30	21	24	24	1.99
8020798--8020857	23	2.4	25	79	15	72	30	23	25	21	1.99
8023629--8023708	29	2.8	29	86	0	106	23	13	21	41	1.89
8023605--8023729	29	4.3	29	75	7	101	24	14	21	40	1.90
8027484--8027877	51	7.8	51	77	5	343	26	15	27	29	1.96
8027484--8027877	102	3.9	101	82	5	456	26	15	27	29	1.96
8027484--8027874	202	1.9	201	82	4	491	27	15	27	30	1.96
8027892--8028035	42	3.7	41	72	21	137	25	15	26	32	1.95
8027896--8028072	75	2.4	75	87	3	259	23	16	26	32	1.96
8031350--8031383	17	2.0	17	94	0	59	29	0	32	38	1.58
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8035241--8035273	11	3.1	11	86	4	50	30	15	12	42	1.83
8035508--8035827	160	2.0	161	99	0	633	45	19	6	28	1.76
8038856--8038890	18	1.9	18	94	0	61	45	17	14	22	1.84
8043020--8043205	50	3.7	50	90	0	273	25	24	29	20	1.99
8050695--8050725	2	15.5	2	100	0	62	0	48	0	51	1.00
8054926--8055008	27	3.0	27	87	5	94	31	24	26	18	1.97
8054943--8055008	27	2.4	27	92	0	105	33	25	28	12	1.92
8054944--8055071	66	2.0	63	86	4	175	31	26	30	11	1.92
8054971--8055046	39	1.9	39	89	0	116	32	26	30	10	1.90
8055007--8055176	24	6.7	24	75	14	162	29	27	31	12	1.93
8055004--8055175	51	3.3	51	76	12	181	29	27	31	11	1.92
8058110--8058144	3	11.7	3	100	0	70	31	0	0	68	0.90
8058503--8058550	25	2.0	24	100	0	69	20	0	12	66	1.24
8065058--8065249	30	6.4	30	68	11	81	40	11	22	25	1.88
8065090--8065313	119	1.9	119	87	1	333	39	13	24	23	1.90
8065225--8065308	29	2.8	29	78	10	89	41	14	25	19	1.88
8065238--8065308	29	2.4	30	83	2	90	42	12	28	16	1.85
8065091--8065350	119	2.2	119	83	1	315	38	13	25	23	1.91
8065299--8065355	30	1.9	30	88	0	87	31	14	31	22	1.93
8065091--8065381	119	2.4	118	81	2	289	37	14	25	23	1.92
8071693--8072100	58	7.2	58	77	7	311	23	26	13	35	1.93
8071705--8071898	29	6.7	29	75	3	194	23	28	12	35	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8071905--8072100	29	6.8	29	78	4	216	23	27	13	35	1.92
8071961--8072120	87	1.8	87	90	0	257	24	26	13	36	1.92
8077054--8077103	16	3.3	15	83	5	57	44	4	18	34	1.68
8077521--8077611	29	3.1	29	87	0	137	20	7	30	40	1.81
8098868--8098892	13	1.9	13	100	0	50	16	4	0	80	0.87
8107054--8107190	50	2.7	50	85	0	175	27	24	27	21	1.99
8110745--8110802	29	2.0	29	100	0	116	41	13	24	20	1.89
8116835--8116872	13	2.9	13	84	11	51	55	0	2	42	1.14
8144788--8144852	23	2.7	25	80	13	75	40	1	0	58	1.07
8144840--8144886	19	2.6	19	80	6	62	59	4	2	34	1.29
8147020--8147068	21	2.3	21	85	0	62	48	10	8	32	1.66
8147154--8147181	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
8171450--8171546	50	1.9	50	95	4	178	35	2	13	49	1.54
8172650--8172682	17	2.1	16	88	11	50	42	0	12	45	1.41
8172657--8172690	16	2.1	17	88	5	52	44	0	14	41	1.45
8173184--8173227	13	3.4	13	80	0	52	43	2	22	31	1.66
8178761--8178786	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
8188597--8188631	18	2.0	17	88	5	52	45	0	0	54	0.99
8199166--8199205	19	2.2	18	90	4	62	22	7	0	70	1.12
8202106--8202145	19	2.1	19	90	9	64	50	10	10	30	1.69
8211746--8211770	9	2.8	9	100	0	50	44	12	0	44	1.41
8213694--8213726	16	2.0	17	88	5	50	39	12	6	42	1.67
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8224424--8224558	69	2.0	69	83	2	173	35	22	20	20	1.96
8224499--8224597	35	2.7	37	75	15	105	36	24	21	18	1.95
8225023--8225082	18	3.3	18	68	32	56	35	28	5	31	1.79
8225018--8225092	36	2.1	36	100	0	150	33	26	5	34	1.79
8227537--8227629	19	4.8	19	92	5	132	34	18	10	36	1.85
8227530--8227629	40	2.6	39	87	6	134	34	19	10	37	1.85
8238111--8238160	26	2.0	25	92	7	84	28	18	12	42	1.85
8238756--8238797	22	1.9	22	85	0	57	47	14	2	35	1.57
8242850--8242879	10	2.9	10	95	5	51	30	0	0	70	0.88
8245604--8245729	28	4.5	28	88	0	180	31	12	25	30	1.93
8252692--8252817	28	4.5	28	85	4	164	29	14	26	30	1.95
8253529--8254025	70	7.1	69	86	3	613	26	15	15	42	1.87
8253544--8254014	23	20.2	24	67	12	187	26	16	15	41	1.88
8258184--8258225	22	1.9	22	90	0	66	38	7	9	45	1.64
8258435--8258589	28	5.2	28	67	17	73	27	5	3	63	1.31
8258436--8258587	50	3.3	50	66	22	157	27	5	3	63	1.31
8258435--8258617	89	2.1	90	97	2	352	30	4	3	62	1.31
8262870--8262910	3	13.7	3	100	0	82	65	0	0	34	0.93
8262909--8262964	3	18.7	3	96	0	103	35	0	30	33	1.58
8262903--8262967	12	5.4	12	94	0	94	40	0	26	33	1.56
8264450--8264647	44	4.5	44	73	8	170	26	26	19	27	1.99
8264662--8264919	89	2.9	89	88	1	401	23	24	24	27	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8264671--8264899	45	5.1	45	69	10	182	23	25	23	27	2.00
8265235--8265288	24	2.2	24	87	6	74	29	22	9	38	1.85
8271768--8271903	69	2.0	67	95	2	245	53	9	8	28	1.62
8272210--8272262	3	17.7	3	92	0	88	64	0	3	32	1.12
8273598--8273640	22	2.0	22	90	9	70	46	11	13	27	1.78
8273764--8274133	184	2.0	182	92	1	605	47	8	14	29	1.75
8274890--8274995	49	2.2	49	94	0	185	31	4	20	43	1.73
8277813--8277847	18	1.9	18	94	0	61	37	20	14	28	1.91
8283467--8283526	30	1.9	32	83	6	79	66	18	13	1	1.32
8285858--8285967	42	2.6	42	84	4	141	30	24	19	26	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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