genome.fa.s10.2.7.7.80.10.50.1000.58.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr6
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  47432654

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   

This is table  58  of  136  ( 16211 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19181818--19181950	63	2.1	63	91	0	212	36	25	11	27	1.90
19181924--19182116	68	2.8	67	88	3	287	36	19	5	39	1.74
19182949--19182974	12	2.2	12	100	0	52	50	7	0	42	1.31
19183003--19183032	15	1.9	16	93	6	53	46	3	0	50	1.18
19183130--19183185	19	3.0	18	73	21	53	35	7	0	57	1.26
19189496--19189824	170	1.9	168	90	3	518	27	17	16	38	1.91
19195365--19195484	62	1.9	63	98	1	233	30	13	20	35	1.91
19200075--19200146	31	2.4	29	77	11	81	31	0	4	63	1.13
19200884--19200953	5	14.0	5	100	0	140	60	0	0	40	0.97
19202610--19202671	25	2.4	25	83	2	70	61	1	0	37	1.06
19202668--19202711	21	2.1	21	84	12	56	56	4	0	38	1.20
19203086--19203114	13	2.2	13	100	0	58	13	6	17	62	1.52
19203224--19203269	16	2.9	16	84	12	67	41	8	23	26	1.83
19203225--19203279	16	3.4	16	78	14	60	41	9	21	27	1.83
19203448--19203579	58	2.3	58	84	5	169	49	3	0	46	1.22
19207602--19207634	17	1.9	18	88	11	52	42	12	0	45	1.41
19208544--19208599	21	2.5	22	80	11	69	25	26	10	37	1.88
19208557--19208600	21	2.1	21	91	0	70	20	27	9	43	1.82
19210332--19210889	185	3.0	184	88	2	823	33	8	17	40	1.79
19211389--19211431	22	2.0	22	86	9	61	48	11	16	23	1.78
19221082--19221266	101	1.8	102	85	3	266	23	16	28	31	1.96
19221270--19221364	45	2.1	45	96	0	172	27	18	23	30	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19223300--19223332	17	2.0	17	88	5	50	69	6	21	3	1.24
19224166--19224222	3	19.0	3	82	7	71	33	3	1	61	1.23
19227644--19227685	21	2.0	22	95	4	77	52	9	0	38	1.34
19227644--19227685	11	3.9	11	93	6	77	52	9	0	38	1.34
19233046--19233144	45	2.2	45	84	7	123	31	21	6	41	1.77
19238835--19238905	29	2.4	29	79	9	99	45	19	11	23	1.83
19238797--19238926	29	4.5	29	76	7	95	43	19	11	25	1.84
19240673--19240734	27	2.3	26	75	2	61	29	17	27	25	1.98
19242090--19242114	10	2.5	10	100	0	50	52	8	0	40	1.31
19243382--19243420	10	4.0	10	84	15	55	10	0	30	58	1.31
19243382--19243420	19	2.1	19	90	9	62	10	0	30	58	1.31
19248238--19248283	17	2.6	18	78	21	53	10	21	2	65	1.35
19251481--19251535	27	2.0	27	96	0	101	47	25	14	12	1.80
19259861--19259910	21	2.3	22	86	3	66	26	12	22	40	1.88
19259883--19259972	47	1.9	47	81	4	110	21	15	26	36	1.93
19260122--19260166	22	2.0	22	87	8	65	28	0	20	51	1.48
19264911--19264943	17	1.9	17	93	0	57	66	0	9	24	1.20
19267852--19268088	29	8.4	29	72	12	93	24	27	11	36	1.90
19280493--19280545	26	2.0	27	88	3	81	26	20	22	30	1.98
19286335--19286396	29	2.1	29	82	11	74	54	16	9	19	1.68
19286718--19286853	49	2.8	49	86	0	200	32	21	16	30	1.95
19303694--19303754	25	2.4	25	81	10	72	37	3	3	55	1.32
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19305518--19305624	43	2.5	42	79	10	121	20	19	26	33	1.97
19319165--19319263	28	3.5	28	91	0	153	31	12	26	30	1.92
19326450--19326496	22	2.1	22	84	7	60	17	21	19	42	1.89
19328624--19328656	17	1.9	17	93	0	57	15	12	15	57	1.65
19334465--19334515	19	2.8	17	75	18	50	58	0	9	31	1.30
19335355--19335458	42	2.4	43	79	1	111	30	17	20	31	1.95
19336010--19336110	48	2.1	48	81	3	123	23	14	18	42	1.88
19338700--19338959	50	5.2	50	90	0	394	27	19	31	21	1.97
19344462--19344643	90	2.0	91	98	1	357	36	17	18	27	1.93
19348057--19348093	18	2.1	18	100	0	74	43	29	21	5	1.75
19349579--19349719	51	2.8	51	81	8	178	24	17	28	29	1.97
19356413--19356486	32	2.3	32	81	9	80	27	35	13	24	1.93
19359047--19359240	50	3.9	50	78	2	185	28	21	27	22	1.99
19367260--19367614	175	2.0	176	86	1	498	40	18	14	27	1.89
19368217--19368276	28	2.1	28	90	0	93	35	15	20	30	1.93
19368492--19368635	52	2.8	52	79	2	173	40	20	8	30	1.81
19376268--19376308	20	2.0	20	95	0	73	26	14	26	31	1.95
19376270--19376324	20	2.8	20	85	0	56	27	16	32	23	1.96
19387048--19387097	4	12.5	4	95	0	91	50	28	0	22	1.49
19396141--19396170	14	2.1	14	93	0	51	13	3	0	83	0.77
19400585--19400612	13	2.2	13	100	0	56	46	0	0	53	1.00
19403075--19403109	18	1.9	18	100	0	70	34	5	8	51	1.56
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19404175--19404206	14	2.3	15	89	10	50	46	0	6	46	1.27
19410979--19411017	20	2.0	20	84	0	51	30	23	2	43	1.67
19410978--19411035	30	2.0	29	86	10	82	31	20	5	43	1.74
19415904--19415961	20	2.9	20	84	0	62	17	37	13	31	1.89
19416332--19416386	24	2.3	24	93	3	94	38	1	18	41	1.61
19416096--19416617	275	1.9	275	98	0	1017	36	8	21	33	1.83
19425288--19426022	367	2.0	367	100	0	1470	38	7	20	33	1.82
19432282--19432311	11	2.7	11	94	0	51	30	0	43	26	1.55
19433509--19433603	46	2.1	46	93	0	163	36	21	18	23	1.95
19435985--19436048	33	2.0	31	84	6	83	34	14	23	28	1.93
19441252--19441436	101	1.8	102	87	5	277	25	17	26	30	1.98
19441249--19441434	51	3.7	50	80	6	207	25	17	26	30	1.97
19441662--19441693	16	2.0	16	93	0	55	59	0	15	25	1.36
19449488--19449532	19	2.4	19	96	3	83	46	8	15	28	1.76
19452948--19453036	3	29.7	3	69	13	58	58	5	0	35	1.22
19452928--19453031	33	3.2	33	93	4	169	54	6	0	38	1.27
19454005--19454064	26	2.3	26	82	8	68	65	1	1	31	1.13
19454011--19454070	31	1.9	31	83	10	77	66	3	1	28	1.17
19455421--19455524	49	2.1	49	85	8	140	36	7	10	45	1.68
19455444--19455560	49	2.5	47	79	6	139	31	8	12	47	1.72
19455895--19455989	37	2.6	37	84	0	127	43	15	17	23	1.88
19459725--19459945	99	2.2	101	81	7	250	21	27	23	27	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19459725--19459945	50	4.3	50	82	5	230	21	27	23	27	1.99
19460763--19460804	21	2.0	21	100	0	84	23	19	14	42	1.87
19464206--19464336	50	2.6	51	78	3	140	29	22	27	20	1.99
19477589--19477622	16	2.2	15	89	5	50	79	2	5	11	1.02
19482213--19482415	113	1.8	112	98	1	397	34	11	17	36	1.86
19484335--19484520	51	3.7	49	78	9	180	26	16	26	30	1.96
19488572--19488636	20	3.2	20	64	23	55	18	18	16	46	1.85
19497209--19497292	42	2.0	42	97	0	159	21	29	23	25	1.99
19498281--19498377	28	3.5	28	89	0	140	30	15	25	27	1.96
19514507--19514715	44	4.8	44	68	9	138	32	19	24	23	1.97
19514505--19514804	132	2.3	132	88	3	462	31	19	24	25	1.98
19532762--19532861	48	2.1	48	92	5	168	31	16	8	45	1.76
19537687--19537724	20	2.0	20	84	5	51	36	5	13	44	1.66
19537812--19537935	23	5.5	23	69	5	101	48	18	0	25	1.52
19537877--19538038	23	7.4	20	79	14	55	50	22	0	27	1.50
19537812--19537996	61	3.0	61	85	5	219	47	21	0	25	1.53
19537896--19537973	38	2.1	37	82	2	93	50	23	0	26	1.50
19537938--19538087	46	3.3	45	82	4	194	48	24	0	26	1.51
19537874--19538097	107	2.0	110	86	8	312	50	22	0	26	1.49
19537938--19538089	45	3.3	45	79	11	184	48	25	0	26	1.51
19537938--19538098	23	7.0	23	80	9	170	49	23	0	27	1.51
19537933--19538087	68	2.2	68	84	8	199	49	24	0	26	1.51
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19542157--19542189	13	2.5	13	100	0	66	15	27	27	30	1.96
19542948--19543001	26	2.2	24	83	6	63	27	3	1	66	1.19
19544965--19544991	14	1.9	14	100	0	54	29	14	22	33	1.94
19546486--19546582	48	2.0	48	92	5	162	31	16	8	43	1.77
19550648--19550920	23	12.3	23	73	16	168	50	23	0	26	1.52
19550666--19550919	45	5.8	44	75	19	158	50	22	0	26	1.52
19550648--19550907	68	4.0	66	81	11	302	49	24	0	25	1.53
19550773--19550920	23	6.5	23	86	7	194	50	25	0	25	1.50
19550648--19550922	152	1.8	152	96	0	514	49	23	0	26	1.53
19553836--19554081	125	2.0	125	88	1	368	34	20	15	30	1.93

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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