genome.fa.s10.2.7.7.80.10.50.1000.56.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr6
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  47432654

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   

This is table  56  of  136  ( 16211 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18448735--18448805	37	1.9	37	88	5	108	38	4	22	35	1.74
18448986--18449161	95	1.9	95	83	4	230	28	18	17	35	1.93
18450325--18450377	26	2.0	26	96	0	97	24	9	28	37	1.86
18455500--18455618	29	4.1	29	78	8	116	24	26	13	35	1.93
18455571--18455659	29	3.1	29	85	6	126	30	25	8	34	1.87
18460176--18460242	34	2.0	34	85	5	91	61	1	0	37	1.05
18461423--18461514	10	9.6	10	72	18	54	55	1	1	42	1.14
18461471--18461515	10	4.4	11	81	13	60	55	0	2	42	1.12
18465097--18465225	64	2.0	64	98	0	249	50	12	4	32	1.60
18465216--18465367	25	6.3	25	80	11	183	46	13	0	39	1.44
18465188--18465342	45	3.4	44	79	11	193	49	13	0	37	1.43
18465188--18465367	95	1.9	94	96	1	333	47	13	0	38	1.43
18465829--18465868	18	2.2	18	95	0	71	40	7	30	22	1.81
18466702--18466739	20	1.9	20	84	10	51	55	7	2	34	1.43
18480688--18480720	16	2.1	16	100	0	66	42	6	21	30	1.77
18481027--18481089	26	2.4	26	86	0	90	38	12	11	38	1.79
18491539--18491594	25	2.2	25	87	0	76	28	26	17	26	1.98
18497980--18498130	64	2.4	64	95	0	266	44	17	14	23	1.86
18506588--18506630	21	2.0	21	82	8	52	41	27	16	13	1.86
18508393--18508427	16	2.1	17	89	5	54	11	2	42	42	1.55
18509384--18509666	54	5.3	54	83	3	333	45	20	15	18	1.85
18509384--18509666	27	10.6	27	83	2	302	45	20	15	18	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18517997--18518035	19	2.1	19	100	0	78	30	10	10	48	1.70
18524604--18524894	33	8.8	33	81	1	269	42	14	21	21	1.88
18524620--18524894	99	2.8	99	82	3	329	43	14	20	21	1.87
18528922--18528984	28	2.3	28	94	2	110	42	9	0	47	1.36
18530003--18530068	28	2.3	30	86	5	91	50	3	12	34	1.55
18530228--18530258	9	3.4	9	90	0	53	25	12	22	38	1.90
18530312--18530348	9	4.1	9	92	0	65	45	13	10	29	1.77
18530611--18530662	25	2.1	25	96	0	95	46	0	17	36	1.48
18550736--18550883	75	2.0	75	98	0	287	35	12	16	35	1.86
18561703--18561773	25	2.8	25	86	0	106	32	19	22	25	1.98
18572961--18573432	242	2.0	241	95	1	847	34	19	6	40	1.77
18575991--18576158	91	1.8	91	100	0	336	28	21	14	35	1.93
18578166--18578195	15	2.0	15	93	0	51	43	20	10	26	1.83
18585398--18585507	54	2.0	54	96	0	202	46	23	3	26	1.69
18594262--18594327	25	2.6	25	78	2	78	37	9	19	33	1.84
18595365--18595393	12	2.4	12	100	0	58	37	0	20	41	1.53
18601675--18601721	24	1.9	24	86	4	67	34	0	36	29	1.58
18602355--18602758	81	5.0	81	88	0	531	37	21	18	22	1.94
18602354--18602778	27	15.8	27	80	3	417	37	20	19	22	1.95
18602805--18602874	11	6.0	11	69	12	50	18	5	25	50	1.69
18602797--18602882	24	3.6	24	88	0	109	22	5	23	48	1.71
18602950--18603006	27	2.1	27	81	12	64	21	24	21	33	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18603008--18603062	26	2.1	26	86	0	74	12	18	32	36	1.88
18603053--18603209	32	4.9	32	82	0	179	24	21	18	35	1.96
18603836--18603933	49	2.0	49	96	4	180	28	13	16	41	1.86
18605846--18605879	14	2.3	15	85	10	52	26	0	23	50	1.50
18605853--18605902	22	2.2	22	86	10	66	26	2	22	50	1.60
18606305--18606374	16	4.4	16	92	0	95	31	1	35	31	1.67
18606354--18606447	45	2.1	44	90	2	143	32	7	27	31	1.85
18606607--18606641	18	2.0	17	88	5	52	54	0	0	45	0.99
18615987--18616226	50	4.7	50	84	3	273	27	20	28	22	1.99
18616445--18616483	12	3.2	12	85	0	51	51	5	23	20	1.67
18621924--18621948	6	4.2	6	100	0	50	16	52	16	16	1.76
18622534--18622589	25	2.2	25	90	0	85	16	10	21	51	1.74
18627873--18628472	106	5.7	106	100	0	1200	21	32	21	25	1.98
18635559--18635664	50	2.1	51	85	5	153	20	33	21	24	1.97
18647667--18647708	17	2.5	17	88	0	57	14	35	38	11	1.83
18649103--18649217	57	2.0	57	94	0	203	36	24	23	15	1.94
18658149--18658211	30	2.1	30	100	0	126	31	6	25	36	1.81
18663564--18663599	13	2.8	13	91	0	54	44	0	13	41	1.44
18667421--18667611	51	3.8	50	76	11	192	30	27	16	25	1.96
18667417--18667603	101	1.8	102	88	3	288	31	27	16	24	1.96
18667414--18667641	101	2.2	102	81	6	277	30	27	15	26	1.96
18672079--18672117	17	2.4	17	86	4	53	28	12	28	30	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18679771--18679950	43	4.2	43	98	1	346	16	19	36	27	1.93
18681609--18681777	40	4.2	40	74	8	121	28	17	24	28	1.97
18681962--18682022	22	2.7	24	80	14	76	47	0	1	50	1.10
18681996--18682037	16	2.6	16	96	0	75	47	0	7	45	1.30
18682424--18682674	7	35.7	7	70	7	116	19	1	31	47	1.60
18682557--18682619	22	3.0	22	79	4	76	19	4	38	38	1.73
18682556--18682624	29	2.4	29	81	13	88	18	4	36	40	1.71
18682812--18682890	42	1.9	42	86	2	115	30	15	26	27	1.96
18683237--18683272	16	2.2	16	90	0	54	5	50	13	30	1.65
18684700--18685051	38	9.4	38	92	5	576	44	17	0	38	1.48
18684841--18685076	61	3.6	64	78	15	204	45	18	0	36	1.50
18695110--18695241	28	4.6	27	72	16	97	28	25	14	31	1.95
18695110--18695299	57	3.3	56	84	4	238	27	25	14	32	1.95
18697115--18697217	49	2.2	46	86	8	136	36	12	14	35	1.84
18697305--18697368	15	4.1	15	69	25	51	42	1	15	40	1.57
18697332--18697376	13	3.4	12	80	19	54	37	0	13	48	1.42
18697668--18697733	24	2.7	23	77	9	69	54	18	0	27	1.44
18697699--18697736	17	2.3	17	86	4	51	55	18	0	26	1.43
18701844--18701936	47	2.0	47	89	4	143	52	20	6	20	1.68
18701969--18702006	14	2.7	14	87	0	58	39	18	7	34	1.80
18702046--18702089	22	2.0	23	95	4	81	50	15	4	29	1.64
18702558--18702596	6	6.7	6	88	5	62	82	17	0	0	0.68
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18704292--18704337	21	2.2	21	84	0	56	45	6	2	45	1.41
18711029--18711058	2	15.0	2	100	0	60	50	50	0	0	1.00
18711061--18711093	2	16.5	2	100	0	66	0	51	0	48	1.00
18711625--18711713	45	2.0	45	86	0	124	25	22	13	38	1.91
18718384--18718422	17	2.1	20	86	13	57	38	0	10	51	1.36
18724382--18724489	51	2.1	52	87	5	157	28	20	6	44	1.76
18729634--18729912	27	10.3	27	83	2	285	43	18	17	19	1.88
18730092--18730188	26	3.7	26	83	4	124	16	24	22	36	1.94
18730295--18730367	30	2.4	30	88	4	112	21	27	20	30	1.98
18739361--18739516	33	4.6	33	68	23	99	35	28	19	16	1.94
18739164--18739520	102	3.5	103	92	2	603	32	29	19	18	1.96
18747451--18747859	103	4.0	103	99	0	800	32	29	19	18	1.96
18751711--18751736	10	2.6	10	100	0	52	50	0	23	26	1.50
18751723--18751784	16	4.1	16	83	12	94	45	0	16	38	1.47
18753553--18753584	16	1.9	17	93	6	57	40	0	0	59	0.97
18753553--18753591	16	2.4	16	86	4	51	38	2	0	58	1.12
18753760--18753791	16	1.9	17	93	6	57	59	0	0	40	0.97
18754121--18754458	153	2.2	153	87	4	475	53	7	9	28	1.60
18756008--18756058	20	2.6	19	82	11	59	56	15	11	15	1.66
18759012--18759042	9	3.4	9	90	0	53	25	12	22	38	1.90
18759473--18759530	16	3.2	18	79	16	66	25	22	0	51	1.48
18763043--18763164	40	3.0	40	87	0	172	31	16	28	23	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18766410--18766453	6	7.5	6	84	5	63	79	4	0	15	0.89
18772507--18772531	11	2.3	11	100	0	50	0	16	0	84	0.63
18773155--18773187	11	3.2	11	91	8	52	24	0	0	75	0.80
18781170--18781208	20	1.9	21	89	5	62	28	25	12	33	1.93
18781266--18781300	16	2.2	16	94	0	61	28	17	20	34	1.95
18786953--18787005	23	2.2	24	80	3	63	22	18	9	49	1.76
18792416--18792539	40	3.1	39	88	4	176	33	17	25	22	1.96
18795586--18795771	51	3.7	50	82	5	205	27	15	26	30	1.96
18808032--18808098	33	1.9	33	82	8	80	47	8	31	11	1.71
18810701--18810769	32	2.2	32	82	7	79	34	26	11	27	1.91

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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