genome.fa.s10.2.7.7.80.10.50.1000.85.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr6
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  47432654

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          129   130   131   132   133   134   135   136   

This is table  85  of  136  ( 16211 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28047656--28047773	23	5.2	23	68	13	82	38	24	6	29	1.81
28048179--28048267	46	1.9	46	86	4	126	42	20	4	32	1.72
28048169--28048351	23	8.0	23	70	10	106	39	22	5	31	1.77
28048687--28048770	39	2.1	39	84	4	105	52	4	11	30	1.59
28050222--28050345	40	3.1	39	74	10	108	20	19	20	39	1.93
28055166--28055191	12	2.2	12	100	0	52	76	7	0	15	0.99
28055207--28055246	7	5.4	7	85	8	53	82	0	17	0	0.67
28055207--28055249	14	3.0	15	83	13	63	79	0	20	0	0.74
28057446--28058037	43	13.5	45	64	7	270	30	22	22	24	1.99
28057445--28058090	88	7.4	88	90	0	1017	30	22	23	24	1.99
28058090--28058423	89	3.8	88	81	0	371	30	25	23	21	1.99
28058184--28058412	45	5.2	45	72	9	146	30	25	23	20	1.99
28058289--28058423	44	3.0	45	69	12	116	30	27	20	21	1.98
28058557--28058697	50	2.8	50	74	0	120	34	19	19	25	1.96
28058740--28059070	44	7.7	44	71	11	128	33	20	20	25	1.97
28058693--28059721	129	8.0	129	86	2	1368	33	21	19	25	1.97
28058990--28059710	44	16.7	44	66	13	189	33	21	19	25	1.97
28065557--28065633	21	3.5	21	64	10	55	41	15	19	23	1.89
28065512--28065633	45	2.7	45	83	0	154	40	15	19	24	1.91
28065685--28065749	34	1.9	34	83	0	85	44	18	16	20	1.87
28076019--28076081	21	3.0	21	88	2	90	30	3	33	33	1.74
28077138--28077196	30	2.0	30	83	6	75	28	15	25	30	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28081318--28081358	20	2.0	21	85	9	57	29	21	4	43	1.73
28081431--28081618	51	3.7	51	83	2	218	31	26	15	26	1.96
28089076--28089264	51	3.7	51	84	2	220	30	28	16	24	1.96
28098666--28098710	18	2.5	18	89	7	65	60	6	2	31	1.35
28101387--28101792	101	4.0	101	90	5	620	34	18	17	30	1.94
28104628--28104728	51	2.0	50	96	1	184	7	28	5	57	1.51
28104628--28104726	24	4.0	24	85	7	144	8	29	5	57	1.49
28111851--28111962	26	4.3	26	90	0	152	33	17	8	39	1.81
28115120--28115145	7	3.7	7	100	0	52	26	15	26	30	1.96
28116363--28116415	26	2.0	26	96	0	97	30	9	28	32	1.88
28124188--28124256	25	2.6	27	79	6	79	18	23	23	34	1.96
28129430--28129470	21	1.9	21	95	5	73	75	4	0	19	0.98
28138061--28138113	27	2.0	26	88	7	70	71	0	1	26	0.96
28138061--28138113	28	1.9	28	96	3	99	71	0	1	26	0.96
28142332--28142356	3	8.3	3	100	0	50	68	0	0	32	0.90
28147452--28147499	24	2.0	24	100	0	96	20	8	33	37	1.83
28162624--28162692	31	2.2	31	82	10	79	53	7	8	30	1.59
28167715--28167803	46	2.0	44	86	4	124	35	29	5	29	1.80
28167785--28167837	16	3.3	16	86	0	70	24	30	5	39	1.78
28168682--28169852	398	3.0	394	92	1	1961	28	18	28	24	1.98
28177297--28177328	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
28182794--28183623	38	21.8	38	100	0	1660	36	10	20	31	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28196955--28196986	16	2.0	16	93	0	55	28	6	25	40	1.79
28198265--28198377	25	4.5	25	82	4	111	22	18	23	36	1.95
28202858--28202889	13	2.5	13	94	0	55	75	12	12	0	1.06
28202841--28202912	30	2.4	30	77	9	74	73	5	19	1	1.10
28203894--28203925	13	2.5	13	94	0	55	75	12	12	0	1.06
28203877--28203948	30	2.4	30	77	9	74	73	5	19	1	1.10
28206594--28206630	16	2.3	16	95	0	65	40	5	32	21	1.76
28206612--28206704	44	2.1	44	84	9	118	31	4	27	36	1.76
28210565--28210617	9	5.7	9	76	8	52	24	0	0	75	0.80
28210565--28210622	19	3.1	19	73	7	55	29	0	0	70	0.87
28212320--28212345	13	2.0	13	100	0	52	69	15	15	0	1.20
28217838--28218016	89	2.0	89	100	0	358	55	7	12	24	1.63
28219254--28219318	29	2.2	30	81	8	80	50	10	10	27	1.70
28227884--28227935	19	2.7	18	80	16	52	42	1	3	51	1.31
28232371--28232412	21	2.0	21	85	0	57	35	28	2	33	1.70
28235627--28235687	20	3.3	19	78	15	56	21	6	0	72	1.07
28235634--28235675	20	2.1	20	86	8	59	19	7	0	73	1.05
28249651--28249709	26	2.3	26	82	2	75	62	3	3	30	1.28
28251125--28251181	29	2.0	29	85	0	78	24	15	28	31	1.96
28254332--28254495	76	2.1	77	96	3	305	37	0	14	48	1.43
28260907--28260960	26	2.0	27	85	3	74	42	16	9	31	1.80
28268718--28268809	45	2.0	46	95	2	168	40	6	17	35	1.75
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28276600--28276639	20	2.0	20	85	5	53	62	5	22	10	1.46
28277856--28277901	19	2.4	19	85	10	58	41	0	6	52	1.27
28288970--28289003	16	2.1	16	89	10	52	38	17	0	44	1.49
28292135--28292199	25	2.6	25	82	4	69	23	30	12	33	1.91
28292165--28292255	25	3.6	25	82	5	76	26	27	14	31	1.95
28292184--28292281	50	2.0	49	81	2	115	26	28	15	29	1.96
28292183--28292286	25	4.2	24	77	9	93	25	28	16	29	1.97
28292183--28292299	25	4.7	24	76	9	92	24	28	17	29	1.97
28295154--28295189	18	2.0	18	88	0	54	30	2	2	63	1.22
28302918--28302981	21	3.1	20	71	13	58	21	21	23	32	1.98
28310227--28310318	35	2.7	35	91	1	150	44	0	15	40	1.46
28310413--28310680	126	2.1	126	84	4	344	37	16	16	30	1.90
28312282--28312386	40	2.6	40	95	0	183	35	25	19	20	1.95
28312473--28312665	41	4.7	40	89	3	269	24	22	24	27	2.00
28312986--28313019	14	2.4	14	90	0	50	29	0	23	47	1.52
28312995--28313031	14	2.6	14	91	0	56	24	0	32	43	1.55
28313089--28313119	7	4.4	7	91	0	53	29	0	35	35	1.58
28313080--28313119	14	2.8	14	92	3	62	30	0	35	35	1.58
28317026--28317082	27	2.2	26	81	9	62	26	8	1	63	1.34
28317268--28317376	54	2.0	54	89	0	164	22	19	32	26	1.97
28317322--28317477	43	3.6	43	84	0	213	19	17	32	30	1.95
28318860--28318968	54	2.0	54	89	0	164	22	19	32	26	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28318914--28319069	43	3.6	43	84	0	213	19	17	32	30	1.95
28320945--28320997	21	2.5	21	90	0	79	5	13	49	32	1.65
28321249--28321292	18	2.4	18	92	0	70	43	9	27	20	1.82
28322792--28322843	25	2.1	24	85	3	68	69	0	1	28	0.99
28323883--28323959	27	2.9	27	90	0	109	27	23	38	10	1.87
28323921--28323984	27	2.4	27	83	0	74	20	29	32	17	1.95
28324773--28324817	18	2.5	18	85	0	63	28	4	46	20	1.69
28326095--28326247	10	16.1	10	64	25	57	1	32	0	66	1.00
28326092--28326247	24	6.6	24	68	20	73	1	32	0	66	1.00
28326097--28326195	20	5.1	19	73	16	87	1	31	0	67	0.97
28326097--28326241	18	7.9	18	72	14	93	1	32	0	66	1.01
28326123--28326209	38	2.3	38	95	0	156	2	34	0	63	1.07
28326377--28326421	18	2.4	18	88	3	63	4	2	8	84	0.84
28326375--28326431	28	2.0	28	83	6	71	8	1	10	78	1.02
28326426--28326490	28	2.4	27	82	7	78	49	1	9	40	1.44
28326766--28326815	22	2.2	22	82	10	57	44	6	4	46	1.47
28342556--28342601	24	1.9	25	91	8	78	28	6	0	65	1.17
28342659--28342716	30	2.0	28	81	15	66	27	6	8	56	1.55
28357063--28357095	16	2.0	17	88	5	50	63	0	0	36	0.95
28358159--28358439	139	2.0	139	90	0	445	15	25	13	44	1.83
28368495--28368529	1	35.0	1	100	0	70	100	0	0	0	0.00
28373751--28373797	20	2.3	20	92	0	76	46	14	8	29	1.74
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28373847--28373969	42	2.9	42	85	4	176	43	18	19	18	1.89
28377358--28377395	18	2.1	19	90	5	60	52	5	21	21	1.66
28388181--28388232	26	2.0	26	85	10	72	48	0	3	48	1.20
28418621--28418714	46	2.0	47	95	2	172	38	0	13	47	1.43
28420550--28420706	43	3.7	43	74	15	139	25	17	27	29	1.98
28424665--28424789	62	2.0	62	92	0	205	36	7	8	47	1.62
28427468--28427509	22	2.0	22	86	9	61	64	4	2	28	1.26
28427620--28427647	7	4.0	7	100	0	56	85	0	0	14	0.59
28432885--28432976	21	4.5	21	70	12	59	36	1	10	51	1.44
28443471--28443499	14	2.0	15	93	6	51	31	0	0	68	0.89

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
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