genome.fa.s10.2.7.7.80.10.50.1000.70.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr6
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  47432654

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  70  of  136  ( 16211 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23070485--23070579	28	3.5	28	87	5	124	46	1	0	52	1.07
23071438--23071524	25	3.5	25	95	0	147	17	22	21	37	1.93
23071438--23071572	50	2.8	48	82	11	154	17	24	20	37	1.93
23071438--23071564	25	5.3	23	88	4	105	16	25	21	37	1.94
23071486--23071565	22	3.5	23	83	8	92	16	27	20	36	1.93
23071656--23071714	31	1.9	31	92	0	100	52	3	22	22	1.61
23072786--23072838	23	2.2	24	87	9	74	58	0	0	41	0.98
23072860--23072904	23	2.0	23	90	0	72	48	8	11	31	1.69
23076453--23076477	6	4.2	6	100	0	50	16	0	0	84	0.63
23077295--23077327	16	1.9	18	88	11	52	66	0	9	24	1.20
23077569--23077622	22	2.4	23	72	6	58	48	0	1	50	1.11
23079864--23079909	14	3.0	15	84	12	58	30	2	0	67	1.03
23081399--23081539	9	16.2	9	82	10	116	0	28	0	70	0.92
23081442--23081540	3	33.0	3	93	0	171	1	31	0	67	0.97
23082516--23082916	155	2.6	150	85	9	551	34	21	17	26	1.95
23087590--23087623	5	6.8	5	90	9	52	85	14	0	0	0.60
23087589--23087629	6	7.3	6	88	5	52	85	14	0	0	0.60
23087830--23087868	18	2.2	18	90	0	60	2	10	0	87	0.65
23087829--23087867	21	1.9	20	89	5	60	2	10	0	87	0.65
23088049--23088113	33	1.9	34	87	9	98	3	15	13	67	1.35
23088127--23088164	14	2.7	14	100	0	76	7	13	52	26	1.67
23088633--23088666	5	6.8	5	90	9	52	85	14	0	0	0.60
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23088632--23088672	6	7.3	6	88	5	52	85	14	0	0	0.60
23102181--23102219	18	2.2	18	90	0	60	2	10	0	87	0.65
23102180--23102218	21	1.9	20	89	5	60	2	10	0	87	0.65
23102400--23102464	33	1.9	34	87	9	98	3	15	13	67	1.35
23102478--23102515	14	2.7	14	100	0	76	7	13	52	26	1.67
23102985--23103025	6	7.3	6	88	5	52	85	14	0	0	0.60
23102986--23103019	5	6.8	5	90	9	52	85	14	0	0	0.60
23123637--23123662	11	2.4	11	100	0	52	38	0	0	61	0.96
23129350--23129404	21	2.5	21	82	5	65	29	16	18	36	1.92
23129366--23129662	91	3.3	88	79	6	319	30	21	15	31	1.95
23131301--23131957	327	2.0	328	99	0	1307	38	11	6	43	1.67
23134269--23134316	24	2.0	24	87	0	69	39	8	18	33	1.81
23135953--23136014	13	4.8	13	77	0	70	32	9	25	32	1.88
23137642--23137705	27	2.4	26	75	15	67	68	1	6	23	1.21
23142988--23143022	17	2.0	17	88	5	52	60	0	0	40	0.97
23146644--23146694	24	2.1	24	85	0	66	41	3	43	11	1.60
23148974--23149006	17	2.0	17	94	5	59	72	3	6	18	1.18
23149517--23149554	12	3.2	12	85	7	51	73	0	0	26	0.83
23150555--23150602	21	2.3	21	77	0	51	16	39	29	14	1.88
23153478--23153508	3	10.0	3	93	6	53	64	0	0	35	0.94
23161383--23161433	23	2.2	23	89	0	75	27	7	21	43	1.80
23166960--23167005	22	2.0	24	84	16	62	26	6	0	67	1.15
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23166957--23167015	29	2.0	29	81	12	68	25	5	3	66	1.28
23167372--23167428	22	2.6	22	91	0	96	35	19	33	12	1.89
23169747--23169798	24	2.2	24	89	0	77	36	3	9	50	1.54
23169826--23169877	24	2.2	24	82	6	61	36	1	9	51	1.46
23169747--23169905	79	2.0	79	93	2	275	33	4	11	50	1.58
23178820--23178922	51	2.0	51	92	3	172	38	2	26	32	1.71
23183888--23183973	32	2.6	32	90	7	129	60	0	2	37	1.10
23183875--23183959	11	7.6	11	75	16	68	62	0	2	35	1.08
23190269--23190316	22	2.2	22	82	14	55	58	2	0	39	1.10
23189644--23191017	687	2.0	687	99	0	2739	36	10	17	35	1.84
23193069--23193173	21	5.1	20	74	14	70	46	17	20	16	1.84
23193074--23193173	42	2.4	42	77	3	103	47	17	19	17	1.84
23193086--23193187	42	2.4	42	81	3	107	43	15	22	18	1.88
23193795--23193828	17	2.0	17	88	0	50	61	5	2	29	1.34
23200078--23200110	15	2.1	16	88	5	50	27	3	0	69	1.03
23200432--23200781	125	2.8	125	86	3	492	30	15	21	32	1.94
23200940--23201020	40	2.0	40	90	4	128	19	9	33	37	1.85
23203728--23203945	116	1.9	116	97	0	409	42	9	8	39	1.68
23203961--23204210	50	4.8	50	71	18	186	26	2	26	44	1.66
23204032--23204107	29	2.6	29	87	4	109	23	1	27	47	1.60
23203999--23204072	35	2.1	36	84	2	96	27	2	31	39	1.70
23203952--23204159	111	1.8	113	89	3	330	25	2	27	44	1.68
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23204192--23204675	23	20.4	23	72	20	349	29	1	24	44	1.64
23204171--23204354	72	2.5	72	94	0	314	30	1	23	44	1.63
23204359--23204550	28	7.6	27	70	22	125	32	0	21	45	1.56
23204194--23204683	168	2.9	163	83	11	518	29	1	24	44	1.63
23204275--23204786	49	10.6	48	75	14	251	29	1	24	43	1.64
23205192--23205226	18	1.9	18	94	0	61	34	8	31	25	1.86
23205867--23205891	7	3.6	7	100	0	50	60	12	0	28	1.32
23207619--23207670	24	2.2	24	85	0	68	34	5	7	51	1.54
23212237--23212284	18	2.8	18	81	6	55	58	0	2	39	1.10
23214423--23214456	17	2.0	17	88	0	50	0	11	2	85	0.71
23215606--23215878	87	3.1	87	85	2	343	25	19	17	37	1.93
23227895--23227922	3	9.3	3	100	0	56	67	0	0	32	0.91
23230471--23230510	21	1.9	21	89	0	62	22	10	2	65	1.35
23231182--23231473	154	1.9	154	87	2	435	31	25	18	24	1.98
23232105--23232163	31	2.0	30	83	12	77	49	13	10	27	1.74
23234666--23234697	7	4.6	7	96	0	55	40	9	31	18	1.83
23234622--23234945	58	6.1	58	75	19	328	33	14	23	29	1.94
23234673--23234946	51	5.4	51	88	0	388	33	14	23	29	1.94
23234641--23234945	102	2.9	102	86	3	387	32	15	22	29	1.94
23237474--23237649	43	4.0	43	76	7	174	36	15	18	28	1.92
23237520--23237778	90	2.9	88	82	5	306	33	16	21	27	1.95
23237474--23238465	44	21.9	44	72	9	535	33	16	20	29	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23237894--23238058	86	1.9	88	84	2	226	29	16	23	30	1.96
23238019--23238317	89	3.3	88	78	3	238	32	16	19	30	1.94
23237474--23238465	139	7.3	138	73	9	483	33	16	20	29	1.94
23238243--23238495	139	1.8	139	80	5	305	35	16	18	30	1.93
23238738--23238785	25	2.0	23	88	11	71	50	29	4	16	1.64
23240085--23240132	13	3.8	13	81	13	64	27	6	0	66	1.15
23240092--23240142	21	2.4	21	81	12	68	25	3	1	68	1.17
23240085--23240132	25	1.9	25	87	8	71	27	6	0	66	1.15
23244506--23244807	162	1.9	159	86	3	435	23	9	18	47	1.78
23247069--23247109	20	2.1	20	86	4	57	70	2	2	24	1.11
23248321--23248362	22	2.0	21	90	4	66	26	9	7	57	1.56
23251497--23251576	27	3.0	27	88	0	124	35	40	11	13	1.81
23251581--23251696	24	4.8	24	89	0	124	25	46	13	14	1.81
23251581--23251711	48	2.7	48	84	0	145	27	45	14	12	1.82
23251641--23251711	24	3.0	24	97	0	133	35	42	12	9	1.76
23254494--23254536	16	2.7	16	77	0	50	20	13	20	44	1.86
23257572--23257603	13	2.4	14	85	15	50	56	0	0	43	0.99
23257676--23257719	13	3.3	14	84	9	56	50	0	0	50	1.00
23258096--23258130	16	2.2	16	94	0	61	71	0	2	25	1.00
23258270--23258305	14	2.6	14	95	0	63	33	22	0	44	1.53
23266982--23267035	19	2.8	19	94	0	99	37	11	14	37	1.82
23266982--23267066	19	4.1	21	86	4	88	41	8	12	37	1.74
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23267284--23267328	23	2.0	23	81	0	54	22	0	15	62	1.33
23269806--23269836	12	2.6	12	100	0	62	45	0	25	29	1.54
23276986--23277033	16	3.0	16	90	0	60	33	33	0	33	1.58
23291032--23291126	23	4.1	23	88	0	136	45	4	28	22	1.71
23291568--23291616	18	2.6	18	83	6	53	38	18	18	24	1.93
23292371--23292423	27	2.0	27	100	0	106	20	11	7	60	1.55
23292528--23292560	8	4.1	8	100	0	66	60	0	0	39	0.97
23292766--23292801	17	2.1	17	100	0	72	36	5	5	52	1.48
23301143--23301237	23	4.1	23	88	0	136	45	4	28	22	1.71
23305790--23305815	12	2.2	12	100	0	52	7	15	30	46	1.74

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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