genome.fa.s10.2.7.7.80.10.50.1000.9.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr6
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  47432654

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  9  of  136  ( 16211 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2539651--2539707	27	2.1	27	84	15	73	52	5	0	42	1.24
2541778--2541807	9	3.2	9	95	4	51	46	3	0	50	1.18
2549954--2550013	18	3.5	16	72	28	52	26	3	1	68	1.15
2549955--2550005	16	3.1	16	80	8	57	25	3	1	68	1.17
2551588--2551631	17	2.6	17	92	3	72	38	25	18	18	1.92
2555008--2555047	15	2.7	16	88	11	59	10	17	0	72	1.11
2564787--2564820	15	2.4	14	90	5	50	17	5	2	73	1.16
2566302--2566522	76	2.9	76	89	1	327	36	23	21	18	1.95
2566319--2566497	41	4.7	39	69	16	126	35	24	22	18	1.96
2566568--2566615	20	2.4	20	96	0	87	39	27	0	33	1.57
2581108--2581269	77	2.1	78	97	2	310	35	11	17	36	1.85
2590279--2590384	53	2.0	51	83	7	133	45	7	18	28	1.77
2590377--2590429	6	8.8	6	83	4	54	58	1	24	15	1.47
2590376--2590431	18	3.1	18	82	12	62	60	1	23	14	1.43
2592371--2592473	52	2.0	52	92	3	174	21	9	9	59	1.58
2600583--2600613	16	1.9	16	100	0	62	38	16	19	25	1.92
2601860--2601909	23	2.2	23	96	0	91	62	18	6	14	1.51
2604559--2604660	26	3.9	26	75	2	80	41	23	18	16	1.90
2604780--2605171	27	14.5	27	84	6	433	20	15	19	44	1.87
2604770--2605171	81	5.0	81	86	4	492	21	15	19	43	1.87
2606602--2606811	71	3.0	71	100	0	420	47	15	14	22	1.82
2608163--2608261	30	3.3	30	79	8	94	55	14	4	26	1.56
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2608186--2608332	9	16.9	9	65	21	55	55	14	2	27	1.54
2608289--2608336	13	3.8	13	83	5	62	54	14	0	31	1.41
2608279--2608331	25	2.1	25	86	6	72	50	16	0	32	1.46
2611759--2611871	44	2.6	43	78	14	133	26	29	21	23	1.99
2620784--2621212	109	4.0	109	91	1	668	33	18	16	31	1.93
2623937--2623991	3	18.7	3	80	10	60	67	0	3	29	1.08
2623937--2624014	29	2.7	29	84	6	95	66	1	6	25	1.23
2625351--2626288	50	18.8	49	71	6	576	21	21	25	31	1.98
2625280--2626288	100	10.1	100	83	2	1269	22	21	24	31	1.98
2625280--2626288	199	5.1	200	89	2	1399	22	21	24	31	1.98
2625280--2626288	299	3.4	299	85	1	1319	22	21	24	31	1.98
2626587--2626864	109	2.6	109	96	0	513	28	15	20	34	1.94
2635966--2636011	22	2.2	22	85	11	62	45	0	4	50	1.21
2638978--2639028	26	2.0	26	84	7	68	56	13	7	21	1.62
2641189--2641229	20	2.0	20	100	0	82	70	4	4	19	1.24
2641621--2641715	41	2.3	43	81	3	113	33	24	20	22	1.97
2645817--2645920	53	2.0	53	98	0	199	25	37	14	22	1.92
2653709--2653733	10	2.5	10	100	0	50	52	16	0	32	1.44
2661568--2661594	13	2.1	13	100	0	54	48	0	22	29	1.51
2664942--2665170	55	4.1	55	79	8	235	24	7	15	51	1.70
2664955--2665169	116	1.9	116	85	2	297	24	7	14	52	1.68
2666547--2666624	36	2.3	34	82	6	86	25	1	5	67	1.18
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2666987--2667016	15	2.0	15	93	0	51	53	20	16	10	1.71
2668621--2668678	23	2.5	22	79	17	73	27	5	8	58	1.49
2677303--2677336	15	2.2	16	89	5	52	26	0	0	73	0.83
2677300--2677340	16	2.6	15	85	11	55	26	0	0	73	0.84
2678186--2678241	26	2.1	27	83	3	69	16	1	16	66	1.35
2678170--2678254	23	3.5	23	76	10	80	18	2	20	58	1.50
2678971--2678995	13	1.9	13	100	0	50	12	8	16	64	1.49
2703354--2703391	16	2.4	16	95	0	67	36	2	34	26	1.71
2703373--2703468	44	2.1	46	94	3	169	29	4	31	35	1.76
2708546--2708572	12	2.2	12	100	0	54	22	25	25	25	2.00
2708594--2708863	105	2.6	105	99	0	531	41	17	17	24	1.90
2711542--2711585	22	2.0	22	100	0	88	45	13	18	22	1.84
2713219--2713270	24	2.2	24	96	0	95	25	26	7	40	1.82
2713855--2713896	21	2.0	20	90	4	66	33	11	9	45	1.73
2714215--2714281	26	2.6	26	76	9	64	20	28	22	28	1.99
2715691--2715720	12	2.5	12	94	0	51	6	30	40	23	1.80
2717834--2718237	204	2.0	204	88	1	596	34	21	20	24	1.97
2729923--2729973	7	7.3	7	88	0	75	17	0	35	47	1.48
2730559--2730691	60	2.2	60	82	5	169	33	18	10	36	1.85
2735126--2735165	20	2.0	21	85	5	55	47	2	10	40	1.50
2738180--2738250	26	2.5	27	80	19	74	59	0	5	35	1.21
2741848--2741927	42	1.9	42	84	5	108	20	28	37	13	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2743563--2743622	13	4.6	13	87	4	86	28	8	25	38	1.84
2744318--2744345	13	2.2	13	100	0	56	28	21	7	42	1.79
2749925--2749997	35	2.1	36	86	2	103	47	0	1	50	1.09
2755935--2755965	9	3.4	9	95	0	53	29	12	16	41	1.85
2756114--2756164	20	2.7	18	82	8	57	54	5	1	37	1.36
2756539--2756578	21	1.9	21	94	0	71	55	12	12	20	1.69
2762081--2762273	96	2.0	96	100	0	386	36	9	19	34	1.84
2763042--2763154	56	2.1	54	83	6	140	32	7	13	46	1.70
2763631--2763878	120	2.1	121	97	0	471	36	4	14	44	1.65
2768904--2768928	6	4.2	6	100	0	50	68	0	16	16	1.22
2770909--2770936	12	2.3	12	100	0	56	39	10	0	50	1.37
2774439--2774646	100	2.1	101	95	0	373	38	21	8	31	1.83
2780604--2780660	30	1.9	30	82	13	73	43	5	0	50	1.24
2783510--2783561	26	2.0	26	92	0	86	50	9	11	28	1.70
2783546--2783575	15	2.1	15	93	6	53	63	6	6	23	1.43
2784326--2784375	18	2.8	18	96	0	91	40	48	0	12	1.40
2784464--2784514	9	5.7	9	90	0	84	23	11	21	43	1.85
2787264--2787343	23	3.5	22	75	5	70	42	15	10	32	1.79
2787280--2787349	23	3.0	23	80	2	86	44	15	11	28	1.81
2787292--2787492	100	2.0	101	98	0	386	51	16	7	23	1.70
2787666--2787700	12	2.9	12	86	0	52	51	17	17	14	1.77
2791759--2791845	25	3.5	25	76	7	88	31	19	25	24	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2793644--2793702	30	1.9	30	82	6	73	49	5	1	44	1.34
2808111--2808164	3	17.3	3	84	7	72	64	3	1	29	1.21
2809030--2809067	20	1.9	20	88	0	58	10	15	52	21	1.72
2809995--2810752	46	16.5	46	96	0	1340	29	27	15	27	1.96
2810962--2810997	16	2.3	16	95	4	65	33	5	22	38	1.77
2811666--2812050	97	4.0	97	91	0	590	47	10	15	25	1.78
2812334--2812401	6	10.8	6	76	16	50	1	17	0	80	0.78
2812346--2812399	7	7.6	7	76	19	58	0	18	0	81	0.69
2812330--2812402	25	3.0	23	86	11	94	1	19	0	79	0.81
2812341--2812402	19	3.2	17	79	20	61	0	17	0	82	0.67
2814629--2814671	19	2.3	19	84	8	52	39	16	20	23	1.92
2823546--2823589	20	2.1	21	95	4	81	29	4	0	65	1.12
2826535--2826572	19	2.0	19	100	0	76	36	0	31	31	1.58
2829624--2829668	22	2.0	22	83	8	56	51	8	2	37	1.46
2830772--2830811	19	2.0	20	85	4	55	25	20	7	47	1.75
2832656--2832695	19	2.1	19	90	0	62	12	12	7	67	1.41
2833648--2833680	7	4.7	7	85	14	50	72	0	15	12	1.12
2835050--2835216	87	1.9	87	81	1	199	29	25	20	23	1.99
2835288--2836012	88	8.2	87	66	12	291	29	17	25	27	1.98
2835229--2836111	132	6.7	132	93	0	1390	28	18	24	28	1.98
2836154--2836356	44	4.7	43	72	8	160	29	21	23	25	1.99
2844901--2844946	11	4.1	11	88	2	65	19	30	2	47	1.61
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2844901--2844962	22	2.8	21	83	16	72	22	30	1	45	1.62
2844910--2844962	11	4.9	10	77	20	54	20	32	1	45	1.62
2851280--2851304	11	2.3	11	100	0	50	56	0	0	44	0.99
2853266--2853329	29	2.2	28	75	5	65	29	15	15	39	1.89
2860753--2860786	15	2.3	15	90	5	52	67	5	0	26	1.13
2860968--2861014	22	2.1	22	88	0	67	36	0	31	31	1.58
2860986--2861044	30	2.0	30	96	0	109	35	0	32	32	1.58
2860986--2861049	11	6.2	10	72	24	53	35	0	29	34	1.58
2861015--2861085	22	3.2	23	88	7	103	38	1	26	33	1.65
2872120--2872223	54	1.9	54	82	0	127	26	20	33	19	1.96

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
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