genome.fa.s10.2.7.7.80.10.50.1000.65.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr6
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  47432654

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   

This is table  65  of  136  ( 16211 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21630025--21630062	18	2.2	18	85	4	51	39	10	21	28	1.86
21644869--21644915	21	2.4	19	74	16	51	40	0	0	59	0.97
21644879--21644912	11	3.2	11	87	8	52	41	0	0	58	0.98
21644870--21644923	18	2.8	19	80	8	56	40	0	1	57	1.09
21649655--21649697	22	2.0	22	86	8	63	55	9	6	27	1.57
21654238--21655110	436	2.0	437	99	0	1739	38	12	10	37	1.79
21658120--21658172	23	2.3	23	78	12	65	24	5	0	69	1.09
21663800--21663866	34	1.9	35	87	3	100	31	7	13	47	1.70
21663794--21663870	14	5.0	15	71	20	52	32	7	15	44	1.75
21663944--21663995	18	2.7	20	74	17	56	34	3	0	61	1.14
21670173--21670301	60	2.2	60	87	2	179	11	26	20	41	1.87
21671647--21671685	18	2.2	17	86	13	53	33	0	20	46	1.51
21671911--21671963	23	2.3	23	96	0	97	20	20	28	30	1.98
21673709--21673756	23	2.1	23	100	0	96	33	12	14	39	1.84
21681005--21681062	22	2.6	23	71	15	59	24	18	20	36	1.95
21685530--21685579	21	2.3	21	81	18	59	64	6	8	22	1.43
21685950--21685977	7	4.0	7	100	0	56	71	0	14	14	1.15
21687719--21688007	44	6.6	44	72	8	180	27	21	20	30	1.98
21687945--21688048	45	2.3	44	85	1	127	25	27	21	25	1.99
21688182--21688682	50	10.0	50	73	1	376	25	20	21	32	1.97
21688176--21688679	100	5.0	100	88	0	722	25	20	21	33	1.97
21695746--21695783	15	2.6	15	84	15	53	81	7	0	10	0.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21697753--21698678	44	21.4	44	68	12	373	24	19	22	33	1.97
21697530--21698678	129	8.9	129	87	2	1410	25	19	22	33	1.97
21697753--21698796	85	12.1	85	69	12	317	25	19	22	32	1.97
21698615--21698817	85	2.4	85	89	1	309	30	19	21	28	1.97
21698821--21699442	100	6.2	100	85	1	809	24	20	22	32	1.98
21698821--21699441	50	12.4	50	70	2	393	24	20	22	32	1.98
21700340--21700367	7	4.0	7	100	0	56	14	14	0	71	1.15
21705978--21706901	50	18.7	50	69	4	481	31	21	21	25	1.98
21706109--21706385	142	2.0	142	85	1	376	33	20	21	24	1.97
21706017--21706486	242	1.9	242	87	1	683	32	20	21	25	1.98
21706251--21706928	100	6.8	100	85	1	779	32	21	20	25	1.98
21707153--21707567	85	4.8	84	71	10	291	31	22	20	25	1.98
21707149--21707567	44	9.7	43	71	9	241	31	22	19	25	1.98
21706983--21707609	129	4.9	129	86	2	816	31	22	19	26	1.97
21709405--21709432	11	2.5	11	100	0	56	39	0	7	53	1.28
21709979--21710016	15	2.6	15	84	15	53	10	0	7	81	0.87
21709987--21710016	16	1.9	16	93	6	53	10	0	10	80	0.92
21722453--21722537	40	2.1	40	82	6	100	37	18	18	24	1.94
21725977--21726020	20	2.2	20	96	4	81	25	9	6	59	1.53
21726410--21726483	25	3.2	25	66	18	68	17	18	16	47	1.83
21733396--21733526	42	3.1	42	80	12	110	23	17	24	34	1.96
21733408--21733530	41	2.9	43	83	11	148	24	17	25	32	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21733806--21733830	11	2.3	11	100	0	50	60	0	24	16	1.36
21734930--21734988	7	8.9	7	72	23	56	28	0	0	71	0.87
21734930--21734986	20	2.9	18	89	10	78	29	0	0	70	0.88
21737817--21737847	16	1.9	16	93	0	53	25	16	25	32	1.96
21739381--21739692	171	1.8	171	99	0	615	30	33	6	29	1.82
21741476--21741514	12	3.2	12	88	3	51	7	0	7	84	0.77
21741459--21741517	18	3.3	18	75	11	59	13	0	6	79	0.92
21743188--21743240	21	2.5	21	78	0	61	15	32	33	18	1.92
21753194--21753574	44	8.6	44	71	13	178	28	22	19	29	1.98
21753886--21754332	45	10.0	45	76	4	413	23	20	23	31	1.98
21753890--21754332	89	5.0	89	83	1	521	23	20	23	31	1.98
21753886--21754332	178	2.5	177	85	1	606	23	20	23	31	1.98
21765309--21765345	16	2.3	16	95	0	65	75	10	2	10	1.14
21766179--21766212	13	2.5	14	95	4	61	73	0	11	14	1.10
21767434--21768275	50	16.9	50	70	4	516	32	25	20	21	1.98
21767424--21768275	100	8.5	100	90	0	1186	32	25	20	21	1.98
21768733--21768757	13	1.9	13	100	0	50	8	56	20	16	1.65
21768804--21768830	6	4.5	6	100	0	54	33	51	0	14	1.43
21770071--21770121	24	2.1	25	85	3	68	41	9	3	45	1.56
21773781--21774328	46	11.8	46	89	1	801	25	16	25	31	1.97
21773796--21774392	92	6.5	92	86	4	445	26	17	25	30	1.97
21774582--21774621	19	2.1	19	100	0	80	47	5	22	25	1.71
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21774775--21774882	44	2.5	44	80	1	119	27	16	29	25	1.97
21774930--21775338	43	9.6	43	73	13	211	33	23	20	22	1.97
21774931--21775390	83	5.5	83	94	3	785	34	23	20	22	1.97
21774931--21775390	173	2.7	166	92	4	785	34	23	20	22	1.97
21777922--21777965	16	2.8	16	78	0	52	43	9	2	45	1.48
21779856--21780196	45	7.6	44	73	12	230	38	18	18	24	1.93
21779843--21780210	135	2.7	133	76	9	345	39	17	18	24	1.92
21779843--21780217	90	4.2	90	81	1	421	38	18	18	24	1.92
21780095--21780238	45	3.2	45	74	9	141	40	17	18	23	1.91
21780785--21781001	28	7.8	28	81	4	226	59	5	12	21	1.53
21780783--21781001	55	3.9	56	81	7	259	59	5	13	21	1.55
21780785--21781001	83	2.6	84	81	5	255	59	5	12	21	1.53
21786853--21786887	12	2.9	12	84	16	54	17	0	5	77	0.96
21786865--21786915	9	5.2	10	81	13	54	19	5	3	70	1.24
21786870--21786907	20	1.9	20	88	0	58	21	5	2	71	1.19
21786952--21786981	3	10.0	3	100	0	60	33	0	0	66	0.92
21788479--21788520	12	3.7	12	78	12	52	14	2	9	73	1.18
21793991--21794061	21	3.5	20	77	7	63	33	7	5	53	1.51
21794406--21794517	57	2.0	57	90	0	179	45	8	12	33	1.71
21794429--21794515	29	3.0	29	67	21	74	47	6	11	34	1.67
21794902--21794972	37	1.9	37	94	0	124	38	18	1	42	1.59
21795405--21795459	25	2.2	26	83	9	69	50	1	1	45	1.22
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21795441--21795480	16	2.5	16	91	0	62	47	2	7	42	1.45
21795469--21795611	68	2.1	67	93	2	252	41	4	9	44	1.57
21795553--21795580	9	3.1	9	100	0	56	32	0	10	57	1.33
21800105--21800140	18	2.0	18	88	0	54	19	38	22	19	1.93
21802522--21802626	49	2.1	50	85	5	151	20	26	38	14	1.91
21809651--21809733	32	2.6	32	81	7	89	20	27	36	15	1.93
21811072--21811195	40	3.1	40	90	0	203	12	16	28	42	1.84
21811076--21811209	40	3.5	36	77	15	142	11	14	29	44	1.80
21811979--21812041	32	2.0	32	81	12	76	17	22	42	17	1.89
21822611--21822644	15	2.2	16	89	5	52	82	0	17	0	0.67
21822611--21822662	16	3.3	16	82	10	54	75	1	19	3	1.06
21823051--21823116	34	1.9	34	84	6	89	46	15	6	31	1.70
21826581--21826703	63	1.9	64	85	1	167	26	23	25	24	2.00
21826948--21827096	76	2.0	76	95	0	271	31	13	26	28	1.94
21827365--21827703	109	3.1	109	93	0	556	34	15	17	32	1.91
21834463--21834624	76	2.1	76	98	0	315	31	15	27	25	1.96
21835840--21835890	26	2.0	26	96	0	93	35	11	23	29	1.90
21837694--21837753	26	2.3	26	94	0	102	31	13	16	38	1.87
21852767--21852819	21	2.4	22	81	9	63	43	1	0	54	1.11
21852922--21852958	15	2.6	15	87	8	51	43	0	2	54	1.14
21852931--21852974	21	2.2	19	84	8	52	40	2	0	56	1.11
21854730--21855102	114	3.3	114	80	4	457	33	17	21	27	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21854714--21855193	113	4.2	114	77	5	456	33	17	21	27	1.96
21854714--21855192	227	2.1	227	91	2	775	33	17	21	27	1.96
21857829--21857874	23	2.0	23	82	0	56	19	4	17	58	1.55
21857984--21858077	44	2.1	45	96	2	172	17	6	25	51	1.69
21857992--21858093	44	2.3	44	89	3	150	17	5	23	52	1.66
21859498--21859695	9	23.4	9	72	15	140	43	20	0	34	1.56
21859630--21859702	32	2.2	33	90	4	112	45	19	1	34	1.59
21865749--21866030	42	6.7	42	80	6	270	30	21	23	23	1.99
21865749--21866030	84	3.3	84	86	1	350	30	21	23	23	1.99
21865749--21866030	126	2.2	127	83	4	356	30	21	23	23	1.99

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136