genome.fa.s10.2.7.7.80.10.50.1000.66.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr6
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  47432654

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   

This is table  66  of  136  ( 16211 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21867621--21867734	35	3.2	35	91	3	185	14	12	35	37	1.84
21877125--21877215	45	2.0	45	85	2	121	37	28	6	27	1.82
21877196--21877264	16	4.2	16	92	3	120	37	36	0	26	1.57
21877196--21877264	33	2.1	32	94	2	120	37	36	0	26	1.57
21879528--21879570	18	2.4	18	92	7	70	51	2	0	46	1.13
21882846--21882887	21	2.0	21	90	0	66	28	4	0	66	1.12
21885114--21885716	116	5.2	116	98	1	1133	39	6	6	46	1.57
21887363--21887422	13	4.7	13	80	13	63	26	0	0	73	0.84
21887364--21887432	26	2.7	25	82	10	70	26	1	0	72	0.93
21889992--21890021	13	2.3	13	94	0	51	73	0	20	6	1.05
21890028--21890063	18	2.0	18	88	0	54	83	0	5	11	0.80
21896167--21896200	17	2.0	17	88	0	50	41	0	2	55	1.15
21900370--21900475	3	35.3	3	82	7	117	33	6	0	60	1.23
21900391--21900495	51	2.1	51	98	0	201	32	12	0	55	1.37
21905545--21905622	20	3.8	20	73	14	70	20	0	30	48	1.50
21905619--21905679	21	2.9	21	69	13	54	21	9	32	36	1.86
21907218--21907284	34	2.0	34	85	5	91	20	1	28	49	1.58
21907316--21907349	7	4.7	7	88	3	50	29	14	26	29	1.95
21917972--21918008	5	7.4	5	88	11	58	18	16	0	64	1.29
21918008--21918180	85	2.0	86	98	1	339	42	18	11	27	1.85
21926158--21926315	44	3.6	43	84	8	185	32	18	20	27	1.97
21926158--21926292	43	3.1	43	87	8	184	32	17	21	28	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21926104--21926480	94	4.1	94	76	10	364	32	18	19	29	1.96
21926433--21926524	44	2.1	44	84	8	116	36	15	15	32	1.88
21926339--21926622	138	2.1	138	83	5	351	32	17	17	31	1.94
21926237--21926674	232	1.9	232	81	1	538	31	18	18	31	1.95
21927979--21928047	24	3.0	23	82	4	86	44	5	27	21	1.75
21930333--21930371	7	5.6	7	100	0	78	74	0	0	25	0.82
21930494--21930547	23	2.3	23	96	0	99	3	16	3	75	1.08
21937161--21937278	38	3.1	38	79	2	121	29	23	19	27	1.98
21939630--21939662	17	2.0	17	88	5	50	36	24	0	39	1.56
21941814--21941884	36	2.0	36	94	0	124	28	11	12	47	1.76
21947915--21947985	36	2.0	36	94	0	124	28	11	12	47	1.76
21954713--21954790	29	2.6	31	80	10	81	34	8	8	47	1.66
21965202--21965400	99	2.0	100	99	1	391	42	6	4	47	1.47
21969856--21969917	30	2.1	30	93	0	106	16	25	38	19	1.92
21975100--21975283	63	2.9	63	79	4	201	32	23	32	11	1.91
21975528--21975570	12	3.5	12	81	6	50	27	9	2	60	1.40
21975528--21975560	13	2.6	13	85	4	50	24	6	3	66	1.28
21975599--21975662	6	10.8	6	81	9	51	1	10	9	78	1.04
21975599--21975661	18	3.6	17	77	8	63	1	11	9	77	1.05
21992631--21992658	14	2.0	14	100	0	56	42	14	7	35	1.73
21995174--21995213	14	2.9	14	84	0	53	42	17	7	32	1.77
21998972--21998999	4	7.0	4	100	0	56	0	25	0	75	0.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21999049--21999090	15	2.7	15	88	3	57	4	19	2	73	1.12
21999099--21999170	5	14.4	5	75	20	62	56	4	0	38	1.18
21999100--21999142	19	2.3	19	92	8	70	58	0	0	41	0.98
21999106--21999171	24	2.7	25	81	9	73	59	4	0	36	1.18
22009019--22009153	56	2.4	56	97	0	252	34	4	14	46	1.65
22009057--22009144	28	3.1	28	62	28	69	34	2	17	46	1.60
22011721--22011836	54	2.1	54	84	4	144	50	6	8	35	1.58
22013160--22013198	18	2.2	18	85	0	51	7	12	7	71	1.29
22017027--22017056	15	2.0	15	100	0	60	46	0	0	53	1.00
22017022--22017055	9	3.8	9	84	0	50	44	0	0	55	0.99
22017129--22017161	16	1.9	18	88	11	52	54	0	6	39	1.25
22030701--22030772	36	2.0	37	94	5	130	41	22	13	22	1.89
22039005--22039029	4	6.2	4	100	0	50	24	0	24	52	1.48
22047082--22047122	3	13.7	3	100	0	82	65	0	0	34	0.93
22047933--22047967	10	3.3	10	85	14	52	60	34	0	5	1.21
22049714--22049971	109	2.4	109	94	0	453	30	14	18	36	1.91
22050969--22050999	6	5.2	6	100	0	62	0	32	0	67	0.91
22058768--22058817	13	3.9	12	82	10	55	36	2	22	40	1.65
22063927--22063974	25	1.9	25	95	0	87	41	14	12	31	1.83
22068146--22068246	51	2.0	51	96	0	184	42	5	30	20	1.76
22069277--22069309	15	2.1	16	88	5	50	15	0	21	63	1.30
22076819--22077282	195	2.4	195	91	1	732	38	9	18	34	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22078913--22078964	19	2.7	19	82	5	52	42	3	3	50	1.39
22079104--22079163	28	2.1	28	81	6	68	71	3	1	23	1.10
22082864--22082923	32	1.9	31	83	10	77	48	3	0	48	1.18
22092203--22092392	49	3.6	49	67	23	136	55	2	7	34	1.41
22092177--22092403	115	2.0	115	98	1	438	54	3	8	33	1.47
22095888--22095922	17	1.9	19	88	11	56	20	2	11	65	1.37
22097348--22097384	3	12.3	3	100	0	74	32	0	0	67	0.91
22098900--22098924	11	2.3	11	100	0	50	36	16	20	28	1.93
22098913--22100270	685	2.0	685	99	0	2707	31	17	10	40	1.83
22101503--22101545	18	2.4	18	88	0	59	23	25	9	41	1.84
22103412--22103526	57	2.0	57	94	0	203	28	16	13	41	1.86
22103545--22104062	125	4.1	125	87	4	650	28	16	16	38	1.90
22104121--22104235	34	3.5	33	81	8	135	45	14	0	40	1.45
22117830--22117924	31	3.0	31	95	3	172	31	9	13	45	1.76
22119975--22120039	21	3.2	20	81	16	73	21	3	6	69	1.25
22120035--22120076	19	2.2	19	91	0	66	30	2	2	64	1.19
22124406--22124471	33	2.0	33	96	0	123	40	18	25	15	1.89
22128377--22128460	10	8.8	10	76	8	77	63	2	1	33	1.15
22128377--22128458	28	2.9	28	82	8	96	63	2	1	32	1.15
22128404--22128486	38	2.2	39	80	2	96	65	1	4	28	1.21
22128376--22128467	29	3.2	28	80	4	103	65	2	2	30	1.16
22132237--22132274	17	2.2	17	86	9	51	60	13	2	23	1.45
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22137076--22137170	34	2.8	33	79	10	102	26	5	29	38	1.78
22137119--22137178	21	2.9	20	80	5	66	23	6	31	38	1.81
22137140--22137197	28	2.1	28	86	0	80	24	8	31	36	1.85
22139487--22139529	21	2.0	22	86	9	61	37	0	4	58	1.19
22144618--22144648	16	2.0	16	93	6	55	12	25	16	45	1.83
22150997--22151403	110	3.7	110	92	2	633	30	14	19	34	1.92
22155232--22155272	20	2.0	20	100	0	82	51	0	4	43	1.23
22155231--22155270	10	3.9	11	78	15	50	52	0	5	42	1.23
22158781--22159083	122	2.6	116	84	8	354	32	19	15	32	1.93
22158882--22159122	122	2.0	123	87	4	353	33	17	13	35	1.89
22159600--22159632	13	2.6	13	85	4	50	66	3	0	30	1.06
22160355--22160389	12	2.9	12	86	0	52	80	2	5	11	1.00
22168289--22168339	17	3.1	17	82	5	59	1	13	49	35	1.54
22168396--22168441	14	3.6	14	72	27	57	6	17	41	34	1.75
22168372--22168450	23	3.3	23	91	7	115	8	20	36	34	1.84
22168364--22168464	23	4.2	24	85	8	111	8	18	35	36	1.83
22169315--22169405	30	3.1	29	85	4	121	46	5	24	24	1.74
22169994--22170450	76	6.0	76	85	2	598	34	18	18	28	1.94
22182572--22182619	17	2.9	16	78	3	51	4	16	45	33	1.67
22182653--22182684	16	2.0	16	100	0	64	12	18	31	37	1.88
22182726--22182760	14	2.5	14	90	0	61	11	22	34	31	1.90
22183433--22183527	30	3.2	28	82	10	118	45	5	24	25	1.74
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22199391--22199427	3	12.3	3	94	0	65	32	0	35	32	1.58
22203497--22203521	6	4.2	6	100	0	50	52	0	16	32	1.44
22204298--22204372	6	12.5	6	97	0	141	32	0	17	50	1.46
22207251--22207277	6	4.5	6	100	0	54	51	0	18	29	1.46
22208598--22208630	17	1.9	17	93	0	57	42	3	3	51	1.32
22208576--22208636	21	2.9	21	72	13	63	40	1	1	55	1.19
22208621--22208645	13	1.9	13	100	0	50	56	0	0	44	0.99
22211597--22211656	21	2.8	22	80	14	63	53	1	1	43	1.20
22211647--22211680	17	2.0	17	94	0	59	61	0	0	38	0.96
22211637--22211698	11	5.9	11	75	22	62	56	0	3	40	1.15

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136