genome.fa.s10.2.7.7.80.10.50.1000.69.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr6
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  47432654

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          129   130   131   132   133   134   135   136   

This is table  69  of  136  ( 16211 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22818832--22818898	10	6.6	10	70	21	50	65	0	1	32	1.02
22818825--22818887	20	3.1	20	76	17	67	68	0	0	31	0.90
22818825--22818880	19	3.0	18	76	21	53	67	0	0	32	0.91
22823440--22823464	6	4.2	6	100	0	50	0	20	32	48	1.50
22836096--22836262	35	4.7	35	90	2	228	19	12	30	37	1.89
22839481--22839505	5	5.0	5	100	0	50	20	0	0	80	0.72
22845267--22845322	16	3.5	16	85	0	67	39	3	25	32	1.73
22847670--22847758	40	2.2	40	80	4	99	24	28	24	22	2.00
22847922--22847954	11	2.8	12	81	9	50	21	30	0	48	1.50
22847922--22847965	23	1.9	23	86	9	63	22	29	2	45	1.65
22847950--22848014	24	2.7	25	86	13	93	29	30	1	38	1.66
22848078--22848107	14	2.1	14	100	0	60	26	0	0	73	0.84
22849210--22849235	7	3.7	7	100	0	52	26	0	15	57	1.38
22850508--22851007	22	23.0	22	83	3	577	46	27	0	25	1.57
22850508--22851007	43	11.5	44	84	3	568	46	27	0	25	1.57
22850508--22851007	65	7.7	64	83	6	585	46	27	0	25	1.57
22854190--22854711	126	4.2	125	86	3	726	31	22	15	31	1.95
22854190--22854758	252	2.3	250	87	1	800	31	22	15	30	1.95
22854872--22854905	9	3.8	9	92	0	59	58	26	0	14	1.36
22854872--22854907	18	2.0	18	100	0	72	55	27	0	16	1.42
22862827--22862888	23	2.5	25	78	19	67	17	6	6	69	1.32
22866466--22866583	51	2.3	51	79	4	123	40	7	19	32	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22869348--22869410	27	2.4	27	86	2	83	42	4	0	52	1.22
22872959--22873116	44	3.5	45	74	18	173	40	5	5	48	1.51
22872923--22873154	93	2.5	92	96	2	428	38	4	7	48	1.53
22873000--22873140	33	4.5	33	67	16	118	39	4	7	48	1.52
22873023--22873073	16	2.8	19	67	27	56	37	0	11	50	1.39
22874619--22874660	21	2.0	21	90	0	66	52	0	4	42	1.22
22875344--22875378	18	2.0	17	88	5	52	45	5	0	48	1.26
22882096--22882138	20	2.2	20	92	8	72	44	18	0	37	1.50
22884442--22884486	19	2.4	19	85	7	56	33	17	8	40	1.81
22888525--22888582	24	2.4	24	88	0	89	32	10	25	31	1.89
22888885--22889763	50	17.6	50	69	3	561	29	21	22	26	1.99
22888874--22889829	100	9.6	100	90	0	1333	29	21	22	26	1.99
22888862--22889763	299	3.0	299	92	0	1446	29	21	22	26	1.99
22889844--22890800	127	7.3	128	81	8	1016	31	22	20	25	1.98
22889851--22890414	40	13.3	40	67	14	211	31	23	20	25	1.98
22890392--22890438	22	2.1	22	92	0	76	23	31	12	31	1.92
22890264--22890564	148	2.0	149	92	1	505	31	24	18	25	1.98
22890467--22890790	44	7.6	43	67	12	141	30	22	21	25	1.98
22890509--22890686	40	4.3	40	69	14	126	30	25	19	24	1.98
22890801--22891642	421	2.0	421	98	0	1641	36	21	20	21	1.95
22892738--22892780	20	2.2	20	92	8	72	44	18	0	37	1.50
22894378--22894415	17	2.2	17	100	0	76	34	5	10	50	1.59
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22894733--22894790	25	2.4	25	75	13	66	50	3	10	36	1.54
22894762--22894808	22	2.1	23	84	4	60	57	4	4	34	1.38
22896100--22897920	911	2.0	910	99	0	3633	40	9	10	39	1.71
22897907--22897953	20	2.3	20	82	7	60	53	6	0	40	1.27
22897925--22897994	35	2.0	35	81	10	81	54	2	0	42	1.15
22901984--22902031	2	24.5	2	83	12	64	47	2	2	47	1.25
22903951--22903998	2	24.5	2	83	12	64	47	2	2	47	1.25
22905337--22905379	21	2.0	21	81	0	50	34	2	4	58	1.32
22907649--22907687	19	2.1	19	85	9	53	48	0	10	41	1.37
22910473--22910508	4	9.0	4	100	0	72	75	0	25	0	0.81
22912410--22912436	2	13.5	2	100	0	54	48	0	0	51	1.00
22915964--22915988	3	8.3	3	100	0	50	68	0	32	0	0.90
22927375--22927541	88	1.9	88	83	0	217	29	22	26	20	1.98
22928145--22928176	8	4.0	8	100	0	64	37	0	0	62	0.95
22928847--22928888	15	2.9	15	85	3	59	42	7	4	45	1.52
22933738--22933783	24	1.9	24	86	8	67	76	2	17	4	1.06
22937242--22937272	9	3.4	9	90	0	53	25	12	22	38	1.90
22937326--22937362	9	4.1	9	92	0	65	45	13	10	29	1.77
22951062--22951106	21	2.2	21	88	7	67	75	2	11	11	1.13
22951062--22951106	10	4.5	11	78	15	53	75	2	11	11	1.13
22952099--22952138	14	2.9	14	84	0	53	32	7	17	42	1.77
22952122--22952161	20	2.0	20	90	0	62	27	10	12	50	1.72
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22952107--22952173	34	1.9	35	90	3	109	31	8	13	46	1.74
22952101--22952177	14	5.0	15	71	20	52	32	9	15	42	1.78
22952186--22952237	26	2.2	24	78	21	58	59	5	0	34	1.21
22956487--22956523	17	2.1	18	90	5	58	45	5	5	43	1.49
22975468--22975522	29	1.9	28	82	10	67	49	1	12	36	1.52
22975575--22975627	3	18.0	3	92	3	90	64	0	1	33	1.05
22992877--22992999	47	2.6	49	78	8	128	33	25	8	33	1.85
22994869--22994905	3	12.0	3	88	5	56	35	2	0	62	1.10
22995293--22995499	108	1.9	108	86	2	290	29	16	20	33	1.94
22999228--22999284	8	6.9	8	84	15	80	84	0	15	0	0.63
22999227--22999285	17	3.5	17	80	15	77	84	0	15	0	0.62
22999229--22999283	25	2.2	24	87	3	83	83	0	16	0	0.64
22999227--22999284	27	2.3	26	78	18	68	84	0	15	0	0.62
23000530--23001683	89	13.0	89	87	0	1522	29	25	22	22	1.99
23001722--23002456	132	5.6	132	90	0	1069	30	17	24	28	1.97
23002721--23002754	14	2.3	15	95	5	61	61	32	0	5	1.20
23003928--23003981	3	17.0	3	80	14	56	33	1	1	62	1.16
23003925--23003991	22	3.2	20	82	14	66	29	1	2	65	1.16
23003928--23003989	12	5.2	11	80	16	54	30	1	3	64	1.19
23004447--23004658	108	2.0	108	88	5	322	28	16	19	35	1.94
23006356--23006431	31	2.5	30	85	4	100	25	11	7	55	1.63
23010313--23010372	28	2.1	29	81	9	70	33	10	1	55	1.43
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23013733--23013781	24	2.0	25	84	11	66	42	2	2	53	1.24
23013767--23013794	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
23017601--23017634	18	1.9	18	88	5	52	29	0	5	64	1.17
23018576--23018611	18	2.1	18	89	5	56	41	0	0	58	0.98
23018712--23018770	28	2.1	28	80	0	64	25	3	5	66	1.28
23020882--23020936	18	3.1	18	82	12	60	61	0	1	36	1.06
23020904--23020944	19	2.2	18	91	4	64	58	0	2	39	1.11
23020931--23021009	35	2.2	36	86	4	106	63	2	0	34	1.08
23021163--23021334	90	1.9	89	89	3	265	31	9	22	36	1.86
23021983--23022014	15	2.2	15	94	5	57	75	0	0	25	0.81
23023789--23023822	16	2.2	15	89	5	50	29	8	0	61	1.26
23024102--23024531	108	3.9	109	89	5	604	31	16	17	33	1.93
23024952--23025005	13	4.1	13	76	11	56	50	0	5	44	1.25
23029713--23029758	7	6.7	7	90	5	76	67	0	17	15	1.24
23029713--23029758	20	2.2	20	92	3	74	67	0	17	15	1.24
23031153--23031598	44	9.9	44	71	13	212	30	17	23	28	1.97
23031183--23031461	142	2.0	142	91	0	459	32	16	21	29	1.95
23031430--23031592	46	3.8	41	77	10	146	26	19	24	29	1.99
23031326--23031631	44	7.0	44	74	8	214	30	17	23	28	1.97
23032923--23032963	3	13.7	3	89	0	64	31	0	4	63	1.15
23033189--23033254	32	2.1	31	81	15	75	34	6	1	57	1.33
23043375--23044090	232	3.0	238	82	7	869	33	10	20	35	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23045525--23045769	96	2.6	96	86	2	323	27	33	15	24	1.95
23048779--23048850	31	2.3	31	82	0	90	31	15	9	43	1.79
23052596--23052654	30	2.0	30	87	9	86	30	3	10	55	1.49
23063045--23063096	19	2.6	19	79	14	61	23	38	15	23	1.92
23063339--23063437	38	2.6	38	80	3	92	30	17	15	37	1.90
23066116--23066150	10	3.5	10	85	14	54	51	0	5	42	1.25
23066115--23066160	20	2.3	20	92	3	76	52	0	6	41	1.27
23069448--23069548	38	2.7	38	85	0	139	35	20	11	31	1.89
23070484--23070579	8	11.8	8	82	8	95	45	1	0	53	1.07
23070488--23070579	20	4.9	20	74	23	94	46	1	0	52	1.07

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
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