genome.fa.s10.2.7.7.80.10.50.1000.26.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr6
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  47432654

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   

This is table  26  of  136  ( 16211 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8285858--8285970	43	2.6	43	84	5	140	30	24	18	26	1.98
8287124--8287170	16	2.9	16	93	0	85	38	4	36	21	1.73
8287425--8287482	21	2.7	22	76	7	57	56	1	0	41	1.09
8305197--8305279	42	2.0	42	83	7	105	36	24	13	26	1.92
8306432--8306456	13	1.9	13	100	0	50	40	24	4	32	1.73
8308223--8308308	40	2.2	40	84	0	118	34	23	20	20	1.96
8308394--8308714	97	3.3	98	88	2	452	40	1	17	40	1.59
8309112--8309150	17	2.2	18	86	9	53	35	2	0	61	1.10
8309169--8309195	7	3.9	7	100	0	54	44	29	0	25	1.54
8318322--8318543	110	2.0	112	95	3	405	36	13	12	37	1.82
8319916--8319955	19	2.1	19	85	0	53	55	5	2	37	1.35
8321663--8321702	19	2.1	19	85	0	53	55	5	2	37	1.35
8324189--8324303	43	2.7	42	78	6	115	26	18	24	30	1.98
8331384--8331408	6	4.2	6	100	0	50	52	16	0	32	1.44
8333672--8333721	20	2.6	18	79	14	55	34	4	2	60	1.27
8335340--8335389	19	2.6	19	87	9	66	56	4	2	38	1.30
8335415--8335455	21	2.0	21	90	0	64	53	2	0	43	1.13
8335679--8335720	16	2.7	16	81	3	50	26	16	9	47	1.77
8338681--8338710	15	2.0	15	93	0	51	0	16	0	83	0.65
8340390--8340424	15	2.4	15	90	4	54	48	0	8	42	1.33
8347700--8347888	101	1.9	101	85	4	265	23	16	29	30	1.96
8352171--8352213	22	1.9	23	85	4	61	13	2	30	53	1.53
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8353404--8353486	37	2.3	37	93	2	141	37	3	4	54	1.39
8355346--8355412	27	2.4	27	80	5	71	23	2	19	53	1.59
8355384--8355452	35	1.9	36	94	2	122	27	2	18	50	1.61
8356904--8356960	25	2.3	25	84	6	71	22	17	28	31	1.97
8357650--8357683	11	3.1	11	87	12	52	73	0	0	26	0.83
8357734--8357786	3	17.7	3	100	0	106	0	33	0	66	0.92
8367471--8367531	24	2.5	25	78	2	70	32	18	26	22	1.97
8371961--8372145	57	3.2	57	80	3	194	49	20	5	24	1.71
8374806--8374837	16	2.0	16	93	0	55	40	6	0	53	1.26
8374895--8374919	13	1.9	13	100	0	50	40	0	0	60	0.97
8375981--8376284	45	6.7	45	80	2	290	46	12	19	22	1.83
8376157--8376227	21	3.2	21	66	21	54	50	11	16	21	1.76
8376330--8376390	13	4.7	13	74	8	61	29	1	27	40	1.66
8376328--8376430	26	3.9	26	74	12	77	36	3	23	35	1.73
8376445--8376510	27	2.6	25	85	4	87	45	0	15	39	1.46
8376379--8376477	40	2.5	40	76	3	110	49	4	14	32	1.61
8376445--8376509	13	5.0	13	73	14	62	44	0	15	40	1.46
8378431--8378498	33	2.0	34	82	2	84	61	4	1	32	1.24
8383423--8383465	22	2.0	22	86	9	61	37	11	16	34	1.85
8384558--8384583	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
8386946--8386979	16	2.1	16	88	0	50	26	14	0	58	1.36
8394430--8394553	48	2.6	48	78	10	119	33	31	12	22	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8402010--8402047	19	2.0	20	84	5	51	68	5	0	26	1.11
8402040--8402074	9	3.9	9	100	0	70	57	0	0	42	0.99
8402962--8403016	18	3.1	17	77	15	58	30	3	3	61	1.30
8404058--8404099	21	2.0	22	85	4	59	52	0	2	45	1.13
8404148--8404183	11	3.4	11	88	7	56	86	13	0	0	0.58
8404150--8404183	10	3.3	10	95	4	59	88	11	0	0	0.52
8404149--8404179	15	2.1	14	94	5	53	90	9	0	0	0.46
8404922--8404961	20	2.0	20	85	5	53	35	0	5	60	1.19
8405620--8405780	51	3.1	51	66	15	150	47	9	4	37	1.57
8405597--8405809	103	2.1	104	99	0	419	46	11	4	37	1.62
8409760--8409820	31	2.0	31	83	6	79	47	11	4	36	1.61
8411150--8411187	20	1.9	20	94	0	67	52	5	5	36	1.47
8418306--8418351	15	2.9	16	84	9	58	32	34	19	13	1.90
8418323--8418364	17	2.5	17	88	7	59	40	35	19	4	1.72
8419269--8419320	20	2.5	21	72	12	54	26	9	5	57	1.53
8419801--8419833	15	2.2	15	94	0	57	24	0	12	63	1.28
8424043--8424074	16	2.0	16	93	0	55	65	18	6	9	1.42
8428045--8428108	17	3.6	17	72	15	58	28	12	10	48	1.75
8428037--8428107	36	2.0	36	94	0	124	26	12	12	47	1.77
8428036--8428092	19	3.1	19	71	19	66	28	12	14	45	1.80
8428312--8428406	48	2.0	48	91	0	154	20	15	21	43	1.88
8432998--8433060	17	3.6	17	74	17	67	26	12	14	46	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8432991--8433059	36	1.9	35	97	2	129	26	13	15	44	1.83
8433263--8433359	48	2.0	48	91	0	158	18	17	21	42	1.89
8444218--8444393	27	6.6	27	80	3	176	39	19	17	22	1.92
8444218--8444398	81	2.3	79	80	5	202	38	20	17	22	1.93
8444405--8444469	26	2.6	24	83	9	78	26	12	23	38	1.90
8444432--8444540	24	4.5	24	83	0	92	26	7	19	46	1.76
8444609--8444665	27	2.1	27	81	12	64	22	28	17	31	1.97
8444744--8444882	32	4.4	32	90	0	199	19	20	22	38	1.94
8445876--8445900	13	1.9	13	100	0	50	64	4	8	24	1.38
8446941--8446990	21	2.4	21	79	0	55	26	22	34	18	1.96
8447023--8447062	20	2.1	19	90	4	62	20	12	7	60	1.56
8447023--8447062	19	2.0	20	86	13	57	20	12	7	60	1.56
8451177--8451469	128	2.3	125	84	7	385	37	22	16	23	1.93
8451172--8451457	42	6.7	42	84	7	337	36	22	16	23	1.94
8451177--8451508	170	2.0	169	81	7	395	37	22	16	24	1.93
8452697--8452889	24	8.0	24	71	13	128	21	25	19	33	1.97
8452754--8452834	25	3.3	25	70	19	71	22	23	19	34	1.96
8452705--8452881	73	2.4	73	76	12	184	22	24	20	33	1.97
8452728--8452862	49	2.8	48	84	7	157	20	23	20	35	1.96
8460282--8460426	24	6.0	24	72	8	114	16	26	21	35	1.95
8460307--8460427	49	2.5	49	76	8	129	16	26	21	35	1.94
8462749--8462827	39	2.0	39	100	0	158	43	15	7	34	1.75
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8466105--8466146	22	2.0	22	86	13	63	54	0	0	45	0.99
8466108--8466141	16	2.2	15	89	5	50	55	0	0	44	0.99
8466207--8466266	31	1.9	31	83	6	77	50	10	8	31	1.66
8478808--8478854	23	2.1	23	84	7	62	17	23	17	42	1.88
8482829--8482871	15	2.9	15	85	0	59	25	34	4	34	1.77
8487800--8488003	41	5.0	40	79	7	205	38	16	25	19	1.92
8487797--8488004	82	2.5	82	81	4	258	38	16	25	19	1.92
8489303--8489338	18	1.9	19	88	5	56	16	16	8	58	1.61
8501139--8501182	21	2.1	21	100	0	88	13	0	25	61	1.32
8502984--8503032	21	2.3	21	86	6	64	24	26	32	16	1.96
8516581--8516612	16	2.0	16	93	0	55	40	0	40	18	1.51
8518927--8519330	27	15.0	27	86	2	508	42	21	17	19	1.89
8526029--8526053	12	2.1	12	100	0	50	32	0	24	44	1.54
8526465--8526500	18	2.0	18	88	0	54	27	11	33	27	1.91
8533302--8533433	49	2.7	49	78	4	149	24	17	25	32	1.97
8539599--8539644	23	2.0	23	100	0	92	21	0	21	56	1.42
8541441--8541488	25	1.9	25	91	0	78	54	22	4	18	1.61
8544395--8544437	22	1.9	23	90	4	70	9	16	25	48	1.75
8544509--8544986	42	11.4	42	87	2	633	31	21	20	25	1.98
8545402--8545469	21	3.2	21	85	0	82	2	41	19	36	1.66
8545506--8545567	12	5.4	12	77	11	76	0	40	20	38	1.53
8545507--8545584	33	2.4	33	95	0	147	0	41	20	38	1.53
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8545552--8545620	21	3.3	21	72	0	66	4	40	20	34	1.72
8558140--8558164	7	3.6	7	100	0	50	48	36	0	16	1.46
8558309--8558504	90	2.2	89	96	3	365	42	27	3	26	1.70
8558596--8559123	113	4.6	113	75	5	434	27	21	19	31	1.97
8559124--8559335	113	1.9	113	83	3	275	29	23	16	30	1.96
8560840--8560864	9	2.8	9	100	0	50	20	12	24	44	1.85
8561574--8561704	52	2.5	53	81	2	174	34	16	27	22	1.95
8561574--8561695	26	4.7	26	69	10	88	36	15	26	22	1.94
8561771--8561836	33	2.0	33	96	0	123	24	19	33	22	1.97
8562830--8562856	13	2.1	13	100	0	54	40	22	14	22	1.90

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136