genome.fa.s10.2.7.7.80.10.50.1000.63.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr6
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  47432654

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          129   130   131   132   133   134   135   136   

This is table  63  of  136  ( 16211 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20918771--20918822	26	2.0	26	84	3	68	59	1	1	36	1.19
20935775--20935801	7	3.9	7	100	0	54	70	0	0	29	0.88
20935910--20936265	179	2.0	178	84	4	459	41	10	11	35	1.77
20942647--20942681	16	2.2	16	94	0	61	31	20	0	48	1.50
20945053--20945113	30	2.0	30	83	0	77	40	21	11	26	1.87
20950285--20950323	2	19.5	2	100	0	78	0	48	0	51	1.00
20952782--20952856	3	25.3	3	97	2	143	33	0	0	66	0.92
20955065--20955230	83	2.0	83	97	0	314	31	13	22	31	1.93
20971327--20971355	10	2.9	10	100	0	58	10	0	48	41	1.37
20975426--20975812	27	14.3	27	85	5	478	42	17	18	20	1.89
20982794--20982822	15	1.9	15	100	0	58	34	34	13	17	1.89
20987339--20987383	6	7.5	6	89	0	54	20	8	15	55	1.66
20987329--20987383	18	3.1	18	74	10	51	21	9	12	56	1.64
20988670--20988716	21	2.2	22	84	3	60	68	4	19	8	1.33
20989203--20989231	12	2.4	12	100	0	58	20	0	10	68	1.18
20997880--20997915	18	2.0	18	88	0	54	30	25	25	19	1.98
21000607--21000631	13	1.9	13	100	0	50	60	8	0	32	1.26
21000650--21000683	13	2.7	13	90	4	52	47	5	8	38	1.59
21000704--21000914	27	7.8	27	100	0	422	48	3	7	40	1.48
21001272--21001302	11	2.8	11	100	0	62	61	0	29	9	1.28
21010989--21011117	32	4.1	32	90	2	206	21	33	27	17	1.96
21010989--21011117	63	2.0	64	90	1	206	21	33	27	17	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21012956--21013118	29	5.6	29	75	11	136	23	26	11	37	1.90
21012959--21013144	87	2.1	87	83	5	225	23	26	12	37	1.91
21016506--21016538	11	3.0	11	90	0	57	24	36	12	27	1.91
21024603--21024682	40	2.0	41	87	7	119	31	26	18	23	1.98
21027672--21027698	14	1.9	14	100	0	54	29	22	3	44	1.70
21029166--21029233	32	2.1	32	94	0	118	52	7	33	5	1.53
21030273--21030313	16	2.5	16	85	14	57	14	2	0	82	0.76
21037677--21037848	46	3.7	47	81	3	172	29	23	19	26	1.98
21046372--21046649	27	10.3	27	81	5	303	40	21	19	19	1.92
21046812--21046892	26	3.1	26	76	0	81	22	18	20	38	1.94
21048573--21048730	43	3.7	42	78	5	158	30	25	15	28	1.96
21052871--21052998	3	42.7	3	100	0	256	67	0	0	32	0.91
21054195--21054234	17	2.4	17	91	8	64	5	5	42	47	1.47
21054379--21054438	28	2.0	30	81	12	70	60	0	3	36	1.14
21056731--21056771	7	5.9	7	97	0	73	24	0	29	46	1.53
21058837--21058866	5	6.0	5	96	0	51	0	23	0	76	0.78
21072166--21072539	44	8.1	44	68	18	152	31	19	22	26	1.98
21072185--21072588	142	2.9	142	93	1	677	31	18	21	27	1.97
21072353--21072534	98	1.9	97	80	6	215	31	19	20	28	1.97
21072463--21072569	44	2.4	44	78	3	117	32	19	19	28	1.96
21076323--21076361	19	2.0	19	85	5	51	30	7	2	58	1.39
21076559--21076664	50	2.1	50	100	0	212	50	7	13	29	1.69
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21076565--21076647	27	3.2	27	64	19	77	51	8	12	27	1.67
21076949--21077173	112	2.0	113	98	0	434	45	5	7	41	1.54
21079244--21079298	20	2.8	20	81	10	69	60	1	0	38	1.08
21079244--21079305	18	3.3	19	84	4	72	59	3	0	37	1.13
21079252--21079333	18	4.7	18	71	8	62	53	2	0	43	1.13
21079311--21079349	20	2.0	19	85	5	51	51	7	0	41	1.31
21084465--21084586	35	3.5	35	80	6	140	31	23	23	21	1.98
21084626--21084674	20	2.4	21	96	3	91	38	26	0	34	1.57
21091374--21091425	22	2.4	22	80	0	59	44	15	19	21	1.87
21091432--21091552	32	3.8	32	82	8	140	39	19	17	23	1.92
21091748--21091811	24	2.6	25	87	4	87	40	21	7	29	1.82
21091830--21092135	27	11.3	27	86	2	337	23	21	18	35	1.96
21091858--21092190	54	6.2	54	83	4	192	22	20	19	37	1.94
21091855--21092190	81	4.1	81	83	6	249	22	20	19	37	1.95
21092049--21092190	27	5.3	26	77	9	142	20	16	19	43	1.88
21095136--21095167	15	2.1	15	94	0	55	43	3	25	28	1.69
21099064--21099223	42	3.8	42	75	12	123	31	26	17	24	1.97
21108173--21108206	6	5.7	6	96	0	59	0	61	0	38	0.96
21108217--21108242	13	2.0	13	100	0	52	23	15	30	30	1.95
21118351--21118512	40	4.2	40	80	6	179	36	23	17	22	1.95
21123490--21123537	24	2.0	24	87	0	69	16	22	8	52	1.71
21123706--21123841	40	3.5	40	65	15	113	32	19	22	25	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21124004--21124057	27	2.0	27	100	0	108	48	14	3	33	1.62
21128804--21129176	76	4.9	75	89	2	473	25	21	22	30	1.98
21136561--21136610	19	2.7	18	87	9	73	36	2	14	48	1.55
21137882--21138057	31	5.7	31	85	2	239	30	9	17	43	1.79
21137882--21138057	61	2.9	61	87	0	244	30	9	17	43	1.79
21138175--21138286	43	2.6	44	80	7	131	26	17	23	32	1.97
21140696--21140734	20	2.0	20	90	10	62	56	5	23	15	1.59
21145453--21145500	23	2.1	23	96	0	87	22	14	12	50	1.77
21147398--21147539	45	3.2	45	98	1	277	42	21	11	24	1.86
21147543--21147571	14	2.1	14	100	0	58	31	34	0	34	1.58
21158952--21158996	24	1.9	23	82	13	56	62	8	2	26	1.37
21170308--21170372	3	22.0	3	90	9	107	33	0	0	66	0.92
21181213--21181781	46	12.4	46	73	3	405	33	5	22	38	1.78
21181213--21181781	23	24.8	23	67	14	140	33	5	22	38	1.78
21181161--21181462	138	2.2	138	86	1	417	33	6	21	38	1.79
21181219--21181782	138	4.1	138	82	2	499	33	5	22	38	1.78
21181265--21181781	69	7.5	68	67	14	252	33	5	22	38	1.77
21181264--21181648	183	2.1	183	89	1	576	34	5	21	38	1.77
21186561--21186590	11	2.7	11	89	0	51	66	0	0	33	0.92
21190137--21190197	32	1.9	32	83	12	81	44	4	1	49	1.33
21190886--21190928	20	2.2	20	86	0	59	44	6	0	48	1.29
21190887--21190947	32	1.9	32	83	12	81	44	4	1	49	1.33
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21192064--21192122	30	2.0	29	83	3	73	44	0	35	20	1.52
21200553--21200589	3	12.3	3	100	0	74	64	0	0	35	0.94
21202289--21202332	15	3.0	15	84	12	56	0	31	0	68	0.90
21221676--21222121	232	1.9	232	85	5	614	40	20	13	24	1.89
21223467--21223525	30	1.9	31	86	10	86	30	15	16	37	1.90
21223971--21224006	18	2.1	18	94	5	65	44	16	0	38	1.48
21228759--21228812	24	2.2	24	86	0	72	53	5	3	37	1.42
21232771--21232834	24	2.7	24	85	0	83	35	0	6	57	1.24
21234310--21234338	13	2.1	14	93	6	51	68	0	0	31	0.89
21236336--21236374	2	19.5	2	100	0	78	48	0	51	0	1.00
21238359--21238401	21	2.0	22	86	13	63	11	6	11	69	1.35
21242497--21242541	20	2.1	22	84	8	58	17	24	22	35	1.95
21244526--21244560	2	17.5	2	100	0	70	51	0	48	0	1.00
21245825--21245961	65	2.2	63	85	7	188	50	4	4	40	1.42
21245880--21245967	17	5.2	17	68	20	58	53	2	2	42	1.26
21245844--21245983	68	2.1	65	80	9	149	52	2	4	40	1.36
21248439--21248465	5	5.4	5	100	0	54	81	0	0	18	0.69
21248975--21249083	46	2.4	46	87	3	148	33	23	9	33	1.87
21248997--21249729	23	31.8	23	69	13	319	39	23	6	31	1.79
21248997--21249641	230	2.8	231	88	3	906	38	23	5	31	1.79
21249189--21249686	46	10.8	47	76	8	370	38	23	5	32	1.78
21250230--21250263	15	2.3	15	94	0	59	50	20	2	26	1.63
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21256153--21256184	16	2.0	16	100	0	64	50	12	18	18	1.78
21258865--21258920	24	2.4	24	80	14	64	39	1	0	58	1.08
21258888--21258917	9	3.3	9	90	0	51	40	3	0	56	1.16
21282816--21282890	29	2.6	29	76	14	82	50	6	12	30	1.65
21285481--21285537	14	4.1	14	76	0	51	33	17	17	31	1.93
21286597--21286728	67	2.0	67	95	0	237	28	32	18	20	1.96
21288512--21288555	11	3.9	11	82	5	52	63	2	0	34	1.07
21295430--21295488	29	2.0	29	90	0	91	35	6	18	38	1.78
21296366--21296420	27	2.0	27	96	0	101	43	5	10	40	1.63
21296583--21296623	18	2.3	18	95	0	73	14	9	17	58	1.62

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
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