genome.fa.s10.2.7.7.80.10.50.1000.76.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr6
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  47432654

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  76  of  136  ( 16211 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24896151--24896254	11	8.6	12	72	12	70	62	1	34	0	1.13
24896151--24896254	3	34.3	3	70	12	70	62	1	34	0	1.13
24896491--24896751	30	8.4	30	74	18	230	24	4	8	62	1.42
24896557--24896765	26	7.9	26	71	24	161	23	3	7	65	1.34
24896551--24896717	23	7.7	22	65	21	93	23	2	7	65	1.33
24896557--24896765	14	14.8	14	68	27	115	23	3	7	65	1.34
24896517--24896781	64	4.2	64	91	2	401	23	4	8	63	1.41
24896583--24896755	38	5.2	37	68	30	156	23	4	7	64	1.37
24896490--24896757	128	2.1	128	92	6	452	24	4	7	63	1.41
24896881--24896919	17	2.5	15	87	8	51	71	2	10	15	1.23
24896915--24897337	160	2.6	160	95	1	738	54	8	9	27	1.61
24897281--24897387	54	1.9	55	90	3	171	51	9	10	28	1.67
24897276--24897403	56	2.4	51	78	12	148	53	10	10	25	1.65
24896952--24897709	378	2.0	377	92	2	1270	54	8	8	28	1.60
24897436--24897464	15	1.9	15	100	0	58	72	0	0	27	0.85
24897121--24897548	217	2.0	214	92	2	714	53	8	8	28	1.61
24897335--24897987	161	4.0	162	97	1	1208	54	8	7	29	1.56
24897597--24897625	15	1.9	15	100	0	58	72	0	0	27	0.85
24897758--24897786	15	1.9	15	100	0	58	72	0	0	27	0.85
24897918--24897946	15	1.9	15	100	0	58	72	0	0	27	0.85
24899646--24899700	25	2.2	25	80	6	67	21	7	10	60	1.55
24900440--24900481	8	5.4	8	80	5	50	50	23	0	26	1.50
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24900439--24900487	16	3.1	16	82	5	55	51	22	2	24	1.59
24903334--24903546	41	5.3	40	70	15	136	48	11	6	33	1.64
24903361--24903502	76	1.9	76	86	2	205	50	12	7	30	1.67
24903432--24903686	135	1.9	133	81	9	304	53	12	3	30	1.54
24903715--24903770	20	2.8	21	76	15	64	1	28	0	69	0.98
24910755--24910784	3	10.0	3	100	0	60	33	0	0	66	0.92
24912087--24912128	15	2.8	15	82	7	50	71	0	19	9	1.13
24917750--24917792	21	2.0	21	86	8	61	27	18	20	32	1.96
24918584--24918630	12	3.5	13	81	18	53	31	2	12	53	1.51
24922111--24922144	16	2.1	16	88	5	50	55	0	32	11	1.36
24923656--24923743	21	4.3	20	73	20	67	22	3	4	69	1.22
24930890--24930932	16	2.5	18	88	7	63	34	2	2	60	1.22
24931686--24931867	84	2.1	86	80	11	205	32	4	12	50	1.61
24931822--24931937	59	2.0	58	89	1	178	44	1	12	41	1.51
24931826--24931953	59	2.2	59	84	6	163	46	1	12	39	1.51
24932702--24932744	16	2.5	18	88	7	63	34	2	2	60	1.22
24933371--24933398	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
24933658--24933839	84	2.1	86	80	11	205	32	4	12	50	1.61
24933801--24933925	58	2.1	59	78	7	137	45	1	14	38	1.54
24943999--24944060	31	2.0	31	83	0	79	25	22	25	25	2.00
24957767--24957796	13	2.3	13	100	0	60	53	6	20	20	1.67
24959754--24959899	30	4.9	30	98	0	276	19	32	10	36	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24959911--24960214	87	3.5	87	80	4	344	22	27	15	34	1.94
24959745--24960122	29	12.9	29	82	6	259	21	28	13	36	1.91
24959911--24960205	29	10.2	29	82	2	283	22	28	14	34	1.94
24961937--24962024	45	2.0	45	83	0	113	28	17	20	34	1.95
24964481--24964531	23	2.2	23	86	6	68	43	19	7	29	1.79
24972231--24972278	22	2.2	22	96	0	87	27	4	12	56	1.54
24974715--24974751	15	2.4	17	82	17	53	35	16	0	48	1.46
24975469--24975881	133	3.1	133	78	8	424	33	14	21	31	1.92
24976234--24976283	21	2.5	20	83	6	64	24	4	32	40	1.73
24988798--24988830	13	2.5	13	95	0	57	36	9	6	48	1.60
24988826--24988864	16	2.5	15	88	8	60	41	0	5	53	1.23
24988802--24988944	62	2.3	61	78	4	153	36	5	11	46	1.63
24989672--24989704	15	2.2	15	100	0	66	27	6	0	66	1.15
24990616--24990750	66	2.0	66	89	0	207	39	17	28	14	1.90
24991150--24991368	42	5.3	42	87	4	275	30	23	21	24	1.99
24991156--24991368	80	2.6	83	85	3	270	31	23	22	23	1.98
24991875--24991910	8	4.4	8	86	6	54	58	0	0	41	0.98
24991863--24991911	17	2.8	17	81	9	55	59	0	0	40	0.98
25001171--25001209	21	2.0	20	90	10	62	5	30	7	56	1.49
25003189--25003224	19	1.9	18	88	5	54	30	0	8	61	1.26
25006001--25006034	4	8.5	4	100	0	68	23	0	0	76	0.79
25006004--25006051	8	6.0	8	90	0	51	22	8	2	66	1.29
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25006108--25006151	3	14.7	3	85	0	61	27	4	2	65	1.23
25012999--25013249	89	2.8	90	81	3	274	35	16	18	29	1.93
25012910--25013514	45	13.1	45	70	13	277	34	15	19	30	1.93
25013515--25013611	44	2.2	43	98	0	149	28	17	28	24	1.97
25013580--25013832	96	2.6	95	85	4	339	35	18	17	27	1.94
25013580--25013926	51	7.2	49	71	14	206	34	19	17	28	1.94
25013666--25013755	45	2.0	44	86	2	126	37	18	13	30	1.89
25015471--25015503	4	8.2	4	93	0	57	24	0	3	72	0.98
25015577--25015635	3	18.7	3	76	10	55	27	3	1	67	1.16
25015604--25015637	17	1.9	18	94	5	61	29	0	0	70	0.87
25015577--25015674	24	4.0	25	77	17	84	29	2	2	66	1.14
25016692--25016725	16	2.1	16	88	0	50	64	2	0	32	1.08
25018727--25018930	83	2.5	82	89	3	320	51	15	5	26	1.66
25022914--25023154	50	4.7	50	80	3	239	24	27	20	27	1.99
25024496--25024533	18	2.1	18	90	0	58	13	63	2	21	1.42
25024560--25024605	24	1.9	24	86	0	65	41	36	0	21	1.54
25029326--25029368	21	2.0	22	82	13	54	0	32	2	65	1.06
25030195--25030237	21	2.0	22	82	13	54	0	32	2	65	1.06
25032092--25032144	25	2.1	25	85	3	70	50	11	5	32	1.61
25033203--25033241	18	2.2	18	100	0	78	30	0	28	41	1.57
25034078--25034137	28	2.1	28	84	0	75	28	18	16	36	1.93
25039858--25039886	14	2.0	15	93	6	51	0	44	0	55	0.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25050299--25050367	35	2.0	35	94	0	120	26	11	23	39	1.88
25071249--25071282	17	2.0	17	88	0	50	61	8	8	20	1.52
25079900--25080165	27	9.9	27	90	0	372	41	20	21	17	1.90
25080512--25080592	28	2.9	28	83	0	99	20	23	24	30	1.99
25080976--25081039	31	2.1	31	96	0	119	48	6	6	39	1.54
25090423--25090452	7	4.4	7	91	8	53	73	0	0	26	0.84
25090423--25090448	13	2.0	13	100	0	52	76	0	0	23	0.78
25090469--25090508	11	3.5	11	86	6	53	75	2	2	20	1.04
25099881--25100075	50	3.9	50	79	3	187	22	26	22	28	1.99
25101473--25101521	21	2.3	21	86	6	64	38	28	16	16	1.90
25103836--25103929	47	2.0	47	100	0	188	29	14	21	34	1.93
25105420--25105452	16	2.0	17	88	5	50	27	0	3	69	1.03
25108686--25108728	21	2.0	21	82	8	52	30	9	9	51	1.65
25110993--25111031	20	2.0	20	84	0	51	46	5	17	30	1.70
25112718--25112789	33	2.2	33	87	5	101	11	27	6	54	1.61
25112870--25112920	23	2.2	24	82	10	61	9	23	1	64	1.34
25115889--25115973	46	1.9	43	85	7	116	32	27	16	23	1.96
25118855--25118936	42	2.0	42	85	4	112	30	23	15	30	1.96
25121074--25121252	87	2.0	90	92	3	301	32	20	16	31	1.94
25121714--25121745	16	2.0	16	93	0	55	25	15	0	59	1.36
25121973--25122163	51	3.8	51	78	13	232	29	27	18	25	1.98
25121971--25122155	101	1.8	102	92	3	320	29	26	18	24	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25121967--25122193	101	2.2	103	83	7	295	28	26	18	26	1.98
25124500--25124549	18	2.8	18	84	6	66	32	40	14	14	1.85
25142365--25142399	18	1.9	18	94	0	61	11	5	5	77	1.12
25143338--25143371	18	1.9	18	88	5	52	20	2	2	73	1.09
25147489--25147608	27	4.5	26	82	6	125	18	21	20	40	1.92
25147489--25147608	54	2.2	54	86	5	163	18	21	20	40	1.92
25148934--25148995	30	2.1	30	81	6	72	29	19	25	25	1.99
25149100--25149191	26	3.5	26	80	5	123	34	25	21	18	1.96
25149390--25149838	27	16.7	27	79	4	247	22	16	20	40	1.90
25149399--25149838	54	8.2	54	80	5	444	22	16	20	41	1.90

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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