genome.fa.s10.2.7.7.80.10.50.1000.44.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr6
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  47432654

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   

This is table  44  of  136  ( 16211 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14597327--14597359	15	2.2	15	94	0	57	15	24	6	54	1.63
14602227--14602283	29	2.0	29	82	6	71	47	3	5	43	1.43
14602420--14602734	105	3.0	105	99	0	612	32	21	15	30	1.94
14606880--14606929	26	1.9	26	92	8	84	34	14	10	42	1.78
14612290--14612328	20	2.0	20	100	0	78	66	0	2	30	1.05
14612912--14613002	48	1.9	46	88	4	137	40	4	2	52	1.33
14617016--14617066	25	2.0	25	100	0	102	43	3	19	33	1.70
14623203--14623227	1	25.0	1	100	0	50	0	0	0	100	0.00
14623547--14623692	73	2.0	74	94	1	258	21	11	15	51	1.75
14627578--14627607	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
14627607--14627631	2	12.5	2	100	0	50	52	0	48	0	1.00
14634067--14634121	22	2.3	25	81	12	71	30	0	3	65	1.10
14634069--14634121	24	2.3	22	87	6	70	30	0	3	66	1.10
14638565--14638631	25	2.7	25	76	0	71	35	19	26	17	1.94
14638635--14638719	25	3.3	25	79	9	100	34	22	24	18	1.96
14638623--14638727	25	4.2	26	76	12	94	35	21	24	18	1.96
14643092--14643149	27	2.1	27	81	12	66	51	3	8	36	1.49
14654735--14654800	28	2.4	28	86	0	96	30	24	24	21	1.99
14654753--14654815	28	2.2	28	88	0	90	34	19	17	28	1.94
14659409--14659441	5	6.6	5	100	0	66	78	0	0	21	0.75
14661550--14661668	58	2.1	58	86	0	166	36	11	20	31	1.88
14669650--14669712	29	2.2	29	88	0	90	28	23	20	26	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14670239--14670297	29	2.0	29	86	0	82	23	22	25	28	1.99
14670417--14670446	15	2.0	15	93	0	51	56	6	13	23	1.60
14673835--14673860	13	2.0	13	100	0	52	38	0	0	61	0.96
14677804--14677920	50	2.3	50	83	5	137	35	13	17	32	1.89
14686626--14686663	19	2.0	19	85	10	51	21	42	0	36	1.53
14692228--14692278	26	2.0	26	96	0	93	15	23	31	29	1.95
14692254--14692573	85	3.8	84	83	3	365	24	17	25	33	1.96
14692254--14692531	43	6.5	42	72	11	192	24	17	25	33	1.96
14695026--14695072	23	2.0	23	100	0	94	29	29	12	27	1.93
14704035--14704199	69	2.4	70	86	2	224	26	26	16	30	1.96
14707116--14707357	50	4.7	50	82	3	277	22	28	21	27	1.99
14712470--14712496	14	1.9	14	100	0	54	7	18	0	74	1.05
14715571--14715630	20	2.9	21	85	9	79	15	25	15	45	1.84
14715571--14715633	21	3.0	21	86	9	85	14	23	15	46	1.83
14721228--14721347	48	2.5	48	84	6	172	38	19	18	24	1.93
14728581--14728779	92	2.2	92	100	0	398	17	18	14	49	1.79
14729797--14729870	26	2.9	25	86	6	103	20	20	22	36	1.95
14730002--14730032	9	3.4	9	90	0	53	25	12	22	38	1.90
14730324--14730382	29	2.0	31	83	6	77	20	38	0	40	1.53
14730925--14731007	27	3.0	29	85	8	127	21	22	25	30	1.99
14730925--14731032	27	3.7	30	81	8	100	23	23	25	28	1.99
14734366--14734405	21	2.0	21	85	14	57	17	0	5	77	0.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14746598--14747120	45	11.8	45	85	2	682	29	15	22	31	1.95
14746604--14747120	222	2.3	225	86	3	724	29	15	22	31	1.95
14747629--14747678	22	2.3	22	80	12	59	46	38	4	12	1.60
14757482--14757577	48	2.0	48	93	0	165	27	13	15	43	1.84
14760876--14760905	12	2.5	12	94	0	51	23	40	30	6	1.80
14766526--14766582	27	2.0	27	86	10	78	64	5	3	26	1.30
14769430--14769576	35	4.2	35	78	5	145	31	17	20	29	1.96
14771150--14771343	34	5.6	35	71	6	124	31	13	20	34	1.91
14771229--14771427	34	5.8	34	71	9	127	40	10	19	29	1.85
14771207--14771411	103	2.0	103	80	3	234	37	11	19	31	1.87
14774796--14774829	6	5.5	6	96	3	59	0	14	0	85	0.60
14781171--14781200	14	2.1	14	93	0	51	40	0	13	46	1.43
14788140--14788203	27	2.4	26	82	10	76	15	6	1	76	1.06
14788150--14788202	8	6.2	8	83	12	61	13	5	1	79	0.99
14788141--14788201	17	3.5	17	78	14	61	14	4	1	78	0.99
14791195--14791221	14	1.9	14	100	0	54	18	14	14	51	1.76
14792426--14792455	14	2.1	14	93	0	51	40	0	13	46	1.43
14794997--14795039	20	2.2	20	100	0	86	44	4	9	41	1.57
14809298--14809431	72	1.9	72	88	0	205	39	19	7	33	1.80
14816468--14816558	47	2.0	44	83	14	114	23	0	27	49	1.50
14816529--14816652	33	3.9	31	80	8	142	37	0	16	45	1.48
14816545--14816652	30	3.5	29	76	15	101	41	0	13	44	1.44
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14816704--14816970	125	2.1	125	84	4	342	35	16	19	28	1.93
14817052--14817105	28	1.9	28	100	0	108	46	1	29	22	1.62
14820141--14820200	21	2.9	21	82	0	75	18	40	23	18	1.92
14820141--14820212	21	3.4	21	80	0	72	18	37	23	20	1.94
14824645--14824688	23	1.9	23	86	9	63	68	6	9	15	1.38
14827158--14827228	37	1.9	37	94	0	124	36	1	22	39	1.63
14831298--14831390	41	2.2	41	94	3	159	22	6	20	50	1.71
14834108--14834135	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
14836328--14836392	30	2.2	30	86	5	87	23	9	6	61	1.48
14836507--14836619	9	12.4	9	73	19	69	22	5	19	53	1.65
14836507--14836592	37	2.3	37	82	11	97	22	4	20	52	1.65
14836507--14836663	63	2.5	62	81	7	163	23	4	19	52	1.64
14836610--14836639	15	1.9	16	93	6	53	23	0	26	50	1.50
14836712--14836746	16	2.2	16	90	5	54	25	2	14	57	1.51
14836724--14836908	69	2.7	69	88	0	282	25	2	15	56	1.51
14836781--14836918	24	5.8	25	72	22	111	27	2	14	55	1.51
14836712--14836918	9	23.4	9	65	22	77	26	1	15	56	1.50
14836943--14836967	13	1.9	13	100	0	50	32	4	16	48	1.64
14839516--14839563	20	2.4	20	89	0	78	33	14	22	29	1.94
14841347--14841389	18	2.4	18	88	0	68	9	20	2	67	1.30
14841374--14841416	6	7.2	6	83	0	59	4	16	2	76	1.05
14841347--14841416	18	4.2	18	74	20	62	8	18	2	70	1.26
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14841293--14841413	30	3.9	30	76	7	118	9	21	1	66	1.29
14841726--14841754	14	2.0	15	93	6	51	6	27	13	51	1.66
14844184--14844227	20	2.2	20	95	0	79	34	13	22	29	1.93
14845652--14845729	40	2.0	40	100	0	156	11	30	17	39	1.86
14845627--14845717	20	4.5	21	72	16	77	14	28	18	38	1.90
14846134--14846190	13	4.4	13	82	4	53	45	0	22	31	1.53
14848268--14848336	29	2.4	29	95	0	129	24	2	24	47	1.65
14860553--14860583	1	31.0	1	100	0	62	100	0	0	0	0.00
14865253--14865294	16	2.7	16	82	10	52	66	0	9	23	1.21
14872711--14872828	45	2.6	45	82	6	141	45	16	18	19	1.85
14874144--14874233	42	2.1	42	85	4	119	24	23	30	22	1.99
14879822--14879869	10	4.5	11	89	5	64	64	6	2	27	1.28
14879822--14879859	11	3.6	10	92	3	58	63	7	0	28	1.23
14879812--14879869	21	2.8	20	79	7	62	67	5	1	25	1.21
14885384--14885426	3	14.3	3	80	9	52	2	30	0	67	1.03
14885385--14885524	15	9.2	15	76	17	103	3	30	0	66	1.08
14885457--14885520	3	21.0	3	96	3	119	0	32	0	67	0.91
14889268--14889306	20	2.0	20	85	10	53	12	12	20	53	1.71
14893043--14893133	44	2.1	44	87	4	130	17	21	31	28	1.96
14893721--14893779	22	2.7	22	78	0	64	20	18	15	45	1.85
14904827--14904878	21	2.5	21	87	0	77	28	7	32	30	1.85
14906395--14906433	20	2.0	20	94	0	69	48	2	0	48	1.15
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14908382--14908442	31	2.0	31	93	0	104	40	14	19	24	1.89
14910365--14910399	18	2.0	17	94	5	61	37	0	62	0	0.95
14910371--14910410	18	2.2	18	86	0	53	40	0	60	0	0.97
14911925--14911985	31	2.0	31	83	3	79	49	11	4	34	1.61
14914671--14914819	37	4.1	38	79	10	168	38	26	16	18	1.92
14915907--14915931	13	1.9	13	100	0	50	32	4	24	40	1.73
14916927--14916978	26	2.0	26	82	14	63	44	0	7	48	1.31
14917590--14917698	41	2.7	40	84	5	128	28	18	21	32	1.96
14919496--14919553	21	2.8	20	75	17	57	43	1	15	39	1.57
14926656--14926688	15	2.3	14	94	5	57	63	0	6	30	1.18

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136