genome.fa.s10.2.7.7.80.10.50.1000.59.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr6
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  47432654

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
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This is table  59  of  136  ( 16211 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19561300--19561350	23	2.3	22	83	12	61	37	17	21	23	1.94
19575267--19575321	16	3.4	16	84	0	56	32	32	1	32	1.69
19575280--19575336	16	3.6	16	90	0	78	35	35	0	29	1.58
19578934--19579037	19	5.2	19	80	6	100	35	12	25	26	1.92
19579016--19579171	51	3.1	50	83	5	154	34	14	16	34	1.89
19579194--19579237	22	2.0	22	86	8	63	25	13	9	52	1.70
19579910--19580086	96	1.8	96	81	2	221	29	7	16	45	1.76
19582111--19582181	24	3.0	24	82	0	70	69	2	22	5	1.23
19584978--19585024	19	2.4	20	89	3	78	27	17	27	27	1.97
19585005--19585052	23	2.0	24	84	4	62	33	12	29	25	1.92
19585038--19585148	50	2.2	50	86	0	150	31	12	16	39	1.86
19585204--19585346	40	3.6	39	79	9	155	35	23	20	20	1.96
19585377--19585568	83	2.3	83	81	4	244	25	20	23	30	1.99
19585377--19585571	41	4.7	41	87	1	246	24	21	24	29	1.99
19585947--19585993	19	2.4	20	89	3	78	27	17	27	27	1.97
19585974--19586021	23	2.0	24	84	4	62	33	12	29	25	1.92
19586007--19586117	50	2.2	50	86	0	150	31	12	16	39	1.86
19586173--19586315	40	3.6	39	79	9	155	35	23	20	20	1.96
19586346--19586537	83	2.3	83	81	4	244	25	20	23	30	1.99
19586346--19586540	41	4.7	41	87	1	246	24	21	24	29	1.99
19587066--19587103	14	2.7	14	91	0	58	15	0	44	39	1.47
19587070--19587137	35	1.9	35	84	0	91	22	0	41	36	1.54
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19591270--19591329	18	3.4	18	64	13	52	43	6	10	40	1.64
19591517--19591788	86	3.2	86	89	1	384	19	16	30	33	1.94
19591517--19591788	129	2.1	130	85	2	359	19	16	30	33	1.94
19591517--19591754	43	5.5	43	87	2	352	20	15	31	31	1.94
19591859--19591975	53	2.2	54	90	3	191	33	11	16	39	1.84
19597812--19597852	13	2.9	14	86	10	57	58	0	2	39	1.11
19597812--19597853	15	2.9	15	89	6	61	57	0	2	40	1.12
19602573--19602601	2	14.5	2	100	0	58	51	0	0	48	1.00
19604166--19604198	17	1.9	17	93	0	57	39	12	0	48	1.40
19607671--19607701	10	3.1	10	95	0	53	9	19	3	67	1.33
19608475--19608691	44	4.7	44	67	13	148	26	23	22	26	2.00
19608197--19608548	181	1.9	182	81	5	424	28	22	20	28	1.98
19608378--19608845	143	3.3	143	87	2	622	27	22	20	29	1.98
19608488--19608912	143	3.0	143	82	7	476	26	21	20	30	1.98
19612498--19612531	12	2.8	12	90	0	50	14	29	20	35	1.93
19613629--19613668	19	2.2	18	86	4	53	62	17	5	15	1.49
19616012--19616045	15	2.2	16	89	5	52	14	0	8	76	1.01
19620177--19620325	74	2.0	74	100	0	298	26	14	18	39	1.90
19621643--19621677	17	2.0	18	94	5	63	31	5	17	45	1.71
19622177--19622278	29	3.4	29	78	4	105	50	18	7	23	1.73
19622469--19622501	3	11.0	3	100	0	66	0	33	0	66	0.92
19625454--19625525	3	24.3	3	88	2	110	0	31	0	68	0.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19625652--19625739	29	3.0	29	78	6	79	38	6	4	50	1.50
19626754--19626791	16	2.2	18	86	9	53	26	0	5	68	1.11
19629748--19629829	37	2.2	37	89	4	121	21	17	25	35	1.95
19630264--19630289	11	2.4	11	100	0	52	15	7	23	53	1.67
19632717--19632951	51	4.7	50	80	5	240	26	17	25	30	1.97
19632717--19632963	101	2.5	101	82	5	320	27	17	25	29	1.97
19632717--19632992	101	2.7	102	80	6	319	27	15	25	30	1.96
19632713--19632993	152	1.8	151	80	6	334	28	15	25	30	1.96
19633871--19633963	47	2.0	48	82	2	116	24	15	26	33	1.95
19638888--19638926	17	2.3	17	90	0	60	30	25	17	25	1.97
19645901--19646090	30	6.3	29	80	7	157	36	12	26	25	1.91
19645901--19646090	60	3.2	60	73	12	192	36	12	26	25	1.91
19645963--19646156	30	6.5	30	74	11	96	32	11	26	28	1.91
19646103--19646183	30	2.7	30	84	0	90	33	8	25	32	1.86
19648443--19648607	42	3.9	42	77	1	134	29	15	24	30	1.95
19648754--19648838	44	1.9	44	97	0	161	38	7	23	30	1.81
19650394--19650433	21	1.9	21	89	0	62	37	2	12	47	1.55
19650905--19651198	82	3.6	82	91	1	450	34	5	16	43	1.72
19651159--19651274	61	1.9	62	82	5	146	31	7	19	41	1.80
19651153--19651279	31	4.1	31	73	13	118	30	7	18	44	1.76
19651889--19651917	15	1.9	15	100	0	58	34	6	10	48	1.64
19656274--19656522	50	4.9	50	78	5	216	26	22	27	23	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19660904--19661187	82	3.5	82	95	0	496	34	5	17	42	1.72
19661145--19661346	31	6.5	31	68	16	125	28	8	19	43	1.81
19665319--19666204	443	2.0	443	100	0	1772	30	13	21	34	1.92
19670023--19670131	42	2.6	43	79	1	112	29	17	21	32	1.96
19670031--19670134	43	2.5	42	79	1	109	30	17	22	29	1.96
19672133--19672191	25	2.3	26	91	5	102	18	49	3	28	1.64
19672480--19672544	8	7.8	8	75	10	58	24	7	0	67	1.16
19672745--19672795	21	2.3	23	83	10	61	19	9	3	66	1.36
19674191--19674236	6	7.8	6	86	11	60	26	0	2	71	0.97
19674177--19674236	12	5.4	11	79	15	61	23	0	3	73	0.98
19674189--19674236	24	2.0	23	88	11	71	25	0	2	72	0.95
19674171--19674257	6	14.5	6	75	13	54	19	2	4	73	1.12
19675955--19676021	25	2.7	25	79	9	66	31	26	20	20	1.98
19678443--19678469	7	3.9	7	100	0	54	44	14	0	40	1.46
19680915--19680967	21	2.5	21	87	0	79	30	35	9	24	1.87
19682093--19682176	30	2.8	30	92	0	141	22	25	33	19	1.97
19685255--19685286	9	3.6	9	91	0	55	56	0	34	9	1.32
19691552--19691612	28	2.2	29	79	8	72	36	22	18	22	1.95
19691723--19691791	25	2.7	26	86	4	104	39	20	21	18	1.93
19695915--19695952	20	1.9	19	89	5	58	52	0	0	47	1.00
19704744--19704981	119	2.0	117	86	3	325	32	19	16	31	1.94
19705143--19705198	23	2.5	23	85	2	69	53	10	5	30	1.58
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19706648--19706698	6	8.3	6	84	4	57	58	3	21	15	1.53
19712320--19712373	27	2.0	27	82	7	65	50	0	9	40	1.35
19714037--19714092	29	1.9	29	100	0	112	25	17	17	39	1.92
19714181--19714378	100	2.0	100	97	0	378	26	3	23	46	1.68
19724862--19724925	21	2.9	21	86	11	76	31	3	3	62	1.26
19724884--19725013	55	2.4	56	80	6	151	33	4	5	56	1.43
19725000--19725139	69	2.0	69	98	0	271	27	10	9	52	1.65
19725191--19725236	20	2.3	21	77	7	60	30	4	0	65	1.12
19725188--19725319	27	5.2	26	70	17	89	28	4	5	62	1.37
19725856--19725976	60	2.0	60	96	0	224	27	19	19	34	1.95
19733414--19734116	349	2.0	349	99	0	1379	36	6	16	40	1.74
19742271--19742313	21	2.0	22	86	4	61	48	0	11	39	1.40
19746702--19746731	15	2.0	15	93	0	51	60	3	3	33	1.30
19754969--19754995	12	2.2	12	100	0	54	48	7	0	44	1.31
19755986--19756427	108	4.1	109	89	3	576	30	16	18	33	1.93
19761290--19761626	88	3.8	88	93	0	548	29	23	23	24	1.99
19761311--19761677	44	8.3	43	67	15	182	30	23	22	23	1.99
19761660--19762145	95	5.1	95	90	1	749	29	18	23	29	1.98
19762046--19762397	126	2.8	126	88	0	524	29	17	21	30	1.97
19762322--19762467	44	3.2	44	66	21	118	26	19	23	31	1.98
19762335--19762490	43	3.4	43	68	19	118	27	16	26	30	1.96
19762173--19762594	221	1.9	221	90	0	666	28	18	22	30	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19762307--19762492	95	2.0	95	95	2	338	26	16	25	31	1.97
19761960--19762625	347	1.9	347	90	0	1064	29	18	22	30	1.97
19762394--19762639	126	2.0	126	87	1	359	29	19	21	29	1.98
19763448--19763472	12	2.1	12	100	0	50	48	8	0	44	1.32
19764095--19764150	3	19.0	3	78	10	62	28	3	0	67	1.07
19764484--19764717	109	2.1	109	96	0	432	32	15	18	33	1.92
19765159--19765196	20	1.9	20	94	0	67	36	18	15	28	1.92
19769144--19769171	14	2.0	14	100	0	56	42	7	0	50	1.30
19769471--19769548	38	2.1	38	97	0	147	50	7	21	20	1.73
19785605--19785651	20	2.3	20	85	0	58	25	19	29	25	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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