genome.fa.s10.2.7.7.80.10.50.1000.78.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr6
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  47432654

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  78  of  136  ( 16211 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25444792--25444889	28	3.2	31	70	15	87	37	38	16	7	1.76
25456464--25456617	76	2.1	74	80	4	175	27	14	20	36	1.93
25465388--25465439	23	2.3	23	93	0	86	32	25	21	21	1.98
25471626--25471670	10	4.3	10	81	10	54	55	13	0	31	1.38
25481344--25481368	13	1.9	13	100	0	50	36	0	16	48	1.46
25481763--25481812	11	4.6	11	80	14	59	12	4	48	36	1.59
25481763--25481812	22	2.3	21	86	10	66	12	4	48	36	1.59
25481763--25481821	22	2.7	22	82	12	61	15	3	47	33	1.62
25497138--25497196	31	1.9	31	85	0	82	42	11	6	38	1.68
25497367--25497393	8	3.4	8	100	0	54	62	0	0	37	0.95
25498553--25498636	44	1.9	44	87	4	125	38	8	4	48	1.54
25504295--25504391	27	3.7	26	78	10	90	19	15	6	58	1.58
25504648--25504724	34	2.3	34	82	8	86	27	11	18	42	1.84
25504726--25504797	35	2.1	35	91	0	117	36	11	13	38	1.81
25504969--25505026	18	3.0	18	79	16	71	25	18	24	31	1.98
25505986--25506015	6	5.2	6	96	4	53	46	0	0	53	1.00
25507900--25507950	23	2.2	24	82	10	61	78	0	15	5	0.93
25516992--25517053	28	2.3	28	77	5	74	17	17	17	46	1.84
25535438--25535480	22	2.0	22	85	0	59	16	23	6	53	1.67
25538614--25538704	27	3.3	27	70	17	87	38	14	3	43	1.61
25538609--25538720	56	2.0	56	96	0	206	37	14	4	43	1.65
25547877--25547920	20	2.2	20	84	8	54	31	27	2	38	1.69
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25563775--25563988	107	2.0	106	89	2	331	33	17	17	31	1.94
25564288--25564354	3	22.0	3	80	3	62	55	1	4	38	1.29
25564288--25564353	24	2.7	24	83	6	80	54	1	4	39	1.30
25572818--25572876	24	2.4	26	72	16	63	49	8	13	28	1.71
25574905--25574944	20	2.0	21	85	14	57	50	10	2	37	1.50
25575901--25575941	18	2.3	18	100	0	82	36	21	17	24	1.94
25576200--25576578	27	14.1	27	84	0	472	18	17	21	41	1.90
25578705--25578756	25	2.1	25	89	7	79	19	1	5	73	1.14
25578729--25578754	10	2.6	10	100	0	52	19	0	7	73	1.07
25579834--25579874	23	1.9	22	85	14	59	39	12	9	39	1.76
25583487--25583549	32	2.0	32	96	3	119	19	6	19	55	1.63
25588356--25588568	101	2.1	101	89	0	327	29	26	15	29	1.96
25588564--25588636	27	2.7	27	93	2	130	30	10	0	58	1.32
25589536--25589561	11	2.4	11	100	0	52	50	15	0	34	1.45
25589941--25590059	59	2.0	59	96	3	222	41	13	8	36	1.75
25596205--25596277	29	2.5	29	97	0	137	47	27	9	15	1.76
25598386--25598438	24	2.2	25	82	3	63	28	20	24	26	1.99
25600860--25600907	25	1.9	25	100	0	96	58	0	8	33	1.28
25601958--25602247	122	2.4	123	86	0	393	23	19	20	37	1.94
25601932--25602240	41	7.6	41	86	0	368	23	18	21	37	1.94
25611485--25611540	30	1.9	28	82	13	69	60	10	14	14	1.58
25612955--25612983	12	2.3	13	94	5	51	20	6	6	65	1.40
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25625557--25625607	26	2.0	26	92	0	84	39	23	19	17	1.92
25625599--25625651	27	2.0	27	85	7	72	37	24	18	18	1.94
25625733--25625775	11	3.7	11	76	11	50	51	27	6	13	1.67
25625723--25625799	24	3.2	24	84	0	82	49	24	6	19	1.72
25625760--25625807	24	2.0	24	87	0	69	52	18	4	25	1.63
25625804--25625865	27	2.3	27	97	0	115	20	22	19	37	1.95
25625856--25625970	27	4.3	27	80	8	108	26	15	15	42	1.87
25643076--25643139	32	1.9	33	81	15	78	40	18	1	39	1.60
25645203--25645305	51	2.0	51	98	0	197	34	23	9	32	1.87
25648375--25648414	18	2.2	18	86	0	53	17	27	7	47	1.74
25650461--25650502	12	3.5	12	75	12	50	33	0	42	23	1.55
25650461--25650507	24	1.9	24	91	4	76	34	0	38	27	1.57
25651173--25651395	27	8.3	27	87	2	277	43	20	16	18	1.87
25651763--25651910	28	5.3	28	85	3	192	21	21	24	32	1.98
25651905--25651942	14	2.7	14	91	0	58	21	13	21	44	1.85
25653633--25653658	7	3.7	7	100	0	52	53	0	0	46	1.00
25663626--25663672	20	2.3	21	78	10	53	74	2	4	19	1.09
25681626--25681655	13	2.3	13	94	0	51	30	20	6	43	1.77
25681584--25681646	26	2.4	25	77	12	65	36	19	3	41	1.67
25686337--25686375	19	2.1	19	85	9	53	35	12	7	43	1.72
25691686--25692560	437	2.0	437	100	0	1750	38	16	13	30	1.88
25700502--25700591	27	3.3	27	77	11	112	21	16	22	40	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25700516--25700606	27	3.4	27	74	10	105	21	15	24	38	1.92
25701869--25701904	18	2.0	18	88	0	54	61	0	33	5	1.19
25703177--25703256	25	3.2	25	85	3	99	28	25	15	31	1.95
25703187--25703269	25	3.3	25	88	3	114	28	25	19	26	1.98
25706900--25706948	25	2.0	25	100	0	98	44	16	18	20	1.86
25710868--25710907	14	2.9	14	96	0	71	60	12	0	27	1.33
25712196--25712257	30	2.1	30	90	0	97	37	14	16	32	1.89
25718860--25718905	21	2.2	21	84	3	58	8	23	0	67	1.18
25722939--25723018	40	2.0	40	100	0	160	12	5	15	67	1.38
25725749--25725828	27	3.2	27	60	26	66	42	1	12	43	1.50
25725722--25725861	48	2.9	48	100	0	280	41	2	15	41	1.58
25725758--25725836	27	3.1	27	60	26	64	44	2	15	37	1.60
25735239--25735287	25	1.9	26	83	4	64	40	10	10	38	1.73
25750984--25751032	21	2.3	21	78	3	53	20	20	42	16	1.89
25757197--25757245	20	2.7	18	77	22	57	51	4	2	42	1.32
25758019--25758088	35	2.0	35	97	0	131	30	14	18	37	1.90
25760724--25760874	50	3.0	50	84	4	196	25	15	27	30	1.96
25760787--25760868	26	3.2	26	65	22	64	24	14	28	32	1.94
25761092--25761123	16	2.0	16	93	0	55	59	0	15	25	1.36
25767981--25768025	20	2.3	20	92	3	74	55	2	0	42	1.12
25768660--25768734	31	2.4	31	84	0	96	36	13	6	44	1.70
25769127--25769162	3	12.0	3	100	0	72	33	0	0	66	0.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25770987--25771155	50	3.4	50	84	0	230	20	28	20	30	1.98
25773959--25774011	20	2.7	20	75	0	52	56	11	7	24	1.60
25776497--25776541	18	2.5	18	92	0	72	40	26	20	13	1.89
25779947--25779992	23	2.0	23	82	0	56	54	6	0	39	1.26
25779957--25779999	22	1.9	23	85	4	61	62	0	0	37	0.95
25780063--25780108	18	2.6	18	89	0	65	58	23	2	15	1.48
25783115--25783492	28	13.6	28	69	9	173	30	29	14	25	1.95
25783115--25783529	56	7.4	56	74	5	257	30	30	14	25	1.95
25783115--25783348	83	2.8	84	78	6	217	30	31	13	23	1.93
25783161--25783460	84	3.6	83	72	11	245	30	29	15	26	1.95
25783115--25783591	139	3.4	138	78	3	458	29	29	14	26	1.95
25786219--25786278	30	2.0	30	100	0	120	50	16	3	30	1.62
25794811--25794867	27	2.1	27	83	9	71	40	0	17	42	1.49
25802555--25802617	9	6.8	9	76	7	63	36	1	36	25	1.66
25808525--25808563	15	2.8	13	85	14	60	46	28	0	25	1.53
25820344--25820452	49	2.2	49	88	3	157	26	18	31	23	1.97
25821138--25821198	27	2.2	28	91	5	99	29	1	16	52	1.53
25821650--25821674	11	2.3	11	100	0	50	0	0	12	88	0.53
25821993--25822183	87	2.2	87	81	0	229	34	14	21	29	1.93
25825430--25825499	29	2.3	29	82	7	77	42	2	2	51	1.31
25832885--25832938	27	2.0	26	82	3	63	64	1	20	12	1.36
25833786--25833852	29	2.3	31	80	15	79	35	14	11	37	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25834027--25834105	29	2.6	30	84	6	81	35	10	15	39	1.81
25834036--25834112	29	2.6	30	85	4	102	36	10	19	33	1.86
25835543--25835730	45	4.2	45	85	4	238	22	17	26	34	1.96
25837735--25837869	69	2.0	68	95	1	243	24	8	24	42	1.83
25842270--25842313	17	2.5	19	82	14	58	31	9	0	59	1.29
25842435--25842493	31	1.9	31	100	0	118	49	6	13	30	1.68
25844962--25845120	43	3.7	44	74	7	121	29	26	18	25	1.98
25847616--25847653	3	12.7	3	100	0	76	31	0	0	68	0.90
25853397--25853454	25	2.3	26	84	3	73	31	13	8	46	1.74
25853745--25853801	27	2.3	27	85	11	77	59	1	0	38	1.08

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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