genome.fa.s10.2.7.7.80.10.50.1000.7.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr6
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  47432654

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   

This is table  7  of  136  ( 16211 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1898078--1898181	24	4.1	26	77	15	94	59	1	10	27	1.41
1907199--1907533	88	3.8	87	85	2	447	27	18	24	29	1.98
1907198--1907520	176	1.8	176	88	1	495	27	18	25	28	1.98
1909553--1909591	21	1.9	20	89	5	60	33	7	2	56	1.41
1911660--1911706	22	2.1	22	84	0	58	2	65	0	31	1.04
1914856--1914895	16	2.5	16	91	0	62	47	2	7	42	1.45
1915198--1915226	12	2.3	13	94	5	51	72	13	0	13	1.13
1919170--1919207	14	2.7	14	88	8	51	34	10	7	47	1.67
1922350--1922507	34	4.6	34	87	0	172	43	18	6	31	1.76
1923916--1923940	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
1924124--1924193	34	2.0	35	94	2	124	45	1	24	28	1.62
1924867--1924952	22	3.8	22	81	4	82	19	23	16	40	1.91
1927407--1927447	19	2.2	20	79	12	52	24	0	12	63	1.28
1930431--1930660	62	3.7	62	92	0	370	36	6	7	48	1.58
1930603--1930631	14	2.1	14	100	0	58	51	6	0	41	1.28
1931871--1931905	14	2.5	14	90	0	52	42	5	17	34	1.73
1933762--1933827	31	2.1	31	83	5	80	63	9	0	27	1.24
1934955--1935005	11	4.6	11	77	0	57	60	1	11	25	1.41
1934955--1935013	22	2.7	22	84	2	84	62	1	11	23	1.38
1936462--1936499	20	1.9	20	84	10	51	39	10	26	23	1.87
1943213--1943608	195	2.0	195	98	0	756	34	15	15	35	1.89
1946315--1946507	103	1.9	103	85	4	273	26	17	11	44	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1949327--1949365	16	2.5	15	84	15	53	35	5	0	58	1.20
1949411--1949452	22	1.9	22	85	9	59	40	2	0	57	1.12
1951048--1951197	76	2.0	76	83	0	192	24	20	20	34	1.96
1952502--1952542	20	2.0	20	100	0	82	41	29	9	19	1.83
1956693--1957070	126	3.0	124	87	5	548	29	15	21	32	1.95
1957944--1957987	22	2.1	21	87	8	63	34	0	22	43	1.54
1957970--1958220	29	8.6	29	80	11	271	28	1	24	45	1.63
1958117--1958152	14	2.5	15	86	4	56	25	0	25	50	1.50
1958151--1958194	23	1.9	23	90	0	70	36	2	15	45	1.59
1958207--1958249	22	2.0	22	100	0	86	23	0	27	48	1.51
1958131--1958337	96	2.2	96	95	0	371	28	0	23	46	1.59
1958292--1958414	22	5.3	20	70	29	77	26	0	27	45	1.54
1958296--1958470	23	7.5	23	70	18	105	28	0	25	45	1.58
1958133--1958479	170	2.0	170	96	0	631	28	0	24	46	1.59
1958229--1958412	74	2.5	74	91	0	287	28	0	23	47	1.56
1958303--1958479	96	1.8	96	95	0	318	27	0	25	46	1.57
1958377--1958419	22	2.0	22	100	0	86	23	0	27	48	1.51
1958539--1958597	7	8.3	7	83	9	75	16	1	38	42	1.59
1958539--1958594	22	2.6	22	88	2	78	17	1	41	39	1.60
1958589--1958816	29	8.3	29	76	17	159	27	0	27	45	1.54
1958611--1958833	51	4.2	52	79	10	222	27	0	28	44	1.55
1958560--1958833	80	3.4	80	78	11	292	26	0	28	44	1.55
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1958691--1958736	22	2.2	20	88	11	67	26	0	28	45	1.54
1958695--1958836	23	5.7	23	68	24	74	26	0	28	45	1.54
1958721--1958816	30	3.2	30	89	1	149	25	0	29	45	1.53
1958728--1958829	30	3.5	28	83	7	123	28	0	27	44	1.55
1958846--1958979	63	2.1	64	94	1	234	46	11	0	41	1.41
1959414--1959448	18	1.9	18	94	0	61	34	8	31	25	1.86
1960084--1960108	7	3.6	7	100	0	50	60	12	0	28	1.32
1961116--1961199	29	3.1	29	60	28	67	42	0	26	30	1.55
1961093--1961205	51	2.2	51	96	0	208	44	0	26	29	1.55
1961180--1961232	22	2.4	22	93	3	88	43	0	30	26	1.55
1966051--1966096	21	2.2	21	84	7	58	36	4	6	52	1.47
1974492--1974521	14	2.1	14	100	0	60	30	26	20	23	1.98
1976184--1976348	43	3.9	42	77	9	140	29	29	18	23	1.97
1979294--1979351	29	2.0	29	100	0	116	44	20	6	27	1.77
1979701--1979738	14	3.1	12	82	17	51	47	0	2	50	1.15
1979706--1979741	14	2.6	14	95	0	63	41	0	2	55	1.14
1979870--1979901	3	10.7	3	100	0	64	34	0	0	65	0.93
1982116--1982177	25	2.5	25	84	5	72	41	20	16	20	1.90
1985074--1985109	5	7.2	5	87	12	56	77	0	2	19	0.88
1986308--1986364	28	2.0	28	93	0	96	42	10	0	47	1.38
1986608--1986735	67	1.9	66	84	6	168	28	14	28	28	1.96
1993999--1994061	29	2.1	30	82	2	74	73	1	11	14	1.18
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1997151--1997577	147	2.9	147	95	2	767	39	8	27	25	1.84
2005842--2005943	50	2.0	51	96	3	188	39	17	21	21	1.93
2007759--2007877	36	3.3	36	97	0	220	37	13	18	30	1.89
2007787--2007852	21	3.5	20	63	25	52	34	12	19	33	1.89
2009889--2009928	20	2.0	21	90	5	64	2	12	7	77	1.07
2009963--2010009	21	2.2	21	88	0	76	6	4	36	53	1.46
2012514--2013201	114	6.4	105	82	9	624	32	18	18	31	1.94
2012530--2013024	112	4.6	114	82	9	417	34	17	17	30	1.93
2014545--2015129	209	2.7	211	83	4	683	32	19	17	30	1.95
2016935--2017349	104	3.8	109	76	11	404	31	17	17	33	1.93
2017151--2017317	53	3.2	52	65	10	133	21	17	19	41	1.90
2023340--2023396	6	9.5	6	86	7	53	57	7	35	0	1.26
2023340--2023384	18	2.5	18	85	0	63	55	8	35	0	1.31
2025766--2025896	70	1.9	70	98	0	253	32	13	15	38	1.86
2028325--2028358	16	2.1	16	89	10	52	32	20	5	41	1.76
2038291--2038349	22	2.6	22	76	10	57	28	0	5	66	1.13
2043555--2043711	77	2.0	78	98	1	307	35	19	14	31	1.91
2060224--2060260	15	2.4	15	95	4	65	8	10	40	40	1.70
2061935--2062077	43	3.3	43	80	9	139	31	25	17	25	1.97
2063329--2063383	25	2.2	25	86	0	83	38	16	23	21	1.93
2067674--2067716	19	2.2	19	83	4	50	32	20	2	44	1.65
2069434--2069466	12	3.0	11	87	12	50	72	0	0	27	0.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2072943--2072998	29	1.9	29	85	7	78	37	19	7	35	1.79
2106303--2106345	23	1.9	22	86	13	61	23	2	18	55	1.54
2107387--2107449	26	2.4	26	75	17	67	58	1	4	34	1.29
2108192--2108264	21	3.4	21	75	7	74	27	0	5	67	1.13
2111302--2111502	85	2.5	82	82	7	241	42	22	10	23	1.85
2111336--2111656	85	3.8	84	78	6	240	41	20	13	24	1.88
2111593--2111724	68	1.9	68	100	0	264	38	18	18	25	1.92
2111661--2112358	84	8.3	84	84	1	801	40	20	14	25	1.90
2111705--2112339	166	3.8	167	85	3	810	40	21	13	25	1.89
2111687--2112326	250	2.5	253	84	1	822	39	21	13	25	1.90
2119717--2119783	34	1.9	35	93	3	118	32	8	11	46	1.72
2119928--2119969	21	2.0	21	85	0	57	35	23	9	30	1.87
2121254--2121310	26	2.2	26	90	3	89	31	1	0	66	1.02
2121300--2121580	140	2.0	141	99	0	555	44	14	12	29	1.81
2130632--2130687	28	2.0	28	89	0	85	28	14	21	35	1.92
2153040--2153254	116	1.9	116	89	2	333	30	12	14	41	1.83
2155423--2155498	25	3.1	24	75	19	84	31	17	26	25	1.97
2155412--2155495	25	3.4	24	75	16	82	29	20	23	26	1.99
2163935--2164021	44	2.0	44	95	2	158	27	27	5	39	1.79
2169359--2169425	10	7.3	9	77	14	57	68	1	4	25	1.17
2169393--2169481	48	1.9	45	84	8	117	58	3	7	30	1.43
2169699--2169771	30	2.5	30	79	16	82	35	1	1	61	1.13
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2169732--2169783	21	2.5	21	80	0	59	32	3	0	63	1.12
2174417--2174515	34	2.9	34	79	5	112	41	14	18	26	1.88
2181612--2181671	16	3.6	16	80	12	68	61	6	0	31	1.22
2181617--2181671	18	3.2	18	85	7	71	60	7	0	32	1.24
2181943--2182040	50	2.0	50	83	4	126	38	15	15	30	1.88
2192133--2192255	35	3.5	35	76	2	129	21	26	24	27	1.99
2192121--2192228	35	3.0	36	72	2	110	21	27	24	26	1.99
2192121--2192267	71	2.1	71	89	0	222	22	26	23	27	1.99
2196101--2196144	22	2.0	22	100	0	88	54	9	13	22	1.67
2196725--2196763	19	2.1	19	95	0	69	15	12	0	71	1.14

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
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