genome.fa.s10.2.7.7.80.10.50.1000.67.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr6
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  47432654

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          129   130   131   132   133   134   135   136   

This is table  67  of  136  ( 16211 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22226197--22226472	136	2.0	136	97	0	516	30	23	13	31	1.93
22231109--22231137	15	1.9	15	100	0	58	27	13	31	27	1.94
22231112--22231146	15	2.3	15	90	0	52	34	14	25	25	1.94
22237240--22237525	130	2.2	125	87	6	396	34	23	18	23	1.96
22237240--22237527	42	6.7	42	85	7	366	35	23	18	23	1.96
22249775--22249873	11	9.4	11	71	25	63	57	0	4	38	1.18
22249760--22249849	30	3.0	30	90	6	130	58	0	2	38	1.10
22250812--22250858	21	2.2	22	88	3	69	36	2	4	57	1.30
22255633--22255676	20	2.2	20	83	0	52	34	9	6	50	1.61
22256111--22256167	20	2.7	21	86	5	71	33	1	3	61	1.23
22256282--22256711	87	4.9	87	86	2	515	31	13	10	43	1.79
22256733--22256992	87	3.0	86	85	3	308	45	9	13	31	1.76
22257118--22257160	20	2.1	21	86	4	61	65	4	2	27	1.25
22259637--22259707	3	24.0	3	76	13	67	30	2	4	61	1.29
22264755--22264976	89	2.5	89	87	1	302	30	23	21	24	1.99
22264717--22264955	89	2.7	89	85	2	284	30	23	20	25	1.98
22264995--22265179	99	1.9	99	86	2	264	31	21	21	24	1.98
22265006--22265314	49	6.2	49	75	4	235	33	21	19	25	1.97
22265321--22265965	44	14.9	44	74	9	364	31	20	20	27	1.97
22265323--22265738	130	3.2	130	84	3	559	32	21	19	26	1.97
22265545--22265955	218	1.9	217	88	0	624	31	18	20	28	1.97
22265716--22265970	129	2.0	129	84	4	336	29	18	21	29	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22266378--22266416	18	2.1	19	86	13	55	43	41	5	10	1.61
22273497--22273528	14	2.2	15	94	5	57	46	3	0	50	1.17
22276048--22276088	17	2.3	18	87	8	57	21	2	4	70	1.18
22276681--22276749	29	2.4	28	83	9	77	50	1	1	46	1.19
22284603--22284644	20	2.0	21	86	13	61	38	2	2	57	1.25
22295894--22296056	19	8.3	19	92	8	272	37	9	15	37	1.80
22295895--22296061	40	4.2	40	100	0	334	37	10	14	37	1.81
22301504--22302662	132	8.8	132	96	0	2014	28	18	24	28	1.98
22302908--22302963	21	2.8	19	84	10	85	33	10	19	35	1.87
22302912--22302970	21	3.0	21	80	14	81	33	10	20	35	1.86
22302955--22302999	21	2.0	23	83	8	58	37	4	13	44	1.64
22309625--22309669	18	2.5	17	80	13	54	53	6	0	40	1.27
22309633--22309669	19	2.0	18	89	5	56	56	8	0	35	1.29
22309674--22309721	21	2.3	20	80	16	53	64	2	4	29	1.23
22309827--22309859	16	2.0	17	88	5	50	33	3	12	51	1.54
22311714--22311761	24	2.0	25	83	4	62	68	6	6	18	1.32
22314210--22314282	24	2.9	25	77	6	76	32	5	0	61	1.19
22319319--22319388	35	2.0	35	97	0	131	27	5	24	42	1.77
22320262--22320358	42	2.3	42	83	0	122	26	25	28	18	1.98
22321421--22321445	7	3.6	7	100	0	50	60	16	0	24	1.36
22324383--22324421	20	2.0	20	89	0	60	33	15	12	38	1.85
22335242--22335276	5	6.6	5	87	12	52	22	0	0	77	0.78
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22350288--22350403	38	3.1	38	92	2	180	51	6	3	38	1.43
22350302--22350452	38	4.0	38	92	3	227	50	7	3	37	1.49
22352524--22352573	22	2.3	21	89	3	73	10	52	26	12	1.70
22353412--22353452	5	8.2	5	88	0	64	19	2	2	75	1.03
22356525--22356568	21	2.1	21	100	0	88	50	9	18	22	1.75
22361136--22361757	310	2.0	310	100	0	1244	33	16	22	27	1.95
22365297--22365465	87	1.9	88	87	1	250	28	20	24	26	1.99
22365609--22365771	50	3.3	49	71	3	146	30	20	23	25	1.99
22365606--22365820	100	2.2	100	88	1	324	30	20	22	26	1.98
22366692--22366860	87	1.9	88	87	1	250	28	20	24	26	1.99
22367004--22367166	50	3.3	49	71	3	146	30	20	23	25	1.99
22367001--22367215	100	2.2	100	88	1	324	30	20	22	26	1.98
22367267--22367424	85	1.9	85	86	2	228	30	21	19	28	1.98
22369367--22369508	73	2.0	71	90	5	223	30	19	16	33	1.95
22372232--22372269	18	2.1	19	90	5	60	34	5	0	60	1.19
22372232--22372276	19	2.3	19	85	11	56	33	6	0	60	1.23
22372939--22374805	933	2.0	933	100	0	3734	34	18	17	29	1.93
22385060--22385093	3	11.3	3	100	0	68	67	0	0	32	0.91
22387505--22387959	37	12.3	37	99	0	885	37	16	21	24	1.93
22404620--22405297	317	2.1	317	83	5	879	26	16	27	29	1.97
22406903--22406950	14	3.4	14	82	5	60	22	2	2	72	1.05
22406910--22406951	15	2.9	14	80	13	50	19	2	2	76	1.01
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22416030--22416068	19	2.1	19	85	0	51	35	2	7	53	1.43
22418728--22420827	112	18.8	112	99	0	4164	33	20	17	29	1.95
22421785--22422023	129	1.9	129	79	3	275	25	24	20	29	1.99
22421996--22422527	44	12.3	43	69	11	223	26	23	19	30	1.98
22421912--22422527	218	2.8	218	94	0	1067	26	23	19	30	1.98
22421913--22422527	87	7.1	87	70	10	303	26	23	19	30	1.98
22423316--22423830	44	11.7	43	72	9	272	26	22	21	29	1.99
22423320--22423743	175	2.4	173	93	1	722	26	22	21	29	1.99
22423320--22423742	87	4.8	86	71	8	309	26	22	21	29	1.99
22423316--22423843	131	4.0	130	71	10	383	26	22	21	29	1.99
22423584--22423847	87	3.1	87	76	7	202	26	24	20	29	1.99
22423919--22424002	44	1.9	44	90	0	132	25	26	20	28	1.99
22426590--22426734	69	2.1	66	81	14	170	9	15	5	69	1.33
22426609--22426737	70	1.9	69	83	13	171	10	13	6	68	1.37
22430081--22430410	111	3.0	111	91	0	543	33	21	15	29	1.94
22430518--22430553	18	2.1	17	89	5	54	72	8	5	13	1.27
22430895--22430956	25	2.4	25	92	7	99	64	0	9	25	1.24
22431217--22431259	3	14.7	3	90	4	70	69	2	0	27	1.00
22433474--22433576	51	2.0	52	96	1	190	27	14	42	15	1.86
22442049--22442119	20	3.5	21	74	16	69	33	5	0	60	1.20
22444022--22444089	32	2.2	30	84	7	82	33	1	0	64	1.02
22444022--22444096	31	2.4	32	81	2	89	33	1	0	65	1.01
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22447852--22447967	32	3.6	32	78	11	128	42	9	9	38	1.70
22448734--22448798	32	2.0	32	93	0	112	27	30	16	24	1.97
22459078--22459102	6	4.2	6	100	0	50	80	0	0	20	0.72
22460347--22460380	17	2.0	17	88	0	50	64	0	0	35	0.94
22463558--22463626	31	2.3	31	87	2	95	53	4	15	26	1.61
22463978--22464004	7	3.9	7	100	0	54	74	0	0	25	0.83
22469109--22469135	13	2.1	13	100	0	54	14	14	33	37	1.88
22480391--22480475	31	2.7	31	90	5	136	57	0	2	40	1.11
22480415--22480514	41	2.4	41	91	3	164	59	0	4	37	1.17
22480391--22480484	11	8.9	11	76	14	92	57	0	2	40	1.11
22481182--22481212	16	1.9	16	93	0	53	48	9	6	35	1.62
22481330--22481376	21	2.5	19	75	18	53	38	2	0	59	1.09
22481379--22481429	19	2.5	21	72	15	54	37	0	3	58	1.16
22481379--22481431	20	2.7	20	72	0	52	35	0	3	60	1.15
22481540--22481593	23	2.3	23	81	6	65	38	22	7	31	1.82
22483517--22483564	21	2.3	21	82	7	62	79	2	2	16	0.93
22485276--22485302	12	2.2	12	100	0	54	0	14	0	85	0.61
22490614--22490655	21	2.0	21	85	0	57	33	0	16	50	1.46
22491869--22491934	26	2.6	25	80	7	78	16	25	22	34	1.95
22491972--22492030	24	2.5	24	91	0	91	18	27	18	35	1.94
22491994--22492058	24	2.6	26	83	9	82	18	24	18	38	1.93
22497454--22497497	22	2.1	21	84	16	56	68	0	4	27	1.09
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22504507--22504550	19	2.3	20	88	7	65	27	22	6	43	1.78
22509936--22510310	189	2.0	189	89	2	583	34	17	20	27	1.95
22512061--22512234	50	3.5	49	84	1	204	28	23	28	19	1.98
22512009--22512234	100	2.2	103	82	7	282	28	22	27	21	1.99
22514244--22515240	501	2.0	501	89	0	1521	33	15	22	27	1.95
22516181--22516688	44	11.1	44	74	8	404	32	16	19	31	1.94
22516181--22516689	95	5.5	88	86	2	313	32	16	19	31	1.94
22516233--22516689	95	4.9	95	86	2	516	32	16	19	30	1.95
22516130--22516687	139	4.0	132	74	11	463	33	16	19	30	1.94
22519764--22519789	11	2.4	11	100	0	52	50	7	42	0	1.31

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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