genome.fa.s10.2.7.7.80.10.50.1000.74.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr6
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  47432654

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          129   130   131   132   133   134   135   136   

This is table  74  of  136  ( 16211 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24269222--24269283	23	2.6	23	75	14	56	61	3	3	32	1.28
24269316--24269424	19	5.6	20	77	6	91	34	2	14	47	1.59
24269316--24269416	39	2.6	39	76	3	105	35	2	14	46	1.60
24269479--24269535	20	2.9	21	76	12	57	36	1	14	47	1.54
24280398--24280436	18	2.2	17	86	13	53	46	20	0	33	1.51
24283165--24283256	24	3.8	24	72	17	75	25	6	1	67	1.21
24287124--24287176	9	5.8	9	82	4	52	75	7	0	16	1.02
24287122--24287176	18	2.9	19	86	5	85	72	9	0	18	1.10
24287203--24287235	13	2.5	13	90	9	50	84	0	15	0	0.61
24289263--24289634	46	8.1	46	90	3	500	28	17	26	27	1.98
24289643--24291191	132	11.7	132	93	1	2464	31	19	23	25	1.98
24294883--24295122	73	3.3	74	77	7	220	33	26	12	27	1.93
24301251--24301290	21	1.9	21	85	10	55	75	0	15	10	1.05
24306337--24306366	15	2.0	15	100	0	60	40	33	6	20	1.78
24309019--24309070	20	2.5	20	84	9	59	59	5	1	32	1.32
24309033--24309072	20	2.0	20	95	0	71	65	0	2	32	1.06
24315384--24315798	207	2.0	207	91	5	678	25	20	20	33	1.97
24318925--24318964	17	2.4	17	79	4	55	27	32	20	20	1.97
24336726--24336769	20	2.4	19	82	14	56	65	4	4	25	1.30
24336697--24336754	23	2.6	22	75	20	57	65	6	5	22	1.37
24337172--24337211	21	1.9	20	85	10	53	62	22	2	12	1.42
24344294--24344391	46	2.2	46	92	1	162	33	4	19	42	1.70
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24349186--24349281	45	2.1	46	94	1	167	32	3	19	44	1.66
24350075--24350114	21	1.9	21	94	0	71	60	0	0	40	0.97
24350205--24350422	107	2.0	108	99	0	429	55	6	8	29	1.56
24360635--24360682	24	2.0	24	91	0	78	16	16	27	39	1.90
24361678--24361750	30	2.4	30	95	0	128	27	23	0	49	1.50
24361928--24361967	20	1.9	20	85	10	53	25	22	0	52	1.47
24365231--24365256	7	3.7	7	100	0	52	42	0	0	57	0.98
24370321--24370390	21	3.3	21	69	0	59	15	18	20	45	1.85
24370268--24370390	42	2.9	43	82	3	142	18	17	17	45	1.86
24375590--24375634	19	2.3	19	84	3	54	53	11	0	35	1.37
24379472--24380681	428	2.8	422	88	3	1701	24	29	13	32	1.93
24383941--24383973	3	11.0	3	93	0	57	33	63	0	3	1.10
24385183--24385221	20	2.0	20	89	0	60	25	2	2	69	1.14
24392718--24392744	6	4.5	6	100	0	54	18	0	0	81	0.69
24394894--24395101	107	2.0	105	89	1	317	33	17	19	29	1.95
24397387--24397847	44	10.7	44	83	3	501	24	24	20	30	1.99
24397471--24397863	175	2.3	172	85	4	522	23	25	19	30	1.98
24397386--24397843	219	2.1	215	86	6	640	24	24	20	30	1.98
24399103--24399129	13	2.1	13	100	0	54	14	14	0	70	1.17
24400147--24400186	19	2.1	19	100	0	80	27	17	25	30	1.97
24402523--24402838	107	3.0	107	94	1	528	31	18	20	28	1.97
24404146--24404172	2	13.5	2	100	0	54	0	0	48	51	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24406556--24406741	59	3.1	59	72	11	180	42	1	3	52	1.27
24406989--24407026	16	2.4	16	95	0	67	26	34	2	36	1.71
24408538--24408605	26	2.6	26	76	15	68	20	1	4	73	1.08
24408549--24408634	8	10.0	8	75	13	55	19	1	4	74	1.06
24408557--24408634	17	4.5	17	73	10	61	20	1	3	74	1.05
24408575--24408641	16	4.1	16	79	7	71	22	1	2	73	1.06
24408544--24408613	28	2.6	25	80	13	68	20	1	4	74	1.07
24408578--24408641	22	3.0	20	72	18	58	23	1	3	71	1.08
24408575--24408641	24	2.6	25	77	13	66	22	1	2	73	1.06
24414111--24414167	17	3.4	16	78	9	53	63	1	1	33	1.15
24414111--24414173	33	1.9	33	83	6	83	63	3	1	31	1.19
24417350--24417397	13	3.8	13	81	18	66	52	0	0	47	1.00
24417362--24417406	23	1.9	23	86	4	63	53	0	0	46	1.00
24417333--24417407	23	3.4	23	66	15	59	52	0	0	48	1.00
24419093--24419128	14	2.5	14	90	4	54	47	2	0	50	1.15
24419093--24419123	14	2.1	15	94	5	55	45	3	0	51	1.17
24419098--24419155	21	2.7	21	77	17	57	51	0	0	48	1.00
24430569--24430609	14	2.9	14	81	0	55	46	12	4	36	1.63
24437892--24437947	23	2.6	21	83	10	76	8	14	10	66	1.45
24459494--24459684	98	1.9	98	100	0	382	48	2	5	43	1.39
24461500--24461536	19	1.9	19	94	0	65	64	5	0	29	1.15
24463628--24463653	10	2.6	10	100	0	52	69	0	0	30	0.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24463818--24464013	65	3.1	65	62	24	166	37	12	3	46	1.58
24463763--24464010	122	2.0	123	99	0	489	39	12	3	44	1.59
24483527--24483618	32	2.9	32	98	0	175	45	15	15	23	1.84
24488215--24488255	21	2.0	21	90	9	66	39	0	7	53	1.29
24492460--24492500	12	3.4	12	82	0	55	14	21	0	63	1.30
24492449--24492509	18	3.3	18	83	2	77	13	19	3	63	1.42
24499123--24499168	23	2.0	23	100	0	92	52	8	21	17	1.71
24499130--24499183	23	2.4	22	84	12	65	59	7	20	12	1.58
24499327--24499369	21	2.0	21	86	8	61	44	6	2	46	1.43
24509643--24510227	287	2.0	288	98	0	1129	44	15	8	31	1.77
24511118--24511160	11	3.9	11	93	0	68	25	30	0	44	1.55
24511119--24511167	22	2.2	22	85	0	62	22	32	2	42	1.65
24511112--24511160	11	4.5	10	80	14	53	28	28	0	42	1.56
24511552--24511584	17	1.9	17	100	0	66	33	18	42	6	1.75
24511552--24511588	17	2.3	16	90	9	58	35	16	43	5	1.71
24512336--24512360	7	3.6	7	100	0	50	28	0	16	56	1.41
24512851--24512933	30	2.8	30	77	0	94	31	42	15	10	1.82
24513301--24513385	9	9.4	9	81	0	98	41	23	8	27	1.83
24513301--24513385	18	4.7	18	91	0	134	41	23	8	27	1.83
24513598--24513744	75	2.0	75	89	2	224	40	26	12	20	1.89
24514201--24514398	61	3.2	60	72	18	201	42	5	8	44	1.56
24514112--24514393	122	2.3	122	93	1	467	39	4	9	46	1.57
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24517199--24517485	126	2.3	125	91	0	484	28	19	18	33	1.95
24517501--24517871	104	3.7	103	82	7	436	39	19	3	36	1.70
24519808--24519854	21	2.2	21	85	7	60	27	0	46	25	1.53
24519928--24520048	60	2.0	60	95	0	215	29	3	14	52	1.57
24519988--24520215	114	2.0	114	85	0	312	32	12	15	39	1.85
24520147--24520255	39	2.8	39	88	1	155	22	21	18	37	1.94
24520082--24520362	154	1.8	155	93	0	492	29	14	14	40	1.87
24521072--24521101	15	2.0	15	93	0	51	43	33	0	23	1.54
24521134--24521307	89	2.0	89	83	2	224	45	24	2	27	1.65
24521313--24521353	14	2.9	14	88	0	64	29	41	0	29	1.56
24521310--24521353	21	2.1	21	83	8	54	27	43	0	29	1.55
24521386--24521416	15	2.1	15	94	5	55	32	35	0	32	1.58
24527873--24527927	3	17.3	3	81	10	65	29	5	0	65	1.15
24527873--24527977	6	14.9	7	71	22	53	27	4	3	63	1.32
24529137--24529226	45	2.0	46	97	2	173	33	7	15	43	1.76
24533130--24533164	16	2.1	17	89	5	54	54	2	5	37	1.39
24535408--24535629	108	2.1	108	86	3	304	26	17	7	48	1.74
24536175--24536474	44	6.8	44	71	8	225	28	21	26	24	1.99
24536148--24536336	87	2.2	87	92	1	308	29	20	26	23	1.99
24536233--24536709	132	3.6	132	90	0	686	29	19	25	24	1.99
24536886--24537055	45	3.7	46	77	7	159	31	20	23	25	1.98
24538605--24538653	3	15.3	3	79	12	53	28	6	0	65	1.16
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24540239--24540268	14	2.1	14	93	0	51	50	6	43	0	1.28
24542256--24542285	13	2.3	13	94	0	51	50	0	16	33	1.46
24543942--24543982	21	1.9	22	85	5	57	31	2	4	60	1.30
24550744--24550777	7	4.7	7	96	3	59	67	0	0	32	0.91
24550721--24550777	23	2.5	24	82	8	73	64	1	1	31	1.13
24551699--24551934	114	2.1	115	87	0	339	22	22	19	35	1.96
24557419--24557557	69	2.0	70	90	1	217	36	17	15	29	1.92
24557957--24558007	20	2.5	21	72	15	52	56	1	5	35	1.35
24559438--24559493	22	2.5	22	82	0	85	58	1	8	30	1.39
24561064--24561097	7	4.7	7	96	3	59	67	0	0	32	0.91

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
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