genome.fa.s10.2.7.7.80.10.50.1000.68.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr6
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  47432654

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          129   130   131   132   133   134   135   136   

This is table  68  of  136  ( 16211 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22520510--22520597	39	2.2	40	84	9	110	36	7	18	37	1.80
22531243--22531310	21	3.1	23	77	12	63	48	5	2	42	1.42
22532897--22532939	18	2.4	18	88	3	61	39	4	6	48	1.51
22542992--22543032	20	2.0	20	90	0	64	53	7	0	39	1.29
22543386--22543495	50	2.2	49	82	7	125	60	3	8	28	1.43
22546063--22546161	28	3.6	27	81	9	119	31	12	28	28	1.92
22549878--22549937	27	2.3	27	97	2	113	26	11	13	48	1.76
22553383--22553440	22	2.6	23	75	10	57	20	17	17	44	1.86
22556050--22556533	44	10.8	44	72	8	307	29	19	18	33	1.95
22556047--22556532	132	3.6	131	77	9	396	29	19	17	33	1.95
22556295--22556552	139	1.9	138	87	5	387	29	18	18	33	1.95
22561897--22561927	9	3.4	9	90	0	53	25	12	22	38	1.90
22561981--22562017	9	4.1	9	92	0	65	45	13	10	29	1.77
22563537--22563584	24	2.0	23	88	4	69	31	0	4	64	1.12
22570229--22570269	15	2.6	16	81	14	50	43	0	2	53	1.13
22570485--22570537	16	3.2	16	94	5	97	37	37	0	24	1.56
22570636--22570687	15	3.5	15	75	15	54	9	1	15	73	1.18
22572328--22572385	3	19.3	3	77	7	55	60	3	5	31	1.35
22572414--22572462	12	3.9	12	84	15	64	75	2	6	16	1.09
22572670--22572773	52	1.9	53	84	5	138	55	2	7	33	1.43
22584392--22584426	19	1.9	17	88	11	52	65	11	2	20	1.37
22587138--22587164	13	2.1	13	100	0	54	22	22	14	40	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22588173--22588229	28	2.0	28	93	6	98	43	14	8	33	1.76
22591437--22591812	193	2.0	191	82	5	463	29	10	19	41	1.84
22600855--22600896	15	2.8	15	85	0	57	59	2	7	30	1.37
22600855--22600894	18	2.2	18	90	0	62	60	2	5	32	1.32
22600872--22600896	12	2.1	12	100	0	50	60	0	8	32	1.26
22601835--22601889	28	2.0	28	85	0	74	80	9	1	9	0.99
22603049--22603227	90	2.0	90	97	0	340	26	24	10	38	1.88
22608749--22608782	2	17.0	2	100	0	68	50	0	0	50	1.00
22610551--22610586	3	12.0	3	100	0	72	66	0	0	33	0.92
22616964--22617325	159	2.3	153	82	4	413	25	24	15	34	1.95
22618122--22618147	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
22619876--22619919	22	2.0	23	82	13	56	38	9	2	50	1.47
22635541--22635766	115	2.0	113	91	1	362	41	8	15	34	1.79
22636301--22636334	2	17.0	2	100	0	68	0	50	0	50	1.00
22638465--22638515	20	2.7	19	76	8	50	25	15	3	54	1.58
22644100--22644137	17	2.2	17	86	9	51	60	7	2	28	1.38
22644382--22644424	12	3.5	12	79	17	52	48	0	0	51	1.00
22654419--22654452	12	2.9	11	87	12	50	70	0	2	26	1.01
22658697--22658801	31	3.4	30	72	7	86	38	9	5	46	1.60
22658657--22658763	32	3.3	32	74	7	92	33	10	2	53	1.49
22658729--22658825	31	3.2	30	74	21	76	39	12	5	43	1.65
22669914--22669938	13	1.9	13	100	0	50	40	0	0	60	0.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22669921--22669962	21	2.0	22	90	4	68	50	0	0	50	1.00
22671680--22672393	356	2.0	357	99	0	1421	34	15	13	36	1.87
22672811--22672835	11	2.3	11	100	0	50	36	16	8	40	1.77
22674660--22674684	3	8.3	3	100	0	50	32	0	68	0	0.90
22674773--22674801	3	9.7	3	100	0	58	34	0	65	0	0.93
22675310--22675383	27	2.7	27	80	0	85	31	29	16	22	1.96
22678882--22678969	31	2.7	32	89	10	133	31	5	3	59	1.38
22679063--22679107	18	2.5	19	78	10	58	44	8	0	46	1.34
22679908--22679964	15	3.9	14	74	14	53	1	19	1	77	0.95
22680655--22680881	104	2.2	102	80	3	267	39	11	21	28	1.88
22686660--22686692	8	4.1	8	88	11	50	12	0	12	75	1.04
22688546--22688586	13	3.1	13	96	3	73	60	7	7	24	1.48
22713654--22713686	8	4.1	8	88	11	50	12	0	12	75	1.04
22715528--22715554	13	2.1	13	100	0	54	62	7	7	22	1.46
22717281--22717347	13	5.2	13	81	0	89	31	7	25	35	1.84
22718692--22718732	21	2.0	21	95	4	75	21	14	14	48	1.80
22720650--22721193	277	2.0	265	90	8	944	30	22	12	32	1.91
22721695--22722247	277	2.0	277	98	0	1079	30	22	16	29	1.96
22723503--22723549	24	2.0	24	83	8	60	12	2	6	78	1.02
22728772--22728820	19	2.5	19	83	9	55	14	2	8	75	1.12
22742085--22742144	6	9.8	6	84	15	61	85	8	6	0	0.76
22742085--22742144	18	3.3	18	83	6	68	85	8	6	0	0.76
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22742099--22742137	17	2.2	17	90	4	60	84	7	7	0	0.77
22743003--22743631	79	8.1	77	78	12	595	29	17	20	33	1.95
22743003--22743588	156	3.7	156	86	6	681	29	17	20	32	1.95
22743759--22743822	5	12.0	5	75	9	56	23	1	3	71	1.08
22743769--22743834	34	2.0	31	85	8	87	25	1	4	68	1.18
22744109--22744177	29	2.4	29	85	0	84	31	18	7	42	1.78
22744672--22744735	9	7.0	9	76	16	60	75	0	25	0	0.81
22744680--22744726	13	3.8	13	86	11	71	74	0	25	0	0.82
22744673--22744731	28	2.1	27	87	9	84	74	0	25	0	0.82
22745567--22745766	18	10.9	18	72	13	140	35	12	10	41	1.77
22745566--22745775	37	5.7	37	74	14	175	37	11	10	40	1.76
22745551--22745774	55	4.1	54	73	14	158	37	11	9	41	1.74
22749133--22749185	27	1.9	28	84	3	72	20	7	13	58	1.59
22750402--22750441	16	2.5	16	83	0	53	40	25	10	25	1.86
22750507--22750651	32	4.6	31	67	16	84	56	13	4	26	1.55
22750507--22750692	93	2.0	93	100	0	372	54	11	4	29	1.55
22751774--22751801	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
22752958--22752982	3	8.3	3	100	0	50	36	32	32	0	1.58
22753364--22753425	30	2.0	31	84	9	83	33	14	9	41	1.79
22753462--22753490	15	1.9	15	100	0	58	34	13	10	41	1.79
22757506--22757551	19	2.4	19	92	3	74	39	8	6	45	1.61
22757515--22757559	19	2.4	19	96	0	81	35	6	4	53	1.47
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22764876--22764911	17	2.1	17	94	0	63	41	19	13	25	1.88
22767955--22767984	10	3.0	10	95	0	51	33	10	0	56	1.32
22767961--22768004	17	2.6	17	78	3	54	36	6	2	54	1.40
22770237--22770266	13	2.3	13	94	0	51	6	10	16	66	1.41
22771108--22771184	5	15.6	5	75	21	65	38	0	3	57	1.17
22771136--22771184	19	2.5	19	90	9	73	42	0	0	57	0.99
22772678--22772782	45	2.3	45	90	3	158	20	15	19	44	1.86
22772762--22772803	6	6.8	6	86	2	57	16	21	16	45	1.86
22777057--22777092	16	2.2	16	95	0	63	22	30	5	41	1.76
22777137--22777296	80	2.0	80	97	0	302	36	6	7	49	1.58
22777862--22777896	15	2.3	15	90	0	52	65	0	0	34	0.93
22777914--22777959	22	2.1	22	91	0	74	32	17	10	39	1.84
22778850--22778931	30	2.6	32	77	11	89	30	18	4	46	1.70
22785709--22785748	20	2.0	20	100	0	80	5	20	10	65	1.42
22786099--22786125	3	9.0	3	100	0	54	0	33	0	66	0.92
22791029--22791082	27	2.0	27	85	0	72	46	9	5	38	1.59
22793098--22793151	24	2.2	24	90	0	81	50	9	3	37	1.52
22796157--22796184	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
22798751--22798797	24	1.9	25	86	4	69	53	2	0	44	1.12
22800730--22800781	24	2.2	24	85	0	68	50	7	3	38	1.50
22803119--22803193	29	2.6	29	78	14	75	48	6	17	28	1.72
22805228--22805363	71	1.9	71	85	5	186	22	20	23	33	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22806507--22806580	4	18.5	4	100	0	148	50	24	0	25	1.50
22810458--22810517	19	3.2	18	72	11	57	56	5	0	38	1.21
22815044--22815068	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
22815157--22815211	26	2.2	25	83	9	67	65	3	3	27	1.26
22815664--22815736	27	2.6	28	74	8	69	46	12	12	28	1.78
22816074--22816131	31	1.9	31	89	10	93	39	1	0	58	1.08
22816504--22816528	6	4.2	6	100	0	50	48	0	0	52	1.00
22816134--22816967	416	2.0	417	99	0	1661	41	10	11	36	1.75
22816920--22816944	6	4.2	6	100	0	50	48	0	0	52	1.00
22817463--22817517	17	3.1	18	76	7	58	32	0	1	65	1.03

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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