genome.fa.s10.2.7.7.80.10.50.1000.73.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr6
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  47432654

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  73  of  136  ( 16211 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23968684--23968744	8	7.6	8	87	7	70	50	8	1	39	1.42
23968684--23968727	2	22.0	2	85	0	61	52	4	0	43	1.22
23970968--23971242	67	4.1	67	81	3	311	26	23	18	32	1.97
23970973--23971235	134	2.0	134	84	4	352	25	22	19	33	1.97
23975697--23975733	19	1.9	19	100	0	74	24	32	5	37	1.78
23978107--23978148	15	2.8	15	88	0	66	42	23	33	0	1.55
23979198--23979304	39	2.8	38	91	2	178	52	26	1	19	1.56
23979436--23979498	17	3.5	17	69	12	54	34	3	12	49	1.57
23979433--23979507	37	2.0	37	94	0	132	36	4	14	45	1.64
23980160--23980203	21	2.0	22	86	4	63	63	4	27	4	1.33
23983753--23983794	3	13.7	3	85	14	59	30	2	0	66	1.04
23983921--23983954	17	2.0	17	88	0	50	35	11	2	50	1.54
23986121--23986278	39	3.9	39	78	13	160	23	12	6	58	1.56
23987370--23987396	14	1.9	14	100	0	54	11	22	0	66	1.22
23992339--23992457	60	2.0	60	98	0	229	29	19	17	33	1.95
23997642--23997681	14	2.9	14	84	0	53	47	17	2	32	1.61
23997607--23997673	34	1.9	35	93	3	118	50	13	4	31	1.61
23998459--23998501	15	2.8	16	82	10	54	2	30	20	46	1.63
24012178--24012206	15	1.9	15	100	0	58	17	20	13	48	1.81
24012320--24012382	31	2.0	31	100	0	126	31	36	6	25	1.81
24016527--24016576	20	2.5	20	77	3	57	42	0	32	26	1.56
24017163--24017201	14	2.8	14	92	0	60	64	10	2	23	1.37
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24020496--24020543	24	2.0	24	87	0	69	29	10	12	47	1.74
24027422--24027449	13	2.2	13	100	0	56	39	10	28	21	1.87
24027853--24027890	20	1.9	20	94	0	67	39	0	10	50	1.37
24027852--24027890	8	4.9	8	90	0	51	41	0	10	48	1.37
24028842--24028871	11	2.7	11	89	0	51	83	6	6	3	0.90
24029372--24029408	17	2.2	17	90	9	58	54	0	0	45	1.00
24040427--24040478	24	2.2	24	82	6	61	69	5	3	21	1.26
24048081--24048105	6	4.2	6	100	0	50	32	0	0	68	0.90
24048352--24048378	3	9.0	3	100	0	54	33	0	0	66	0.92
24048948--24048992	22	2.0	22	83	8	56	51	8	2	37	1.46
24054558--24054606	3	16.3	3	85	8	64	67	2	0	30	1.02
24054587--24054618	12	2.7	12	95	0	55	71	6	0	21	1.07
24054557--24054618	27	2.3	27	83	5	72	66	3	0	30	1.08
24054832--24054870	19	2.0	21	85	10	55	69	5	10	15	1.34
24055067--24055121	21	2.6	21	94	0	101	38	9	10	41	1.72
24055042--24055116	21	3.5	20	81	12	78	38	12	9	40	1.75
24057436--24057505	29	2.4	29	78	4	70	48	0	4	47	1.21
24057479--24058058	113	5.1	113	100	0	1160	53	4	6	35	1.46
24062268--24062361	47	2.0	47	97	0	179	36	8	24	30	1.85
24067891--24067931	21	2.0	21	90	0	64	24	19	29	26	1.98
24068783--24068859	38	2.0	39	97	2	147	11	20	20	46	1.82
24072050--24072104	28	2.0	28	85	7	76	41	7	16	34	1.76
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24076893--24077079	93	2.0	94	98	1	367	40	26	13	18	1.89
24077229--24077352	56	2.2	57	84	4	171	27	28	24	20	1.99
24078384--24078500	25	4.7	25	79	4	119	34	18	25	21	1.96
24078379--24078478	50	2.0	50	86	0	137	36	19	25	20	1.95
24078379--24078500	50	2.4	49	81	5	136	35	18	25	20	1.95
24081514--24081621	25	4.3	25	81	0	108	18	28	16	36	1.93
24081512--24081621	50	2.2	50	82	8	125	19	28	16	36	1.93
24081514--24081637	25	5.0	25	80	2	90	19	27	18	34	1.95
24082350--24082566	2	108.5	2	98	0	416	49	49	0	0	1.08
24083128--24083267	40	3.5	40	74	6	133	32	23	17	27	1.96
24084198--24084255	22	2.7	21	84	12	66	27	5	0	67	1.12
24084197--24084245	13	3.6	14	78	10	50	24	8	0	67	1.18
24086179--24087020	45	18.4	44	72	10	476	28	18	17	35	1.94
24086426--24087020	140	4.3	140	78	6	567	28	19	16	36	1.93
24086656--24086753	51	1.9	51	82	0	124	28	17	17	36	1.92
24095830--24095863	16	2.2	16	89	5	52	8	0	8	82	0.85
24095823--24095864	14	2.9	14	76	16	50	11	0	9	78	0.96
24115855--24115928	28	2.6	28	91	0	121	39	28	6	25	1.81
24115853--24115928	14	5.4	14	69	12	57	38	27	7	26	1.84
24118106--24118180	29	2.6	30	68	10	75	56	0	0	44	0.99
24118366--24118453	44	2.0	44	86	8	124	37	6	20	35	1.79
24121889--24121955	22	3.2	21	78	12	66	41	16	7	34	1.76
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24122500--24123056	132	4.2	132	94	0	907	30	23	17	28	1.97
24122755--24122969	44	4.9	44	68	8	114	30	24	17	27	1.97
24122979--24123232	127	2.0	127	90	1	402	32	24	16	26	1.96
24132914--24133141	92	2.5	92	79	9	248	42	28	10	17	1.84
24134163--24134193	16	1.9	16	100	0	62	25	22	32	19	1.97
24134535--24134624	33	2.7	33	85	0	126	15	11	34	38	1.83
24136070--24136117	20	2.3	21	85	3	71	39	25	6	29	1.80
24136142--24136186	21	2.1	21	87	0	63	8	8	42	40	1.67
24136155--24136215	14	4.4	14	74	0	50	4	8	47	39	1.55
24149052--24149096	20	2.2	20	84	7	56	6	37	0	55	1.26
24151065--24151564	248	2.0	249	99	0	984	41	7	11	39	1.70
24159737--24159762	4	6.5	4	100	0	52	50	26	0	23	1.50
24162855--24162886	6	5.3	6	100	0	64	15	34	0	50	1.45
24171355--24171428	31	2.5	30	87	10	109	43	5	14	36	1.69
24171895--24171921	5	5.4	5	100	0	54	37	0	18	44	1.50
24172073--24172107	18	2.0	18	94	5	63	45	0	5	48	1.26
24176174--24176230	29	2.0	29	82	3	71	28	14	19	38	1.90
24180671--24180783	61	1.9	59	83	10	149	43	5	4	46	1.46
24198477--24198547	35	2.0	35	94	0	124	23	11	19	45	1.83
24201152--24201194	21	2.0	21	100	0	86	30	4	27	37	1.77
24210494--24210541	24	2.0	24	95	0	87	45	16	14	22	1.84
24215462--24215531	19	3.7	19	82	3	97	37	10	0	52	1.35
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24215467--24215537	37	1.9	37	97	0	133	40	9	0	49	1.36
24227020--24227087	27	2.5	27	88	4	93	19	33	27	19	1.96
24227150--24227222	5	15.4	5	73	7	55	65	0	34	0	0.93
24227152--24227312	38	4.3	37	74	14	129	69	0	30	0	0.89
24227139--24227261	33	3.7	35	80	14	138	69	0	30	0	0.89
24227129--24227270	48	3.1	47	81	13	154	66	0	33	0	0.92
24227146--24227285	38	3.4	42	80	13	164	70	0	29	0	0.87
24227233--24227311	34	2.4	32	83	12	97	73	0	26	0	0.84
24227248--24227312	26	2.6	26	78	4	80	69	0	30	0	0.89
24228753--24228800	24	2.0	24	91	0	78	56	6	10	27	1.57
24235857--24236151	147	2.0	147	97	0	563	32	13	12	41	1.83
24237602--24237646	20	2.2	20	88	0	63	57	2	2	37	1.23
24239168--24239201	2	17.5	2	93	6	61	47	0	0	52	1.00
24246542--24246578	9	4.1	9	92	0	65	29	10	13	45	1.77
24246632--24246662	9	3.4	9	90	0	53	38	22	12	25	1.90
24254235--24254265	15	2.1	15	93	0	53	25	32	3	38	1.72
24257849--24257877	15	1.9	15	100	0	58	20	31	6	41	1.79
24257975--24258005	15	2.1	15	93	0	53	22	29	9	38	1.86
24258538--24258995	158	3.0	146	80	9	447	24	10	17	47	1.79
24260437--24260511	7	10.7	7	77	5	62	46	13	0	40	1.43
24262760--24262811	16	3.3	15	78	10	59	38	23	23	15	1.92
24262836--24262900	28	2.3	28	83	0	85	43	21	23	12	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24262814--24263199	101	3.9	101	77	7	367	40	19	24	15	1.90
24262936--24262990	28	2.0	28	89	7	85	40	20	21	18	1.92
24263086--24263171	45	1.9	45	83	4	111	41	19	24	13	1.88
24263131--24263200	28	2.5	28	83	4	88	42	21	22	12	1.87
24263066--24263249	73	2.5	73	84	4	246	41	18	25	15	1.89
24263160--24263272	45	2.5	45	88	0	163	39	18	27	14	1.89
24263091--24263317	118	1.9	118	84	1	303	42	19	24	13	1.87
24265648--24265709	28	2.2	28	85	0	79	33	20	33	11	1.89
24267762--24267853	39	2.4	39	75	8	91	48	14	4	32	1.63
24269063--24269134	19	3.7	19	76	10	67	31	4	18	45	1.68

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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