genome.fa.s10.2.7.7.80.10.50.1000.42.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr6
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  47432654

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   

This is table  42  of  136  ( 16211 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13761343--13761445	11	9.9	10	70	19	61	46	2	27	23	1.66
13761343--13761445	22	4.4	22	70	19	75	46	2	27	23	1.66
13761331--13761432	51	2.0	51	98	0	195	45	2	26	25	1.68
13761851--13761901	9	5.6	9	80	15	52	29	0	3	66	1.09
13761850--13761900	20	2.7	19	80	11	61	29	0	3	66	1.09
13766843--13766901	28	2.1	28	100	0	118	33	16	13	35	1.88
13778427--13778553	62	2.0	62	95	0	227	30	11	16	40	1.84
13779297--13779512	108	2.0	108	96	0	396	44	6	2	46	1.41
13779628--13779671	23	1.9	23	90	0	70	43	9	4	43	1.56
13783218--13783270	22	2.4	22	78	15	65	49	0	3	47	1.19
13784468--13784505	19	2.0	19	100	0	76	15	31	15	36	1.90
13786031--13786063	7	4.7	7	100	0	66	30	0	54	15	1.41
13805766--13806096	101	3.3	99	80	9	361	41	15	10	32	1.81
13811369--13811419	9	5.6	9	80	15	52	29	0	3	66	1.09
13811368--13811418	20	2.7	19	80	11	61	29	0	3	66	1.09
13819414--13819499	25	3.6	25	71	15	81	26	22	10	40	1.86
13819982--13821884	951	2.0	950	98	0	3581	41	8	18	31	1.81
13823456--13823497	21	2.0	21	85	0	57	52	0	21	26	1.47
13823665--13823699	17	2.0	18	88	5	54	45	0	11	42	1.40
13847599--13847675	22	3.4	22	67	19	68	35	2	25	36	1.70
13847594--13847688	46	2.1	46	100	0	190	33	2	23	41	1.66
13852389--13852450	30	2.1	30	96	0	115	59	12	3	24	1.48
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13856124--13856167	22	2.1	21	83	8	54	54	13	6	25	1.63
13857762--13857808	25	1.9	24	86	4	67	46	12	19	21	1.82
13860479--13860674	88	2.2	87	80	4	205	25	26	20	28	1.99
13860601--13861178	132	4.4	132	90	0	859	25	22	20	31	1.98
13860840--13861175	44	7.6	44	67	12	170	25	22	20	30	1.98
13860601--13861263	132	5.0	132	85	4	739	25	22	20	31	1.98
13861142--13861306	44	3.7	43	71	9	145	24	25	21	29	1.99
13862612--13862709	48	2.0	49	86	2	135	14	15	20	50	1.78
13879178--13879238	22	2.7	23	75	10	63	67	4	3	24	1.26
13880420--13880836	173	2.4	174	87	2	601	27	22	21	28	1.99
13880593--13881054	218	2.1	218	89	2	687	27	22	20	29	1.99
13880852--13881133	84	3.3	84	73	10	282	28	21	21	28	1.99
13880766--13881227	173	2.7	173	88	3	655	27	22	20	29	1.99
13880459--13881271	391	2.1	389	94	0	1401	27	22	20	29	1.99
13880549--13881271	218	3.3	217	81	7	638	27	22	21	29	1.99
13880403--13881271	44	20.0	45	69	15	390	27	22	20	29	1.99
13893541--13893600	23	2.6	23	73	7	59	70	5	3	21	1.22
13897903--13897942	2	20.0	2	100	0	80	50	0	0	50	1.00
13899738--13900007	139	1.9	138	86	6	386	34	18	10	36	1.85
13904957--13905275	156	2.1	155	97	0	602	35	9	19	36	1.83
13906098--13906188	29	3.2	28	73	14	89	34	17	18	29	1.94
13906054--13906221	55	3.1	54	83	3	201	32	16	22	29	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13909174--13909225	25	2.0	26	85	3	70	44	9	3	42	1.55
13909331--13909388	17	3.6	17	77	11	68	56	1	1	39	1.19
13915368--13915413	21	2.1	21	84	8	56	56	0	6	36	1.25
13915359--13915419	32	1.9	32	86	6	88	59	0	4	36	1.19
13919863--13919888	6	4.3	6	100	0	52	84	0	0	15	0.62
13919837--13919886	26	1.9	26	84	8	66	74	0	0	26	0.83
13921289--13922087	129	6.2	129	89	1	1136	25	20	22	31	1.98
13922309--13922431	44	2.8	44	97	0	228	26	24	19	29	1.98
13923796--13923829	14	2.4	14	90	0	50	29	29	11	29	1.92
13930036--13930079	22	2.0	22	87	12	65	18	11	40	29	1.85
13934824--13934860	16	2.3	16	95	0	65	54	16	5	24	1.63
13947852--13947890	20	1.9	21	89	5	62	43	0	17	38	1.50
13951720--13951936	49	4.4	48	74	6	132	28	15	29	26	1.96
13956828--13957044	49	4.4	48	74	6	132	28	15	29	26	1.96
13959212--13959245	14	2.4	14	85	0	50	26	0	0	73	0.83
13959119--13959257	23	5.6	23	71	16	80	28	6	4	60	1.41
13965329--13966843	143	10.6	143	89	0	2152	30	20	22	27	1.98
13965497--13965707	44	4.5	44	68	17	131	29	20	24	25	1.99
13966629--13966895	44	5.8	44	74	9	201	29	21	22	26	1.99
13966629--13967075	187	2.4	188	83	3	553	29	21	21	27	1.98
13966961--13967075	44	2.6	44	78	8	117	29	23	19	27	1.98
13972923--13972956	14	2.4	14	85	0	50	26	0	0	73	0.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13972830--13972956	23	5.0	23	70	18	74	27	7	3	61	1.40
13972921--13972968	23	2.1	23	84	0	60	29	2	2	66	1.14
13976855--13976894	4	10.0	4	100	0	80	50	0	0	50	1.00
13981112--13981148	17	2.2	17	90	9	58	56	8	0	35	1.29
13981341--13981376	3	12.3	3	88	5	56	69	2	0	27	1.02
13982752--13982776	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
13982958--13983386	44	9.5	44	78	7	335	29	19	17	33	1.94
13982989--13983386	133	2.9	133	81	6	390	30	19	16	33	1.94
13983104--13983385	89	3.2	88	86	2	359	30	19	16	33	1.94
13984141--13984243	10	11.4	9	73	20	65	69	0	0	29	0.94
13984140--13984243	36	2.8	37	80	10	124	70	0	0	28	0.94
13984184--13984244	19	3.4	18	73	6	52	72	0	1	26	0.94
13984148--13984235	43	2.0	41	83	12	106	70	0	0	29	0.88
13984412--13984455	20	2.3	20	84	7	65	27	9	2	61	1.38
13986292--13986326	17	2.1	17	94	0	61	20	22	14	42	1.88
13989961--13990244	141	2.0	141	97	0	532	33	23	13	29	1.93
13996097--13996189	25	3.7	26	72	12	77	24	23	18	33	1.97
14000032--14000085	17	3.2	16	75	19	56	25	3	11	59	1.48
14003343--14003378	16	2.3	15	90	9	54	58	0	11	30	1.33
14005222--14005293	33	2.3	31	80	7	83	23	40	13	22	1.90
14010695--14010873	89	2.0	90	98	1	351	35	18	5	40	1.74
14012522--14012574	20	2.6	20	85	8	63	41	3	1	52	1.30
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14018312--14018404	45	2.1	45	89	0	141	37	3	15	44	1.62
14018592--14018743	21	7.2	21	62	3	63	17	22	17	42	1.89
14018582--14018804	42	5.3	42	86	0	284	17	21	18	42	1.89
14019414--14019911	248	2.0	249	96	1	930	29	9	18	42	1.82
14022359--14022398	20	2.0	20	90	0	62	27	10	12	50	1.72
14022344--14022410	34	1.9	35	90	3	109	31	8	13	46	1.74
14023425--14023517	45	2.0	46	97	2	179	33	12	23	30	1.92
14031646--14031679	18	1.9	18	88	5	52	5	20	2	70	1.21
14032113--14032150	3	12.7	3	83	10	51	68	28	2	0	1.03
14032367--14032434	15	4.3	15	76	23	68	26	2	29	41	1.70
14032754--14032790	12	2.7	15	76	24	53	27	8	43	21	1.80
14033664--14033695	2	16.0	2	93	0	55	53	46	0	0	1.00
14038986--14039068	30	2.8	30	88	0	121	28	22	28	19	1.98
14040379--14040437	31	1.9	30	86	3	82	49	1	18	30	1.58
14041961--14042008	21	2.3	21	96	0	87	35	4	12	47	1.60
14042299--14042446	57	2.5	59	84	9	185	31	21	25	22	1.98
14054062--14054104	23	1.9	22	85	4	59	48	0	6	44	1.29
14054192--14054267	35	2.2	34	81	9	82	52	2	5	39	1.38
14055371--14055404	17	1.9	18	88	5	52	67	2	0	29	1.05
14062197--14062225	12	2.3	13	94	5	51	20	6	6	65	1.40
14066002--14066031	15	2.0	15	100	0	60	53	13	20	13	1.72
14068791--14068829	14	2.7	15	84	4	53	51	5	5	38	1.46
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14072510--14072595	25	3.4	25	90	0	127	17	22	22	38	1.93
14072572--14072636	22	3.0	22	86	4	87	16	27	20	35	1.94
14074164--14074206	22	2.0	22	95	0	77	20	18	32	27	1.96
14080623--14080677	20	2.7	21	82	5	85	32	12	5	49	1.64
14092882--14092906	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
14108770--14108829	20	2.8	20	80	9	57	68	3	5	23	1.24
14116431--14116463	14	2.4	14	100	0	66	51	21	12	15	1.75
14120753--14120793	21	2.0	21	85	0	55	24	14	26	34	1.94
14122512--14122559	18	2.6	18	96	3	87	54	20	16	8	1.68
14132604--14132791	100	1.9	99	87	1	277	28	20	22	28	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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