genome.fa.s10.2.7.7.80.10.50.1000.64.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr6
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  47432654

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  64  of  136  ( 16211 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21298027--21298083	27	2.1	28	87	9	82	59	1	0	38	1.08
21298265--21298347	21	3.8	21	69	12	67	36	2	3	57	1.29
21298291--21298366	25	3.2	25	67	14	79	38	1	7	52	1.39
21298264--21298370	46	2.3	46	98	1	207	39	1	5	53	1.35
21300226--21301850	812	2.0	812	99	0	3207	32	10	13	43	1.78
21306234--21306351	43	2.8	43	85	3	150	23	17	27	30	1.97
21308007--21308043	15	2.5	15	95	0	65	35	5	5	54	1.47
21310650--21310691	22	2.1	19	86	13	57	45	0	0	54	0.99
21310650--21310688	16	2.5	15	83	8	51	46	0	0	53	1.00
21311406--21311461	25	2.2	26	78	9	71	37	1	1	58	1.19
21314260--21314300	21	2.0	21	85	9	57	41	2	0	56	1.13
21318001--21318136	28	4.8	29	69	15	106	39	19	11	29	1.87
21318004--21318136	56	2.4	56	94	0	230	39	19	11	30	1.87
21328488--21328534	24	2.0	24	86	0	67	51	8	4	36	1.52
21333412--21333447	10	3.6	10	96	0	63	58	0	2	38	1.13
21340772--21340801	14	2.1	14	93	0	51	23	56	3	16	1.55
21344049--21344073	12	2.1	12	100	0	50	32	8	8	52	1.60
21346851--21346877	14	1.9	14	100	0	54	29	40	14	14	1.86
21350175--21350542	71	5.2	71	79	3	366	25	17	22	34	1.96
21358417--21358453	15	2.5	15	100	0	74	24	32	21	21	1.98
21359390--21359459	27	2.8	24	74	16	70	18	12	32	35	1.89
21360313--21360522	43	4.9	43	90	2	323	29	33	18	19	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21362207--21362233	5	5.4	5	100	0	54	18	0	0	81	0.69
21363494--21363727	120	2.0	120	99	0	459	33	14	17	33	1.91
21366356--21366424	28	2.4	30	71	11	72	34	37	1	26	1.65
21366443--21366475	14	2.3	15	94	5	59	36	33	0	30	1.58
21366753--21366870	41	2.9	41	93	0	200	32	28	20	18	1.96
21366902--21367038	40	3.4	40	81	6	161	19	21	21	37	1.95
21369779--21369837	27	2.2	27	87	0	82	42	16	28	11	1.84
21372758--21372832	39	1.9	39	97	0	141	53	8	6	32	1.56
21373765--21374420	323	2.0	323	88	0	972	34	26	12	27	1.92
21384029--21384214	93	2.0	93	98	0	363	23	22	12	41	1.88
21395995--21396041	14	3.4	14	82	5	51	59	8	6	25	1.50
21398084--21398110	11	2.5	11	100	0	54	66	14	18	0	1.25
21402472--21402522	15	3.4	15	73	10	50	25	15	7	50	1.71
21402450--21402541	30	3.0	30	87	3	121	29	19	6	44	1.76
21402484--21402536	15	3.5	15	80	10	63	32	15	7	45	1.74
21412498--21412555	19	2.7	22	84	10	68	36	8	17	37	1.80
21417113--21417214	50	2.0	50	100	0	204	42	13	1	42	1.56
21419190--21419247	24	2.4	24	97	0	107	34	12	24	29	1.91
21419628--21419764	72	1.9	72	81	3	168	32	13	26	27	1.94
21419585--21419815	123	1.9	122	83	7	306	29	16	26	27	1.97
21420051--21420519	170	2.7	171	84	3	597	31	19	18	29	1.96
21420052--21420511	44	10.7	44	69	10	197	31	19	19	29	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21420519--21420747	89	2.6	89	85	0	323	26	23	24	25	2.00
21420684--21420805	58	2.1	58	81	0	145	27	22	25	24	2.00
21420819--21420991	87	2.0	87	81	4	206	28	20	23	27	1.99
21421426--21421483	19	2.7	22	79	10	59	36	6	17	39	1.76
21425701--21425861	47	3.3	47	80	6	155	25	22	31	21	1.98
21425701--21425835	47	2.8	48	82	5	157	24	22	33	20	1.97
21428644--21428686	20	2.2	19	87	4	59	23	0	2	74	0.93
21433884--21433965	42	2.0	42	85	4	112	30	24	14	30	1.95
21440273--21440297	11	2.3	11	100	0	50	36	0	0	64	0.94
21444177--21444241	21	3.0	22	75	8	80	18	20	24	36	1.94
21444471--21444548	23	3.4	23	89	0	120	21	19	20	38	1.94
21444533--21444583	21	2.3	22	86	10	77	13	27	27	31	1.94
21453685--21454121	224	2.0	224	80	6	510	35	15	11	37	1.84
21455889--21455914	13	2.0	13	100	0	52	38	7	0	53	1.30
21456182--21456214	5	6.6	5	92	0	57	39	0	0	60	0.97
21456838--21456877	20	2.0	20	90	5	62	42	2	5	50	1.37
21464428--21464466	15	2.4	16	87	8	53	43	5	25	25	1.75
21468884--21468965	43	1.9	43	92	5	139	23	17	26	32	1.96
21468907--21469025	60	2.0	60	94	0	211	22	14	25	37	1.92
21468969--21469067	43	2.3	43	87	0	144	25	17	24	33	1.96
21470426--21470471	3	15.3	3	100	0	92	32	0	0	67	0.91
21473964--21474001	18	2.1	18	85	9	51	0	26	0	73	0.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21475983--21476035	27	2.0	27	88	7	81	64	0	1	33	1.05
21476749--21476775	8	3.4	8	100	0	54	44	0	0	55	0.99
21478334--21478368	16	2.2	16	89	0	52	25	22	5	45	1.74
21479024--21479073	16	2.8	18	76	14	59	46	2	6	46	1.39
21479433--21479458	3	8.7	3	100	0	52	69	0	30	0	0.89
21486419--21486454	16	2.2	16	100	0	72	25	0	36	38	1.56
21486540--21486601	27	2.3	27	88	5	90	54	12	14	17	1.70
21486549--21486603	27	2.0	28	96	3	103	52	18	14	14	1.74
21499940--21499989	18	2.8	18	84	6	66	32	44	0	24	1.54
21500389--21500423	2	17.5	2	93	0	61	51	2	0	45	1.16
21502805--21502952	72	2.1	72	80	5	165	24	20	22	31	1.98
21503550--21503603	7	7.4	7	77	8	54	16	1	44	37	1.59
21503752--21503800	20	2.5	20	83	9	64	14	0	36	48	1.44
21503931--21503963	7	4.9	7	88	3	50	15	6	33	45	1.70
21503931--21503964	14	2.5	14	95	4	61	14	5	35	44	1.70
21504105--21504342	115	2.1	114	92	3	390	28	20	19	31	1.97
21504205--21504734	261	2.0	260	92	0	880	26	17	21	34	1.95
21506832--21506875	21	2.1	21	100	0	88	38	13	13	34	1.84
21507513--21507560	23	2.1	23	88	0	69	33	6	14	45	1.70
21508662--21508830	34	5.0	34	82	0	223	33	7	2	56	1.42
21508650--21508830	68	2.7	68	97	0	337	33	7	3	55	1.45
21508797--21508855	23	2.4	25	83	11	86	33	6	1	57	1.35
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21511347--21511404	21	2.8	21	86	0	80	27	20	48	3	1.66
21511762--21512078	42	7.5	42	90	2	433	38	21	20	19	1.94
21514420--21514453	16	2.1	16	88	0	50	41	2	20	35	1.68
21534574--21534607	16	2.1	16	88	0	50	41	2	20	35	1.68
21536008--21536053	18	2.6	18	93	3	76	45	6	0	47	1.28
21538635--21538675	3	13.7	3	100	0	82	68	0	0	31	0.90
21542783--21542831	25	2.0	25	88	8	73	46	0	2	51	1.12
21543699--21543793	41	2.3	41	85	1	129	38	9	24	27	1.86
21551642--21551726	41	2.0	42	86	2	118	25	18	20	35	1.95
21554364--21554542	47	3.6	46	72	15	160	40	7	16	36	1.76
21554328--21554573	102	2.5	102	89	4	376	39	6	15	38	1.73
21554679--21554833	41	3.8	41	92	0	238	16	20	31	31	1.95
21554680--21554852	82	2.1	82	85	0	229	17	19	29	33	1.95
21564476--21564578	49	2.1	49	85	10	140	31	11	23	33	1.90
21571169--21571328	72	2.2	71	80	8	173	25	18	23	33	1.96
21585335--21585375	15	2.9	15	75	10	50	68	7	0	24	1.15
21592843--21592894	25	2.1	25	100	0	104	40	36	3	19	1.70
21594112--21594157	22	2.0	23	83	8	58	30	4	15	50	1.63
21594361--21594399	20	2.0	20	89	0	60	46	0	0	53	1.00
21596320--21596453	39	3.5	37	75	12	101	31	26	20	21	1.98
21596545--21596617	37	2.0	36	86	2	101	28	24	1	45	1.62
21596865--21596899	3	11.7	3	100	0	70	65	0	0	34	0.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21597711--21597748	14	2.4	17	87	12	55	52	0	0	47	1.00
21597728--21597771	12	3.7	11	80	14	52	45	2	0	52	1.13
21597723--21597785	24	2.7	23	78	9	65	50	1	0	47	1.10
21597740--21597788	20	2.5	20	76	6	55	53	2	0	44	1.12
21599572--21599647	38	2.0	38	100	0	152	18	26	28	26	1.98
21612846--21612893	9	5.2	9	75	5	51	22	41	4	31	1.73
21614976--21615065	38	2.4	38	92	0	144	38	27	18	14	1.90
21622005--21622032	13	2.2	13	100	0	56	32	14	7	46	1.71
21624414--21624457	18	2.5	17	85	7	61	15	29	2	52	1.55
21624794--21624821	2	14.0	2	100	0	56	50	50	0	0	1.00

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
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