genome.fa.s10.2.7.7.80.10.50.1000.75.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr6
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  47432654

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          129   130   131   132   133   134   135   136   

This is table  75  of  136  ( 16211 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24561041--24561097	23	2.5	24	82	8	73	64	1	1	31	1.13
24561218--24561268	3	17.0	3	79	0	57	58	5	1	33	1.33
24565316--24565340	12	2.1	12	100	0	50	68	0	8	24	1.16
24565472--24565512	15	2.7	15	82	14	57	65	2	7	24	1.30
24572149--24572179	8	3.9	8	91	0	53	41	0	0	58	0.98
24572148--24572182	16	2.2	16	100	0	70	45	0	0	54	0.99
24575159--24575266	44	2.5	42	80	10	112	22	18	27	31	1.97
24583682--24583720	12	3.2	12	88	3	51	35	5	7	51	1.53
24584504--24584546	21	2.0	22	86	4	61	58	11	2	27	1.46
24587312--24587391	41	2.0	41	87	5	117	22	36	22	18	1.95
24593641--24593681	19	2.2	19	90	0	64	43	7	9	39	1.65
24600849--24600874	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
24605623--24605672	7	7.3	7	76	19	52	68	2	16	14	1.31
24607772--24608208	129	3.4	128	89	2	678	34	18	21	25	1.96
24608252--24609350	44	25.4	43	67	11	349	26	17	25	30	1.97
24608220--24608968	173	4.3	173	99	0	1464	26	17	26	29	1.97
24608815--24609148	128	2.6	129	88	3	460	25	17	26	29	1.98
24608642--24609398	301	2.5	302	94	1	1369	26	17	25	30	1.97
24608944--24609269	173	1.9	172	93	0	562	25	18	26	30	1.98
24609116--24609404	129	2.2	129	95	1	526	25	17	24	31	1.97
24608944--24609321	173	2.2	172	87	4	539	25	17	25	30	1.98
24609116--24609498	129	3.0	129	86	3	396	27	18	24	29	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24610926--24610953	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
24616253--24616489	43	5.4	43	61	13	106	31	18	24	25	1.98
24616231--24616504	88	3.1	88	86	3	410	29	18	24	28	1.98
24618122--24618154	17	1.9	17	88	11	50	39	3	0	57	1.14
24618671--24618961	106	2.7	106	90	3	431	30	17	20	32	1.95
24656405--24656441	9	4.1	9	92	0	65	45	13	10	29	1.77
24658775--24658828	22	2.3	22	84	9	63	57	3	7	31	1.44
24659485--24659533	26	1.9	25	84	12	64	71	0	10	18	1.13
24660505--24660886	44	8.6	44	81	2	343	28	23	17	31	1.96
24660477--24660886	89	4.6	88	79	2	392	27	23	17	31	1.97
24661280--24661436	82	1.9	82	96	2	289	34	24	14	26	1.94
24662225--24662266	7	6.0	7	79	20	52	14	16	0	69	1.20
24674166--24674214	26	1.9	25	84	12	64	71	0	10	18	1.13
24676248--24676647	199	2.0	199	100	0	800	36	10	7	46	1.65
24677029--24677057	14	2.1	14	100	0	58	31	0	0	68	0.89
24683661--24683690	12	2.5	12	94	0	51	30	0	6	63	1.20
24685632--24685862	27	8.6	26	81	8	232	20	16	19	42	1.89
24685633--24685862	108	2.1	108	87	3	329	20	16	19	43	1.89
24685632--24685862	81	2.9	78	81	4	273	20	16	19	42	1.89
24693592--24693637	23	2.1	21	84	8	56	34	2	2	60	1.21
24693599--24693684	23	3.5	24	78	10	77	30	5	5	58	1.45
24697451--24697486	16	2.2	16	90	0	54	47	2	13	36	1.58
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24698479--24698511	16	2.1	16	94	0	57	33	18	18	30	1.94
24698878--24699249	125	3.0	125	90	1	575	29	17	22	30	1.97
24700323--24700370	25	1.9	25	100	0	96	39	14	0	45	1.45
24700799--24700838	18	2.2	18	86	0	53	42	7	30	20	1.79
24706477--24706535	29	2.0	29	100	0	118	42	10	20	27	1.84
24716096--24716120	13	1.9	13	100	0	50	8	0	24	68	1.16
24716623--24717185	112	5.0	112	93	3	922	41	4	14	39	1.67
24716623--24717185	226	2.5	220	93	3	914	41	4	14	39	1.67
24724379--24724409	16	1.9	16	93	0	53	32	25	19	22	1.97
24726564--24726597	12	2.9	12	86	4	52	32	0	0	67	0.91
24726724--24726782	30	2.0	30	96	0	109	54	11	5	28	1.58
24731382--24731437	26	2.2	26	96	3	105	21	16	25	37	1.93
24737858--24737908	23	2.2	23	92	0	84	27	9	21	41	1.84
24739188--24739339	53	2.8	53	92	1	250	36	11	16	36	1.84
24739373--24739422	24	2.1	24	88	0	73	30	16	20	34	1.94
24744474--24744532	9	6.6	9	88	0	73	49	20	5	25	1.69
24744474--24744532	18	3.3	18	85	0	82	49	20	5	25	1.69
24744639--24744682	18	2.4	18	88	0	61	13	2	43	40	1.57
24749143--24749169	14	1.9	14	100	0	54	48	7	7	37	1.59
24751009--24751043	2	18.0	2	94	5	63	51	0	48	0	1.00
24761138--24761195	25	2.2	25	82	11	64	44	1	3	50	1.29
24762059--24762106	20	2.3	21	79	13	55	35	2	8	54	1.42
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24761931--24762619	168	4.1	168	100	0	1378	44	5	5	44	1.52
24762227--24762274	20	2.3	21	79	13	55	35	2	8	54	1.42
24762395--24762442	20	2.3	21	79	13	55	35	2	8	54	1.42
24762563--24762610	20	2.3	21	79	13	55	35	2	8	54	1.42
24765667--24765733	19	3.5	19	79	16	68	77	0	10	11	0.99
24770789--24770842	18	3.0	18	78	5	65	29	9	35	25	1.87
24772343--24772843	151	3.3	151	92	3	783	30	16	22	31	1.95
24780583--24780643	31	2.0	31	83	0	77	45	6	13	34	1.69
24799189--24799919	69	10.5	69	93	2	340	43	17	18	21	1.88
24799386--24799950	23	24.6	23	97	1	1044	43	17	21	18	1.88
24808196--24808258	26	2.4	26	80	15	69	30	7	1	60	1.35
24809662--24809711	16	3.1	16	77	13	57	54	4	6	36	1.44
24812417--24812916	262	1.9	265	85	3	686	35	13	13	37	1.84
24816303--24816338	7	5.1	7	100	0	72	27	0	0	72	0.85
24816303--24816352	14	3.5	14	89	8	57	28	4	0	68	1.08
24816298--24816352	21	2.6	21	78	16	69	25	7	0	67	1.16
24817706--24817788	30	2.8	30	92	0	139	34	21	15	27	1.94
24819853--24819886	12	2.8	12	90	0	50	14	20	38	26	1.91
24819878--24819974	40	2.4	40	80	0	104	19	19	36	24	1.95
24820556--24821227	23	28.6	23	74	4	525	42	16	14	26	1.87
24820556--24821227	141	4.8	141	95	0	1182	42	16	14	26	1.87
24821951--24822050	28	3.6	28	93	0	164	31	26	12	31	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24826967--24827019	13	4.1	13	80	9	72	28	5	28	37	1.80
24827957--24827996	21	1.9	21	89	0	62	40	25	0	35	1.56
24830666--24830727	26	2.4	26	94	5	108	38	3	1	56	1.25
24832985--24833045	22	2.7	24	80	12	74	50	8	3	37	1.48
24838268--24838313	24	1.9	24	95	0	83	50	2	2	45	1.26
24844362--24844441	6	13.7	6	80	10	67	76	10	3	10	1.14
24844361--24844441	12	6.9	12	78	5	85	76	9	3	9	1.13
24844346--24844478	46	2.9	47	93	1	214	73	9	7	9	1.25
24846088--24846660	86	6.6	86	91	2	912	30	22	24	22	1.99
24846684--24846818	44	3.1	44	87	0	198	29	17	25	27	1.98
24853237--24853285	21	2.2	23	78	7	57	57	0	6	36	1.24
24854089--24854221	71	1.9	71	92	3	223	33	20	16	29	1.94
24862779--24862824	24	1.9	24	95	0	83	41	6	0	52	1.27
24862759--24862824	24	2.6	26	83	11	75	40	7	1	50	1.40
24864966--24864998	17	1.9	17	100	0	66	33	12	6	48	1.65
24866507--24866536	11	2.7	11	100	0	60	0	6	10	83	0.81
24866547--24866615	27	2.5	27	83	6	86	47	1	10	40	1.46
24866551--24866615	28	2.4	27	84	7	87	47	1	10	40	1.48
24866593--24867017	212	2.0	213	99	0	843	36	8	9	44	1.69
24866643--24866967	106	3.1	106	60	18	249	36	9	11	42	1.73
24868714--24868997	27	10.6	26	85	4	327	19	16	22	42	1.89
24868714--24868997	54	5.3	54	85	0	363	19	16	22	42	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24869531--24870572	521	2.0	521	100	0	2084	38	22	19	19	1.93
24873051--24873123	32	2.2	33	90	2	112	36	6	31	24	1.82
24876612--24876642	15	2.1	14	94	5	53	35	9	0	54	1.33
24882902--24882969	30	2.3	31	84	5	86	23	10	2	63	1.40
24883304--24883328	11	2.3	11	100	0	50	48	8	0	44	1.32
24888760--24888830	3	23.7	3	88	0	70	35	0	8	56	1.30
24890477--24890586	54	2.0	54	87	0	157	47	8	20	24	1.77
24892649--24892697	2	24.5	2	87	0	71	51	0	6	42	1.27
24892741--24892964	113	2.0	115	95	1	407	37	8	19	34	1.83
24893504--24893573	37	1.9	37	91	2	115	37	7	2	52	1.44

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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