genome.fa.s10.2.7.7.80.10.50.1000.3.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr6
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  47432654

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   

This is table  3  of  136  ( 16211 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
518130--518224	46	2.0	46	84	6	120	64	5	2	28	1.27
534031--534070	19	2.1	19	85	0	53	55	5	5	35	1.44
541244--541303	22	2.7	22	84	5	68	41	8	3	46	1.50
541617--541662	20	2.3	20	96	0	83	36	30	2	30	1.70
542411--542477	22	3.1	22	78	22	79	40	0	2	56	1.14
543447--543480	18	1.9	17	88	5	50	38	0	8	52	1.33
550525--550696	86	2.0	86	94	0	299	20	20	15	42	1.89
556897--557013	27	4.3	27	84	4	128	39	17	11	31	1.85
556897--557016	54	2.2	54	81	0	150	39	17	10	32	1.84
557281--557379	43	2.3	43	100	0	198	27	20	22	30	1.98
571271--571305	17	2.0	18	94	5	63	45	11	0	42	1.40
573243--573279	18	2.1	18	100	0	74	24	27	16	32	1.96
575754--575801	23	2.1	23	100	0	96	47	20	8	22	1.77
576083--576134	19	2.7	20	82	8	63	59	5	0	34	1.21
577142--577211	33	2.1	33	89	5	106	27	35	14	22	1.93
581642--582475	6	139.0	6	100	0	1668	50	16	0	33	1.46
589999--590090	25	3.7	25	66	21	66	40	5	1	53	1.31
591150--591279	27	4.8	27	63	17	63	42	4	6	46	1.51
591141--591304	81	2.0	82	98	1	321	40	4	7	47	1.53
592635--592671	17	2.2	17	90	4	58	40	0	8	51	1.32
592635--592688	16	3.4	16	78	16	58	44	0	11	44	1.39
593076--593159	18	4.2	18	69	25	62	53	1	23	21	1.53
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
594820--594934	41	2.8	41	85	0	140	32	23	19	25	1.97
597849--597885	17	2.2	17	90	4	58	40	0	8	51	1.32
597849--597902	16	3.4	16	78	16	58	44	0	11	44	1.39
598290--598373	18	4.2	18	69	25	62	53	1	23	21	1.53
600034--600148	41	2.8	41	85	0	140	32	23	19	25	1.97
605042--605135	49	1.9	49	89	4	145	43	6	23	26	1.77
609160--609202	19	2.3	19	100	0	86	34	11	4	48	1.60
610149--610179	15	2.1	15	93	0	53	54	9	12	22	1.67
611904--611981	8	9.2	8	72	15	50	65	1	3	29	1.18
612783--612845	26	2.4	26	81	7	65	12	7	4	74	1.19
613463--613975	89	5.8	89	83	1	431	28	19	20	31	1.97
613445--614153	133	5.3	133	78	5	579	29	19	18	31	1.96
613445--613975	222	2.4	221	88	1	765	28	20	19	31	1.97
613810--614189	183	2.1	183	86	2	546	31	20	16	31	1.95
613454--614150	44	15.6	44	73	7	330	29	19	19	31	1.96
619662--619686	13	1.9	13	100	0	50	8	0	24	68	1.16
620754--620786	12	2.8	12	90	4	50	36	3	9	51	1.49
620606--620854	114	2.1	115	94	2	437	39	4	15	40	1.68
620606--620889	114	2.5	114	87	3	399	38	4	16	40	1.70
627751--627925	44	4.1	41	79	8	181	20	18	25	34	1.96
629747--630037	42	7.0	41	79	10	347	20	17	26	35	1.95
629747--630037	84	3.5	84	96	0	537	20	17	26	35	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
630023--630052	15	2.0	15	100	0	60	20	20	26	33	1.97
634513--634558	20	2.3	21	85	7	60	63	4	4	28	1.33
648733--648800	27	2.5	27	78	0	73	26	22	26	25	2.00
651198--651275	23	3.4	23	90	0	120	23	19	19	38	1.93
651203--651312	46	2.4	46	87	0	148	20	20	19	39	1.93
651211--651331	23	5.3	23	84	2	102	20	22	19	37	1.95
656209--656237	5	5.8	5	100	0	58	41	0	17	41	1.49
670286--670313	1	28.0	1	100	0	56	0	0	0	100	0.00
670372--670396	1	25.0	1	100	0	50	0	0	0	100	0.00
676035--676090	3	18.7	3	81	0	67	32	3	3	60	1.31
678040--678073	2	17.0	2	100	0	68	50	0	0	50	1.00
690157--690210	28	2.0	27	85	3	72	74	0	22	3	0.98
690161--690215	26	2.1	26	83	6	67	74	0	23	1	0.91
695316--695371	28	2.0	28	96	0	103	16	25	5	53	1.63
696047--696096	20	2.5	20	100	0	100	36	4	10	50	1.55
698981--699029	16	3.4	15	78	13	50	40	0	8	51	1.32
707403--707480	33	2.4	32	80	4	86	50	15	14	20	1.78
716896--717003	26	4.2	26	84	0	135	29	22	19	28	1.98
720036--720698	331	2.0	332	99	0	1319	42	9	10	37	1.72
720708--720749	12	3.8	12	81	18	63	38	0	0	61	0.96
720708--720749	21	2.0	21	100	0	84	38	0	0	61	0.96
727496--727521	11	2.4	11	100	0	52	7	26	7	57	1.54
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
730865--730929	29	2.2	29	100	0	130	36	18	12	32	1.88
737443--737484	18	2.3	18	88	8	59	30	7	2	59	1.37
747118--747176	29	2.1	27	81	9	66	25	13	15	45	1.82
747365--747411	22	2.1	22	88	7	69	27	29	2	40	1.68
747418--747466	22	2.2	21	80	16	55	36	32	0	30	1.58
747365--747463	52	1.9	52	87	4	146	32	30	1	36	1.65
747500--747557	29	2.0	28	90	9	91	39	0	1	58	1.08
747503--747564	29	2.1	29	85	11	83	38	0	1	59	1.07
752084--752126	18	2.4	17	81	11	59	39	0	0	60	0.97
752632--752672	16	2.6	16	84	0	55	26	7	0	65	1.18
754385--754454	3	24.3	3	76	21	62	64	1	4	30	1.21
754385--754453	20	3.5	19	79	16	70	63	1	4	30	1.22
757075--757102	5	5.6	5	100	0	56	60	0	0	39	0.97
764791--764844	19	2.8	20	77	8	58	64	1	3	29	1.21
766259--766302	17	2.7	16	83	13	54	75	0	0	25	0.81
766729--767247	261	2.0	263	83	2	668	21	11	22	44	1.84
768249--768289	19	2.2	19	95	0	73	51	7	7	34	1.58
771682--771718	3	12.3	3	100	0	74	32	0	0	67	0.91
778087--778163	37	2.1	37	97	0	145	49	11	20	18	1.78
788589--788727	46	3.0	46	91	0	224	28	27	9	34	1.88
791413--792134	115	6.3	115	99	0	1435	41	0	5	51	1.32
791435--792051	25	27.0	20	67	15	82	40	0	5	52	1.31
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
792109--792164	22	2.7	22	78	10	57	51	0	3	44	1.18
792124--792180	19	2.9	19	80	12	62	50	0	1	47	1.11
792134--792186	19	2.7	19	85	5	61	52	1	1	43	1.23
793850--793886	5	7.6	5	87	6	58	75	0	0	24	0.80
795259--795289	12	2.6	12	94	0	53	6	19	45	29	1.75
802078--802181	20	4.7	20	69	20	66	50	4	2	41	1.38
802086--802220	68	2.0	69	89	1	209	51	3	2	41	1.34
813544--813610	24	2.7	25	72	11	66	44	2	8	43	1.50
814579--814649	35	2.0	35	100	0	142	39	19	14	26	1.90
815488--815519	15	2.1	15	94	0	55	68	9	6	15	1.36
816019--816050	15	2.1	15	94	0	55	68	9	6	15	1.36
815040--816101	531	2.0	531	100	0	2124	35	16	13	34	1.88
818448--818661	91	2.3	91	80	4	243	40	11	13	34	1.81
821829--821865	12	3.1	12	92	0	65	24	32	24	18	1.97
822025--822091	9	7.4	9	81	0	80	40	19	11	28	1.87
822025--822091	18	3.7	18	85	0	89	40	19	11	28	1.87
822025--822091	27	2.5	27	90	0	107	40	19	11	28	1.87
822182--822225	18	2.4	18	88	0	61	13	0	43	43	1.44
823278--823326	6	7.8	6	86	8	71	71	0	28	0	0.86
823277--823326	26	1.9	26	100	0	100	72	0	28	0	0.86
829571--829601	16	1.9	16	93	0	53	61	6	29	3	1.37
837525--837568	18	2.5	17	78	10	52	40	15	2	40	1.60
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
844212--844255	18	2.4	18	78	10	54	40	15	2	40	1.60
854936--855010	31	2.5	29	84	4	87	42	10	9	37	1.72
856348--856490	30	4.8	30	76	11	132	31	14	13	39	1.86
856349--856489	59	2.4	58	80	8	158	31	14	14	40	1.85
858999--859051	27	2.0	27	92	0	88	35	15	11	37	1.83
862572--862598	13	2.1	13	100	0	54	7	7	0	85	0.75
872613--872649	19	1.9	19	88	0	56	72	2	13	10	1.21
873083--873129	22	2.2	21	85	7	60	21	8	14	55	1.66
874757--874845	40	2.2	38	75	11	88	55	0	3	41	1.17
879902--879960	26	2.3	26	87	0	82	30	18	11	38	1.87

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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