genome.fa.s10.2.7.7.80.10.50.1000.83.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr6
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  47432654

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   

This is table  83  of  136  ( 16211 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27314917--27314954	20	1.9	20	100	0	76	15	15	5	63	1.48
27315065--27315102	20	1.9	20	100	0	76	15	15	5	63	1.48
27315213--27315250	20	1.9	20	100	0	76	15	15	5	63	1.48
27315361--27315398	20	1.9	20	100	0	76	15	15	5	63	1.48
27315509--27315546	20	1.9	20	100	0	76	15	15	5	63	1.48
27315657--27315694	20	1.9	20	100	0	76	15	15	5	63	1.48
27315805--27315842	20	1.9	20	100	0	76	15	15	5	63	1.48
27315953--27315990	20	1.9	20	100	0	76	15	15	5	63	1.48
27316101--27316138	20	1.9	20	100	0	76	15	15	5	63	1.48
27316249--27316286	20	1.9	20	100	0	76	15	15	5	63	1.48
27316397--27316434	20	1.9	20	100	0	76	15	15	5	63	1.48
27316545--27316582	20	1.9	20	100	0	76	15	15	5	63	1.48
27316693--27316730	20	1.9	20	100	0	76	15	15	5	63	1.48
27316841--27316878	20	1.9	20	100	0	76	15	15	5	63	1.48
27316989--27317026	20	1.9	20	100	0	76	15	15	5	63	1.48
27317137--27317174	20	1.9	20	100	0	76	15	15	5	63	1.48
27317285--27317322	20	1.9	20	100	0	76	15	15	5	63	1.48
27317433--27317470	20	1.9	20	100	0	76	15	15	5	63	1.48
27317581--27317618	20	1.9	20	100	0	76	15	15	5	63	1.48
27317729--27317766	20	1.9	20	100	0	76	15	15	5	63	1.48
27317877--27317914	20	1.9	20	100	0	76	15	15	5	63	1.48
27318025--27318062	20	1.9	20	100	0	76	15	15	5	63	1.48
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27318173--27318210	20	1.9	20	100	0	76	15	15	5	63	1.48
27318321--27318358	20	1.9	20	100	0	76	15	15	5	63	1.48
27318469--27318506	20	1.9	20	100	0	76	15	15	5	63	1.48
27318617--27318654	20	1.9	20	100	0	76	15	15	5	63	1.48
27318765--27318802	20	1.9	20	100	0	76	15	15	5	63	1.48
27318913--27318950	20	1.9	20	100	0	76	15	15	5	63	1.48
27319061--27319098	20	1.9	20	100	0	76	15	15	5	63	1.48
27319209--27319246	20	1.9	20	100	0	76	15	15	5	63	1.48
27319357--27319394	20	1.9	20	100	0	76	15	15	5	63	1.48
27319505--27319542	20	1.9	20	100	0	76	15	15	5	63	1.48
27319653--27319690	20	1.9	20	100	0	76	15	15	5	63	1.48
27319801--27319838	20	1.9	20	100	0	76	15	15	5	63	1.48
27319949--27319986	20	1.9	20	100	0	76	15	15	5	63	1.48
27320097--27320134	20	1.9	20	100	0	76	15	15	5	63	1.48
27321262--27321316	25	2.2	25	80	9	67	50	5	1	41	1.36
27321264--27321311	25	1.9	25	87	8	71	47	6	2	43	1.40
27323795--27323861	30	2.2	30	83	2	80	32	2	4	59	1.32
27324020--27324104	38	2.2	38	93	0	143	57	8	17	16	1.62
27327992--27328107	39	2.9	39	83	2	151	19	28	17	34	1.95
27333421--27333543	50	2.4	50	83	5	158	34	17	11	37	1.85
27339070--27339142	35	2.1	35	94	0	128	46	9	6	36	1.63
27340958--27341064	50	2.1	50	80	0	124	26	22	31	19	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27341355--27341393	20	2.0	20	90	10	62	56	5	23	15	1.59
27371181--27371251	26	2.8	25	89	4	97	25	21	29	23	1.99
27372381--27372424	10	4.4	10	79	0	52	22	27	13	36	1.92
27393715--27393761	20	2.3	20	100	0	94	36	8	21	34	1.84
27394644--27394671	14	2.0	14	100	0	56	28	0	21	50	1.49
27394804--27394873	25	2.8	25	76	8	70	28	27	18	25	1.98
27399498--27399574	39	2.0	39	92	0	127	49	28	3	18	1.65
27404684--27404728	23	2.0	23	86	8	65	42	2	15	40	1.59
27405987--27406748	114	6.7	114	82	3	906	34	15	22	27	1.95
27405892--27406748	228	3.8	227	89	1	1186	33	16	22	27	1.95
27407053--27407123	14	5.1	14	81	6	63	8	0	45	46	1.33
27407061--27407120	22	2.9	21	87	5	86	6	0	45	48	1.29
27407061--27407120	7	8.6	7	76	7	50	6	0	45	48	1.29
27407653--27407679	12	2.2	12	100	0	54	59	0	0	40	0.98
27410725--27410791	21	3.2	21	73	0	62	31	14	47	5	1.69
27411087--27411221	64	2.1	65	98	1	263	39	14	18	27	1.90
27412949--27413118	48	3.5	48	84	0	196	27	21	27	24	1.99
27421133--27421180	21	2.3	22	85	10	73	20	20	14	43	1.87
27421143--27421184	21	2.0	21	100	0	84	19	19	14	47	1.82
27426782--27426832	10	5.3	10	80	4	52	29	0	1	68	1.00
27426782--27426823	9	4.6	9	84	3	57	30	0	0	69	0.89
27426780--27426832	18	2.9	19	81	13	67	32	0	1	66	1.03
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27428730--27428807	38	2.1	38	100	0	156	23	17	5	53	1.63
27430430--27430460	16	1.9	16	93	0	53	67	3	6	22	1.28
27432322--27432400	39	2.0	39	97	0	149	29	10	13	46	1.76
27432631--27432723	48	1.9	49	91	2	152	22	15	20	41	1.89
27437492--27437673	51	3.6	50	76	5	186	23	16	28	31	1.96
27440946--27440976	14	2.2	14	94	0	53	38	9	19	32	1.84
27443967--27444006	20	2.0	20	90	0	62	50	12	10	27	1.72
27443990--27444029	14	2.9	14	84	0	53	42	17	7	32	1.77
27447567--27447693	43	2.9	43	71	17	118	29	29	18	22	1.98
27449279--27449344	25	2.6	25	80	4	80	30	15	22	31	1.95
27453279--27453711	218	2.0	218	100	0	866	30	16	14	39	1.88
27455947--27455979	11	2.9	12	86	13	52	33	0	0	66	0.92
27456103--27456165	30	2.1	30	96	0	117	57	15	3	23	1.53
27456195--27456237	22	2.0	22	85	0	59	55	9	13	20	1.66
27459246--27459288	22	2.0	22	85	0	59	55	9	13	20	1.66
27464042--27464135	45	2.1	45	95	0	170	30	23	19	26	1.98
27464138--27464270	51	2.6	51	81	9	137	33	27	16	23	1.96
27464241--27464283	14	3.2	14	93	6	72	37	27	11	23	1.89
27467444--27467485	20	2.0	21	95	4	77	30	19	28	21	1.97
27468491--27468534	23	1.9	23	85	0	61	13	18	25	43	1.86
27470117--27470454	32	10.6	32	85	0	469	30	11	17	40	1.85
27470619--27470734	43	2.7	43	89	1	171	29	16	31	23	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27475163--27475229	33	2.0	34	97	2	127	53	5	5	34	1.50
27475172--27475234	15	4.1	14	74	18	54	57	3	4	34	1.36
27475168--27475237	33	2.1	33	89	5	106	55	8	4	31	1.49
27476894--27477017	44	2.8	44	93	0	212	22	29	18	29	1.97
27477096--27477199	44	2.4	44	90	3	165	26	25	21	26	1.99
27478417--27478457	19	2.2	18	86	4	55	12	14	0	73	1.11
27478442--27478568	62	2.0	64	82	8	154	13	25	11	50	1.74
27483586--27483619	16	2.1	16	94	0	59	2	17	2	76	1.04
27483893--27483926	16	2.1	16	94	0	59	2	17	2	76	1.04
27483550--27484164	307	2.0	307	100	0	1230	18	22	19	39	1.92
27490252--27490297	23	2.0	23	91	8	76	65	4	4	26	1.30
27491012--27491044	13	2.4	14	90	5	50	78	9	12	0	0.95
27491158--27491190	16	2.0	17	88	5	50	72	15	0	12	1.12
27497722--27498148	211	2.0	214	96	2	797	34	11	11	42	1.77
27499933--27499989	25	2.3	25	87	0	78	28	17	8	45	1.78
27507570--27507602	11	2.9	12	86	13	52	33	0	0	66	0.92
27507820--27507862	22	2.0	22	85	0	59	55	9	13	20	1.66
27511346--27511375	12	2.6	11	90	10	51	73	6	0	20	1.05
27511397--27511439	22	2.0	22	85	0	59	55	6	13	23	1.62
27516300--27516393	45	2.1	45	93	0	161	30	24	19	25	1.98
27519936--27519977	20	2.0	21	95	4	77	30	19	28	21	1.97
27520985--27521028	23	1.9	23	85	0	61	13	18	25	43	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27522534--27522914	32	11.9	32	82	1	440	30	10	17	40	1.84
27522534--27522914	96	4.0	96	85	1	521	30	10	17	40	1.84
27522534--27522914	64	6.0	64	89	1	512	30	10	17	40	1.84
27523052--27523166	43	2.7	43	90	0	176	31	14	29	24	1.95
27527035--27527200	85	2.0	85	100	0	332	35	18	15	30	1.92
27527772--27527805	11	3.2	11	87	4	52	70	17	0	11	1.16
27528150--27528195	23	2.0	23	87	8	67	65	2	4	28	1.23
27529927--27530182	44	5.8	44	90	0	395	24	26	18	30	1.98
27529900--27530185	132	2.2	132	89	2	432	25	26	19	29	1.98
27542716--27542761	23	2.0	23	91	8	76	65	4	4	26	1.30

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136