genome.fa.s10.2.7.7.80.10.50.1000.27.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr6
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  47432654

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  27  of  136  ( 16211 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8565705--8565926	29	7.7	28	78	12	152	33	23	15	27	1.95
8565762--8565973	58	3.8	58	78	8	192	34	24	16	24	1.95
8565764--8565926	87	1.9	87	82	7	206	32	23	16	26	1.96
8565902--8565971	26	2.7	26	86	0	104	40	25	18	15	1.90
8573549--8573604	22	2.5	20	76	23	51	66	7	5	21	1.37
8579495--8579531	15	2.5	15	95	0	65	35	27	27	10	1.90
8581513--8581551	20	1.9	21	89	5	62	28	12	25	33	1.93
8586020--8586080	28	2.2	28	88	2	88	31	16	22	29	1.96
8592310--8592376	32	2.1	32	100	0	134	28	17	29	23	1.97
8604528--8604655	32	4.0	32	82	6	143	37	21	21	20	1.94
8604803--8604857	24	2.3	24	81	6	67	49	23	7	20	1.74
8604925--8605035	27	4.1	27	84	2	116	26	19	18	36	1.94
8604920--8605025	54	2.0	54	84	3	142	27	21	16	33	1.95
8604986--8605129	27	5.4	27	80	8	143	21	18	18	41	1.90
8605010--8605089	26	3.0	26	81	5	90	18	15	21	45	1.86
8605011--8605129	53	2.2	53	84	8	154	20	18	19	42	1.90
8604931--8605102	27	6.4	27	79	8	106	23	19	18	39	1.92
8617611--8617644	15	2.3	15	90	10	52	61	2	2	32	1.26
8617764--8617804	22	2.0	21	85	9	57	46	9	7	36	1.65
8619646--8619776	40	3.2	40	84	1	154	38	16	24	20	1.92
8619840--8619986	48	3.0	49	80	12	169	19	27	6	45	1.76
8622179--8622207	13	2.1	14	93	6	51	34	3	6	55	1.44
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8623509--8623577	22	3.1	22	73	19	79	46	11	7	34	1.68
8624018--8624043	13	2.0	13	100	0	52	61	0	0	38	0.96
8624095--8624193	9	11.0	9	75	12	78	45	17	2	35	1.60
8624104--8624193	36	2.5	36	96	0	162	46	16	1	35	1.55
8627960--8627988	15	1.9	15	100	0	58	79	0	6	13	0.93
8628053--8628083	14	2.2	14	94	0	53	77	9	0	12	0.99
8628196--8628249	19	2.8	19	97	0	99	38	11	16	33	1.84
8628196--8628272	19	3.7	22	87	6	76	38	9	16	35	1.81
8629119--8629180	24	2.7	22	80	9	79	32	4	3	59	1.34
8630776--8631214	44	9.7	44	70	12	239	30	21	18	29	1.97
8632098--8632165	21	3.0	22	85	8	84	5	13	0	80	0.87
8632105--8632175	15	4.7	14	76	13	61	4	12	1	81	0.90
8632105--8632177	30	2.4	30	84	13	96	4	12	1	82	0.88
8632105--8632177	22	3.2	22	76	16	69	4	12	1	82	0.88
8636905--8637500	297	2.0	298	99	0	1185	33	13	18	35	1.89
8639369--8639396	14	2.0	14	100	0	56	35	14	14	35	1.86
8644896--8645021	66	1.9	65	82	6	155	45	19	25	9	1.81
8645181--8645269	37	2.4	36	88	5	133	20	3	22	53	1.60
8646037--8646123	41	2.1	41	100	0	174	14	12	36	35	1.85
8655998--8656069	37	2.0	36	86	8	101	27	26	20	25	1.99
8661413--8661524	61	1.9	58	88	5	170	51	5	3	39	1.42
8661471--8661615	68	2.1	71	82	7	172	52	6	3	37	1.44
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8661958--8662107	65	2.3	65	97	1	282	46	8	1	44	1.41
8663338--8663495	41	3.9	41	96	0	280	18	21	29	30	1.97
8663768--8663901	14	9.4	14	73	9	83	19	1	32	46	1.59
8663834--8663875	22	2.0	21	90	4	66	16	0	33	50	1.46
8663768--8663879	7	15.7	7	73	10	75	18	1	31	48	1.59
8664132--8664195	7	9.0	7	70	16	51	28	0	32	39	1.57
8664116--8664172	28	2.0	28	86	6	80	24	0	36	38	1.56
8664139--8664195	21	2.7	21	78	10	71	28	0	33	38	1.57
8664694--8664737	22	2.2	20	84	12	54	70	2	0	27	0.99
8666447--8666477	10	3.1	10	95	0	53	16	19	12	51	1.76
8668277--8668303	14	1.9	14	100	0	54	51	0	3	44	1.19
8668319--8668541	43	5.2	43	88	2	317	19	18	32	29	1.96
8671342--8671442	50	2.0	50	92	3	168	39	12	6	40	1.70
8673797--8673969	88	2.0	88	81	2	204	32	12	13	42	1.81
8673877--8674068	81	2.4	82	81	4	210	31	11	14	42	1.81
8676907--8676967	20	3.0	20	85	0	86	32	8	6	52	1.57
8676912--8676975	20	3.2	20	80	8	76	32	7	7	51	1.59
8678301--8678353	26	2.0	26	100	0	106	24	15	18	41	1.89
8684290--8684332	17	2.5	17	96	0	77	23	44	9	23	1.82
8685009--8685056	14	3.6	13	86	10	62	54	14	4	27	1.59
8694629--8694682	20	2.8	20	71	2	56	12	18	22	46	1.83
8698955--8699085	66	2.0	65	80	8	149	26	10	23	38	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8699826--8699879	21	2.6	21	87	0	81	22	20	42	14	1.88
8702824--8702938	37	3.1	37	93	0	194	40	27	14	16	1.88
8710463--8710494	16	1.9	17	93	6	57	21	21	0	56	1.43
8710731--8710763	15	2.1	16	88	5	50	30	3	3	63	1.24
8712554--8712612	28	2.1	28	83	0	73	25	18	13	42	1.87
8716142--8716263	49	2.5	48	75	6	129	31	13	28	26	1.93
8720787--8720826	21	1.9	21	89	0	62	10	10	35	45	1.71
8732479--8732588	54	2.0	55	85	5	152	20	31	19	28	1.97
8733326--8733378	23	2.3	23	100	0	106	50	26	5	16	1.67
8735070--8735111	22	1.9	22	85	0	57	11	16	28	42	1.84
8735170--8735350	43	4.2	43	84	1	123	28	30	19	21	1.97
8735190--8735478	43	6.7	43	82	3	287	27	32	19	21	1.97
8735231--8735462	87	2.7	86	83	3	279	27	32	19	21	1.97
8735190--8735478	130	2.2	129	80	4	323	27	32	19	21	1.97
8735824--8735869	21	2.2	21	84	0	56	8	43	13	34	1.74
8735885--8736011	66	1.9	66	90	3	202	14	25	16	43	1.86
8741026--8741189	16	9.9	16	71	15	102	27	2	18	51	1.59
8741058--8741354	25	11.6	25	68	16	112	28	4	20	47	1.68
8741026--8741211	41	4.7	41	73	11	147	26	3	19	50	1.63
8741059--8741189	50	2.6	50	77	17	155	26	3	19	50	1.62
8741247--8742048	128	6.3	128	99	0	1595	32	3	16	47	1.64
8741148--8742048	384	2.4	384	95	3	1605	32	4	16	47	1.66
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8745213--8745255	20	2.2	20	86	0	59	37	4	6	51	1.50
8745306--8745337	16	1.9	17	93	6	57	37	0	12	50	1.41
8745349--8745388	20	2.0	20	90	0	62	42	7	5	45	1.54
8745350--8745397	20	2.4	20	85	0	60	41	6	6	45	1.54
8745708--8745776	24	3.3	22	71	23	67	56	2	2	37	1.29
8745752--8745785	15	2.3	15	100	0	68	47	5	5	41	1.52
8746604--8746651	23	2.1	23	85	11	64	50	8	18	22	1.74
8748146--8748178	16	2.1	16	94	0	57	27	9	6	57	1.53
8749141--8749415	41	6.8	40	78	13	221	29	26	23	21	1.99
8749141--8749415	82	3.4	82	81	9	321	29	26	23	21	1.99
8749149--8749416	123	2.2	121	80	10	300	29	26	22	21	1.99
8752376--8754059	735	2.3	736	93	0	2908	28	16	21	34	1.95
8766771--8770843	736	5.5	735	82	2	5215	26	16	21	32	1.94
8770843--8772998	733	2.9	730	87	2	3223	28	16	21	33	1.95
8785646--8786419	387	2.0	387	98	0	1512	29	11	18	39	1.86
8786034--8787987	736	2.7	730	87	3	2972	28	15	20	34	1.94
8792605--8792660	29	1.9	29	88	0	85	42	17	25	14	1.87
8792617--8792676	29	2.0	29	90	6	93	41	15	26	16	1.88
8796446--8796642	48	4.1	48	79	3	218	22	30	20	25	1.98
8796448--8796623	96	1.8	96	85	0	244	22	31	20	25	1.98
8804053--8804249	48	4.1	48	77	2	198	22	29	20	26	1.98
8809308--8809332	9	2.8	9	100	0	50	24	12	32	32	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8811749--8811781	17	1.9	17	93	0	57	15	12	15	57	1.65
8815814--8815855	20	2.1	20	95	0	75	16	9	26	47	1.77
8826750--8826824	29	2.6	29	85	4	98	21	34	22	21	1.97
8828708--8828831	59	2.1	60	86	1	169	39	9	16	33	1.82
8831434--8831489	15	3.7	15	71	7	51	35	8	0	55	1.31
8837028--8837398	185	2.0	186	99	0	735	26	26	10	36	1.88
8837761--8837811	23	2.3	23	89	3	86	21	5	13	58	1.56
8846649--8846705	27	2.1	27	83	6	71	36	14	22	26	1.92
8858457--8858697	50	4.7	50	86	5	295	22	30	21	25	1.99
8858402--8858692	100	2.8	100	81	5	271	24	28	20	26	1.99

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
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