genome.fa.s10.2.7.7.80.10.50.1000.22.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr6
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  56482370

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
6976636--6976663	10	2.8	10	100	0	56	10	10	7	71	1.31
6977735--6978100	183	2.0	183	100	0	732	35	19	9	34	1.85
6981815--6981844	15	2.0	15	93	0	51	13	10	6	70	1.34
6983435--6983494	29	2.1	29	90	0	93	36	5	3	55	1.38
6985062--6985119	30	1.9	30	82	6	73	18	29	29	22	1.98
6991487--6991662	46	3.8	46	79	12	216	20	21	29	28	1.98
6991484--6991655	93	1.8	93	96	0	317	20	21	29	27	1.98
6998033--6998208	46	3.8	46	79	12	216	20	21	29	28	1.98
6998030--6998201	93	1.8	93	96	0	317	20	21	29	27	1.98
7002413--7002731	117	2.7	117	96	0	568	23	18	30	27	1.98
7002769--7002793	10	2.5	10	100	0	50	84	8	0	8	0.79
7002788--7002816	11	2.7	11	94	5	51	82	0	10	6	0.83
7003383--7003444	27	2.3	26	76	13	63	38	1	11	48	1.49
7008019--7008056	6	6.3	6	100	0	76	34	0	15	50	1.45
7015320--7015373	21	2.5	22	74	17	58	40	12	9	37	1.76
7015965--7016040	37	2.1	37	100	0	152	34	13	2	50	1.55
7018241--7018307	22	3.0	22	77	18	75	41	17	23	16	1.89
7019480--7019568	7	13.3	7	73	17	64	49	1	1	48	1.16
7019489--7019531	20	2.2	20	86	0	59	51	0	2	46	1.13
7021543--7021587	18	2.3	19	81	14	56	26	22	8	42	1.83
7024404--7024435	16	2.0	16	100	0	64	25	6	31	37	1.81
7031452--7031501	24	2.1	25	85	7	68	44	2	2	52	1.24
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7033825--7033880	24	2.3	24	80	16	71	26	0	12	60	1.32
7033828--7033880	26	2.1	26	89	6	83	24	0	11	64	1.26
7038986--7039011	13	2.0	13	100	0	52	38	0	0	61	0.96
7054337--7054395	25	2.4	25	80	5	66	55	15	18	10	1.67
7057906--7057935	15	2.0	15	93	0	51	13	13	10	63	1.52
7067486--7067597	3	37.7	3	71	8	59	56	2	8	32	1.44
7067464--7067507	17	2.6	16	82	10	52	52	2	11	34	1.50
7067459--7067531	6	12.7	6	72	13	55	49	1	16	32	1.54
7067512--7067574	27	2.3	27	83	0	72	55	1	11	31	1.44
7067557--7067674	12	9.0	12	70	21	51	65	2	2	29	1.19
7067792--7067898	3	35.0	3	72	12	67	59	2	8	28	1.41
7067792--7067892	31	3.4	30	74	21	90	59	2	8	28	1.42
7075040--7075115	32	2.3	33	88	4	109	31	2	21	44	1.66
7076158--7076238	17	4.8	17	70	8	58	27	12	18	41	1.86
7076158--7076248	17	5.4	17	67	17	55	28	13	17	40	1.87
7077591--7077722	68	1.9	69	84	1	176	39	5	6	49	1.50
7079758--7079877	51	2.4	51	91	0	186	26	22	12	38	1.90
7085627--7085667	17	2.5	16	80	4	55	46	39	0	14	1.45
7087497--7087537	17	2.3	18	83	4	57	29	7	9	53	1.60
7090193--7090274	23	3.6	23	81	0	101	15	24	24	35	1.94
7092798--7092838	21	1.9	22	95	5	75	19	34	19	26	1.96
7093085--7093147	11	5.9	11	74	7	58	11	11	15	61	1.55
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7094955--7094992	17	2.2	19	86	13	55	44	0	13	42	1.43
7094983--7095023	9	4.7	9	90	3	66	43	0	2	53	1.13
7095678--7095743	21	3.2	20	72	6	60	65	3	4	27	1.27
7095839--7095869	16	1.9	16	93	0	53	70	9	3	16	1.26
7096342--7096374	12	2.8	12	100	0	66	36	9	6	48	1.60
7102221--7102269	15	3.5	15	72	16	50	12	57	0	30	1.36
7103357--7103485	7	18.1	7	67	13	50	37	38	0	23	1.60
7103395--7103462	21	3.2	21	75	19	61	36	38	1	23	1.64
7103528--7103612	21	3.9	21	77	11	98	44	27	1	27	1.62
7103504--7103605	46	2.2	46	94	3	179	43	25	1	29	1.66
7103494--7103581	25	3.6	25	72	16	87	42	26	2	29	1.68
7103523--7103620	7	13.4	7	72	8	61	46	25	1	26	1.59
7103754--7103931	41	4.4	40	84	5	223	16	20	24	38	1.92
7106649--7106714	36	1.9	33	82	14	80	36	7	1	54	1.38
7107694--7107719	12	2.2	12	100	0	52	0	42	23	34	1.54
7109605--7109690	43	2.0	43	100	0	172	37	13	4	44	1.65
7110652--7110731	32	2.5	33	80	10	94	17	20	20	42	1.89
7112719--7112747	14	2.1	14	93	6	51	65	6	20	6	1.40
7137587--7137655	26	2.7	26	90	2	104	21	27	23	27	1.99
7140328--7140447	43	2.8	43	76	7	127	25	15	25	32	1.96
7166216--7166260	21	2.1	22	83	4	56	57	0	4	37	1.19
7166756--7167406	324	2.0	328	90	3	1044	42	7	22	26	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7167622--7167654	15	2.1	16	94	5	59	45	0	6	48	1.27
7169518--7169689	87	2.0	86	87	3	247	40	20	8	30	1.82
7170127--7170182	20	2.6	21	83	8	69	28	5	1	64	1.26
7170152--7170258	47	2.2	47	77	9	110	31	1	2	63	1.19
7177725--7177749	13	1.9	13	100	0	50	48	20	8	24	1.76
7180429--7180643	112	1.9	112	94	0	376	33	17	6	41	1.76
7180870--7181035	61	2.7	62	80	7	176	40	3	11	44	1.58
7181494--7181519	13	2.0	13	100	0	52	30	23	0	46	1.53
7187831--7187859	12	2.3	13	94	5	51	68	0	0	31	0.89
7188908--7189091	99	1.9	99	85	6	257	41	4	33	21	1.73
7192450--7192485	18	2.0	18	94	0	63	47	5	2	44	1.41
7194077--7194280	82	2.5	82	80	7	193	35	22	20	21	1.96
7194134--7194617	41	12.1	40	81	9	355	30	20	25	23	1.98
7194216--7194353	70	2.0	70	88	0	204	33	24	21	20	1.97
7194287--7194703	82	5.2	81	81	9	464	28	19	27	24	1.99
7194286--7194703	123	3.5	122	84	5	457	28	19	27	24	1.99
7194585--7194640	28	2.0	28	92	0	94	25	14	23	37	1.92
7194544--7194681	69	2.0	69	92	0	231	26	18	26	28	1.98
7194613--7194694	41	2.0	41	87	0	119	28	20	28	23	1.99
7194858--7194882	7	3.6	7	100	0	50	16	0	24	60	1.36
7194904--7194979	22	3.4	22	73	12	75	15	1	35	47	1.54
7196244--7196298	22	2.5	22	77	16	60	23	0	30	45	1.53
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7196270--7196315	7	6.6	7	79	0	56	19	0	36	43	1.51
7196238--7196315	21	3.6	21	76	10	68	24	0	32	43	1.54
7206612--7206735	46	2.8	46	91	3	200	27	22	16	33	1.96
7206612--7206920	37	7.8	45	90	7	207	26	20	15	37	1.93
7206698--7206947	37	6.8	37	97	0	446	25	20	14	39	1.90
7209519--7209576	21	2.8	21	91	0	89	29	22	48	0	1.51
7209518--7209583	21	3.2	22	83	12	77	28	21	50	0	1.49
7209908--7210080	44	4.0	43	80	3	159	21	17	30	30	1.96
7209900--7210241	43	7.9	43	76	6	156	23	20	26	28	1.99
7216131--7216169	17	2.4	16	83	8	51	43	0	2	53	1.14
7223539--7223631	45	2.1	44	95	2	168	26	18	16	38	1.91
7223783--7224017	69	3.4	69	83	0	290	25	17	24	32	1.96
7230078--7230185	47	2.3	49	80	8	123	30	1	9	58	1.40
7230141--7230240	41	2.5	40	81	3	119	31	1	14	54	1.47
7231649--7231735	44	2.0	44	97	0	165	41	24	11	22	1.87
7232304--7232424	41	2.8	40	74	13	100	29	28	18	23	1.97
7236286--7236345	29	2.1	29	100	0	120	33	30	10	26	1.89
7237261--7237318	21	2.5	23	83	16	84	34	10	3	51	1.53
7238388--7238429	22	2.0	21	86	13	61	69	0	2	28	1.01
7246783--7246857	37	2.0	37	97	0	141	26	12	21	40	1.88
7248004--7248131	69	1.9	69	93	1	222	42	1	3	51	1.29
7258951--7259041	44	2.0	45	81	12	107	30	21	7	39	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7264582--7264611	14	2.1	14	93	0	51	16	0	36	46	1.47
7267427--7267511	43	2.0	41	84	8	109	50	3	22	23	1.64
7274022--7274161	57	2.4	58	80	7	142	34	16	19	30	1.94
7275992--7276096	48	2.2	48	100	0	210	34	8	24	32	1.86
7276945--7277011	25	2.7	25	80	0	80	25	20	19	34	1.96
7283939--7284078	50	2.8	49	75	6	147	25	20	19	35	1.96
7293819--7294012	102	1.9	102	93	0	334	41	13	10	34	1.79
7294441--7294496	25	2.2	26	96	3	105	32	14	19	33	1.92
7295567--7295600	17	1.9	18	94	5	61	0	29	38	32	1.58
7299906--7299948	21	2.0	21	86	0	59	16	16	18	48	1.81

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
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