genome.fa.s10.2.7.7.80.10.50.1000.83.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr6
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  56482370

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27719719--27719846	48	2.7	48	85	3	186	30	17	25	25	1.98
27730506--27730603	51	1.9	51	85	0	133	33	15	23	27	1.95
27736523--27736587	25	2.6	25	90	2	103	27	21	3	47	1.65
27736759--27736858	42	2.3	43	83	6	123	30	24	19	27	1.98
27743565--27743643	32	2.5	32	91	0	113	27	30	8	32	1.87
27754734--27755709	40	24.5	40	98	0	1814	22	24	27	25	2.00
27762896--27763012	59	2.0	59	98	0	225	25	8	20	45	1.79
27764585--27764803	46	4.7	46	87	6	302	29	29	19	21	1.98
27774086--27774221	40	3.4	40	90	3	204	25	22	27	24	2.00
27776270--27776300	14	2.1	15	94	5	55	35	16	0	48	1.46
27778980--27779018	21	1.9	20	85	15	53	35	7	17	38	1.79
27783010--27783062	18	2.8	18	74	5	52	58	3	5	32	1.39
27784208--27784262	24	2.3	23	90	3	83	14	20	14	50	1.77
27785962--27786102	69	2.0	69	94	0	246	31	24	14	30	1.94
27790414--27790865	47	9.6	47	94	0	742	32	9	29	28	1.88
27794611--27794664	18	2.9	18	75	5	54	59	3	5	31	1.38
27795498--27795616	29	4.2	29	79	6	136	26	28	14	31	1.95
27795500--27795612	58	2.0	57	87	1	163	24	29	15	30	1.95
27795694--27795730	19	1.9	19	88	0	56	16	37	18	27	1.92
27798006--27798120	29	4.0	29	78	10	112	26	15	29	28	1.96
27803356--27803439	42	2.0	42	95	0	150	34	34	3	27	1.74
27804674--27804713	21	2.0	20	90	5	62	30	0	22	47	1.52
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27807421--27807468	20	2.4	20	82	0	69	29	18	29	22	1.98
27809056--27809094	18	2.1	19	85	4	53	7	23	2	66	1.30
27809058--27809161	48	2.2	49	79	8	115	12	27	0	58	1.40
27809112--27809161	18	2.8	18	87	0	73	14	28	0	58	1.37
27809087--27809168	24	3.4	24	77	0	101	12	26	0	60	1.31
27809165--27809261	42	2.3	42	89	1	142	14	22	5	57	1.57
27817555--27817601	24	2.0	24	100	0	94	42	12	4	40	1.63
27817695--27817784	29	3.2	29	61	12	69	42	14	8	34	1.77
27837062--27837119	29	2.0	29	100	0	116	34	20	13	31	1.92
27838056--27838157	52	2.0	52	86	0	141	29	28	19	22	1.98
27842951--27843125	43	4.1	44	74	14	143	34	25	16	23	1.95
27849675--27850019	50	6.7	50	73	5	278	26	18	25	29	1.98
27849848--27850036	105	1.8	104	85	1	270	24	18	28	28	1.98
27850262--27850291	16	1.9	15	93	6	51	43	0	23	33	1.54
27856643--27856938	50	5.9	50	78	3	263	27	17	25	30	1.97
27856694--27856875	101	1.8	101	85	0	256	28	18	24	28	1.98
27859675--27859752	29	2.7	28	80	11	95	25	12	30	30	1.93
27859705--27860032	174	1.9	174	96	0	602	29	14	24	30	1.95
27861471--27861498	14	2.0	14	100	0	56	50	14	7	28	1.69
27862129--27862322	43	4.6	41	73	12	160	28	26	19	25	1.98
27862131--27862322	85	2.3	85	91	0	312	28	27	18	25	1.98
27865764--27865894	66	2.0	66	96	0	244	41	6	24	26	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27865949--27866026	29	2.7	28	84	11	104	25	15	30	28	1.96
27865979--27866304	172	1.9	174	91	1	539	30	14	24	30	1.95
27866453--27866707	62	4.1	62	100	0	510	19	17	21	41	1.90
27870406--27870436	14	2.2	14	100	0	62	22	16	16	45	1.85
27880015--27880060	19	2.4	19	100	0	92	17	8	26	47	1.76
27883642--27883811	40	4.3	40	83	1	198	24	21	30	24	1.99
27883664--27883846	79	2.3	80	79	3	192	25	21	29	23	1.99
27889896--27889921	5	5.2	5	100	0	52	80	0	0	19	0.71
27897094--27897155	23	2.7	23	97	0	115	24	17	29	29	1.97
27901679--27901772	48	2.0	48	89	0	143	28	15	14	40	1.88
27902516--27902583	36	1.9	35	85	8	93	63	2	8	25	1.38
27903030--27903056	10	2.7	10	100	0	54	29	0	0	70	0.88
27904009--27904168	41	4.0	41	84	8	186	34	24	24	16	1.96
27904032--27904168	41	3.4	41	89	1	213	34	24	24	16	1.96
27905179--27905210	15	2.1	15	94	0	55	59	0	9	31	1.29
27905199--27905249	24	2.1	24	85	7	68	56	0	3	39	1.18
27909121--27910115	289	3.4	289	100	0	1990	36	13	12	36	1.83
27910325--27910380	15	3.8	15	77	20	64	46	1	0	51	1.11
27910482--27910632	9	16.9	9	83	1	187	47	13	1	37	1.52
27910486--27910702	27	7.8	27	80	8	211	47	13	1	37	1.51
27910482--27910755	18	14.9	18	77	7	203	48	12	1	37	1.49
27910662--27910756	9	10.7	9	75	6	50	48	12	1	37	1.48
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27910558--27910779	114	1.9	114	84	3	295	48	12	0	38	1.47
27916395--27916445	21	2.4	21	80	0	66	29	19	49	1	1.60
27916734--27916803	16	4.4	16	94	0	95	32	0	34	32	1.58
27922529--27922579	21	2.4	21	80	0	66	29	19	49	1	1.60
27922777--27922845	16	4.2	16	92	3	120	24	1	37	36	1.65
27922777--27922845	33	2.1	32	94	2	120	24	1	37	36	1.65
27922826--27923000	45	4.0	45	78	9	202	29	6	28	35	1.82
27922874--27923017	39	3.5	39	79	10	180	32	4	29	32	1.79
27922831--27923019	84	2.2	84	97	0	351	31	6	29	33	1.82
27923165--27923198	17	1.9	18	94	5	61	0	29	38	32	1.58
27924985--27925027	13	3.1	14	84	12	54	60	0	0	39	0.97
27927500--27927592	3	31.0	3	87	0	69	53	1	11	33	1.44
27932664--27932701	20	1.9	20	88	0	58	47	2	7	42	1.46
27932657--27932707	20	2.7	18	77	11	57	41	1	7	49	1.43
27936145--27936169	6	4.2	6	100	0	50	52	32	0	16	1.44
27938807--27938839	5	6.6	5	86	13	50	81	3	15	0	0.80
27938870--27938897	7	4.0	7	100	0	56	28	28	14	28	1.95
27939891--27939945	20	2.7	20	80	11	67	60	1	0	38	1.08
27939891--27939947	11	5.5	11	72	19	50	59	1	0	38	1.08
27943253--27943307	21	2.8	21	79	17	64	38	0	3	58	1.16
27944736--27944772	19	2.0	19	89	5	58	72	5	8	13	1.24
27946988--27947018	14	2.2	14	94	0	53	41	0	9	48	1.36
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27948068--27948101	17	2.0	18	88	11	54	50	0	8	41	1.34
27948716--27948781	15	4.4	15	74	11	55	45	3	0	51	1.16
27949321--27949360	9	4.3	9	84	15	55	37	0	0	62	0.95
27954300--27954324	4	6.2	4	100	0	50	48	0	0	52	1.00
27957240--27957284	23	2.0	23	90	0	72	42	4	4	48	1.43
27962008--27962162	18	8.7	18	81	5	181	34	14	15	35	1.88
27962010--27962162	35	4.3	35	88	2	216	35	14	15	35	1.87
27963516--27963610	43	2.2	43	81	7	104	25	23	17	33	1.96
27967955--27967999	23	2.0	23	100	0	90	15	8	22	53	1.69
27972419--27972470	10	5.1	10	80	11	52	57	3	0	38	1.17
27972428--27972471	22	2.0	22	95	0	79	54	2	0	43	1.12
27988674--27988723	22	2.2	23	89	3	75	50	4	2	44	1.32
27990588--27990626	20	2.1	18	90	9	60	30	0	5	64	1.15
27990558--27990627	15	4.2	15	73	19	50	34	1	2	61	1.20
27990852--27990886	16	2.2	16	94	0	61	31	20	0	48	1.50
27992008--27992057	16	3.1	16	78	16	59	42	0	2	56	1.11
27992245--27992293	20	2.6	18	75	15	53	53	2	0	44	1.12
27993332--27993364	16	1.9	18	88	11	52	39	0	6	54	1.25
27993438--27993538	33	3.1	32	71	17	98	39	0	1	57	1.17
27993414--27993548	68	2.0	66	94	2	234	40	1	2	55	1.24
27993581--27993644	32	1.9	35	81	9	80	39	0	6	54	1.26
27996946--27997021	37	2.1	37	97	0	143	36	17	19	26	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28001444--28001503	30	2.0	30	90	0	93	58	13	1	26	1.45
28010684--28010732	14	3.8	13	82	15	66	55	0	0	44	0.99
28011127--28011193	7	9.1	7	75	15	55	62	0	1	35	1.04
28011115--28011187	22	3.3	21	73	19	60	61	0	2	35	1.10
28011030--28011188	20	7.8	20	71	20	91	61	0	5	32	1.22
28011030--28011200	19	9.2	19	73	21	100	62	0	4	32	1.20
28011127--28011242	52	2.2	54	85	7	152	64	0	1	32	1.09
28012840--28013394	205	2.7	206	90	2	866	28	20	18	32	1.96
28025172--28025220	14	3.8	13	82	15	66	55	0	0	44	0.99
28030081--28030136	21	2.7	21	88	0	85	26	8	35	28	1.87

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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