genome.fa.s10.2.7.7.80.10.50.1000.67.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr6
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  56482370

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   

This is table  67  of  172  ( 20562 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21999780--21999935	82	1.9	81	88	3	233	26	15	28	29	1.96
21999776--21999956	82	2.2	81	83	2	229	27	15	27	29	1.96
22008887--22008920	17	2.1	17	88	5	52	58	0	0	41	0.98
22010414--22010471	24	2.3	26	77	11	68	53	3	3	39	1.35
22022119--22022784	221	3.0	221	95	0	1197	25	16	29	28	1.97
22025998--22026030	17	2.0	17	94	5	59	36	15	0	48	1.45
22029722--22029776	22	2.4	23	81	6	67	69	3	0	27	1.05
22029984--22030052	28	2.5	27	75	13	68	26	2	5	65	1.29
22030047--22030094	19	2.6	19	80	3	62	39	2	2	56	1.23
22044951--22044988	6	6.3	6	96	0	67	31	0	65	2	1.06
22045340--22045384	23	2.0	23	82	8	56	51	2	2	44	1.26
22048735--22048885	43	3.5	42	77	8	137	29	24	19	26	1.99
22052581--22052796	49	4.5	49	73	10	187	25	28	20	25	1.99
22054762--22054964	75	2.7	75	80	1	228	38	19	17	24	1.93
22056490--22056771	48	5.9	48	86	0	393	27	19	24	28	1.98
22056490--22056733	96	2.5	96	98	0	470	28	19	23	28	1.98
22059101--22059189	32	2.8	32	75	13	83	29	6	24	39	1.81
22059332--22059400	26	2.6	27	79	6	79	30	11	24	33	1.91
22067770--22067794	12	2.1	12	100	0	50	52	16	0	32	1.44
22068478--22068509	7	4.6	7	96	0	55	46	15	21	15	1.83
22068956--22069133	88	2.0	88	90	4	279	26	12	14	46	1.80
22071348--22071372	5	5.0	5	100	0	50	60	0	0	40	0.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22078773--22078817	21	2.1	21	87	0	63	44	6	6	42	1.57
22078812--22078852	22	1.9	22	90	5	66	26	14	7	51	1.69
22078964--22078996	17	1.9	17	93	0	57	42	12	3	42	1.57
22096438--22096740	40	7.6	40	89	2	396	27	28	20	24	1.99
22101967--22102221	138	1.8	138	88	1	386	26	22	18	33	1.96
22102072--22102795	94	7.8	93	78	6	652	27	20	18	32	1.96
22102036--22102503	44	10.1	44	65	17	155	27	22	19	31	1.98
22102810--22102917	44	2.5	44	81	6	112	30	23	13	32	1.93
22102731--22103211	138	3.5	136	81	4	518	29	18	17	34	1.93
22103135--22103340	90	2.2	94	81	6	226	28	20	19	31	1.97
22116986--22117044	26	2.3	26	82	8	68	40	3	1	54	1.27
22116980--22117044	27	2.4	26	82	5	76	43	4	1	50	1.32
22120918--22121004	44	2.0	44	90	0	138	19	18	31	31	1.96
22124853--22124907	26	2.1	26	89	0	83	38	7	27	27	1.83
22127197--22127237	21	2.0	21	95	0	73	41	9	19	29	1.83
22129494--22129533	17	2.3	18	86	4	55	20	25	40	15	1.90
22132542--22132648	30	3.6	30	66	9	92	38	7	28	26	1.83
22133373--22133522	67	2.2	67	81	8	171	32	17	28	21	1.96
22133397--22133580	67	2.8	64	77	8	194	29	17	29	22	1.97
22141739--22141807	26	2.7	26	93	0	111	24	39	14	21	1.91
22141741--22141824	26	3.2	26	86	3	80	27	35	13	23	1.92
22146770--22146897	60	2.2	58	80	9	150	43	13	4	38	1.65
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22148995--22149123	27	4.8	27	85	9	158	36	23	22	17	1.95
22148984--22149123	54	2.6	54	89	3	212	36	24	22	17	1.94
22150650--22150783	60	2.2	62	95	2	245	59	14	6	18	1.57
22152268--22152491	44	5.1	44	87	3	270	24	28	16	31	1.96
22152453--22152642	88	2.2	87	92	0	308	26	29	17	26	1.98
22152657--22154042	138	10.0	138	93	0	2324	29	21	16	31	1.96
22157959--22158025	19	3.5	19	91	0	107	41	16	19	22	1.90
22157969--22158027	5	12.0	5	73	22	54	40	18	18	22	1.91
22157988--22158041	24	2.2	24	83	6	65	38	16	24	20	1.92
22157959--22158042	38	2.2	38	82	4	107	41	15	21	21	1.90
22161619--22161648	11	2.6	11	94	5	51	80	3	6	10	1.01
22161690--22161722	13	2.4	14	90	5	50	0	9	6	84	0.76
22163162--22163321	26	6.2	26	91	0	266	36	25	7	30	1.84
22169432--22169457	13	2.0	13	100	0	52	38	0	15	46	1.46
22170034--22170095	11	6.3	10	74	18	51	69	4	0	25	1.08
22170034--22170096	9	6.6	9	76	20	65	68	4	0	26	1.10
22172255--22172499	121	2.0	121	98	0	472	30	15	25	28	1.95
22176678--22176736	29	2.0	29	100	0	118	44	13	6	35	1.71
22179171--22179228	28	2.0	30	87	12	86	25	3	12	58	1.49
22180180--22180223	18	2.4	18	85	7	54	63	6	2	27	1.31
22180672--22180712	17	2.4	18	76	12	50	68	0	0	31	0.90
22180800--22180890	28	3.2	29	75	12	80	32	3	1	62	1.18
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22197754--22197874	39	3.1	38	87	4	179	20	27	20	31	1.98
22204866--22204902	19	1.9	19	94	0	65	32	13	18	35	1.90
22218337--22218467	57	2.3	57	81	3	158	27	18	29	24	1.98
22218339--22218467	28	4.6	28	75	5	118	26	18	30	24	1.98
22220532--22220758	40	5.7	40	84	6	239	27	20	25	26	1.99
22220528--22220758	80	2.9	80	81	7	281	26	20	26	26	1.99
22239204--22239236	3	11.0	3	93	0	57	63	0	3	33	1.10
22245972--22246099	57	2.3	57	82	4	152	30	17	27	24	1.97
22246007--22246099	28	3.3	28	77	7	89	29	19	26	24	1.98
22246057--22246112	28	2.0	28	89	0	85	26	21	26	25	1.99
22251266--22251402	46	3.0	46	85	0	184	25	29	9	35	1.88
22251376--22251567	47	4.1	47	87	0	249	25	29	11	32	1.92
22255950--22255980	12	2.6	12	94	0	53	25	29	6	38	1.81
22259705--22259887	91	2.0	91	98	0	357	32	18	7	41	1.79
22263355--22263438	42	2.0	42	95	0	150	21	15	34	28	1.94
22264424--22264577	76	2.0	75	88	3	229	33	16	17	32	1.93
22265146--22266172	85	12.3	85	88	8	1254	30	15	18	35	1.92
22265146--22266419	255	5.1	253	86	8	1309	30	15	18	35	1.92
22265600--22265990	74	5.2	73	81	9	453	30	16	19	33	1.94
22265896--22266161	91	3.0	91	90	1	394	31	15	16	37	1.89
22266003--22266473	165	2.8	168	83	7	571	32	16	18	32	1.93
22266096--22266235	74	1.9	75	84	1	192	33	16	18	31	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22266259--22266416	84	1.9	85	85	5	221	34	16	20	28	1.94
22266152--22266509	91	4.0	88	77	8	318	29	17	18	34	1.93
22267109--22267193	40	2.1	40	100	0	170	55	28	0	16	1.42
22277914--22277947	12	2.7	13	81	9	52	79	0	20	0	0.73
22278806--22278959	76	2.0	75	89	1	236	32	17	17	32	1.93
22278978--22279521	73	7.0	73	78	12	489	31	15	20	32	1.94
22279055--22280079	164	6.4	161	78	12	1003	31	16	18	33	1.93
22279374--22280002	238	2.6	237	86	6	796	32	15	18	33	1.93
22279680--22279928	90	2.8	90	91	2	396	31	16	18	34	1.92
22279447--22280248	328	2.5	328	93	3	1335	31	16	18	33	1.93
22279768--22280257	238	2.0	241	88	3	734	31	16	18	33	1.93
22279607--22280306	164	4.2	163	77	13	680	31	16	18	33	1.93
22280008--22280306	90	3.5	88	75	14	244	31	16	19	32	1.94
22280100--22280251	78	1.9	79	86	2	216	32	17	21	28	1.96
22281127--22281238	54	2.1	55	96	1	208	54	9	12	23	1.67
22281146--22281228	25	3.2	25	64	23	62	54	10	13	21	1.69
22282083--22282114	15	2.0	17	88	11	50	31	0	6	62	1.20
22282718--22282763	17	2.7	17	86	0	65	30	6	13	50	1.66
22284574--22284627	24	2.2	24	77	6	56	25	46	3	24	1.69
22286336--22286362	13	2.1	13	100	0	54	25	22	0	51	1.48
22286717--22286763	26	1.9	26	83	12	64	57	0	4	38	1.18
22287932--22287964	6	5.5	6	100	0	66	84	0	0	15	0.61
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22290418--22290630	106	2.0	106	84	5	279	32	16	12	38	1.86
22293650--22293680	16	1.9	16	93	0	53	61	9	0	29	1.28
22294395--22294442	15	3.3	14	80	8	60	52	10	0	37	1.36
22296317--22296358	15	2.8	15	81	0	57	61	2	4	30	1.29
22296738--22296792	22	2.5	21	82	8	74	43	0	12	43	1.42
22297749--22297993	87	2.8	87	77	10	264	20	22	21	35	1.96
22298102--22298210	43	2.5	44	81	3	139	18	24	22	34	1.96
22298090--22298255	45	3.8	44	76	7	140	20	24	20	34	1.96
22298319--22298737	44	9.5	44	72	12	322	19	22	23	34	1.96
22298315--22298829	88	5.8	88	95	0	852	19	22	23	34	1.96

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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