genome.fa.s10.2.7.7.80.10.50.1000.49.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr6
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  56482370

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
15969192--15969686	247	2.0	247	99	0	981	22	25	33	17	1.96
15973579--15973656	24	3.2	24	79	0	93	7	35	34	21	1.82
15973974--15974079	42	2.5	42	83	4	126	17	28	33	19	1.95
15974065--15974901	128	6.5	127	87	3	999	16	32	32	18	1.93
15973941--15974901	85	11.3	84	83	5	972	16	32	32	18	1.93
15973941--15974901	43	22.6	43	85	3	1024	16	32	32	18	1.93
15973941--15974901	128	7.5	125	84	5	943	16	32	32	18	1.93
15974784--15974960	43	4.1	42	77	11	155	15	27	37	19	1.91
15982729--15982781	23	2.3	23	96	0	97	7	32	43	16	1.76
15984145--15984186	16	2.6	16	88	0	57	9	40	28	21	1.84
15988755--15988860	42	2.5	42	84	4	135	18	28	33	19	1.96
15988840--15989462	43	14.6	43	86	2	776	17	34	31	16	1.92
15988840--15989462	128	4.9	128	85	3	797	17	34	31	16	1.92
15988840--15989462	85	7.3	85	86	4	758	17	34	31	16	1.92
15988847--15989462	213	2.9	213	83	3	765	17	34	31	16	1.92
16000622--16000697	24	3.2	24	78	0	80	10	36	31	21	1.87
16000996--16001719	43	17.0	42	85	3	771	17	33	31	17	1.94
16000996--16001719	128	5.7	128	83	5	813	17	33	31	17	1.94
16001115--16001719	85	7.1	85	86	4	774	17	34	31	16	1.93
16001120--16001719	213	2.8	212	85	5	816	17	34	31	16	1.93
16001817--16002205	43	9.1	43	79	7	382	15	32	33	19	1.93
16001817--16002205	85	4.6	84	78	9	394	15	32	33	19	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16001817--16002205	128	3.0	128	81	6	405	15	32	33	19	1.93
16002222--16002280	26	2.3	26	96	0	109	15	35	35	13	1.87
16005035--16005368	166	2.0	166	98	0	650	17	29	35	17	1.93
16011400--16011836	220	2.0	218	96	0	811	16	26	27	29	1.97
16021491--16021537	24	2.0	24	91	0	76	4	34	38	23	1.74
16021492--16021545	24	2.2	24	86	0	72	5	37	37	20	1.76
16021919--16022612	43	16.3	43	85	4	897	16	33	31	17	1.93
16021919--16022612	85	8.1	86	85	4	897	16	33	31	17	1.93
16021919--16022612	128	5.4	127	84	5	866	16	33	31	17	1.93
16021939--16022782	43	19.8	42	81	8	412	16	32	32	18	1.93
16021919--16022697	128	6.1	126	83	6	844	16	32	32	18	1.93
16021920--16022789	128	6.8	127	83	6	618	16	32	32	18	1.94
16021829--16022819	85	11.6	84	83	6	612	17	31	31	19	1.94
16025264--16025608	173	2.0	173	98	0	663	20	26	24	27	1.99
16028950--16029040	45	2.0	45	97	0	173	16	28	35	19	1.94
16032825--16033753	43	21.8	43	84	3	1060	17	32	32	17	1.93
16032825--16033753	128	7.3	128	84	4	1049	17	32	32	17	1.93
16032825--16033753	213	4.4	211	82	6	1025	17	32	32	17	1.93
16039802--16040359	279	2.0	279	97	0	1062	24	20	29	25	1.99
16042762--16042873	42	2.7	42	81	4	120	16	28	34	20	1.94
16042735--16043645	43	21.4	42	82	6	814	18	32	31	17	1.94
16042735--16043737	170	5.9	171	80	5	948	18	32	31	18	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16042859--16043648	213	3.7	210	81	4	858	18	33	30	17	1.94
16043448--16043730	43	6.6	42	81	7	150	17	30	32	19	1.95
16045026--16045109	42	2.0	42	97	0	159	38	22	16	22	1.93
16050938--16051459	181	2.9	181	94	0	886	18	25	28	28	1.98
16052255--16052294	13	3.1	13	88	0	62	10	27	37	25	1.88
16057750--16057825	39	1.9	39	97	0	143	30	7	38	23	1.83
16059073--16060001	128	7.3	128	84	3	1065	17	33	31	17	1.93
16059073--16060001	85	10.9	86	84	3	1069	17	33	31	17	1.93
16059073--16060001	43	21.8	43	84	3	1067	17	33	31	17	1.93
16058955--16060001	128	8.2	128	82	4	822	17	32	31	18	1.94
16058955--16060028	85	12.6	85	81	5	769	17	32	31	18	1.94
16059884--16060056	85	2.0	85	80	7	190	17	27	35	19	1.94
16060275--16060335	30	2.0	30	96	0	113	13	24	34	27	1.93
16063165--16063658	247	2.0	247	99	0	970	29	18	24	27	1.98
16066502--16066578	39	2.0	39	92	5	129	19	28	46	5	1.71
16069718--16069805	24	3.7	24	86	4	106	7	30	35	26	1.85
16069747--16069812	24	2.8	24	90	0	96	7	30	39	22	1.82
16069771--16069820	24	2.1	24	88	0	73	8	34	38	20	1.82
16070118--16070506	43	9.1	43	77	6	335	16	31	32	18	1.94
16070235--16070506	85	3.2	85	81	3	323	16	32	32	18	1.93
16071399--16071819	227	1.9	227	98	0	824	15	23	30	30	1.95
16076755--16076838	42	2.0	42	97	0	159	28	29	23	17	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16079292--16079397	42	2.5	42	83	7	128	16	27	34	20	1.95
16079270--16080171	43	21.2	43	84	4	999	16	33	33	17	1.92
16079335--16080171	128	6.5	128	85	4	985	16	33	33	16	1.91
16079377--16080171	85	9.3	86	87	3	998	15	34	32	16	1.91
16079377--16080263	128	6.9	128	85	4	956	16	33	33	17	1.92
16080146--16080243	43	2.3	43	85	1	126	13	29	36	20	1.91
16083264--16083386	46	2.7	46	92	0	201	19	19	29	31	1.96
16089009--16089042	10	3.4	10	91	0	50	8	41	29	20	1.82
16089705--16089825	58	2.1	59	90	4	192	32	23	19	24	1.98
16090437--16091306	43	20.5	42	82	5	760	16	32	32	18	1.94
16090485--16091310	85	9.7	87	80	9	766	16	32	32	18	1.93
16091013--16091340	43	7.7	43	81	8	235	15	30	34	19	1.93
16092179--16092353	91	1.9	91	92	0	296	12	29	28	30	1.92
16096085--16096176	41	2.2	41	92	0	148	14	35	44	5	1.68
16099006--16099120	58	2.0	58	91	0	185	34	21	18	25	1.96
16108620--16108702	43	1.9	43	80	9	98	20	31	30	18	1.96
16110075--16110139	25	2.6	25	95	0	112	20	35	10	33	1.87
16110577--16110602	10	2.6	10	100	0	52	7	11	19	61	1.53
16133022--16133184	75	2.2	77	84	4	215	28	30	15	25	1.96
16147582--16148017	85	5.1	85	76	8	370	21	29	30	18	1.97
16147594--16148000	43	9.6	43	75	7	328	20	30	30	18	1.97
16147594--16148000	128	3.2	127	83	1	492	20	30	30	18	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16147988--16148123	43	3.2	43	78	6	150	23	30	27	18	1.97
16152128--16152206	29	2.7	29	86	5	106	27	32	15	24	1.95
16173149--16173462	42	7.4	42	73	6	229	21	30	31	17	1.96
16173188--16173292	43	2.5	41	80	10	113	20	27	33	19	1.96
16173149--16173423	85	3.2	84	71	10	213	20	30	31	17	1.95
16174640--16174722	40	2.1	40	95	0	148	34	1	19	44	1.58
16175717--16175809	38	2.4	38	87	3	134	19	20	25	34	1.96
16176421--16176453	16	1.9	18	88	11	52	24	9	15	51	1.72
16176677--16176781	43	2.4	43	90	0	165	18	35	27	19	1.94
16182815--16183196	189	2.0	188	85	3	518	32	24	20	21	1.98
16188168--16188203	15	2.4	15	95	0	63	30	33	19	16	1.94
16191774--16191889	59	2.0	59	94	0	205	34	14	22	28	1.94
16199593--16199754	26	6.2	26	92	0	270	33	6	24	35	1.80
16201305--16201460	41	3.8	41	89	6	235	28	22	20	28	1.98
16202999--16203023	13	1.9	13	100	0	50	68	24	0	8	1.16
16208670--16208732	33	1.9	32	90	3	99	39	25	9	25	1.86
16208946--16209338	41	9.6	41	99	0	777	26	22	21	29	1.99
16213132--16213167	18	2.0	18	88	0	54	44	8	13	33	1.74
16214575--16214599	12	2.1	12	100	0	50	16	8	16	60	1.58
16215735--16215838	55	1.9	55	84	4	138	18	33	25	23	1.96
16218302--16218721	48	8.7	46	69	18	193	27	20	29	22	1.98
16218351--16218669	92	3.3	93	73	15	351	27	18	29	24	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16218269--16218664	197	2.0	197	99	1	776	27	19	29	23	1.98
16225233--16225257	12	2.1	12	100	0	50	16	8	16	60	1.58
16225968--16226371	47	8.6	47	72	12	285	29	20	27	22	1.98
16225968--16226514	94	5.8	94	81	7	596	29	19	28	22	1.98
16228179--16228324	35	4.2	34	73	5	85	28	10	20	40	1.86
16257820--16258083	46	5.6	46	77	12	175	28	17	30	23	1.97
16257817--16258083	94	2.9	94	78	10	282	27	17	30	23	1.97
16259322--16259488	43	3.9	41	80	7	147	25	21	25	26	2.00
16259351--16259488	42	3.2	43	77	12	149	25	21	26	26	1.99
16259337--16259496	86	1.9	86	86	3	234	24	21	26	26	1.99

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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