genome.fa.s10.2.7.7.80.10.50.1000.74.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr6
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  56482370

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24472018--24472155	46	3.0	46	80	7	138	26	30	9	33	1.88
24472082--24472199	47	2.5	47	94	0	200	26	29	11	32	1.92
24478356--24478752	40	9.9	40	93	2	622	26	28	21	22	1.99
24479616--24479726	37	3.0	37	93	0	177	29	32	16	21	1.95
24479616--24479754	37	3.8	37	86	1	136	28	30	16	24	1.96
24479616--24479754	74	1.9	74	83	0	179	28	30	16	24	1.96
24479900--24480045	46	3.1	46	80	5	159	27	28	7	36	1.84
24480024--24480230	47	4.4	47	92	0	342	24	30	14	29	1.95
24480156--24480230	22	3.3	22	64	29	57	25	30	13	30	1.94
24482115--24482576	45	10.5	45	67	16	256	31	15	27	25	1.96
24482134--24482267	39	3.3	39	73	19	146	33	16	26	23	1.95
24482162--24482289	39	3.1	39	71	20	134	29	16	28	25	1.97
24482103--24482576	90	5.4	90	89	2	587	30	15	27	26	1.96
24483919--24483975	29	2.0	29	92	0	96	31	0	1	66	1.02
24484009--24484146	23	6.3	23	75	18	93	33	1	0	64	1.08
24484014--24484146	5	26.6	5	72	24	95	33	1	0	64	1.08
24484008--24484146	35	4.0	35	81	10	153	33	1	0	64	1.07
24484008--24484144	7	19.1	7	71	23	99	32	1	0	64	1.07
24484456--24484498	17	2.6	17	81	3	52	20	2	9	67	1.30
24484521--24484569	18	2.6	19	75	12	57	22	0	10	67	1.20
24504271--24504302	14	2.2	15	94	5	57	78	0	3	18	0.89
24508719--24508750	5	6.6	5	92	7	57	81	0	0	18	0.70
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24508720--24508750	9	3.3	9	95	4	53	80	0	0	19	0.71
24513901--24513945	21	2.0	24	83	12	60	37	8	0	53	1.32
24517562--24517604	18	2.4	18	81	14	61	46	4	9	39	1.57
24518072--24518197	28	4.5	28	95	1	209	26	13	28	31	1.94
24528651--24528733	43	1.9	43	82	4	105	24	20	2	53	1.58
24540777--24540859	30	2.8	30	92	0	130	27	19	24	28	1.98
24540828--24540931	36	2.9	36	88	0	127	30	13	24	31	1.93
24545466--24545492	13	2.1	13	100	0	54	29	22	14	33	1.94
24549618--24549660	23	1.9	22	85	4	59	27	4	6	60	1.43
24553303--24553347	19	2.3	20	85	7	58	26	17	6	48	1.72
24555419--24555476	29	2.0	28	83	9	73	27	32	8	31	1.87
24561561--24561851	43	6.6	43	71	13	180	30	17	23	28	1.97
24561561--24561856	84	3.4	83	75	14	306	31	17	22	28	1.97
24561645--24561819	93	1.8	95	81	7	221	32	18	22	26	1.97
24561556--24561901	181	1.9	181	88	1	523	32	18	21	26	1.97
24561826--24561966	44	3.2	44	76	3	131	34	21	17	26	1.96
24564021--24564063	23	1.9	22	85	4	59	27	4	6	60	1.43
24570225--24570282	21	2.8	20	84	5	80	17	20	43	18	1.89
24575259--24575295	19	2.0	19	89	5	58	16	35	37	10	1.83
24577538--24577660	46	2.7	46	87	2	167	31	19	26	21	1.97
24593051--24593200	43	3.5	43	80	5	169	28	16	22	33	1.95
24593054--24593216	86	1.9	85	82	3	202	28	15	23	32	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24604092--24604269	27	6.6	27	84	3	205	29	28	15	26	1.96
24604113--24604268	82	1.9	81	88	3	233	29	28	15	26	1.96
24609408--24609472	32	2.0	32	96	0	121	36	20	23	20	1.95
24610418--24610449	13	2.5	13	94	0	55	18	12	3	65	1.38
24610349--24610526	90	2.0	90	85	2	241	26	16	19	37	1.92
24610446--24610599	76	2.0	77	88	1	229	29	16	19	34	1.94
24612493--24612686	3	64.7	3	88	8	281	31	1	1	65	1.09
24612788--24612821	9	3.8	9	88	0	50	41	2	0	55	1.15
24612651--24612968	149	2.2	140	79	11	356	32	4	5	58	1.39
24612988--24613014	3	9.0	3	100	0	54	33	0	0	66	0.92
24613176--24613224	22	2.3	22	82	3	64	22	10	8	59	1.56
24613216--24613309	3	32.3	3	75	10	72	27	7	0	64	1.20
24613391--24613424	12	2.8	12	90	0	50	44	8	2	44	1.50
24617241--24617298	30	2.0	29	82	3	71	43	1	22	32	1.64
24617966--24618008	16	2.5	19	75	25	58	20	4	2	72	1.14
24617954--24618019	29	2.3	29	84	12	91	21	6	3	69	1.24
24620174--24620202	14	2.0	15	93	6	51	27	0	20	51	1.47
24621325--24621481	43	3.7	41	71	15	113	25	17	27	29	1.98
24627823--24628510	343	2.0	343	99	0	1358	34	18	17	29	1.94
24629796--24629852	30	1.9	30	85	0	78	24	36	29	8	1.86
24635395--24635792	44	8.6	44	66	15	144	30	19	19	30	1.97
24635438--24635837	94	4.3	94	94	0	656	29	20	19	31	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24635205--24635604	138	2.9	137	75	7	389	30	18	20	30	1.96
24635566--24635803	44	5.1	44	67	22	164	30	19	20	29	1.97
24638015--24638077	21	3.1	21	71	13	69	12	25	23	38	1.90
24637997--24638077	39	2.1	39	92	0	135	13	27	23	35	1.92
24638012--24638092	39	2.1	39	88	0	117	13	25	25	34	1.93
24639130--24639167	19	2.0	20	90	10	62	65	28	0	5	1.14
24640615--24640654	15	3.0	13	86	13	55	25	7	0	67	1.16
24640631--24640673	16	2.5	19	75	25	58	20	4	2	72	1.14
24640619--24640684	29	2.3	29	82	12	82	22	6	1	69	1.19
24647302--24647328	13	2.1	13	100	0	54	70	0	22	7	1.12
24650838--24651354	132	3.9	132	82	5	582	35	18	18	27	1.95
24654879--24654977	30	3.3	30	89	0	144	25	48	7	19	1.74
24666699--24666732	12	2.7	13	81	9	52	79	0	20	0	0.73
24667739--24667783	13	3.4	13	84	6	63	15	8	6	68	1.36
24667666--24668046	100	3.9	99	80	10	430	25	16	19	38	1.92
24667953--24668478	73	7.2	72	80	6	558	30	15	20	34	1.93
24668015--24668462	146	3.1	146	93	0	770	30	15	20	33	1.94
24668556--24668588	14	2.4	14	94	0	57	18	12	6	63	1.48
24668453--24668943	91	5.3	90	75	13	351	26	16	17	38	1.91
24668411--24668744	182	1.8	179	85	5	467	28	17	19	34	1.95
24668657--24668845	101	1.8	102	88	5	292	29	15	16	38	1.90
24668783--24669010	87	2.6	87	79	4	237	31	15	19	33	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24669625--24669932	30	10.3	30	93	2	505	22	48	6	22	1.73
24675608--24675666	30	1.9	31	90	10	95	42	23	13	20	1.88
24676150--24676174	5	5.0	5	100	0	50	20	0	0	80	0.72
24676142--24676237	19	5.3	18	74	13	72	28	2	1	68	1.07
24676182--24676228	20	2.3	20	82	17	62	29	2	0	68	1.02
24676142--24676246	21	5.1	19	66	27	54	27	1	0	69	1.05
24676258--24676298	13	3.1	13	82	6	55	60	7	0	31	1.24
24681975--24682014	16	2.5	16	84	11	55	20	27	0	52	1.46
24686878--24686992	44	2.6	44	80	2	131	35	12	23	28	1.91
24686878--24687011	46	3.0	45	77	4	126	35	12	24	27	1.92
24688944--24689001	15	3.8	15	86	2	80	51	10	0	37	1.36
24690256--24690288	5	6.4	5	96	3	57	57	0	0	42	0.98
24690311--24690339	8	3.6	8	100	0	58	62	0	0	37	0.96
24692215--24692310	3	31.7	3	79	6	104	30	5	2	62	1.28
24717328--24717353	13	2.0	13	100	0	52	15	30	30	23	1.95
24723942--24724013	34	2.1	34	89	5	110	26	22	20	30	1.98
24735180--24735205	5	5.2	5	100	0	52	38	19	19	23	1.93
24743552--24743623	36	2.0	36	100	0	144	30	22	19	27	1.98
24743859--24743892	16	2.1	16	88	0	50	76	5	5	11	1.14
24758203--24758232	12	2.5	12	88	0	51	20	50	0	30	1.49
24771550--24771696	44	3.4	42	81	7	145	23	15	26	34	1.94
24771558--24771696	42	3.2	42	78	7	129	23	16	26	33	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24780548--24780632	41	2.0	42	86	2	118	30	11	22	35	1.90
24780532--24780629	41	2.3	44	77	11	116	28	10	23	37	1.87
24780945--24781176	56	4.1	56	99	0	455	45	9	22	22	1.80
24783068--24783143	38	2.0	38	97	0	143	30	14	23	31	1.94
24784332--24784476	40	3.6	40	85	4	193	25	24	26	23	2.00
24784757--24784880	61	2.0	61	98	0	239	29	19	15	36	1.92
24784961--24785028	34	2.0	34	100	0	136	23	35	14	26	1.94
24785321--24785388	34	2.0	34	97	0	127	29	16	36	17	1.92
24796090--24796267	27	6.6	27	84	3	187	30	28	14	26	1.95
24796111--24796266	82	1.9	81	88	3	233	30	28	14	26	1.95

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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