genome.fa.s10.2.7.7.80.10.50.1000.77.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr6
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  56482370

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
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          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25545558--25545640	27	3.1	27	84	6	89	42	21	18	18	1.90
25546254--25546393	27	5.2	26	85	3	163	27	20	15	36	1.93
25546378--25546481	27	3.9	27	70	5	84	32	8	23	35	1.85
25552665--25552726	29	2.1	29	84	0	79	19	32	27	20	1.97
25552797--25552977	55	3.3	55	94	0	301	20	20	30	28	1.97
25559248--25559460	47	4.6	45	79	11	218	26	18	30	24	1.98
25559248--25559460	94	2.3	91	83	7	252	26	18	30	24	1.98
25560423--25560448	13	2.0	13	100	0	52	23	15	23	38	1.92
25561779--25561899	24	5.0	24	84	12	158	28	21	19	30	1.98
25561800--25561898	47	2.1	47	90	7	155	29	20	19	31	1.97
25561953--25562015	20	3.2	20	93	0	108	30	19	12	38	1.89
25562052--25562099	25	1.9	25	86	0	69	25	16	25	33	1.96
25570455--25570679	40	5.7	40	86	5	296	24	22	28	25	2.00
25570455--25570712	119	2.2	119	81	6	283	25	21	27	24	1.99
25574709--25574737	14	2.0	15	93	6	51	51	20	0	27	1.47
25575042--25575070	14	2.0	15	93	6	51	27	0	20	51	1.47
25576178--25576309	45	3.0	44	77	13	130	22	15	26	34	1.95
25588966--25589222	40	6.4	40	84	4	333	27	28	21	23	1.99
25588966--25589222	80	3.2	80	92	2	403	27	28	21	23	1.99
25599179--25599350	93	1.8	93	91	2	283	27	29	20	22	1.99
25599171--25599346	46	3.8	46	76	11	189	28	28	20	22	1.98
25599222--25599365	46	3.1	45	68	17	107	29	29	19	20	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25604070--25604138	34	2.0	34	100	0	138	14	28	8	47	1.74
25607471--25607532	30	2.1	29	90	3	97	32	24	16	27	1.96
25617444--25617829	193	2.0	193	99	0	763	41	18	5	34	1.75
25619038--25619102	33	2.0	33	100	0	130	36	24	9	29	1.86
25623191--25623247	5	11.0	5	75	20	55	3	17	1	77	1.00
25623191--25623247	16	3.7	14	82	15	60	3	17	1	77	1.00
25623189--25623258	20	3.3	20	73	18	63	4	18	1	75	1.04
25624109--25624175	11	5.6	11	83	16	73	14	5	7	71	1.28
25624108--25624175	12	5.6	12	84	8	84	14	5	7	72	1.26
25625798--25625882	30	2.8	30	78	0	98	29	16	24	29	1.97
25629271--25629331	20	3.0	20	92	0	104	34	11	21	32	1.89
25629388--25629531	24	6.1	23	95	2	234	28	22	20	28	1.99
25629388--25629531	47	3.1	47	93	3	245	28	22	20	28	1.99
25629746--25629809	31	2.1	31	87	0	92	39	14	21	25	1.91
25632368--25632431	30	2.2	29	94	2	110	35	23	15	25	1.94
25638305--25638457	40	3.8	40	91	2	236	30	21	25	22	1.99
25642280--25642415	70	1.9	70	93	0	236	22	13	27	36	1.92
25642346--25642819	258	1.8	258	97	0	903	29	16	24	30	1.96
25645797--25646113	40	7.9	40	91	1	492	26	20	29	23	1.99
25647912--25648078	46	3.6	46	77	12	162	23	19	26	31	1.98
25647902--25648073	93	1.8	93	86	2	247	23	19	27	30	1.98
25648303--25648340	19	2.0	20	85	15	53	36	0	23	39	1.55
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25649453--25649514	28	2.2	28	91	0	97	29	8	30	32	1.86
25650584--25650616	12	2.6	13	85	9	50	45	0	45	9	1.35
25652626--25652695	29	2.4	28	75	17	70	32	20	1	45	1.60
25659494--25659670	27	6.5	27	84	3	185	26	14	28	29	1.95
25659494--25659649	82	1.9	81	87	6	226	26	14	28	29	1.95
25659490--25659670	82	2.2	81	82	4	222	27	14	28	29	1.96
25663643--25663686	19	2.5	17	82	10	52	52	0	9	38	1.33
25666054--25666111	20	2.9	20	97	0	107	34	12	20	32	1.90
25666058--25666111	11	5.3	11	70	17	53	35	12	20	31	1.90
25666162--25666234	23	3.1	23	92	3	119	28	20	19	31	1.97
25666161--25666255	24	4.0	24	86	6	131	28	21	21	29	1.98
25669227--25669268	21	2.0	21	100	0	84	38	4	14	42	1.66
25669336--25669448	20	5.2	20	67	21	59	14	32	17	35	1.90
25669346--25669403	28	2.1	28	96	0	107	13	29	18	37	1.90
25669374--25669479	40	2.7	40	89	2	160	16	32	17	33	1.92
25669380--25669478	20	4.9	20	74	4	83	14	32	19	34	1.91
25669945--25670005	29	2.1	29	100	0	122	36	9	13	40	1.77
25671168--25671222	29	1.9	28	92	3	92	20	18	25	36	1.94
25673032--25673091	23	2.6	23	94	0	102	25	21	16	36	1.94
25673008--25673131	23	5.3	23	80	8	94	28	21	16	33	1.95
25675307--25675563	140	1.8	140	92	0	433	36	17	15	31	1.91
25680161--25680211	27	1.9	26	88	4	75	19	25	17	37	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25682277--25682352	38	2.0	38	100	0	152	39	10	28	21	1.86
25682290--25682352	21	3.2	21	69	17	71	38	11	28	22	1.88
25687375--25687426	27	2.0	26	84	3	68	17	26	21	34	1.95
25687465--25687524	27	2.3	26	85	2	75	21	23	20	35	1.96
25697757--25697799	18	2.4	18	77	14	52	46	6	9	37	1.63
25698244--25698477	56	4.2	56	89	2	303	26	13	28	31	1.94
25698269--25698477	28	7.5	28	93	1	314	26	13	28	31	1.94
25705921--25705963	18	2.4	18	77	14	52	46	6	9	37	1.63
25706408--25706502	27	3.4	28	86	5	104	24	12	28	34	1.92
25706433--25706502	27	2.5	28	93	2	115	25	12	28	32	1.93
25706433--25706515	27	3.0	27	84	5	87	28	12	25	33	1.92
25714648--25714825	27	6.6	27	77	6	137	30	28	15	25	1.96
25714648--25714825	54	3.3	54	78	7	164	30	28	15	25	1.96
25719178--25719225	15	3.4	14	75	13	53	33	10	14	41	1.80
25719167--25719225	28	2.1	29	90	3	93	32	8	15	44	1.76
25719167--25719225	29	2.1	28	90	3	91	32	8	15	44	1.76
25723866--25723971	27	3.9	26	77	8	95	17	25	20	35	1.95
25733524--25733552	9	3.3	9	95	4	51	0	24	0	75	0.80
25738000--25738147	63	2.3	63	81	12	174	23	28	16	31	1.96
25738056--25738184	68	1.9	68	82	6	163	24	28	16	30	1.96
25739877--25740042	40	4.2	40	90	0	253	27	26	21	24	1.99
25742127--25742182	29	2.0	28	82	3	67	30	21	8	39	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25745106--25745138	11	3.2	11	87	12	52	54	0	12	33	1.37
25745591--25745679	38	2.3	38	84	3	108	17	14	24	42	1.87
25746109--25746158	23	2.2	23	100	0	100	32	4	22	42	1.72
25746474--25746499	12	2.2	12	100	0	52	23	30	30	15	1.95
25760105--25760213	37	2.9	37	93	0	182	28	31	17	22	1.97
25760359--25761416	48	22.0	48	97	1	1994	31	26	6	35	1.82
25763792--25763888	28	3.4	30	72	9	87	26	32	18	21	1.97
25764049--25764313	43	6.2	43	91	0	413	30	32	23	12	1.92
25765656--25765746	45	2.0	45	97	0	173	21	31	16	29	1.95
25766808--25766877	35	2.0	35	88	0	104	35	15	18	30	1.92
25770622--25770854	120	1.9	119	89	0	358	30	10	21	37	1.87
25773358--25773496	57	2.4	57	80	4	147	29	22	16	31	1.96
25775106--25775330	47	4.7	48	81	6	237	24	31	15	28	1.96
25775112--25775330	93	2.3	95	81	9	243	24	31	15	27	1.95
25786992--25787026	18	1.9	18	88	11	54	22	22	0	54	1.45
25787903--25787993	12	6.8	13	70	21	55	6	13	4	75	1.14
25787947--25787992	12	3.9	12	80	5	58	4	8	4	82	0.93
25787949--25787991	11	3.8	11	84	6	59	4	6	4	83	0.89
25787900--25787993	43	2.3	40	79	12	104	7	13	4	74	1.18
25787933--25788019	28	3.2	27	80	12	72	10	10	4	74	1.20
25787998--25788030	10	3.0	11	91	8	50	15	3	9	72	1.21
25789340--25789422	30	2.7	30	81	9	89	13	21	1	63	1.35
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25789373--25789428	18	3.1	18	76	5	51	7	19	1	71	1.18
25789398--25789422	12	2.1	12	100	0	50	8	16	0	76	1.02
25789425--25789455	12	2.6	12	100	0	62	25	16	12	45	1.83
25789503--25789565	5	12.0	5	80	15	58	4	17	3	74	1.12
25793786--25793941	78	2.0	78	98	0	303	28	20	22	28	1.98
25794088--25794170	30	2.7	30	81	9	89	13	21	1	63	1.35
25794121--25794176	18	3.1	18	76	5	51	8	19	1	69	1.24
25794146--25794170	12	2.1	12	100	0	50	8	16	0	76	1.02
25794241--25794292	21	2.4	21	87	3	77	3	15	0	80	0.85
25794252--25794296	6	8.2	6	79	18	53	2	17	0	80	0.82

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