genome.fa.s10.2.7.7.80.10.50.1000.86.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr6
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  56482370

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   

This is table  86  of  172  ( 20562 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28665734--28665770	16	2.3	16	86	13	58	40	0	0	59	0.97
28665782--28665837	22	2.6	22	83	5	62	51	0	0	48	1.00
28668816--28669092	48	5.8	48	82	0	284	31	24	17	26	1.97
28668816--28669092	144	1.9	144	84	0	374	31	24	17	26	1.97
28673302--28673480	27	6.6	27	83	3	207	26	15	27	30	1.96
28673304--28673459	82	1.9	81	88	3	233	26	15	28	29	1.96
28673300--28673480	82	2.2	81	82	2	229	27	14	27	30	1.95
28678700--28678783	40	2.1	40	100	0	168	35	17	16	29	1.93
28678749--28679072	48	7.0	48	77	8	303	29	22	19	28	1.98
28684760--28684797	20	1.9	20	88	0	58	52	0	0	47	1.00
28687798--28687827	2	15.0	2	100	0	60	0	0	50	50	1.00
28711124--28711264	27	5.2	27	78	11	155	18	24	22	34	1.96
28711121--28711264	54	2.7	54	89	2	209	18	24	22	34	1.96
28711124--28711282	27	5.9	26	80	10	133	19	24	21	34	1.96
28714582--28714610	11	2.5	12	94	5	51	6	13	13	65	1.45
28717594--28717742	74	2.0	74	98	0	289	37	10	12	39	1.77
28719119--28719259	70	2.0	71	98	1	275	36	8	18	36	1.81
28719601--28719744	72	2.0	72	98	0	279	31	13	25	29	1.93
28724685--28724713	14	2.1	14	100	0	58	37	13	13	34	1.85
28726840--28726886	24	2.0	24	83	8	60	59	0	4	36	1.17
28726865--28726910	20	2.4	19	85	7	67	71	0	4	23	1.03
28726877--28726919	19	2.3	18	80	11	50	76	0	9	13	1.01
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28726948--28726988	11	3.5	12	83	12	50	78	0	21	0	0.76
28740219--28740288	29	2.5	29	79	6	83	10	35	8	45	1.68
28742510--28742551	4	10.0	4	85	14	50	76	0	2	21	0.90
28748090--28748123	14	2.4	14	90	0	50	35	2	20	41	1.68
28749808--28750132	48	6.8	47	78	5	262	28	18	28	23	1.98
28749803--28750131	144	2.3	144	82	2	392	27	18	29	24	1.98
28751246--28751285	21	1.9	21	84	0	53	12	32	30	25	1.92
28751725--28751768	15	2.9	15	89	0	70	11	13	13	61	1.57
28754856--28754941	45	1.9	44	90	6	138	24	13	24	37	1.92
28761346--28761413	6	12.0	6	75	12	63	75	5	0	19	1.01
28761346--28761413	23	3.0	23	80	2	75	75	5	0	19	1.01
28762846--28762879	18	1.9	17	94	5	59	73	0	11	14	1.10
28762926--28762960	17	2.0	18	88	5	54	68	0	0	31	0.90
28766953--28767180	46	5.0	46	92	1	332	38	14	24	21	1.92
28767459--28767512	15	3.4	17	72	12	51	50	3	18	27	1.64
28770844--28771017	85	2.0	85	82	2	206	29	18	17	34	1.94
28775092--28775141	20	2.5	20	90	0	82	44	24	18	14	1.86
28775332--28775358	13	2.1	13	100	0	54	33	0	22	44	1.53
28782518--28782577	4	15.0	4	82	6	77	26	1	25	46	1.62
28784118--28784161	22	2.0	22	90	0	70	36	22	22	18	1.95
28800826--28800953	43	3.0	42	77	7	132	32	25	15	26	1.95
28808673--28808700	10	2.8	10	100	0	56	57	10	0	32	1.33
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28809987--28810055	35	2.0	35	97	0	129	43	11	13	31	1.79
28817166--28817213	20	2.3	22	85	7	64	37	2	0	60	1.09
28817168--28817225	20	3.0	20	78	16	59	41	1	0	56	1.09
28817790--28817836	17	2.8	16	84	12	58	51	2	0	46	1.13
28817810--28817855	20	2.3	20	81	7	58	45	0	2	52	1.13
28818953--28819008	30	1.9	28	89	7	85	25	35	0	39	1.56
28819063--28819121	31	1.9	31	89	3	93	23	30	1	44	1.64
28823998--28824055	19	2.7	21	78	19	66	50	0	1	48	1.11
28824039--28824071	16	2.0	17	88	5	50	54	6	0	39	1.25
28824599--28824682	34	2.5	34	76	7	82	40	1	14	44	1.53
28824674--28824715	22	1.9	22	100	0	84	47	0	14	38	1.44
28824615--28824772	86	1.8	86	93	2	273	38	1	18	41	1.61
28828034--28828164	49	2.7	49	84	2	174	22	28	22	27	1.99
28829580--28829654	37	2.0	37	97	0	141	50	5	20	24	1.68
28836045--28836194	67	2.2	67	81	8	171	32	17	28	21	1.96
28836069--28836252	67	2.8	64	77	8	194	29	17	29	22	1.97
28838774--28838825	20	2.7	20	82	14	56	38	23	0	38	1.55
28841940--28841965	10	2.6	10	100	0	52	65	7	0	26	1.20
28841863--28842020	52	3.0	52	91	5	257	62	4	0	32	1.19
28842528--28842562	17	2.0	18	88	5	54	37	5	0	57	1.23
28845637--28845667	13	2.4	13	100	0	62	54	0	0	45	0.99
28849144--28849187	23	1.9	23	81	9	54	40	2	4	52	1.34
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28859280--28859451	93	1.8	93	96	0	317	27	29	21	20	1.98
28859273--28859448	46	3.8	46	79	12	216	28	29	21	20	1.98
28866856--28867027	93	1.8	93	96	0	317	27	29	21	20	1.98
28866849--28867024	46	3.8	46	79	12	216	28	29	21	20	1.98
28868934--28869059	48	2.7	48	87	2	184	30	19	23	26	1.98
28869081--28869197	46	2.6	44	81	11	123	28	20	27	23	1.99
28870397--28870435	21	1.9	21	94	5	71	10	38	30	20	1.86
28878641--28878800	38	4.2	38	86	3	214	30	24	22	23	1.99
28878611--28878771	76	2.1	78	89	2	245	32	24	20	21	1.97
28883630--28883789	38	4.2	38	86	3	214	30	24	22	23	1.99
28883600--28883760	76	2.1	78	89	2	245	32	24	20	21	1.97
28887899--28888065	47	3.5	46	80	9	169	27	19	29	23	1.98
28887899--28888074	50	3.7	48	76	13	161	27	19	28	23	1.98
28892126--28892192	34	1.9	35	85	8	93	44	11	23	19	1.84
28896789--28896855	34	1.9	36	85	8	95	43	11	25	19	1.85
28899495--28899624	64	2.0	65	95	1	235	26	15	16	41	1.88
28899512--28899611	30	3.2	30	64	15	76	24	17	17	42	1.89
28905520--28905693	56	3.1	56	69	18	180	40	4	6	48	1.49
28905556--28905732	50	3.3	50	70	17	165	38	5	6	49	1.52
28905511--28905759	112	2.2	112	98	0	480	40	4	6	48	1.49
28905855--28905902	26	2.0	22	84	15	60	43	6	10	39	1.64
28907169--28907207	20	1.9	21	84	5	53	20	0	10	69	1.17
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28911687--28911745	27	2.2	27	87	0	82	23	22	10	44	1.83
28914720--28914895	50	3.5	49	85	3	190	28	27	18	24	1.98
28916853--28916884	16	2.0	16	93	0	55	34	18	0	46	1.49
28917098--28917460	50	7.2	50	74	7	322	29	25	18	26	1.98
28917098--28917460	151	2.4	151	93	0	620	29	25	18	26	1.98
28917269--28917451	101	1.8	101	85	0	258	30	24	18	27	1.98
28917808--28917854	19	2.3	20	82	10	60	48	14	0	36	1.44
28927824--28928094	48	5.6	51	77	14	197	23	29	19	28	1.98
28927822--28928096	94	2.9	94	83	6	315	23	28	20	27	1.99
28927777--28928094	147	2.2	146	80	8	332	24	27	19	28	1.99
28930353--28930435	43	1.9	43	97	0	157	39	24	13	22	1.90
28934281--28934320	21	2.0	21	85	5	55	22	27	37	12	1.90
28935431--28935800	47	7.8	48	72	11	255	23	28	20	27	1.99
28939031--28939061	16	1.9	16	100	0	62	54	12	19	12	1.70
28942157--28942485	27	12.2	27	70	11	192	39	21	10	28	1.86
28942157--28942329	81	2.1	81	88	2	258	37	24	9	28	1.86
28942194--28942351	81	2.0	81	98	0	307	37	22	9	29	1.86
28942157--28942432	54	5.1	54	76	4	216	38	22	10	28	1.87
28942196--28942434	81	3.0	80	86	2	291	39	21	10	28	1.86
28942470--28942664	27	7.2	27	84	3	259	35	19	20	25	1.96
28942443--28942663	54	4.1	53	80	10	209	37	19	18	25	1.94
28942335--28942665	81	4.1	81	77	9	264	38	19	16	26	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28944920--28945236	27	11.8	26	74	4	166	38	21	11	28	1.89
28944920--28945213	108	2.7	108	78	7	310	38	21	11	28	1.89
28944920--28945153	54	4.3	54	76	7	217	38	21	11	28	1.88
28945065--28945388	81	4.0	78	81	9	242	35	19	17	26	1.94
28945165--28945387	27	8.3	27	89	2	315	34	20	19	24	1.96
28945590--28945659	25	2.8	25	95	0	122	28	25	21	24	1.99
28945590--28945684	25	3.8	25	86	6	113	29	24	22	24	1.99
28952398--28952443	13	3.5	13	87	0	56	2	23	45	28	1.65
28975587--28975625	16	2.5	16	87	4	62	58	0	12	28	1.34
28977903--28978065	42	3.8	42	80	8	147	30	26	17	25	1.97

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