genome.fa.s10.2.7.7.80.10.50.1000.58.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr6
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  56482370

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18898402--18898505	47	2.2	47	82	0	127	32	9	30	26	1.89
18899877--18899901	13	1.9	13	100	0	50	24	24	48	4	1.68
18901200--18901424	50	4.5	50	78	8	208	23	17	27	31	1.97
18908421--18908650	50	4.6	51	80	7	233	25	18	26	30	1.98
18916329--18916472	46	3.1	46	70	15	118	31	27	18	22	1.97
18916878--18916937	30	2.0	30	90	0	93	30	25	8	36	1.85
18921903--18921967	22	3.0	22	77	8	78	32	23	26	18	1.97
18922112--18922191	41	2.0	41	97	0	151	30	26	20	23	1.98
18922449--18922570	27	4.4	27	72	6	75	31	9	15	43	1.79
18923237--18923408	6	27.8	6	71	16	111	47	14	18	19	1.82
18923282--18923345	25	2.6	25	87	0	92	48	14	17	20	1.81
18923237--18923337	37	2.7	37	81	4	114	48	13	17	19	1.81
18923310--18923380	37	1.9	37	91	0	115	46	15	19	18	1.84
18923341--18923408	25	2.7	25	88	0	91	45	16	20	17	1.85
18923216--18923407	62	3.1	62	83	2	235	48	14	18	19	1.81
18923249--18923380	19	6.7	19	73	17	101	48	15	18	18	1.81
18923527--18923586	27	2.3	26	85	2	75	35	20	23	21	1.96
18923854--18924078	27	8.4	27	82	4	206	24	18	18	37	1.93
18923858--18924075	81	2.7	80	89	4	314	24	19	18	37	1.94
18924070--18924142	27	2.7	27	89	2	94	38	5	24	31	1.78
18924151--18924432	27	10.4	27	84	5	112	31	8	20	38	1.84
18924194--18924723	108	4.9	108	91	0	776	30	8	20	39	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18924195--18924723	27	19.6	27	86	0	691	30	8	20	39	1.83
18925581--18925641	27	2.3	27	86	11	81	22	8	19	49	1.75
18928580--18928644	22	3.0	22	80	8	78	32	23	23	21	1.98
18928786--18928908	41	3.0	41	89	0	174	26	29	21	22	1.99
18929146--18929507	27	13.4	27	79	6	261	30	9	18	40	1.84
18929146--18929507	80	4.5	80	76	4	260	30	9	18	40	1.84
18929457--18929513	26	2.1	27	93	3	98	35	12	19	33	1.89
18935644--18935792	42	3.5	43	76	11	146	32	23	15	28	1.95
18954233--18954394	40	4.1	40	88	4	222	24	26	23	25	2.00
18954218--18954390	79	2.2	80	85	6	228	24	25	22	27	2.00
18963556--18963668	40	2.8	40	89	4	167	25	29	22	23	1.99
18971237--18971382	40	3.7	38	83	8	168	27	26	21	24	1.99
18979683--18979845	27	6.1	26	81	9	168	41	20	17	20	1.91
18979683--18979845	53	3.1	54	84	1	186	41	20	17	20	1.91
18979683--18979818	27	5.1	27	85	8	172	41	20	17	19	1.90
18981475--18981504	15	1.9	16	93	6	53	63	6	3	26	1.35
18981730--18981847	28	4.1	28	91	1	155	27	12	29	30	1.93
18981722--18981847	29	4.4	29	89	1	166	26	13	29	30	1.94
18981730--18981847	57	2.1	56	85	9	159	27	12	29	30	1.93
18990963--18990999	18	2.1	18	94	0	65	18	16	18	45	1.85
18994039--18994231	27	7.2	26	82	6	183	40	19	16	23	1.90
18994039--18994231	54	3.6	54	81	2	226	40	19	16	23	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18994045--18994202	81	2.0	81	87	7	232	43	20	14	21	1.87
18994560--18994604	23	1.9	24	86	4	65	20	2	51	26	1.59
18997105--18997271	43	3.9	43	78	9	180	32	25	14	26	1.95
18997260--18997305	24	2.0	22	83	8	56	28	19	13	39	1.89
19005229--19005267	18	2.1	19	85	4	53	7	23	2	66	1.30
19005261--19005327	30	2.2	30	83	0	80	11	23	0	64	1.27
19005285--19005336	18	2.9	18	82	0	59	13	19	1	65	1.36
19005303--19005327	12	2.1	12	100	0	50	8	16	0	76	1.02
19005315--19005425	51	2.2	51	93	0	186	18	18	12	50	1.77
19005449--19005499	21	2.4	22	71	18	54	1	17	3	76	1.03
19006428--19006459	12	2.7	12	90	0	55	12	9	6	71	1.29
19010234--19010272	18	2.1	19	85	4	53	7	23	2	66	1.30
19010283--19010340	12	4.8	12	80	0	53	12	20	3	63	1.42
19010290--19010341	18	2.9	18	79	0	59	15	19	3	61	1.48
19010334--19010365	12	2.7	12	100	0	64	25	15	12	46	1.81
19010427--19010458	15	2.1	15	94	0	55	0	25	3	71	1.00
19011389--19011435	12	3.8	12	91	2	76	19	4	8	68	1.33
19011389--19011436	24	2.0	25	95	4	89	20	4	8	66	1.35
19012115--19012443	165	2.0	165	98	0	640	42	17	15	24	1.88
19013245--19013331	42	2.1	42	95	0	156	44	13	13	27	1.82
19015335--19015373	18	2.1	19	85	4	53	7	23	2	66	1.30
19015367--19015433	30	2.2	30	83	0	80	11	23	0	64	1.27
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19015391--19015442	18	2.9	18	82	0	59	13	19	1	65	1.36
19015409--19015433	12	2.1	12	100	0	50	8	16	0	76	1.02
19015502--19015557	5	11.0	5	75	17	53	1	16	3	78	0.97
19015502--19015564	16	4.2	14	80	13	72	1	15	4	77	1.01
19016481--19016515	12	2.8	12	95	4	61	17	5	8	68	1.35
19017145--19017343	99	2.0	99	97	0	371	34	18	22	25	1.96
19023287--19023370	23	3.6	22	66	13	60	25	17	14	42	1.87
19023294--19023390	48	2.0	48	97	0	185	28	16	14	40	1.88
19026846--19026883	20	1.9	20	88	0	58	21	10	31	36	1.87
19036994--19037164	46	3.7	46	78	6	173	29	16	28	24	1.97
19036994--19037207	94	2.3	94	79	1	223	29	18	28	23	1.98
19043123--19043289	45	3.7	45	88	0	226	28	20	28	22	1.99
19044566--19044604	21	1.9	21	94	5	71	15	38	25	20	1.92
19048078--19048182	39	2.6	39	86	5	122	24	22	27	24	2.00
19048038--19048201	40	4.1	40	80	12	169	25	23	27	24	2.00
19048038--19048188	79	1.9	80	82	6	191	25	23	27	23	2.00
19062714--19063066	47	7.4	47	93	1	553	32	8	30	28	1.87
19065846--19065942	40	2.4	40	86	3	106	28	16	27	26	1.97
19071322--19071441	48	2.5	48	98	0	231	37	20	0	42	1.52
19072939--19073580	320	2.0	320	100	0	1284	29	23	12	34	1.91
19077370--19077408	20	1.9	21	89	5	62	28	25	12	33	1.93
19077488--19077517	14	2.1	14	93	0	51	43	0	10	46	1.37
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19079347--19079390	19	2.4	19	85	7	56	50	0	9	40	1.34
19085732--19085756	13	1.9	13	100	0	50	24	4	32	40	1.73
19084322--19086145	911	2.0	912	96	0	3398	31	12	19	37	1.88
19093242--19093312	34	2.1	34	97	0	133	36	12	23	26	1.91
19095694--19095732	20	2.0	20	100	0	78	25	12	20	41	1.88
19098210--19098269	30	2.0	30	93	0	102	18	25	31	25	1.97
19098213--19098278	30	2.2	30	86	0	87	19	19	31	28	1.97
19107353--19107544	50	3.9	49	76	6	172	28	28	18	25	1.98
19112230--19112424	49	3.9	49	79	4	192	28	29	17	24	1.98
19112245--19112371	50	2.6	49	87	1	164	29	30	15	23	1.96
19112285--19112365	26	3.2	26	65	25	64	29	33	13	23	1.93
19121210--19121297	46	1.9	46	85	0	113	28	30	21	19	1.97
19128692--19128866	46	3.8	46	96	0	314	29	29	21	20	1.98
19133298--19134626	47	28.3	47	95	0	2255	32	26	7	33	1.84
19146062--19146197	71	1.9	71	95	0	245	26	15	27	30	1.96
19154400--19154574	51	3.5	51	87	6	241	26	14	29	28	1.95
19166363--19166420	22	2.6	22	72	22	57	17	5	12	65	1.43
19180074--19180131	26	2.2	26	90	0	89	34	12	12	41	1.79
19184643--19184680	16	2.3	17	90	4	60	65	21	0	13	1.26
19184892--19184920	14	2.0	15	93	6	51	37	27	0	34	1.57
19186506--19186541	18	2.0	18	94	0	63	25	16	19	38	1.92
19189027--19189076	26	1.9	26	87	0	73	26	26	16	32	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19205546--19205933	40	9.7	40	99	0	758	30	20	27	22	1.98
19212811--19212859	18	2.8	18	96	3	91	18	22	42	16	1.88
19212965--19213065	27	3.7	27	89	2	150	31	17	15	34	1.92
19219513--19219543	6	5.2	6	100	0	62	67	0	16	16	1.23
19227279--19227339	29	2.1	29	82	11	72	9	13	1	75	1.12
19227702--19227749	14	3.2	15	78	16	55	77	0	8	14	0.99
19232737--19232792	29	1.9	29	85	0	76	46	1	1	50	1.22
19233305--19233359	17	3.1	17	75	14	65	45	0	0	54	0.99
19233299--19233359	20	3.2	19	75	15	72	45	0	0	54	1.00
19233672--19233724	16	3.4	16	69	10	56	33	3	9	52	1.52

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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